Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F1 I1 R1
|
647 |
270.1 |
21258240 |
98.4% |
20918108 |
94.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
RA |
NC_000913 |
704,236 |
T→C |
L357S (TTG→TCG) |
nagE → |
PTS system, N‑acetylglucosamine‑specific enzyme IIABC |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | NC_000913 | 704,236 | 0 | T | C | 99.7%
| 1009.1
/ ‑6.0
| 290 | L357S (TTG→TCG) | nagE | PTS system, N‑acetylglucosamine‑specific enzyme IIABC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (187/102); minor base A (0/1); total (187/103) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-01 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
ATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGA > NC_000913/704145‑704326
|
gTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGtt < 1:8389570/94‑1 (MQ=255)
gTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGtt > 1:5754886/1‑94 (MQ=255)
ataACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGGTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTAt < 2:1732348/94‑1 (MQ=255)
ataACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTAt > 1:8874532/1‑94 (MQ=255)
ataACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTAt < 2:7833301/94‑1 (MQ=255)
taACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATc > 2:10605205/1‑94 (MQ=255)
aaCCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATcc < 1:7055329/94‑1 (MQ=255)
gccggccgCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATg > 1:7941287/1‑94 (MQ=255)
gccggccgCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATg > 1:2669652/1‑94 (MQ=255)
cggccgCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGtt < 1:6810957/94‑1 (MQ=255)
gccgccAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCa < 1:10479718/94‑1 (MQ=255)
gccgccAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCa > 2:2525813/1‑94 (MQ=255)
ccgccAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCaa < 2:2166084/94‑1 (MQ=255)
ccgccAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCaa > 1:10077991/1‑94 (MQ=255)
cgccAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAc > 2:5958459/1‑94 (MQ=255)
cgccAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAc > 2:397292/1‑94 (MQ=255)
cgccAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAc > 1:1787881/1‑94 (MQ=255)
cgccAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAc > 2:6355155/1‑94 (MQ=255)
gccagccaGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAcc > 1:8454002/1‑94 (MQ=255)
gccagccaGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAcc > 1:908947/1‑94 (MQ=255)
ccagccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCt > 1:6134318/1‑94 (MQ=255)
cagccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTg > 2:6353385/1‑94 (MQ=255)
agccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGa > 2:10385963/1‑94 (MQ=255)
gccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaa < 2:4374292/94‑1 (MQ=255)
gccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaa > 2:129372/1‑94 (MQ=255)
cagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaaaa > 2:9845094/1‑94 (MQ=255)
cagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaaaa > 2:6259093/1‑94 (MQ=255)
cagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaaaa > 2:8002832/1‑94 (MQ=255)
cagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaaaa > 2:6592864/1‑94 (MQ=255)
cagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaaaa < 1:5398065/94‑1 (MQ=255)
agAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAAc < 2:10120123/94‑1 (MQ=255)
agAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAAc < 2:9653962/94‑1 (MQ=255)
aaCGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGc > 1:6279741/1‑94 (MQ=255)
aCGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGcc > 2:5788901/1‑94 (MQ=255)
cGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCg > 2:9578655/1‑94 (MQ=255)
gTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCgg > 2:910547/1‑94 (MQ=255)
tCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCggg < 1:4830253/94‑1 (MQ=255)
cTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGt > 1:2239682/1‑94 (MQ=255)
tGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTc > 1:5996074/1‑94 (MQ=255)
tGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCATCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTc > 2:3163644/1‑94 (MQ=255)
ggATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGTGTCg > 1:4468568/1‑94 (MQ=255)
ggATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTAGGTTATCCGCATCTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCg < 2:1893578/94‑1 (MQ=255)
ggATGCTGCTGGGGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAGCATGAAAACGCCGGGTCg > 1:6544530/1‑94 (MQ=255)
gATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCgg > 1:9152335/1‑93 (MQ=255)
gATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGt > 2:7264281/1‑94 (MQ=255)
gctgctGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGaa > 1:1885503/1‑94 (MQ=255)
gtgctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGCTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAg < 1:6652098/93‑1 (MQ=255)
ctgctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAg > 1:4169219/1‑94 (MQ=255)
tgctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGa < 2:7126325/94‑1 (MQ=255)
tgctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGa < 1:6959189/94‑1 (MQ=255)
ctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATa > 2:5686055/1‑94 (MQ=255)
ctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATa > 2:488805/1‑94 (MQ=255)
ggTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATaaa < 2:8395682/94‑1 (MQ=255)
gTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATaacg > 2:5234668/1‑92 (MQ=255)
tGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaaga > 1:210916/1‑94 (MQ=255)
tGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaaga > 2:4070384/1‑94 (MQ=255)
tGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaaga < 1:5562689/94‑1 (MQ=255)
aTGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaagaag < 1:6595722/94‑1 (MQ=255)
aTGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaagaag > 1:3781120/1‑94 (MQ=255)
tGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAagaaga < 2:3543913/94‑1 (MQ=255)
gggCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGAc < 2:7495873/94‑1 (MQ=255)
gggCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGAc > 2:785891/1‑94 (MQ=255)
ggCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACg > 2:6707782/1‑94 (MQ=255)
gCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACga > 2:836252/1‑94 (MQ=255)
gCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACga < 1:2536407/94‑1 (MQ=255)
cGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACgag > 2:336420/1‑94 (MQ=255)
gTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACgaga > 1:8157147/1‑94 (MQ=255)
gTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGGGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTGGTGAAGATAAAGAAGACgaga > 2:2628221/1‑94 (MQ=255)
gTTATCGTCTTCGCTATGTACTTCGTTGTTTTCAGTTCGGTTATCCGCAGGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACgaga < 1:10499603/94‑1 (MQ=255)
ttATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGAt > 2:3058948/1‑94 (MQ=255)
ttATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGAt < 1:8590031/94‑1 (MQ=255)
aTCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCg < 1:4969205/94‑1 (MQ=255)
cttcttCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGtt > 1:3741496/1‑94 (MQ=255)
cGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaa > 1:3948256/1‑94 (MQ=255)
gCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaag > 1:9696770/1‑94 (MQ=255)
cTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaaga < 2:9428343/94‑1 (MQ=255)
tATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGGTAAAGAAGACGCGATCGTTACTgaagaa > 2:4154647/1‑94 (MQ=255)
cTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGcc < 2:2057001/94‑1 (MQ=255)
tACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCa < 2:9311505/94‑1 (MQ=255)
aCTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCaa > 2:8771211/1‑94 (MQ=255)
cTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAGCTGAAAACGCCGGGGCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAAc > 1:10351371/1‑94 (MQ=255)
cTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAAc < 1:786731/94‑1 (MQ=255)
tCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAg > 2:1436938/1‑94 (MQ=255)
cGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGc > 1:2896832/1‑94 (MQ=255)
gtggtgTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCa < 2:4584450/94‑1 (MQ=255)
gtggtgTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCa > 1:1453978/1‑94 (MQ=255)
ggtgTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAac < 1:2555854/94‑1 (MQ=255)
ggtgTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAac > 2:3775630/1‑94 (MQ=255)
tgtgCAGTGCGGTGATCCGCATGGTCAACCTGAAAACGCCTGGGCGTTAAGAGAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAacac < 1:7196364/94‑1 (MQ=255)
tgtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATTGTTACTTAAGAAGCCAACAGCAacac > 1:7643017/1‑94 (MQ=255)
gtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACt > 1:8803035/1‑94 (MQ=255)
gtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACt > 1:5210978/1‑94 (MQ=255)
gtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACt > 2:8263664/1‑94 (MQ=255)
gtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACt > 1:4631302/1‑94 (MQ=255)
ttCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAAGAGCAACACTg > 1:3164302/1‑94 (MQ=255)
ttCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTg < 2:8534249/94‑1 (MQ=255)
ttCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTg > 1:1204637/1‑94 (MQ=255)
cAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTgaa < 1:1841282/94‑1 (MQ=255)
gTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGTGATCGTTACCGAAGAAGCCAACAGCAACACTgaaga > 1:4791197/1‑94 (MQ=255)
gTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTgaaga < 1:7316605/94‑1 (MQ=255)
|
ATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGA > NC_000913/704145‑704326
