Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,322,882 |
C→T |
T146T (ACG→ACA) |
phnB ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,322,882 | 0 | C | T | 99.6%
| 862.4
/ NA
| 235 | T146T (ACG→ACA) | phnB | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (123/111); minor base G (1/0); total (124/111) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
CGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTG > NC_000913/4322792‑4322971
|
gATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTgtt > 2:1033250/1‑93 (MQ=255)
gATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTgtt > 1:5672250/1‑93 (MQ=255)
aTTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTgttg > 2:5143719/1‑93 (MQ=255)
tttGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTTCCGGCGGGGTATTGTgtttg > 2:5327778/1‑91 (MQ=255)
ttGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTgttggt > 1:3739571/1‑93 (MQ=255)
tGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTgttggtt > 1:3961125/1‑93 (MQ=255)
ggTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTgttggttg > 1:2967761/1‑93 (MQ=255)
gTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGgttgt > 1:609836/1‑93 (MQ=255)
ttaattaaAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGgttgtt < 2:765567/93‑1 (MQ=255)
taattaaAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGgttgttg > 1:4029486/1‑93 (MQ=255)
taattaaAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTgttgggtggtt > 1:3302371/1‑90 (MQ=255)
taattaaAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTGTttgttgttg > 2:181697/1‑93 (MQ=255)
attaaAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGgttgttgtt > 1:5807611/1‑93 (MQ=255)
aaaaGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTga < 1:5862696/93‑1 (MQ=255)
aaaaGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTga > 1:5177973/1‑93 (MQ=255)
aaaaGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTGTTGGTTGTTGTTTga > 2:3793731/1‑93 (MQ=255)
aaaaGTGACTAACAGATGAAGAGATAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCGCCCGGCGGGGTATTGTGGTGTCTGTTGttttg > 2:4382779/1‑91 (MQ=255)
aaaGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTgac < 2:1416450/93‑1 (MQ=255)
aaaGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTgac < 1:541580/93‑1 (MQ=255)
aGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTgacga < 1:3228738/93‑1 (MQ=255)
gACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACAt < 2:4173284/93‑1 (MQ=255)
tAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTaa > 2:3615894/1‑93 (MQ=255)
aaCAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAat < 1:287189/93‑1 (MQ=255)
aaCAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAat > 1:4224860/1‑93 (MQ=255)
cAGATGAAGATTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGTGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAatca < 1:3854654/93‑1 (MQ=255)
cAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAatca > 1:5936807/1‑93 (MQ=255)
gATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAatcatc < 1:1019267/93‑1 (MQ=255)
gATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAatcatc > 2:1464420/1‑93 (MQ=255)
gATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACAATAatcatc > 1:5536113/1‑93 (MQ=255)
aTGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATcc > 1:1904287/1‑93 (MQ=255)
aTGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTGTTGGGTGGTGGTTGACGACATTAATCATcc > 2:3016129/1‑93 (MQ=255)
aTGAAGAGTGAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGTCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATcc < 2:4849428/93‑1 (MQ=255)
tGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCa > 2:833737/1‑93 (MQ=255)
tGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCa < 2:2112003/93‑1 (MQ=255)
tGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCa < 2:425993/93‑1 (MQ=255)
tGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCa < 1:4894748/93‑1 (MQ=255)
gAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGCCATTAATCATCCAc > 1:730571/1‑93 (MQ=255)
aaGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACg < 2:2460599/93‑1 (MQ=255)
agagTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACgg < 1:5375421/93‑1 (MQ=255)
gagTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGt > 2:3779840/1‑93 (MQ=255)
gagTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTTTTTTGTTTGTTGTTGTTTTTTGGCATTAATCATTCAccgg > 2:1097282/1‑90 (MQ=255)
gTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTAc > 1:249783/1‑93 (MQ=255)
gTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTAc < 2:192044/93‑1 (MQ=255)
tAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGc > 2:571006/1‑93 (MQ=255)
aaCGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGcc < 2:2549967/93‑1 (MQ=255)
aCGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCa > 1:1543594/1‑93 (MQ=255)
cGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCaa < 2:5654988/93‑1 (MQ=255)
cGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCaa > 2:4632082/1‑93 (MQ=255)
gggAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTTATCATCCACGGTACGCCaaa > 1:3368003/1‑93 (MQ=255)
ggAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAAt > 2:3199336/1‑93 (MQ=255)
ggAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAAt > 2:5039879/1‑93 (MQ=255)
aaTTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTTTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAAttt < 2:2796739/93‑1 (MQ=255)
aaTTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAAttt > 2:4785218/1‑93 (MQ=255)
aaTTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAAttt > 1:355316/1‑93 (MQ=255)
ttCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTAt > 1:4557305/1‑93 (MQ=255)
ttCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTAt < 1:686270/93‑1 (MQ=255)
gATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCgg < 1:1808022/93‑1 (MQ=255)
aTGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGt > 2:4001256/1‑93 (MQ=255)
tGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTg > 1:1848934/1‑93 (MQ=255)
tGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTg > 1:6164550/1‑93 (MQ=255)
tGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTg > 1:1715725/1‑93 (MQ=255)
aCAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGAc > 2:4500763/1‑93 (MQ=255)
aGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGATATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCCAATTTTTCGGTGAcgt > 2:2582572/1‑91 (MQ=255)
gTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACttt < 2:1744042/93‑1 (MQ=255)
cGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGcc < 1:4268654/93‑1 (MQ=255)
cGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGcc < 1:4477526/93‑1 (MQ=255)
ggAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCaa < 2:586939/93‑1 (MQ=255)
gAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCaaa < 2:5520949/93‑1 (MQ=255)
gcgggcCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCa < 1:2398866/93‑1 (MQ=255)
gcgggcCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCa < 1:1073316/93‑1 (MQ=255)
gcgggcCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCa < 2:1575709/93‑1 (MQ=255)
gggcCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATg > 1:6183179/1‑93 (MQ=255)
ggcCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATgc < 1:3838985/93‑1 (MQ=255)
tCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGccc > 1:2739816/1‑93 (MQ=255)
ccGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAg > 1:1260993/1‑93 (MQ=255)
ccGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAg > 2:753763/1‑93 (MQ=255)
cggcggGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGa > 1:3473398/1‑93 (MQ=255)
gcgtGTTATGGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGaaa < 1:5826625/93‑1 (MQ=255)
gcggGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCCTGCGCCCAGaaa > 1:4754047/1‑93 (MQ=255)
gcggGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGaaa > 2:1280606/1‑93 (MQ=255)
gcggGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGaaa < 1:823719/93‑1 (MQ=255)
gcggGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGaaa > 2:3517303/1‑93 (MQ=255)
gggTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGGCTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGt > 2:2194487/1‑93 (MQ=255)
gggTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGt > 2:59177/1‑93 (MQ=255)
gggTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGt > 1:2815272/1‑93 (MQ=255)
gggTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGt > 2:5357409/1‑93 (MQ=255)
gggTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGt > 2:2060072/1‑93 (MQ=255)
ggTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGtt > 1:5237966/1‑93 (MQ=255)
ggTTAGTGTGTTGGTTGGCGTGCGTCGACATTAATCAGCCACGTTACGCCTAACTCATCGGTGACGTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGtt > 2:6296945/1‑93 (MQ=255)
gTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGttt < 1:3020032/93‑1 (MQ=255)
ttATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTc < 2:2892769/93‑1 (MQ=255)
ttATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTc < 2:2422303/93‑1 (MQ=255)
tATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTcc < 2:1982684/93‑1 (MQ=255)
tATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTcc > 1:2663024/1‑93 (MQ=255)
tATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTcc < 2:147032/93‑1 (MQ=255)
tATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTcc > 2:3239780/1‑93 (MQ=255)
aTTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTGATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCt > 1:2195992/1‑93 (MQ=255)
aTTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCt > 1:795868/1‑93 (MQ=255)
aTTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCt > 2:1189551/1‑93 (MQ=255)
aTTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCt > 2:6058079/1‑93 (MQ=255)
|
CGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTG > NC_000913/4322792‑4322971
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAG > NC_000913/4322789‑4322975
|
TGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGT < SRR4302533.3902960/94‑1 (MQ=60)
CGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTT > SRR4302533.5706508/1‑94 (MQ=60)
CGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTT < SRR4302533.5895001/94‑1 (MQ=60)
GATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTG < SRR4302533.1742175/94‑1 (MQ=60)
ATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGG > SRR4302533.6147752/1‑94 (MQ=60)
ATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGGGTTGG > SRR4302533.1488072/1‑94 (MQ=60)
TTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGT > SRR4302533.3762507/1‑94 (MQ=60)
TTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTT > SRR4302533.3985258/1‑94 (MQ=60)
TGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTTTTGTGTTGGTTG > SRR4302533.3377980/1‑94 (MQ=60)
TGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTG > SRR4302533.2985903/1‑94 (MQ=60)
GGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGT > SRR4302533.613422/1‑94 (MQ=60)
GGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGT < SRR4302533.5891458/94‑1 (MQ=60)
GGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGT < SRR4302533.4740836/94‑1 (MQ=60)
GTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTT < SRR4302533.5666478/94‑1 (MQ=60)
GTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTT < SRR4302533.1718504/94‑1 (MQ=60)
TTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTG > SRR4302533.4054014/1‑94 (MQ=60)
TTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTG < SRR4302533.6322495/94‑1 (MQ=60)
TTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTGTTGGgtggtt > SRR4302533.3322762/1‑88 (MQ=60)
AATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTT > SRR4302533.5842681/1‑94 (MQ=60)
ATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTT < SRR4302533.2979707/94‑1 (MQ=60)
TTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTG < SRR4302533.4080492/94‑1 (MQ=60)
TAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGA > SRR4302533.5209244/1‑94 (MQ=60)
AAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGAC < SRR4302533.5898142/94‑1 (MQ=60)
AAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGAC < SRR4302533.3780727/94‑1 (MQ=60)
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AAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACG < SRR4302533.3904866/94‑1 (MQ=60)
