Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
647 |
270.1 |
21258240 |
98.4% |
20918108 |
94.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
373,904 |
A→G |
R271R (CGA→CGG) |
mhpE → |
4‑hydroxy‑2‑ketovalerate aldolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 373,904 | 0 | A | G | 98.2%
| 1124.3
/ 3.9
| 342 | R271R (CGA→CGG) | mhpE | 4‑hydroxy‑2‑ketovalerate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/1); new base G (163/173); total (168/174) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 |
Only 100 of 368 total aligned reads displayed.
CCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGACCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGCGT > NC_000913/373813‑373994
|
ccgccgCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATTCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGcc > 2:2326820/1‑94 (MQ=255)
ccgccgCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGcc < 2:2122005/94‑1 (MQ=255)
ccgccgCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGcc < 2:2901984/94‑1 (MQ=255)
cgccgcGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCg < 1:6792009/94‑1 (MQ=255)
gccgcGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCgg < 2:10369508/94‑1 (MQ=255)
ccgcGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGt > 1:7668408/1‑94 (MQ=255)
cgcgGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTa > 2:9004593/1‑94 (MQ=255)
gcgGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTAc > 1:9253028/1‑94 (MQ=255)
cgGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACg < 2:1940772/94‑1 (MQ=255)
cgGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACg > 2:7047534/1‑94 (MQ=255)
ggATAAGCTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGa < 1:5634664/94‑1 (MQ=255)
aTAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAgc > 2:4965149/1‑93 (MQ=255)
aTAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGt > 1:4729965/1‑94 (MQ=255)
aTAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGt < 2:5209850/94‑1 (MQ=255)
tAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTc < 1:7316771/94‑1 (MQ=255)
tAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTc < 1:1936230/94‑1 (MQ=255)
tAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTc > 1:1607353/1‑94 (MQ=255)
aaaCTGGGCTGGCAGCATGGGCCCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGCCCGGTACGAGCCg > 2:3632825/1‑94 (MQ=255)
aaaCTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCg > 1:6220536/1‑94 (MQ=255)
cTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATc > 2:4658416/1‑94 (MQ=255)
tGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATcg > 2:9501999/1‑94 (MQ=255)
gtGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGTAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGaa < 2:3401787/93‑1 (MQ=255)
cTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGaa < 1:6303231/94‑1 (MQ=255)
tGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGaaa > 1:8479024/1‑94 (MQ=255)
gcagcaTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcg > 1:10298880/1‑94 (MQ=255)
gcagcaTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcg > 2:1231087/1‑94 (MQ=255)
agcaTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgct < 1:7963134/94‑1 (MQ=255)
agcaTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgct < 1:8994694/94‑1 (MQ=255)
agcaTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgct < 2:8295997/94‑1 (MQ=255)
agcaTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgct < 2:4787354/94‑1 (MQ=255)
agcaTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgct > 1:5684108/1‑94 (MQ=255)
caTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctgg > 2:8556621/1‑94 (MQ=255)
caTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctgg > 2:6882824/1‑94 (MQ=255)
tGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctggcg > 2:1351369/1‑94 (MQ=255)
tGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGGGCGGCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctgggg > 2:1741022/1‑92 (MQ=255)
gggACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctggcgc > 2:9667462/1‑94 (MQ=255)
ggACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGCCGATCGCGAAAcgctggcgct > 2:3070396/1‑94 (MQ=255)
gACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctggcgctg > 1:3498764/1‑94 (MQ=255)
gccGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctggcgctgg < 2:6520703/93‑1 (MQ=255)
aCCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctggcgctgg < 2:3985361/94‑1 (MQ=255)
aCCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctggcgctgg < 2:9060479/94‑1 (MQ=255)
ccGATCTCTACGCGTTAATGACTGCCGCCGACGACATGGTGCGTCCGTTGAAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTggg < 1:4072372/94‑1 (MQ=255)
cGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTTGGa > 2:4174905/1‑94 (MQ=255)
gATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGAt < 1:251667/94‑1 (MQ=255)
gATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGAt < 1:3551277/94‑1 (MQ=255)
gATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGACCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGAt > 1:3991892/1‑94 (MQ=255)
aTCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTTCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATa > 2:4059525/1‑94 (MQ=255)
tctcTATGGTTTAATGTATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATAc < 1:3107892/94‑1 (MQ=255)
ctATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCt < 1:7829782/94‑1 (MQ=255)
tATGCGTTAATGGATGCCGCCGCCGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTg < 1:10014975/94‑1 (MQ=255)
tATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGCAACGCTGGCGCTGGGATACGCTg > 2:5510788/1‑94 (MQ=255)
tATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTg < 1:9878272/94‑1 (MQ=255)
tATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCGGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTg < 2:7586354/94‑1 (MQ=255)
aaTGCGGTAATGGAGGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCTGCCGGTACGAGTCGACCGCGCAACGATGGCGCTGGGAGACGccg > 1:9646746/2‑92 (MQ=255)
aTGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCGGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGCTCTCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTgg > 1:9958138/1‑94 (MQ=255)
gCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGgtg < 2:3901941/94‑1 (MQ=255)
tAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGGAAACCTGGCGCTGGGTTACGCCGGCGTTTa > 2:9782241/1‑94 (MQ=255)
tAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTa > 1:2734041/1‑94 (MQ=255)
aaTGGATGCCGCCGACGCCCGGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTAc < 1:5400171/94‑1 (MQ=255)
aTGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACt > 2:7460348/1‑94 (MQ=255)
ggATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCg < 1:6981386/94‑1 (MQ=255)
aTGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAg > 2:1125476/1‑94 (MQ=255)
tGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGc < 1:10542136/94‑1 (MQ=255)
tGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGGGTTTACTCGAGc > 2:6205701/1‑94 (MQ=255)
ccgccgACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCtt < 1:863356/94‑1 (MQ=255)
cgccgACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTc > 1:4413817/1‑94 (MQ=255)
cgccgACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTc > 1:1100861/1‑94 (MQ=255)
cgccgACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTc > 1:6535552/1‑94 (MQ=255)
gccgACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTcc < 2:5042444/94‑1 (MQ=255)
ccgACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCt > 2:2623546/1‑94 (MQ=255)
cgacgaCCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTg < 1:2226189/94‑1 (MQ=255)
cgacgaCCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTg < 2:8663845/94‑1 (MQ=255)
cgacgaCCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTg > 2:3198629/1‑94 (MQ=255)
cgacgaCCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTg < 2:2695104/94‑1 (MQ=255)
acgacCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCg < 1:5223919/94‑1 (MQ=255)
cgacCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTTGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGt > 1:5902719/1‑94 (MQ=255)
gacCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGTTTCCTGCGTc > 1:3085928/1‑94 (MQ=255)
acCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCa > 2:4519924/1‑94 (MQ=255)
ccTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCAc > 1:10409301/1‑94 (MQ=255)
ccTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAAGCTGGCGGTGGGAGACGCTGGTGTTTACTCGAGATTCGTGCGGCAc > 2:940347/1‑94 (MQ=255)
cTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTAGGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACt < 1:3169577/94‑1 (MQ=255)
cTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACt < 2:9231318/94‑1 (MQ=255)
cTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACt > 2:4209385/1‑94 (MQ=255)
tGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACtg > 1:3002640/1‑94 (MQ=255)
tGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGGGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACtg > 2:6734244/1‑94 (MQ=255)
tGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCCCTGTGa > 2:3784691/1‑94 (MQ=255)
ggCGTCAGTTGAAGGGTCGGCGGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAACTTCCTGCGTCACTGTGa < 1:9383706/93‑1 (MQ=255)
cGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGaaa < 2:8415951/94‑1 (MQ=255)
gTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAc < 1:482351/94‑1 (MQ=255)
cGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggg > 1:8236235/1‑93 (MQ=255)
cGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggc < 1:6090395/94‑1 (MQ=255)
cGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggc < 1:6573693/94‑1 (MQ=255)
gTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggcg > 2:6280922/1‑94 (MQ=255)
gTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggcg < 2:1019402/94‑1 (MQ=255)
gTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggcg < 2:2470966/94‑1 (MQ=255)
tGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggcggc < 1:3821862/94‑1 (MQ=255)
gCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggcggcg < 2:5534491/94‑1 (MQ=255)
aGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACggcggcggc > 2:6040242/1‑94 (MQ=255)
aGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACggcggcggc > 1:1357981/1‑94 (MQ=255)
ggttCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGgcggcggcg < 2:1542952/91‑1 (MQ=255)
|
CCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGACCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGCGT > NC_000913/373813‑373994
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGCCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGACCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGCGTTAT > NC_000913/373811‑373997
|
TGCCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGG < SRR4302545.2224056/94‑1 (MQ=60)
CCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCC > SRR4302545.5820723/1‑94 (MQ=60)
CCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCC < SRR4302545.3932686/94‑1 (MQ=60)
CGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCG < SRR4302545.4119893/94‑1 (MQ=60)
CGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCG < SRR4302545.6978431/94‑1 (MQ=60)
CGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCG < SRR4302545.6978430/94‑1 (MQ=60)
CGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCG > SRR4302545.7987024/1‑94 (MQ=60)
CGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCG > SRR4302545.10495196/1‑94 (MQ=60)
GCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAAAGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGG < SRR4302545.7968529/94‑1 (MQ=60)
CCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGT < SRR4302545.3156399/94‑1 (MQ=60)
CCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGT > SRR4302545.7885469/1‑94 (MQ=60)
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CCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCT > SRR4302545.7104748/1‑94 (MQ=60)
CGACGGCCTGTTGCGTCGGTTACAGGATCGCCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTG < SRR4302545.6914993/94‑1 (MQ=60)
CGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGTATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTG < SRR4302545.6914994/94‑1 (MQ=60)
CGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTG > SRR4302545.7810739/1‑94 (MQ=60)
CGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTG < SRR4302545.2280506/94‑1 (MQ=60)
CGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTG > SRR4302545.558237/1‑94 (MQ=60)
CGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTG < SRR4302545.3613132/94‑1 (MQ=60)
gtcatcatgaTGCGTCCGATGCAGGATCGGCCGGTACGAGACGATCGCGAAACGCTGACGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGATTCCTGC < SRR4302545.7536936/84‑1 (MQ=60)
ACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCG < SRR4302545.5358547/94‑1 (MQ=60)
ACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCG < SRR4302545.6735211/94‑1 (MQ=60)
CGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTTGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGT > SRR4302545.6061850/1‑94 (MQ=60)
GACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGTTTCCTGCGTC > SRR4302545.3161838/1‑94 (MQ=60)
GACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTC > SRR4302545.3099104/1‑94 (MQ=60)
GACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTC > SRR4302545.3158315/1‑94 (MQ=60)
GACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTC > SRR4302545.7580165/1‑94 (MQ=60)
GACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTAGTGTTTACTTGAGCTTCCTGCGTC > SRR4302545.8229995/1‑94 (MQ=60)
GACCTGGTGCGTCCGTTGAAGGATCGGCCGGGACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTtcttgatctttctgcatc > SRR4302545.9846078/1‑76 (MQ=60)
ACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCC > SRR4302545.8156574/1‑94 (MQ=60)
ACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCA < SRR4302545.2893005/94‑1 (MQ=60)
CCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCAC < SRR4302545.4940500/94‑1 (MQ=60)
CCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCAC < SRR4302545.5707413/94‑1 (MQ=60)
CCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCAC > SRR4302545.10716103/1‑94 (MQ=60)
CTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTAGGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACT < SRR4302545.3247398/94‑1 (MQ=60)
CTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACT < SRR4302545.4356364/94‑1 (MQ=60)
TGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTG < SRR4302545.9729786/94‑1 (MQ=60)
TGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTG > SRR4302545.3075917/1‑94 (MQ=60)
GTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTG < SRR4302545.4485276/94‑1 (MQ=60)
TGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGA < SRR4302545.5141188/94‑1 (MQ=60)
TGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGA < SRR4302545.2416170/94‑1 (MQ=60)
GCTTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAA < SRR4302545.10176082/94‑1 (MQ=60)
GTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAC > SRR4302545.2573177/1‑94 (MQ=60)
GTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAC > SRR4302545.8551177/1‑94 (MQ=60)
GTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAC < SRR4302545.476549/94‑1 (MQ=60)
GTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAC > SRR4302545.1594595/1‑94 (MQ=60)
GTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAC < SRR4302545.493119/94‑1 (MQ=60)
TCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACG < SRR4302545.4088215/94‑1 (MQ=60)
TCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACG < SRR4302545.5785571/94‑1 (MQ=60)
TCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCCGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCCTCCCTGTGACACG > SRR4302545.3197292/1‑94 (MQ=60)
CCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGG < SRR4302545.10811722/94‑1 (MQ=60)
CCGTTGCAGGATCGCCCGGTACGAGTCGATCGCGAAGCGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCGCTGTGTTACGG < SRR4302545.9624585/94‑1 (MQ=60)
CGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGTTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGC < SRR4302545.3166583/94‑1 (MQ=60)
CGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGG > SRR4302545.8474686/1‑94 (MQ=60)
CGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGC < SRR4302545.6753593/94‑1 (MQ=60)
CGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGC < SRR4302545.6255846/94‑1 (MQ=60)
GTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCG > SRR4302545.6101078/1‑94 (MQ=60)
TTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGG < SRR4302545.10706395/94‑1 (MQ=60)
TGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGC > SRR4302545.6260897/1‑94 (MQ=60)
TGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGC < SRR4302545.3916993/94‑1 (MQ=60)
GCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCG < SRR4302545.10611361/94‑1 (MQ=60)
CAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGG > SRR4302545.3740926/1‑94 (MQ=60)
AGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGC > SRR4302545.1388344/1‑94 (MQ=60)
AGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGC < SRR4302545.8801928/94‑1 (MQ=60)
AGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGC > SRR4302545.5931516/1‑94 (MQ=60)
AGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGC > SRR4302545.5383908/1‑94 (MQ=60)
ATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGCG < SRR4302545.6126484/94‑1 (MQ=60)
TCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGCGT > SRR4302545.34135/1‑94 (MQ=60)
TCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGCGT < SRR4302545.10233744/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAGGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGCGTTAT < SRR4302545.7791626/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGCGTTAT > SRR4302545.9568546/1‑94 (MQ=60)
GCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGCGTTAT < SRR4302545.4512308/94‑1 (MQ=60)
|
TGCCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGACCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGCGTTAT > NC_000913/373811‑373997
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
