Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,559,003 |
G→A |
intergenic (+85/‑385) |
b2443 → / → b2444 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,559,003 | 0 | G | A | 99.5%
| 706.7
/ NA
| 195 | intergenic (+85/‑385) | b2443/b2444 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (101/93); total (102/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
AAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGG > NC_000913/2558913‑2559092
|
aaaTAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATc > 1:1864975/1‑93 (MQ=255)
aaaTAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATc < 1:2187351/93‑1 (MQ=255)
aTAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCaa < 2:5262870/93‑1 (MQ=255)
aaCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTCACTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCaaaa > 2:2561147/1‑93 (MQ=255)
aCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAg < 1:5913366/93‑1 (MQ=255)
aCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAg < 2:3756689/93‑1 (MQ=255)
aCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAg > 2:3307919/1‑93 (MQ=255)
cGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGt > 1:6254049/1‑93 (MQ=255)
ggAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGtt < 1:1533792/93‑1 (MQ=255)
ggAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGtt > 1:428433/1‑93 (MQ=255)
aaTCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGc < 2:5105228/93‑1 (MQ=255)
aGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGtt > 1:5692348/1‑93 (MQ=255)
aGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGtt > 1:2483656/1‑93 (MQ=255)
aGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGtt > 2:5533125/1‑93 (MQ=255)
ggCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTa > 1:531940/1‑93 (MQ=255)
ggCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTa > 2:4110048/1‑93 (MQ=255)
ggCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGGTGCCGGTa > 2:4580615/1‑93 (MQ=255)
cGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAg < 2:1878726/93‑1 (MQ=255)
gggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 2:3211867/93‑1 (MQ=255)
gCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGACCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg > 1:4627880/1‑93 (MQ=255)
cAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 2:2802809/93‑1 (MQ=255)
cAATGGTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 1:1392542/93‑1 (MQ=255)
aTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt > 1:3113237/1‑93 (MQ=255)
gTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa > 2:5945944/1‑93 (MQ=255)
ttCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa > 2:6151980/1‑93 (MQ=255)
ttCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa > 1:698125/1‑93 (MQ=255)
cccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa > 2:380415/1‑93 (MQ=255)
ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg > 2:4647259/1‑93 (MQ=255)
ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg > 2:2303326/1‑93 (MQ=255)
ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg > 2:5858813/1‑93 (MQ=255)
cGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 2:3957614/93‑1 (MQ=255)
gCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt > 2:4262758/1‑93 (MQ=255)
gCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt > 1:3569207/1‑93 (MQ=255)
ccTTTTCTTGGCCTTAATTCCAGGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTGAAGGTGGGTCAAAAGTTg < 2:66637/93‑1 (MQ=21)
cTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGc < 1:5073155/93‑1 (MQ=255)
ttttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGGGGGTCAAAAGTTGcc > 2:5183339/1‑93 (MQ=255)
tttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:3708858/93‑1 (MQ=255)
tttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg > 1:4967717/1‑93 (MQ=255)
ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 2:4233657/93‑1 (MQ=255)
ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:5231427/93‑1 (MQ=255)
ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt > 1:2251456/1‑93 (MQ=255)
tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt > 1:2182492/1‑93 (MQ=255)
cTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa > 2:4327777/1‑93 (MQ=255)
tttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 1:1236939/93‑1 (MQ=255)
ttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:3285273/93‑1 (MQ=255)
ttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 2:1357099/93‑1 (MQ=255)
tGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 2:216561/93‑1 (MQ=255)
gCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt > 1:4683477/1‑93 (MQ=255)
cTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 1:3419735/93‑1 (MQ=255)
ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg > 1:4195364/1‑93 (MQ=255)
ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg > 1:1610908/1‑93 (MQ=255)
ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg > 2:4985851/1‑93 (MQ=255)
ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg > 2:4949800/1‑93 (MQ=255)
ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg > 1:4251820/1‑93 (MQ=255)
tAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt > 2:763404/1‑93 (MQ=255)
aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa > 2:4712070/1‑93 (MQ=255)
aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa > 2:5478760/1‑93 (MQ=255)
ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa > 2:155369/1‑93 (MQ=255)
tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa > 1:997177/1‑93 (MQ=255)
ccATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa > 1:3518343/1‑93 (MQ=255)
cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg < 1:3922773/93‑1 (MQ=255)
tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt > 1:2029247/1‑93 (MQ=255)
aaTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGc < 2:5419260/93‑1 (MQ=255)
aTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc > 1:3794255/1‑93 (MQ=255)
ttCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:1664102/93‑1 (MQ=255)
cAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAg < 2:2234721/93‑1 (MQ=255)
aGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt < 1:2074070/93‑1 (MQ=255)
aGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt < 1:1120617/93‑1 (MQ=255)
ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa < 1:2767220/93‑1 (MQ=255)
ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa < 2:1797840/93‑1 (MQ=255)
gTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTaa < 2:3885450/93‑1 (MQ=255)
tGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAg < 2:3372411/93‑1 (MQ=255)
tGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAg > 1:441551/1‑93 (MQ=255)
gggTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa > 1:677760/1‑93 (MQ=255)
ggTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGaa > 2:2149744/1‑93 (MQ=255)
cAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTACGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTc > 1:751642/1‑93 (MQ=255)
cAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTc < 1:1569230/93‑1 (MQ=255)
aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTcta > 1:5794105/1‑93 (MQ=255)
aGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctact > 1:1289488/1‑93 (MQ=255)
gTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctacta > 2:644606/1‑93 (MQ=255)
tGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAtt < 1:6138637/93‑1 (MQ=255)
ccGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTaa < 2:3716181/93‑1 (MQ=255)
ccGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTaa < 1:2713028/93‑1 (MQ=255)
ccGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTaa < 2:5641832/93‑1 (MQ=255)
cGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAg > 2:891085/1‑93 (MQ=255)
cGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAg < 1:3917808/93‑1 (MQ=255)
cGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAg > 2:3631193/1‑93 (MQ=255)
gTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGa < 1:4576201/93‑1 (MQ=255)
ttAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGaa < 2:954585/93‑1 (MQ=255)
ttAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGaa > 1:5402467/1‑93 (MQ=255)
aGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAAtt < 2:2964795/93‑1 (MQ=255)
gtggtgGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTc < 1:984206/93‑1 (MQ=255)
gtggtgGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTc > 1:772782/1‑93 (MQ=255)
gtggtgGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTc < 1:4775777/93‑1 (MQ=255)
tggtggATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCt > 2:1448589/1‑93 (MQ=255)
tggtggATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCt > 1:5562812/1‑93 (MQ=255)
ggtggATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTa < 2:354911/93‑1 (MQ=255)
ggtggATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTa < 1:3013669/93‑1 (MQ=255)
gtggATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAg < 2:1261264/93‑1 (MQ=255)
tggATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAgg < 2:4160445/93‑1 (MQ=255)
|
AAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGG > NC_000913/2558913‑2559092
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGAC > NC_000913/2558910‑2559096
|
ATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGA < SRR4302533.122374/94‑1 (MQ=60)
TGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGAT < SRR4302533.5818402/94‑1 (MQ=60)
TGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGAT < SRR4302533.4878156/94‑1 (MQ=60)
GAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATC > SRR4302533.1876351/1‑94 (MQ=60)
AAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCA < SRR4302533.2200826/94‑1 (MQ=60)
ATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAA > SRR4302533.4165191/1‑94 (MQ=60)
TAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAA > SRR4302533.2287474/1‑94 (MQ=60)
AACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAG < SRR4302533.2202013/94‑1 (MQ=60)
ACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGT > SRR4302533.6291454/1‑94 (MQ=60)
ACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGT < SRR4302533.5949101/94‑1 (MQ=60)
CGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTT < SRR4302533.1509193/94‑1 (MQ=60)
CGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTT > SRR4302533.430988/1‑94 (MQ=60)
CGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTT > SRR4302533.3134135/1‑94 (MQ=60)
GGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTG < SRR4302533.1543005/94‑1 (MQ=60)
GAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTGTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGC < SRR4302533.5891385/94‑1 (MQ=60)
CAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTT > SRR4302533.5726726/1‑94 (MQ=60)
CAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTT > SRR4302533.2498967/1‑94 (MQ=60)
AGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTA > SRR4302533.535103/1‑94 (MQ=60)
GGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGACCAAAAGTTGCCGTTAAGGTG > SRR4302533.4655927/1‑94 (MQ=60)
CAATGGTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGG < SRR4302533.1400931/94‑1 (MQ=60)
AATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGT > SRR4302533.3132382/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTC < SRR4302533.57559/94‑1 (MQ=60)
ATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTC > SRR4302533.3611694/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTC > SRR4302533.761989/1‑94 (MQ=60)
TGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCA > SRR4302533.70714/1‑94 (MQ=60)
GTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAA > SRR4302533.702254/1‑94 (MQ=60)
TTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAA < SRR4302533.1633794/94‑1 (MQ=60)
CCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAG < SRR4302533.1835829/94‑1 (MQ=60)
CGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTT > SRR4302533.3591206/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTT > SRR4302533.5660435/1‑94 (MQ=60)
CTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCC < SRR4302533.5103817/94‑1 (MQ=60)
CTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCC > SRR4302533.2065128/1‑94 (MQ=60)
CTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCC < SRR4302533.5461698/94‑1 (MQ=60)
TTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCG < SRR4302533.4453093/94‑1 (MQ=60)
TTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCG > SRR4302533.4997838/1‑94 (MQ=60)
TTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCG > SRR4302533.5375287/1‑94 (MQ=60)
TTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCG > SRR4302533.3827767/1‑94 (MQ=60)
TTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGT > SRR4302533.4664829/1‑94 (MQ=60)
TTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGT > SRR4302533.2265375/1‑94 (MQ=60)
TTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGT < SRR4302533.3731637/94‑1 (MQ=60)
TTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTT < SRR4302533.5262893/94‑1 (MQ=60)
TTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTT < SRR4302533.5026990/94‑1 (MQ=60)
TTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTT > SRR4302533.1588542/1‑94 (MQ=60)
TTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCGTT > SRR4302533.2195946/1‑94 (MQ=60)
TTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAG < SRR4302533.1244330/94‑1 (MQ=60)
TTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAG > SRR4302533.4622704/1‑94 (MQ=60)
TTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGG < SRR4302533.3305552/94‑1 (MQ=60)
TTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGG < SRR4302533.3765563/94‑1 (MQ=60)
TTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGG < SRR4302533.3098804/94‑1 (MQ=60)
TGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT > SRR4302533.4711852/1‑94 (MQ=60)
GCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTG < SRR4302533.1931639/94‑1 (MQ=60)
CCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGG > SRR4302533.4242705/1‑94 (MQ=60)
CTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGG < SRR4302533.3440864/94‑1 (MQ=60)
CTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGG < SRR4302533.2508368/94‑1 (MQ=60)
CTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGG > SRR4302533.4277468/1‑94 (MQ=60)
CTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGG > SRR4302533.4220758/1‑94 (MQ=60)
CTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGG > SRR4302533.1620676/1‑94 (MQ=60)
TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCATAAGTTGCCGTTAAGGTGGGT > SRR4302533.6347294/1‑94 (MQ=60)
TTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGT > SRR4302533.854873/1‑94 (MQ=60)
TTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAA > SRR4302533.1003001/1‑94 (MQ=60)
TCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAA > SRR4302533.3540033/1‑94 (MQ=60)
CCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGCTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAG > SRR4302533.1570685/1‑94 (MQ=60)
CATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGT < SRR4302533.3946725/94‑1 (MQ=60)
ATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTT > SRR4302533.2041772/1‑94 (MQ=60)
AATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCC < SRR4302533.4915647/94‑1 (MQ=60)
AATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCC > SRR4302533.3817477/1‑94 (MQ=60)
ATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCG < SRR4302533.6194769/94‑1 (MQ=60)
TTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGA < SRR4302533.695042/94‑1 (MQ=60)
TTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGA < SRR4302533.1674160/94‑1 (MQ=60)
CAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGT > SRR4302533.3405500/1‑94 (MQ=60)
CAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGA > SRR4302533.1287965/1‑94 (MQ=60)
AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTA < SRR4302533.1127266/94‑1 (MQ=60)
AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTA < SRR4302533.2086843/94‑1 (MQ=60)
GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAA < SRR4302533.2784194/94‑1 (MQ=60)
GGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAA < SRR4302533.2784195/94‑1 (MQ=60)
GTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAG > SRR4302533.444190/1‑94 (MQ=60)
GTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAG > SRR4302533.4287449/1‑94 (MQ=60)
TGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGA > SRR4302533.681767/1‑94 (MQ=60)
TGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGA < SRR4302533.2803457/94‑1 (MQ=60)
TGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGA < SRR4302533.132096/94‑1 (MQ=60)
TCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTACGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTC > SRR4302533.756070/1‑94 (MQ=60)
CAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCT < SRR4302533.1578679/94‑1 (MQ=60)
AAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTA > SRR4302533.5829110/1‑94 (MQ=60)
AAGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACT > SRR4302533.1297250/1‑94 (MQ=60)
AGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTA < SRR4302533.353504/94‑1 (MQ=60)
AGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTA < SRR4302533.6158579/94‑1 (MQ=60)
AGTTGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTA > SRR4302533.475715/1‑94 (MQ=60)
TGCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTA < SRR4302533.6175615/94‑1 (MQ=60)
GCCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAA > SRR4302533.4436401/1‑94 (MQ=60)
CCGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAG < SRR4302533.2729688/94‑1 (MQ=60)
CGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGA < SRR4302533.3941733/94‑1 (MQ=60)
CGTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGA < SRR4302533.5140492/94‑1 (MQ=60)
GTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAA > SRR4302533.5434931/1‑94 (MQ=60)
GTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAA < SRR4302533.4603936/94‑1 (MQ=60)
GTTAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAA < SRR4302533.3583663/94‑1 (MQ=60)
TAGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATT > SRR4302533.5348278/1‑94 (MQ=60)
AGTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTC > SRR4302533.777326/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCT > SRR4302533.5596435/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCT < SRR4302533.4804711/94‑1 (MQ=60)
GTGGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCT < SRR4302533.989974/94‑1 (MQ=60)
GGTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAG < SRR4302533.3032103/94‑1 (MQ=60)
GTGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGG < SRR4302533.2095726/94‑1 (MQ=60)
TGGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGC < SRR4302533.2199171/94‑1 (MQ=60)
GGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCG < SRR4302533.4283577/94‑1 (MQ=60)
GATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGTCGA > SRR4302533.1842901/1‑94 (MQ=60)
GATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGA > SRR4302533.3858336/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGAC > SRR4302533.4530500/1‑94 (MQ=60)
|
ATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGAC > NC_000913/2558910‑2559096
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