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TAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAAT < SRR4302533.2599632/94‑1 (MQ=60)
AACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATC < SRR4302533.288947/94‑1 (MQ=60)
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ACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCA > SRR4302533.5972704/1‑94 (MQ=60)
CAGATGAAGATTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGTGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCAT < SRR4302533.3878195/94‑1 (MQ=60)
AAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCAT < SRR4302533.6165160/94‑1 (MQ=60)
AGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATC > SRR4302533.4244350/1‑94 (MQ=60)
AGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACAATAATCATC > SRR4302533.5569539/1‑94 (MQ=60)
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AGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGT < SRR4302533.5407726/94‑1 (MQ=60)
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AGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATT‑‑‑TTGGTTGTTGTTTtttttcggcaataatcacaccccgg > SRR4302533.4349623/1‑69 (MQ=60)
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TTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGC > SRR4302533.4824402/1‑94 (MQ=60)
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AACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCA > SRR4302533.1552892/1‑94 (MQ=60)
ACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAA > SRR4302533.4565759/1‑94 (MQ=60)
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ATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTAT > SRR4302533.4584942/1‑94 (MQ=60)
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TTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATC < SRR4302533.282634/94‑1 (MQ=60)
CGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGGTTGACGACATTAATAATCCACGGTACGCCAAATTTATCGG > SRR4302533.1896603/1‑94 (MQ=60)
GATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGT < SRR4302533.780758/94‑1 (MQ=60)
GATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGT < SRR4302533.1819024/94‑1 (MQ=60)
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ATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTG > SRR4302533.1726128/1‑94 (MQ=60)
ATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGGTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATAATACACAGGACGCCAAATTTCTCAGTG > SRR4302533.3566892/1‑94 (MQ=60)
TGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGA < SRR4302533.3925480/94‑1 (MQ=60)
GACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGAC < SRR4302533.5849736/94‑1 (MQ=60)
ACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACT < SRR4302533.3012793/94‑1 (MQ=60)
CAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTT > SRR4302533.4975745/1‑94 (MQ=60)
GCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCC > SRR4302533.329847/1‑94 (MQ=60)
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CTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCC > SRR4302533.2756613/1‑94 (MQ=60)
CTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCC > SRR4302533.934013/1‑94 (MQ=60)
CTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCC > SRR4302533.4467942/1‑94 (MQ=60)
CTCCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCC > SRR4302533.4895245/1‑94 (MQ=60)
CCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAG < SRR4302533.2729522/94‑1 (MQ=60)
CCCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAG > SRR4302533.1268535/1‑94 (MQ=60)
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CCGGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGA > SRR4302533.3494830/1‑94 (MQ=60)
GGCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCCTGCGCCCAGAAA > SRR4302533.4782865/1‑94 (MQ=60)
GCGTGTTATGGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAG < SRR4302533.5861833/94‑1 (MQ=60)
GCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAG < SRR4302533.6086792/94‑1 (MQ=60)
GCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAG > SRR4302533.3224820/1‑94 (MQ=60)
GCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAG > SRR4302533.3016813/1‑94 (MQ=60)
GCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAG < SRR4302533.3703468/94‑1 (MQ=60)
GCGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAG < SRR4302533.828552/94‑1 (MQ=60)
CGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGT > SRR4302533.81812/1‑94 (MQ=60)
CGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGT > SRR4302533.2832602/1‑94 (MQ=60)
CGGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGT > SRR4302533.5767817/1‑94 (MQ=60)
GGGTTATTTTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTT < SRR4302533.6218507/94‑1 (MQ=60)
GGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTT > SRR4302533.5269457/1‑94 (MQ=60)
GGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTT > SRR4302533.257149/1‑94 (MQ=60)
GGGTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTT > SRR4302533.3464209/1‑94 (MQ=60)
GTTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTC < SRR4302533.3038519/94‑1 (MQ=60)
TTATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCC > SRR4302533.2679374/1‑94 (MQ=60)
TATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTGATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCT > SRR4302533.2209525/1‑94 (MQ=60)
TATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCT > SRR4302533.1578188/1‑94 (MQ=60)
TATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCT > SRR4302533.800550/1‑94 (MQ=60)
ATTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTG > SRR4302533.286967/1‑94 (MQ=60)
TTGTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGC > SRR4302533.668636/1‑94 (MQ=60)
GTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCA < SRR4302533.5743605/94‑1 (MQ=60)
GTGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCA > SRR4302533.6251093/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAG < SRR4302533.5412343/94‑1 (MQ=60)
TGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAG > SRR4302533.939510/1‑94 (MQ=60)
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TGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAG > NC_000913/4322789‑4322975
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
