Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
373,904 |
A→G |
R271R (CGA→CGG) |
mhpE → |
4‑hydroxy‑2‑ketovalerate aldolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 373,904 | 0 | A | G | 100.0%
| 706.7
/ NA
| 207 | R271R (CGA→CGG) | mhpE | 4‑hydroxy‑2‑ketovalerate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (108/99); total (108/99) |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
CGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGACCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGC > NC_000913/373814‑373992
|
cgccgcGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGcc < 2:1860261/93‑1 (MQ=255)
gccgcGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCg > 1:2588781/1‑93 (MQ=255)
gccgcGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCg < 2:4893519/93‑1 (MQ=255)
gcgGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTa < 2:2633236/93‑1 (MQ=255)
gcgGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTa < 1:3833980/93‑1 (MQ=255)
cgGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTAc < 1:4400494/93‑1 (MQ=255)
cgGATAAACTGGGCTGGCAGCAGGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTAc < 2:5505904/93‑1 (MQ=255)
gATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGa > 1:6366164/1‑93 (MQ=255)
aTAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCTACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAg < 1:4666596/93‑1 (MQ=255)
tAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGt < 2:1618907/93‑1 (MQ=255)
aaaCTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTc > 1:82450/1‑93 (MQ=255)
aaaCTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTc > 2:4239985/1‑93 (MQ=255)
aaaCTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTc < 1:1597956/93‑1 (MQ=255)
aCTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGa > 1:4139730/1‑93 (MQ=255)
cTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGAt < 2:3624885/93‑1 (MQ=255)
tGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATc > 1:6117206/1‑93 (MQ=255)
tGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATc > 1:2225789/1‑93 (MQ=255)
tGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGGCGATc > 1:2340943/1‑93 (MQ=255)
ggCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATcgc < 1:1424280/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATcgcg > 1:5625844/1‑93 (MQ=255)
tGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATcgcgga > 1:2838094/1‑91 (MQ=255)
ggCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGaaa < 2:2825167/93‑1 (MQ=255)
gcagcaTGGGACCGATCTCTATGCATTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAc < 1:2699755/93‑1 (MQ=255)
cagcaTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGaaaac > 2:3416854/1‑91 (MQ=255)
agcaTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgc > 1:1501561/1‑93 (MQ=255)
gcaTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgct < 2:568276/93‑1 (MQ=255)
gcaTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgct < 2:4463023/93‑1 (MQ=255)
gcaTGGGACCGATCTCCAGGCTTTAATCGATCCCGCCGACGTCCTGGTGCGGCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCTATCGCCAAAcgct < 2:4012153/93‑1 (MQ=255)
caTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctg > 2:3191232/1‑93 (MQ=255)
aTGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctgg > 1:3121096/1‑93 (MQ=255)
tGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGCGTCGATCACGAAAcgctggg > 1:5727603/1‑92 (MQ=255)
tGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctggc > 1:4804834/1‑93 (MQ=255)
gggACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctggcg > 1:6274986/1‑93 (MQ=255)
ggACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctggcgc > 2:4195711/1‑93 (MQ=255)
ccGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAAcgctggcgctgg < 2:2440855/93‑1 (MQ=255)
ccGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGACGATCGCGCAAcgctggcgctgg > 1:1672625/1‑93 (MQ=255)
gATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGa > 1:2026301/1‑93 (MQ=255)
aTCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTggggt > 1:660473/1‑91 (MQ=255)
tctcTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGGTGGCGCTGGGGTa > 2:2737735/1‑93 (MQ=255)
tctcTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATa > 2:3957722/1‑93 (MQ=255)
tctcTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATa > 2:3136217/1‑93 (MQ=255)
ctctATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATAc < 1:5399190/93‑1 (MQ=255)
ctctATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATAc > 1:5857179/1‑93 (MQ=255)
ctATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGc > 2:652735/1‑93 (MQ=255)
ctATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGc > 2:5980123/1‑93 (MQ=255)
tATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGGCCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCt < 1:4919844/93‑1 (MQ=255)
tATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCt > 2:2927214/1‑93 (MQ=255)
tATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCt < 1:178542/93‑1 (MQ=255)
tATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCt < 1:111431/93‑1 (MQ=255)
tGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTTGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTgg > 2:3486586/1‑93 (MQ=255)
tGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTgg < 1:5966282/93‑1 (MQ=255)
gCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGgt < 2:1602024/93‑1 (MQ=255)
cGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGgtg > 1:1112990/1‑93 (MQ=255)
cGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGgtg < 2:1030924/93‑1 (MQ=255)
gTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGgtgt > 1:2685862/1‑93 (MQ=255)
ttAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGtt > 1:2984214/1‑93 (MQ=255)
tAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGttt < 1:1745150/93‑1 (MQ=255)
aTGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTAc > 2:79434/1‑93 (MQ=255)
tGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACt < 2:1356894/93‑1 (MQ=255)
tGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACt < 2:825865/93‑1 (MQ=255)
ggATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTc > 1:1144944/1‑93 (MQ=255)
ggATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTc < 2:5856392/93‑1 (MQ=255)
ggATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTc < 2:2283162/93‑1 (MQ=255)
gtGCCGCCGACGCCCTGGTGCGTCCTTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGa < 1:1220735/92‑1 (MQ=255)
aTGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGTTACGCTGGTGTTTACTCGa < 2:6278389/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGa < 1:1255756/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGGCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAg > 1:1794701/1‑93 (MQ=255)
gccgACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTc > 2:5277680/1‑93 (MQ=255)
ccgACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTcc < 1:3165517/93‑1 (MQ=255)
cgacgaCCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCt < 2:2690957/93‑1 (MQ=255)
cgacgaCCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCt < 2:3058856/93‑1 (MQ=255)
acgacCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGc > 2:2195493/1‑93 (MQ=255)
acgacCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGc > 2:1378767/1‑93 (MQ=255)
acgacCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGc < 1:3533248/93‑1 (MQ=255)
acgacCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGAGACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGc > 1:252659/1‑93 (MQ=255)
gacCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGt > 1:3408418/1‑93 (MQ=255)
gacCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGt > 1:4482049/1‑93 (MQ=255)
acCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTc > 2:3863520/1‑93 (MQ=255)
acCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTc > 1:5502579/1‑93 (MQ=255)
acCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTc < 2:4535214/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCAc < 1:5534466/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCAc > 2:3528473/1‑93 (MQ=255)
gCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGa > 2:2017475/1‑93 (MQ=255)
cGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGaa < 2:2522155/93‑1 (MQ=255)
cGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGaa < 2:5179854/93‑1 (MQ=255)
gTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGaaa < 2:4804834/93‑1 (MQ=255)
tCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAc < 1:5028620/93‑1 (MQ=255)
tCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAc > 2:511445/1‑93 (MQ=255)
tCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAc > 2:2989878/1‑93 (MQ=255)
ccGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcg < 2:2473795/93‑1 (MQ=255)
cGTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcgg < 2:3681571/93‑1 (MQ=255)
gTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggc > 1:4098917/1‑93 (MQ=255)
gTTGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggc < 2:729004/93‑1 (MQ=255)
ttGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggcg > 1:3610306/1‑93 (MQ=255)
tGCAGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggcgg < 2:5769469/93‑1 (MQ=255)
aGGATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggcggcgg > 1:1049028/1‑93 (MQ=255)
ggATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAAcggcggcggg > 1:5646331/1‑92 (MQ=255)
ggATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACggcggcggc > 2:3028577/1‑93 (MQ=255)
gATCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGgcggcggcg > 1:2152090/1‑93 (MQ=255)
aTCGGCCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGgcgc < 2:2082535/93‑1 (MQ=255)
|
CGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGACCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGC > NC_000913/373814‑373992
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGCCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGACCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGCGTTAT > NC_000913/373811‑373997
|
TGCCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGG > SRR4302537.5325093/1‑94 (MQ=60)
TGCCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGG < SRR4302537.139482/94‑1 (MQ=60)
GCCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGC > SRR4302537.4789626/1‑94 (MQ=60)
CCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCC < SRR4302537.1799984/94‑1 (MQ=60)
CCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCC < SRR4302537.5486669/94‑1 (MQ=60)
CCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTAAGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCC > SRR4302537.3492276/1‑94 (MQ=60)
CGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCG > SRR4302537.2606897/1‑94 (MQ=60)
CGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCG > SRR4302537.2211503/1‑94 (MQ=60)
GCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTAC < SRR4302537.3860852/94‑1 (MQ=60)
GCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTAC > SRR4302537.1120822/1‑94 (MQ=60)
CGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACG > SRR4302537.2574425/1‑94 (MQ=60)
CGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGGCCGGTACG < SRR4302537.4430861/94‑1 (MQ=60)
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|
TGCCGCCGCGGATAAACTGGGCTGGCAGCATGGGACCGATCTCTATGCGTTAATGGATGCCGCCGACGACCTGGTGCGTCCGTTGCAGGATCGACCGGTACGAGTCGATCGCGAAACGCTGGCGCTGGGATACGCTGGTGTTTACTCGAGCTTCCTGCGTCACTGTGAAACGGCGGCGGCGCGTTAT > NC_000913/373811‑373997
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
