Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
647 |
270.1 |
21258240 |
98.4% |
20918108 |
94.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
643,426 |
A→G |
G267G (GGT→GGC) |
rna ← |
RNase I |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 643,426 | 0 | A | G | 99.0%
| 1386.8
/ ‑2.0
| 403 | G267G (GGT→GGC) | rna | RNase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/4); new base G (196/203); total (196/207) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 422 total aligned reads displayed.
GGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAACCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGCG > NC_000913/643333‑643516
|
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aTTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGccc > 2:375889/1‑94 (MQ=255)
aTTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGccc > 1:2175033/1‑94 (MQ=255)
tCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAACTCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGc < 1:4706813/94‑1 (MQ=255)
tCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGc > 1:9375693/1‑94 (MQ=255)
ccTAAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAAACGCGTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAACCCGCt < 2:1579967/94‑1 (MQ=255)
cTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCtt < 2:6910588/94‑1 (MQ=255)
cTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCtt > 2:3035368/1‑94 (MQ=255)
cTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCtt > 2:10365618/1‑94 (MQ=255)
cTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCtt < 1:5614785/94‑1 (MQ=255)
aaTGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTat < 2:2067319/94‑1 (MQ=255)
aaTGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTat > 1:637929/1‑94 (MQ=255)
aTGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTatc < 1:2537420/94‑1 (MQ=255)
aTGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTatc > 2:4491337/1‑94 (MQ=255)
gCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTatcaa > 2:2359708/1‑94 (MQ=255)
cAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTatcaat > 1:5134223/1‑94 (MQ=255)
cgcATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATcac < 2:3332339/94‑1 (MQ=255)
gcATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATcaca < 2:1934193/94‑1 (MQ=255)
cATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACaa > 2:4687682/1‑94 (MQ=255)
aTTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACaaa > 1:8454104/1‑94 (MQ=255)
aTTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACaaa > 2:6491633/1‑94 (MQ=255)
aTTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACaaa > 1:1540755/1‑94 (MQ=255)
ttATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAg < 2:758852/94‑1 (MQ=255)
tATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAgg < 2:6274777/94‑1 (MQ=255)
tATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAgg < 2:4296604/94‑1 (MQ=255)
aTGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGt < 1:10026221/94‑1 (MQ=255)
tGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGtt > 1:9172336/1‑94 (MQ=255)
tGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGtt > 1:10232519/1‑94 (MQ=255)
gTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGttt > 2:1855345/1‑94 (MQ=255)
tataAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGtttt < 2:3588654/94‑1 (MQ=255)
tataAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGtttt < 2:1222181/94‑1 (MQ=255)
tataAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGtttt < 2:6075064/94‑1 (MQ=255)
tataAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGtttt < 2:3426461/94‑1 (MQ=255)
ataAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTg < 2:5423894/94‑1 (MQ=255)
ataAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTg > 1:8050180/1‑94 (MQ=255)
ataAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTg < 1:1787350/94‑1 (MQ=255)
taAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGc > 1:2916874/1‑94 (MQ=255)
aaTCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCca < 2:9460674/94‑1 (MQ=255)
ttAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGt < 2:8361605/94‑1 (MQ=255)
ttAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGt < 2:5248793/94‑1 (MQ=255)
tAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGtt > 2:8477191/1‑94 (MQ=255)
aaTCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTa < 2:7967577/94‑1 (MQ=255)
aaTCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTa < 2:5502631/94‑1 (MQ=255)
aaTCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTa < 2:9807575/94‑1 (MQ=255)
tCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTAcc < 1:6521508/94‑1 (MQ=255)
gCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACGGTTACCTg > 2:3137314/1‑94 (MQ=255)
gCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTg < 1:3538969/94‑1 (MQ=255)
cTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTggg > 2:281656/1‑94 (MQ=255)
gTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAg > 1:8605859/1‑94 (MQ=255)
gTTTATGGAAGACGAATTAGCGGGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGACACAGTTACCTGGGTGAg > 2:6619659/1‑94 (MQ=255)
tttATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAgg < 1:595244/94‑1 (MQ=255)
tATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGtt < 1:6655255/94‑1 (MQ=255)
aTGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTtg > 1:2404313/1‑94 (MQ=255)
tGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTtgt < 2:9669434/94‑1 (MQ=255)
ggAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTtgtg < 2:10070794/94‑1 (MQ=255)
ggAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTtgtg < 1:7172795/94‑1 (MQ=255)
aGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCa > 2:581144/1‑94 (MQ=255)
gACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCaa > 2:1866800/1‑94 (MQ=255)
cGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGa > 1:3115297/1‑94 (MQ=255)
gAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGaa > 2:1016565/1‑94 (MQ=255)
aaTTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAAt < 1:1132557/94‑1 (MQ=255)
aTTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTCTCAATCACAAAGGGTTTGCCACAGTTACCTGGGGGAGGTTGTGGCAAGAATg > 2:6767150/1‑94 (MQ=255)
ttAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGa > 2:5691268/1‑94 (MQ=255)
tAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAg > 1:6925735/1‑94 (MQ=255)
tAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAg < 1:6113128/94‑1 (MQ=255)
cGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGttt < 1:2804390/94‑1 (MQ=255)
cGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGttt < 1:5425554/94‑1 (MQ=255)
cGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGttt > 1:7618934/1‑94 (MQ=255)
cGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGttt > 1:5851058/1‑94 (MQ=255)
gtgtTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTg > 1:10465966/1‑94 (MQ=255)
tgtTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGc > 2:1375861/1‑94 (MQ=255)
gtTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCa < 2:8927687/94‑1 (MQ=255)
ttttGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAg < 2:1062727/94‑1 (MQ=255)
ttGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGaa > 1:7468692/1‑94 (MQ=255)
tGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGaaa < 1:486574/94‑1 (MQ=255)
tGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGaaa < 1:5659664/94‑1 (MQ=255)
tGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGaaa > 2:8981176/1‑94 (MQ=255)
gTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAg < 1:8925359/94‑1 (MQ=255)
gaaaTCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGc < 2:9177721/93‑1 (MQ=255)
aaaTCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCCGAAAgag > 2:3989446/1‑92 (MQ=255)
aaaTCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCg < 1:814936/94‑1 (MQ=255)
aaaTCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCg < 2:8134073/94‑1 (MQ=255)
aaaTCAGATGATTAAGAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCg < 1:9852864/94‑1 (MQ=255)
tCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAg > 2:4949653/1‑94 (MQ=255)
tCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAg < 1:1479066/94‑1 (MQ=255)
aGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCg < 1:1015496/94‑1 (MQ=255)
aGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCg < 2:5395204/94‑1 (MQ=255)
atgatTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGtt < 2:10559569/94‑1 (MQ=255)
tgatTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTg > 1:3892168/1‑94 (MQ=255)
tgatTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTg < 1:363252/94‑1 (MQ=255)
atTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGAt < 2:2494069/94‑1 (MQ=255)
atTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGAt < 2:8064641/94‑1 (MQ=255)
ttAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATg > 2:7301789/1‑94 (MQ=255)
ttAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATg < 2:1031182/94‑1 (MQ=255)
ttAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATg < 1:3437378/94‑1 (MQ=255)
taatagCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGTCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATgg < 1:7299491/94‑1 (MQ=255)
aatagCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATggg > 1:8308622/1‑93 (MQ=255)
aatagCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGc < 2:2166683/94‑1 (MQ=255)
aatagCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGc > 1:43054/1‑94 (MQ=255)
atagCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGCg < 2:7787045/94‑1 (MQ=255)
|
GGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAACCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGCG > NC_000913/643333‑643516
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 206 total aligned reads displayed.
GGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAACCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGCGTCA > NC_000913/643333‑643519
|
GGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAG > SRR4302545.8295424/1‑94 (MQ=60)
GGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAG < SRR4302545.1944549/94‑1 (MQ=60)
GGAATGCATCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAA < SRR4302545.1724234/94‑1 (MQ=60)
GAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGC > SRR4302545.1898534/1‑94 (MQ=60)
AATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCC < SRR4302545.9536318/94‑1 (MQ=60)
ATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCC > SRR4302545.2228202/1‑94 (MQ=60)
ATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCC > SRR4302545.5884260/1‑94 (MQ=60)
ATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCC < SRR4302545.10468823/94‑1 (MQ=60)
TTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCG < SRR4302545.761456/94‑1 (MQ=60)
TTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCG > SRR4302545.10179599/1‑94 (MQ=60)
TTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCG > SRR4302545.6455869/1‑94 (MQ=60)
TCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAACTCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGC < SRR4302545.4826750/94‑1 (MQ=60)
TCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGC < SRR4302545.3950769/94‑1 (MQ=60)
TCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGC < SRR4302545.4053054/94‑1 (MQ=60)
TCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGC > SRR4302545.9650800/1‑94 (MQ=60)
TCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGGGTATTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGC > SRR4302545.3402517/1‑94 (MQ=60)
CCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTGAATCAGATGATTAATAGCCCGCT < SRR4302545.2978017/94‑1 (MQ=60)
CCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCT < SRR4302545.2549177/94‑1 (MQ=60)
CCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCT < SRR4302545.10251779/94‑1 (MQ=60)
CTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTT > SRR4302545.109991/1‑94 (MQ=60)
CTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTT < SRR4302545.5913270/94‑1 (MQ=60)
CTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTT < SRR4302545.5763875/94‑1 (MQ=60)
CTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTT < SRR4302545.6824029/94‑1 (MQ=60)
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AATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTAT > SRR4302545.7841839/1‑94 (MQ=60)
AATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTAT > SRR4302545.652193/1‑94 (MQ=60)
AATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTAT < SRR4302545.5860239/94‑1 (MQ=60)
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CAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAAT > SRR4302545.5266030/1‑94 (MQ=60)
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GCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCA < SRR4302545.476564/94‑1 (MQ=60)
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CGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGCTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCAC < SRR4302545.5635091/94‑1 (MQ=60)
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TAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGC > SRR4302545.2987647/1‑94 (MQ=60)
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ATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCAC < SRR4302545.5152439/94‑1 (MQ=60)
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CTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAG > SRR4302545.8529624/1‑94 (MQ=60)
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AATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGCGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCATAAAGGTTTTGCCACAGTTA > SRR4302545.2717581/1‑94 (MQ=60)
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ATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAACCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTAC < SRR4302545.7640283/94‑1 (MQ=60)
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TCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACC < SRR4302545.6699917/94‑1 (MQ=60)
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GCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTG > SRR4302545.9152930/1‑94 (MQ=60)
GCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTG < SRR4302545.3625606/94‑1 (MQ=60)
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CCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGG > SRR4302545.617173/1‑94 (MQ=60)
CCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGG > SRR4302545.5782505/1‑94 (MQ=60)
CCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCACGCTTTATCAATCACAAAGGATTTGACACAGTTACCTCG > SRR4302545.5782506/1‑94 (MQ=60)
CTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGG < SRR4302545.8408892/94‑1 (MQ=60)
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TGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTG < SRR4302545.566329/94‑1 (MQ=60)
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GTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAG > SRR4302545.8854903/1‑94 (MQ=60)
GTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAG < SRR4302545.3036157/94‑1 (MQ=60)
TTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGG < SRR4302545.608677/94‑1 (MQ=60)
TTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGG > SRR4302545.10265182/1‑94 (MQ=60)
TTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGT > SRR4302545.3597479/1‑94 (MQ=60)
TATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTT < SRR4302545.6837730/94‑1 (MQ=60)
TATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTT < SRR4302545.7721193/94‑1 (MQ=60)
TATGGAAGAAGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTT > SRR4302545.10411354/1‑94 (MQ=60)
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ATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTG < SRR4302545.9045164/94‑1 (MQ=60)
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GAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGG < SRR4302545.6564325/94‑1 (MQ=60)
GAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGG > SRR4302545.2590133/1‑94 (MQ=60)
GAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGG > SRR4302545.3716124/1‑94 (MQ=60)
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AGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCA < SRR4302545.230592/94‑1 (MQ=60)
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CGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGA > SRR4302545.3192123/1‑94 (MQ=60)
GAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAA < SRR4302545.3615308/94‑1 (MQ=60)
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ATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATG < SRR4302545.2102861/94‑1 (MQ=60)
ATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATG > SRR4302545.364808/1‑94 (MQ=60)
ATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATG < SRR4302545.5677980/94‑1 (MQ=60)
TTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGA < SRR4302545.7077120/94‑1 (MQ=60)
TTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGA > SRR4302545.8325733/1‑94 (MQ=60)
TAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAG < SRR4302545.6279320/94‑1 (MQ=60)
TAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAG > SRR4302545.7116564/1‑94 (MQ=60)
AGCGTGTTTTGTAAATCAGATTATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGT > SRR4302545.4842989/1‑94 (MQ=60)
AGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGT > SRR4302545.8135366/1‑94 (MQ=60)
AGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGT > SRR4302545.7686009/1‑94 (MQ=60)
AGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGT < SRR4302545.5018743/94‑1 (MQ=60)
GCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTT < SRR4302545.7812375/94‑1 (MQ=60)
TGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTT < SRR4302545.956271/94‑1 (MQ=60)
CGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTT < SRR4302545.5567394/94‑1 (MQ=60)
CGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTT < SRR4302545.2873714/94‑1 (MQ=60)
CGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTT < SRR4302545.7504765/94‑1 (MQ=60)
CGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTT < SRR4302545.2872247/94‑1 (MQ=60)
CGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTT < SRR4302545.2821978/94‑1 (MQ=60)
CGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTT > SRR4302545.7834462/1‑94 (MQ=60)
CGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTT > SRR4302545.6008636/1‑94 (MQ=60)
CGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTT < SRR4302545.721002/94‑1 (MQ=60)
GTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTG > SRR4302545.10774516/1‑94 (MQ=60)
GTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTG > SRR4302545.10774520/1‑94 (MQ=60)
GTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTG > SRR4302545.2023612/1‑94 (MQ=60)
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TTTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGA > SRR4302545.792267/1‑94 (MQ=60)
TTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAA > SRR4302545.7680144/1‑94 (MQ=60)
TTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAA > SRR4302545.3736433/1‑94 (MQ=60)
TTGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAA < SRR4302545.3745283/94‑1 (MQ=60)
TGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAA > SRR4302545.9864774/1‑94 (MQ=60)
TGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAA < SRR4302545.497431/94‑1 (MQ=60)
TGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAA < SRR4302545.5810608/94‑1 (MQ=60)
TGTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAA > SRR4302545.6581522/1‑94 (MQ=60)
GTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAG < SRR4302545.9184850/94‑1 (MQ=60)
GTAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAG > SRR4302545.701019/1‑94 (MQ=60)
TAAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGCTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGC > SRR4302545.6957105/1‑94 (MQ=60)
AAATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCG < SRR4302545.833214/94‑1 (MQ=60)
AAATCAGATGATTAAGAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCG < SRR4302545.10145689/94‑1 (MQ=60)
AATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGG < SRR4302545.2572013/94‑1 (MQ=60)
ATCAGATGATTATTAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGA > SRR4302545.6337548/1‑94 (MQ=60)
ATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGA > SRR4302545.6040566/1‑94 (MQ=60)
ATCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGA > SRR4302545.6040565/1‑94 (MQ=60)
TCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAG < SRR4302545.2531722/94‑1 (MQ=60)
TCAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAG < SRR4302545.1513137/94‑1 (MQ=60)
CAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAATAATGAGTTTGCTGAAAGCGGAGC > SRR4302545.6038095/1‑94 (MQ=60)
CAGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGG > SRR4302545.9193928/1‑94 (MQ=60)
AGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCG < SRR4302545.671386/94‑1 (MQ=60)
AGATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCG < SRR4302545.1037896/94‑1 (MQ=60)
GATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGT < SRR4302545.9214530/94‑1 (MQ=60)
ATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTT < SRR4302545.2919807/94‑1 (MQ=60)
ATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTT > SRR4302545.7126753/1‑94 (MQ=60)
ATGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTT < SRR4302545.1073640/94‑1 (MQ=60)
TGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTG < SRR4302545.371173/94‑1 (MQ=60)
TGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTG < SRR4302545.1254866/94‑1 (MQ=60)
TGATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTG > SRR4302545.3989340/1‑94 (MQ=60)
GATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGA > SRR4302545.10519381/1‑94 (MQ=60)
ATTAATATCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGTTTGTGGCAAGAATGAATTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGAT < SRR4302545.8752056/94‑1 (MQ=60)
ATTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGAT < SRR4302545.8752055/94‑1 (MQ=60)
TTAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATG < SRR4302545.3521413/94‑1 (MQ=60)
TAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGTCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGG < SRR4302545.7504192/94‑1 (MQ=60)
TAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGG > SRR4302545.481312/1‑94 (MQ=60)
TAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGG > SRR4302545.9299222/1‑94 (MQ=60)
TAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGG > SRR4302545.8326176/1‑94 (MQ=60)
TAATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGG > SRR4302545.8326175/1‑94 (MQ=60)
AATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGG > SRR4302545.8549387/1‑94 (MQ=60)
AATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGC < SRR4302545.5793694/94‑1 (MQ=60)
AATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGC > SRR4302545.44053/1‑94 (MQ=60)
AATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGC > SRR4302545.4091510/1‑94 (MQ=60)
AATAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGC < SRR4302545.7421574/94‑1 (MQ=60)
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TAGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGCGT < SRR4302545.851899/94‑1 (MQ=60)
AGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGCGTC < SRR4302545.1740610/94‑1 (MQ=60)
AGCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGCGTC < SRR4302545.10365658/94‑1 (MQ=60)
GCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGCGTCA > SRR4302545.3915020/1‑94 (MQ=60)
GCCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGCGTCA > SRR4302545.10654546/1‑94 (MQ=60)
|
GGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTGTTTTGTAAATCAGATGATTAATAACCCGCTTTATCAATCACAAAGGTTTTGCCACAGTTACCTGGGTGAGGTTGTGGCAAGAATGAGTTTGCAGAAAGCGGAGCGTTGATGGCGTCA > NC_000913/643333‑643519
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
