Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,754,691 |
T→C |
V171A (GTT→GCT) |
intA → |
prophage CP4‑57 integrase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,754,691 | 0 | T | C | 100.0%
| 810.2
/ NA
| 249 | V171A (GTT→GCT) | intA | prophage CP4‑57 integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (115/134); total (115/134) |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CAATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGTTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGA > NC_000913/2754601‑2754779
|
cAATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTc < 2:90779/93‑1 (MQ=255)
cAATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTc < 2:6238107/93‑1 (MQ=255)
ggTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTcgccgc < 2:5351829/93‑1 (MQ=255)
ggTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTcgccgc > 1:434882/1‑93 (MQ=255)
gTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGCTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCACGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCgccgcc < 2:5033607/93‑1 (MQ=255)
tGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCt < 2:3899425/93‑1 (MQ=255)
tGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCt > 1:1023254/1‑93 (MQ=255)
atatCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCttt > 2:2251291/1‑93 (MQ=255)
tatCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTg > 1:727922/1‑93 (MQ=255)
tatCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTg < 1:5364374/93‑1 (MQ=255)
tatCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTg < 1:353320/93‑1 (MQ=255)
atCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGt > 2:1163488/1‑93 (MQ=255)
tCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTc > 2:5834690/1‑93 (MQ=255)
tCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTc > 2:4495730/1‑93 (MQ=255)
cAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCa < 2:2793495/93‑1 (MQ=255)
aGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAg < 2:2746228/93‑1 (MQ=255)
tATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCg > 2:2101729/1‑93 (MQ=255)
aTCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGt < 2:2416703/93‑1 (MQ=255)
tCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTa > 2:5216804/1‑93 (MQ=255)
tCACTGAGATTAAGGATCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTa < 1:6306084/93‑1 (MQ=255)
cACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGTTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTAt < 2:680312/93‑1 (MQ=255)
cACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTAt < 1:2666846/93‑1 (MQ=255)
aCTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTAtt < 2:3849208/93‑1 (MQ=255)
aCTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTAtt > 1:3879222/1‑93 (MQ=255)
cTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTa > 1:2627070/1‑93 (MQ=255)
cTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGATCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTa > 1:4448130/1‑93 (MQ=255)
tGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTaa < 1:2408221/93‑1 (MQ=255)
tGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTaa > 1:1078805/1‑93 (MQ=255)
tGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTaa < 1:2227935/93‑1 (MQ=255)
agaTTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACg < 1:2539718/93‑1 (MQ=255)
gaTTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGa < 1:3747836/93‑1 (MQ=255)
aTTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGaa > 1:3793538/1‑93 (MQ=255)
aTTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGaa < 1:6172680/93‑1 (MQ=255)
ttAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCCTATTAACGAAg < 1:5729420/93‑1 (MQ=255)
aaGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTc < 1:3327845/93‑1 (MQ=255)
aGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCa < 2:3306153/93‑1 (MQ=255)
aGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCa < 1:3245121/93‑1 (MQ=255)
aGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCa > 1:1463291/1‑93 (MQ=255)
aGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCa > 2:4715147/1‑93 (MQ=255)
gCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATg > 1:938791/1‑93 (MQ=255)
cTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGa > 2:26179/1‑93 (MQ=255)
tCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGAt > 1:5816643/1‑93 (MQ=255)
cATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATCAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTTAGCGTATTAACGAAGTCATGAtt < 2:5074655/93‑1 (MQ=255)
tACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTa > 1:2906391/1‑93 (MQ=255)
tACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTa < 2:5749308/93‑1 (MQ=255)
aCTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTAt < 2:1078268/93‑1 (MQ=255)
tctGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATgc < 2:1266242/93‑1 (MQ=255)
tctGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATgc > 1:1846024/1‑93 (MQ=255)
ctGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATgcg > 1:5295113/1‑93 (MQ=255)
ctGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATgcg < 2:5330298/93‑1 (MQ=255)
ctGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATgcg < 2:5637662/93‑1 (MQ=255)
tGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATgcgc > 2:4326766/1‑93 (MQ=255)
ggTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCa < 1:1092881/93‑1 (MQ=255)
ggTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCa < 1:3975127/93‑1 (MQ=255)
gTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAg < 1:4539681/93‑1 (MQ=255)
ttAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGa > 1:4386205/1‑93 (MQ=255)
ttAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGa < 1:196591/93‑1 (MQ=255)
tAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGaa > 1:5525323/1‑93 (MQ=255)
aaaGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAac < 1:2389891/93‑1 (MQ=255)
aaaGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAac > 1:1902778/1‑93 (MQ=255)
gCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAAcaca < 2:1980837/93‑1 (MQ=255)
gCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAAcaca > 1:4764957/1‑93 (MQ=255)
gCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAAcaca < 1:6135591/93‑1 (MQ=255)
cAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAg > 2:5148368/1‑93 (MQ=255)
cAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAg < 2:3994384/93‑1 (MQ=255)
aGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAgg > 2:4121413/1‑93 (MQ=255)
ttCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCCTGATTTATGCGCAGCACACAGGcc > 2:2931450/1‑93 (MQ=255)
ttCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGcc > 2:4883311/1‑93 (MQ=255)
ttCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGcc < 1:5027256/93‑1 (MQ=255)
tCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCt < 2:4458224/93‑1 (MQ=255)
cGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattg < 2:2510680/93‑1 (MQ=255)
ggTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattga < 2:2342009/93‑1 (MQ=255)
ggTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattga > 1:3131471/1‑93 (MQ=255)
ggTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattga < 2:5822422/93‑1 (MQ=255)
gTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattgat < 2:606176/93‑1 (MQ=255)
gTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattgat < 1:4950674/93‑1 (MQ=255)
gTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattgat < 1:1797017/93‑1 (MQ=255)
gTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCtgattgat < 1:918040/93‑1 (MQ=255)
tCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGc < 2:6018453/93‑1 (MQ=255)
tCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGc > 1:5602824/1‑93 (MQ=255)
cAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCt < 2:1319745/93‑1 (MQ=255)
gCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGtt < 1:2307608/93‑1 (MQ=255)
cAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTcc < 2:4855869/93‑1 (MQ=255)
agagGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCt > 2:4598665/1‑93 (MQ=255)
agagGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCt > 1:1599365/1‑93 (MQ=255)
agagGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCt > 2:5813193/1‑93 (MQ=255)
gagGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTa < 2:1686333/93‑1 (MQ=255)
gagGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTa > 2:1525740/1‑93 (MQ=255)
ggTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAgt < 1:745250/93‑1 (MQ=255)
ggTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAgt > 2:112997/1‑93 (MQ=255)
gTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAgtg < 1:1273459/93‑1 (MQ=255)
gTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAgtg < 2:2985405/93‑1 (MQ=255)
tGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAgtgt < 2:1402927/93‑1 (MQ=255)
tGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAgtgt < 2:4257199/93‑1 (MQ=255)
cATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTaa > 2:5554389/1‑93 (MQ=255)
tAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAata < 1:6011570/93‑1 (MQ=255)
agagACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAatat < 2:5924146/93‑1 (MQ=255)
agaCTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCg > 2:5461172/1‑93 (MQ=255)
gaCTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCgg < 2:3380626/93‑1 (MQ=255)
aCTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGa > 1:5098467/1‑93 (MQ=255)
|
CAATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGTTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGA > NC_000913/2754601‑2754779
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGGCAATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGTTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAAAAGC > NC_000913/2754598‑2754784
|
CGGCAATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAATCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGC > SRR4302533.4105348/1‑94 (MQ=60)
GGCAATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCT < SRR4302533.2860340/94‑1 (MQ=60)
GGCAATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCT < SRR4302533.4482035/94‑1 (MQ=60)
CAATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCG < SRR4302533.5327280/94‑1 (MQ=60)
ATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCC > SRR4302533.3740138/1‑94 (MQ=60)
TCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCG > SRR4302533.5495289/1‑94 (MQ=60)
CGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGC > SRR4302533.437473/1‑94 (MQ=60)
GGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAGAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCC > SRR4302533.4465235/1‑94 (MQ=60)
GGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGCCTGCTCGCCGCC > SRR4302533.1759811/1‑94 (MQ=60)
GTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCT > SRR4302533.1029267/1‑94 (MQ=60)
TGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTT > SRR4302533.5165597/1‑94 (MQ=60)
ATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTG > SRR4302533.732222/1‑94 (MQ=60)
ATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTG > SRR4302533.2397258/1‑94 (MQ=60)
TATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGT < SRR4302533.5396597/94‑1 (MQ=60)
TATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGT > SRR4302533.672377/1‑94 (MQ=60)
TATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGT < SRR4302533.355477/94‑1 (MQ=60)
ATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTC > SRR4302533.5771485/1‑94 (MQ=60)
CAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAG < SRR4302533.4752094/94‑1 (MQ=60)
CAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAG < SRR4302533.2652552/94‑1 (MQ=60)
AGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGC < SRR4302533.2954885/94‑1 (MQ=60)
GTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCG > SRR4302533.241953/1‑94 (MQ=60)
GATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGT < SRR4302533.6148933/94‑1 (MQ=60)
TCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTAT > SRR4302533.4375607/1‑94 (MQ=60)
TCACTGAGATTAAGGATCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTAT < SRR4302533.6343843/94‑1 (MQ=60)
CACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATT < SRR4302533.2683209/94‑1 (MQ=60)
CACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATT > SRR4302533.3902893/1‑94 (MQ=60)
CACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATA > SRR4302533.2285977/1‑94 (MQ=60)
ACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTA > SRR4302533.2643185/1‑94 (MQ=60)
ACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGATCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTA > SRR4302533.4475032/1‑94 (MQ=60)
CTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCATAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAA < SRR4302533.1902999/94‑1 (MQ=60)
CTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAA > SRR4302533.1085163/1‑94 (MQ=60)
TGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAAC < SRR4302533.2241685/94‑1 (MQ=60)
TGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAAC < SRR4302533.2423099/94‑1 (MQ=60)
TGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAAC < SRR4302533.4226231/94‑1 (MQ=60)
AGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGA < SRR4302533.2555351/94‑1 (MQ=60)
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GATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAA < SRR4302533.3770812/94‑1 (MQ=60)
ATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAG < SRR4302533.6007028/94‑1 (MQ=60)
ATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAG < SRR4302533.6209772/94‑1 (MQ=60)
TTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGT > SRR4302533.5544081/1‑94 (MQ=60)
TTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCCTATTAACGAAGT < SRR4302533.5764017/94‑1 (MQ=60)
TAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTC < SRR4302533.77364/94‑1 (MQ=60)
AAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCA > SRR4302533.929071/1‑94 (MQ=60)
AAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCA < SRR4302533.3348410/94‑1 (MQ=60)
AAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCA > SRR4302533.1472111/1‑94 (MQ=60)
AGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCAT < SRR4302533.3265125/94‑1 (MQ=60)
GGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATG > SRR4302533.944306/1‑94 (MQ=60)
GCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGA > SRR4302533.1873521/1‑94 (MQ=60)
GCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGA < SRR4302533.4909020/94‑1 (MQ=60)
GCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGACAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGCACTCATGA > SRR4302533.1467124/1‑94 (MQ=60)
CTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGAT > SRR4302533.684303/1‑94 (MQ=60)
CTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGAT > SRR4302533.5851774/1‑94 (MQ=60)
CTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGAT < SRR4302533.3576439/94‑1 (MQ=60)
CTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGAT < SRR4302533.1075249/94‑1 (MQ=60)
ATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTA > SRR4302533.2924234/1‑94 (MQ=60)
TACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTAT < SRR4302533.1087557/94‑1 (MQ=60)
ACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATG > SRR4302533.5028418/1‑94 (MQ=60)
ACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATG < SRR4302533.1923775/94‑1 (MQ=60)
ACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATG < SRR4302533.3815325/94‑1 (MQ=60)
CTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGC > SRR4302533.1857281/1‑94 (MQ=60)
CTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGC < SRR4302533.2834954/94‑1 (MQ=60)
TCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCG > SRR4302533.5326827/1‑94 (MQ=60)
TCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCG < SRR4302533.1200835/94‑1 (MQ=60)
TGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCA > SRR4302533.1345881/1‑94 (MQ=60)
GGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAG < SRR4302533.1099346/94‑1 (MQ=60)
GGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAG < SRR4302533.3999328/94‑1 (MQ=60)
GTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGA < SRR4302533.4567166/94‑1 (MQ=60)
GTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGA > SRR4302533.4412688/1‑94 (MQ=60)
GTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGA > SRR4302533.2595063/1‑94 (MQ=60)
GTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGA > SRR4302533.2393958/1‑94 (MQ=60)
TTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAA < SRR4302533.197832/94‑1 (MQ=60)
TTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAA < SRR4302533.4569287/94‑1 (MQ=60)
TTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAA > SRR4302533.5558680/1‑94 (MQ=60)
TAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAAC > SRR4302533.1914391/1‑94 (MQ=60)
AAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACA < SRR4302533.2404651/94‑1 (MQ=60)
AAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACA > SRR4302533.505036/1‑94 (MQ=60)
AGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACA > SRR4302533.4793854/1‑94 (MQ=60)
AGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACA < SRR4302533.6185297/94‑1 (MQ=60)
GCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAG < SRR4302533.6172559/94‑1 (MQ=60)
GCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAG < SRR4302533.2930915/94‑1 (MQ=60)
AGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGC > SRR4302533.5686456/1‑94 (MQ=60)
GTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCC > SRR4302533.5288559/1‑94 (MQ=60)
TTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCT < SRR4302533.5057697/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTG < SRR4302533.4418712/94‑1 (MQ=60)
CGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGA > SRR4302533.3150724/1‑94 (MQ=60)
CGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGA < SRR4302533.4365383/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGAT < SRR4302533.5629887/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGAT > SRR4302533.2168011/1‑94 (MQ=60)
GTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATG < SRR4302533.6185820/94‑1 (MQ=60)
GTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATG < SRR4302533.1807952/94‑1 (MQ=60)
GTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATG < SRR4302533.4980658/94‑1 (MQ=60)
GTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATG < SRR4302533.2658718/94‑1 (MQ=60)
GTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATG < SRR4302533.5078387/94‑1 (MQ=60)
GTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATG < SRR4302533.923434/94‑1 (MQ=60)
TTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGC > SRR4302533.5636679/1‑94 (MQ=60)
TCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCT < SRR4302533.2480947/94‑1 (MQ=60)
CAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTG < SRR4302533.985010/94‑1 (MQ=60)
CAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTG > SRR4302533.2440771/1‑94 (MQ=60)
GCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTC < SRR4302533.2321902/94‑1 (MQ=60)
GCCAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTC > SRR4302533.3989237/1‑94 (MQ=60)
CAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCT > SRR4302533.1609046/1‑94 (MQ=60)
CAGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCT > SRR4302533.1583422/1‑94 (MQ=60)
AGAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTA > SRR4302533.109154/1‑94 (MQ=60)
GAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAG > SRR4302533.2007606/1‑94 (MQ=60)
GAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAG < SRR4302533.4487479/94‑1 (MQ=60)
GAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAG < SRR4302533.3866602/94‑1 (MQ=60)
GAGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAG > SRR4302533.5968912/1‑94 (MQ=60)
AGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGT < SRR4302533.3272135/94‑1 (MQ=60)
AGGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGT < SRR4302533.3352307/94‑1 (MQ=60)
GGTGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTG < SRR4302533.749635/94‑1 (MQ=60)
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TGCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTA < SRR4302533.1846308/94‑1 (MQ=60)
GCATTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAA < SRR4302533.743501/94‑1 (MQ=60)
TTAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATA > SRR4302533.6305797/1‑94 (MQ=60)
TAGANACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATAT < SRR4302533.4311537/94‑1 (MQ=60)
TAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATAT < SRR4302533.3279697/94‑1 (MQ=60)
TAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATAT < SRR4302533.3205550/94‑1 (MQ=60)
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TAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATAT < SRR4302533.3881588/94‑1 (MQ=60)
TAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATAT < SRR4302533.1683693/94‑1 (MQ=60)
TAGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATAT < SRR4302533.6047990/94‑1 (MQ=60)
AGAGACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATC < SRR4302533.5686997/94‑1 (MQ=60)
GACTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGA > SRR4302533.5129269/1‑94 (MQ=60)
CTGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAAA > SRR4302533.499360/1‑94 (MQ=60)
TGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAAAG > SRR4302533.3095201/1‑94 (MQ=60)
TGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAAAA < SRR4302533.611668/94‑1 (MQ=60)
TGCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAAAA < SRR4302533.3633830/94‑1 (MQ=60)
GCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACCCAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAAAAG > SRR4302533.2664688/1‑94 (MQ=60)
GCTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAAAAG > SRR4302533.2648944/1‑94 (MQ=60)
CTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAAAAGC > SRR4302533.4273055/1‑94 (MQ=60)
CTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAAAAGC > SRR4302533.2066963/1‑94 (MQ=60)
CTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAAAAGC < SRR4302533.5838419/94‑1 (MQ=60)
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CGGCAATCGGTGATATCAGTATCACTGAGATTAAGGCTCATACTCTGGTTAAAGCAGTTCAGCCGGTTCAGGCCAGAGGTGCATTAGAGACTGTTCGCCGCCTTTGTCAGCGTATTAACGAAGTCATGATTTATGCGCAGAACACAGGCCTGATTGATGCTGTTCCTAGTGTAAATATCGGAAAAGC > NC_000913/2754598‑2754784
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