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAAGG > NC_000913/704143‑704329
|
TGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTC > SRR4302545.8830960/1‑94 (MQ=60)
TGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTC > SRR4302545.630394/1‑94 (MQ=60)
GATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCG < SRR4302545.1766546/94‑1 (MQ=60)
GATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCG > SRR4302545.3858833/1‑94 (MQ=60)
ATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGG > SRR4302545.5675355/1‑94 (MQ=60)
GTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTT > SRR4302545.5909468/1‑94 (MQ=60)
GTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTT < SRR4302545.8632421/94‑1 (MQ=60)
GTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTT > SRR4302545.5909469/1‑94 (MQ=60)
TATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTA > SRR4302545.6650920/1‑94 (MQ=60)
ATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTAT > SRR4302545.9132364/1‑94 (MQ=60)
ATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGGGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTAT > SRR4302545.5724914/1‑94 (MQ=60)
AACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCC > SRR4302545.8096196/1‑94 (MQ=60)
AACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCC < SRR4302545.4747870/94‑1 (MQ=60)
AACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCC < SRR4302545.7250369/94‑1 (MQ=60)
AACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCC < SRR4302545.7840569/94‑1 (MQ=60)
ACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCG > SRR4302545.6072555/1‑94 (MQ=60)
ACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCG > SRR4302545.6745764/1‑94 (MQ=60)
ATGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCA > SRR4302545.7554485/1‑94 (MQ=60)
GCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATG > SRR4302545.2733961/1‑94 (MQ=60)
GCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATG > SRR4302545.8166903/1‑94 (MQ=60)
GCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATG < SRR4302545.5347347/94‑1 (MQ=60)
CCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGT > SRR4302545.8693719/1‑94 (MQ=60)
CGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTT < SRR4302545.6998132/94‑1 (MQ=60)
CGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTT < SRR4302545.6998137/94‑1 (MQ=60)
TGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTC > SRR4302545.9003567/1‑94 (MQ=60)
GGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTAACCGCATGTTC < SRR4302545.7239282/94‑1 (MQ=60)
GCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCA > SRR4302545.826985/1‑94 (MQ=60)
GCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCA < SRR4302545.10788665/94‑1 (MQ=60)
CCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAA > SRR4302545.10376135/1‑94 (MQ=60)
CGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAC > SRR4302545.1830915/1‑94 (MQ=60)
GCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACC > SRR4302545.929312/1‑94 (MQ=60)
GCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACC > SRR4302545.8698365/1‑94 (MQ=60)
CCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCT > SRR4302545.6301117/1‑94 (MQ=60)
CCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCT > SRR4302545.790687/1‑94 (MQ=60)
CCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCT > SRR4302545.3109607/1‑94 (MQ=60)
CCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCT < SRR4302545.10490833/94‑1 (MQ=60)
AGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGA > SRR4302545.7445102/1‑94 (MQ=60)
AGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTAGGTTATCCACATGTTGAACCTGA > SRR4302545.9192275/1‑94 (MQ=60)
GCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAA < SRR4302545.7322343/94‑1 (MQ=60)
CCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAA > SRR4302545.10792446/1‑94 (MQ=60)
CAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTTGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGCTCAACCTGAAAA > SRR4302545.164466/1‑94 (MQ=60)
CAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAA > SRR4302545.1913396/1‑94 (MQ=60)
CAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAA < SRR4302545.5538744/94‑1 (MQ=60)
AGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCATCCTGACAAC > SRR4302545.4742261/1‑94 (MQ=60)
AGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAAC > SRR4302545.4931941/1‑94 (MQ=60)
AGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAAC < SRR4302545.3870840/94‑1 (MQ=60)
AGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAAC < SRR4302545.4844827/94‑1 (MQ=60)
AACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGC > SRR4302545.6450931/1‑94 (MQ=60)
GTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGG > SRR4302545.9358475/1‑94 (MQ=60)
TCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGG < SRR4302545.4953508/94‑1 (MQ=60)
CTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGT > SRR4302545.2294272/1‑94 (MQ=60)
CTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGT > SRR4302545.3995569/1‑94 (MQ=60)
CTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGT > SRR4302545.10881868/1‑94 (MQ=60)
TGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCTCTATCTTCTTCGTGGTGTTCAGTTCGGATATTCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTC > SRR4302545.10614897/1‑94 (MQ=60)
TGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTC < SRR4302545.10679132/94‑1 (MQ=60)
TGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTC > SRR4302545.6157892/1‑94 (MQ=60)
TGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTGCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTC < SRR4302545.10679133/94‑1 (MQ=60)
GGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGTGTCG > SRR4302545.4582584/1‑94 (MQ=60)
GGATGCTGCTGGGGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAGCATGAAAACGCCGGGTCG > SRR4302545.6723560/1‑94 (MQ=60)
GATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGT > SRR4302545.4933624/1‑94 (MQ=60)
GATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGG > SRR4302545.9421045/1‑94 (MQ=60)
ATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTG > SRR4302545.7488070/1‑94 (MQ=60)
ATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTG > SRR4302545.529807/1‑94 (MQ=60)
TGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGA < SRR4302545.2663068/94‑1 (MQ=60)
GCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAA > SRR4302545.1931902/1‑94 (MQ=60)
GCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAA < SRR4302545.4054006/94‑1 (MQ=60)
GTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGCTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAG < SRR4302545.6834492/94‑1 (MQ=60)
CTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAG > SRR4302545.4273262/1‑94 (MQ=60)
CTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAG > SRR4302545.2991596/1‑94 (MQ=60)
TGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGA < SRR4302545.7151035/94‑1 (MQ=60)
GCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGAT < SRR4302545.6238483/94‑1 (MQ=60)
TGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAA < SRR4302545.2516461/94‑1 (MQ=60)
TGTGAGGGGCGTGATCTTCTTCGCTATCTACTGCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCCTGAAGATAAA < SRR4302545.1371740/94‑1 (MQ=60)
TGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCGTGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGA > SRR4302545.8166600/1‑94 (MQ=60)
TGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGA > SRR4302545.4321010/1‑94 (MQ=60)
TGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGA > SRR4302545.6268635/1‑94 (MQ=60)
TGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGA < SRR4302545.5709894/94‑1 (MQ=60)
TGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGA < SRR4302545.5709890/94‑1 (MQ=60)
TGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGA > SRR4302545.1835236/1‑94 (MQ=60)
TGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGA > SRR4302545.215292/1‑94 (MQ=60)
GATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAA > SRR4302545.725900/1‑94 (MQ=60)
ATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAG > SRR4302545.5127975/1‑94 (MQ=60)
ATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAG < SRR4302545.6776286/94‑1 (MQ=60)
ATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAG > SRR4302545.2251276/1‑94 (MQ=60)
ATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAG > SRR4302545.3874660/1‑94 (MQ=60)
TGGGCTTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGA < SRR4302545.4343929/94‑1 (MQ=60)
GGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGAC > SRR4302545.2293987/1‑94 (MQ=60)
GGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGAC < SRR4302545.9312976/94‑1 (MQ=60)
GGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGAC < SRR4302545.10899878/94‑1 (MQ=60)
GGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACG > SRR4302545.1268696/1‑94 (MQ=60)
GCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGA < SRR4302545.2597656/94‑1 (MQ=60)
CGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAG < SRR4302545.679551/94‑1 (MQ=60)
GTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGA > SRR4302545.8392943/1‑94 (MQ=60)
GTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGA < SRR4302545.10809084/94‑1 (MQ=60)
GTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGA > SRR4302545.3467602/1‑94 (MQ=60)
GTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGA > SRR4302545.1873866/1‑94 (MQ=60)
GTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGA > SRR4302545.2604996/1‑94 (MQ=60)
GTTATCGTCTTCGCTATGTACTTCGTTGTTTTCAGTTCGGTTATCCGCAGGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGA < SRR4302545.10809085/94‑1 (MQ=60)
TTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGAT < SRR4302545.8838568/94‑1 (MQ=60)
TTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGAT > SRR4302545.8433882/1‑94 (MQ=60)
TTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGAT < SRR4302545.8800526/94‑1 (MQ=60)
TTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGAC > SRR4302545.10220496/1‑94 (MQ=60)
TATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATC < SRR4302545.569922/94‑1 (MQ=60)
TATCTTCTTCGCTATCTACGTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATC < SRR4302545.9098097/94‑1 (MQ=60)
ATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCG > SRR4302545.6941041/1‑94 (MQ=60)
ATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCG > SRR4302545.7996731/1‑94 (MQ=60)
ATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCG < SRR4302545.5095068/94‑1 (MQ=60)
ATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGCGCAGATAAAGAAGACGAGATCG > SRR4302545.1487273/1‑94 (MQ=60)
TCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGT > SRR4302545.211005/1‑94 (MQ=60)
CTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTT > SRR4302545.3833565/1‑94 (MQ=60)
CTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTT > SRR4302545.3833566/1‑94 (MQ=60)
TCTTCGCTATTTACTACGTAGTGTTCAGTTGGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTAC < SRR4302545.2461075/94‑1 (MQ=60)
CTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACT > SRR4302545.2414220/1‑94 (MQ=60)
CTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACT > SRR4302545.2791047/1‑94 (MQ=60)
CTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACT > SRR4302545.2678496/1‑94 (MQ=60)
CTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGGTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGTAGAGATCGTTACT > SRR4302545.6734472/1‑94 (MQ=60)
TCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGA > SRR4302545.1896656/1‑94 (MQ=60)
CGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAA > SRR4302545.4046904/1‑94 (MQ=60)
GCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAG > SRR4302545.9984990/1‑94 (MQ=60)
GCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAG > SRR4302545.2604252/1‑94 (MQ=60)
CTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGA < SRR4302545.7038760/94‑1 (MQ=60)
TATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAA > SRR4302545.8755882/1‑94 (MQ=60)
TCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGC > SRR4302545.8463851/1‑94 (MQ=60)
CTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCC > SRR4302545.3919618/1‑94 (MQ=60)
CTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCC < SRR4302545.3500974/94‑1 (MQ=60)
TGCTTCGTGGTCTGCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCA < SRR4302545.7156961/94‑1 (MQ=60)
CTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAGCTGAAAACGCCGGGGCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAAC > SRR4302545.10656471/1‑94 (MQ=60)
CTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAAC > SRR4302545.10280372/1‑94 (MQ=60)
CTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAAC > SRR4302545.6661982/1‑94 (MQ=60)
CTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAAC < SRR4302545.804429/94‑1 (MQ=60)
TCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAG < SRR4302545.9015689/94‑1 (MQ=60)
CGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGC > SRR4302545.2967042/1‑94 (MQ=60)
CGTGGTGTTCAGTCCGGTTATCCGCCTGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGATGATAAAGAAGACGAGATCGGTACTGCAGAAGattacaga > SRR4302545.2967041/1‑86 (MQ=60)
GTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCA > SRR4302545.5028371/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCA > SRR4302545.1487220/1‑94 (MQ=60)
GGGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAAAAGCCAACAGCA > SRR4302545.5028372/1‑94 (MQ=60)
TGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAA < SRR4302545.6826189/94‑1 (MQ=60)
TGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAA > SRR4302545.6843642/1‑94 (MQ=60)
GGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAAC < SRR4302545.2617502/94‑1 (MQ=60)
TGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATTGTTACTTAAGAAGCCAACAGCAACAC > SRR4302545.7859291/1‑94 (MQ=60)
GTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACT > SRR4302545.4775654/1‑94 (MQ=60)
GTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACT > SRR4302545.9058512/1‑94 (MQ=60)
GTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACT < SRR4302545.8655700/94‑1 (MQ=60)
GTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACT > SRR4302545.4749690/1‑94 (MQ=60)
GTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACT > SRR4302545.5345232/1‑94 (MQ=60)
GTTCAGTCCGGTTATCCGCAGGTTCAACCTGAAACCGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACT < SRR4302545.4237781/94‑1 (MQ=60)
TTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAAGAGCAACACTG > SRR4302545.3242047/1‑94 (MQ=60)
TTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTG > SRR4302545.1231849/1‑94 (MQ=60)
TTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTG > SRR4302545.9078056/1‑94 (MQ=60)
TCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGA > SRR4302545.930752/1‑94 (MQ=60)
CAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAA < SRR4302545.1886099/94‑1 (MQ=60)
AGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAG > SRR4302545.8207758/1‑94 (MQ=60)
AGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAG > SRR4302545.2936610/1‑94 (MQ=60)
AGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAAAACTGAAA > SRR4302545.2039934/1‑94 (MQ=60)
GTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGTGATCGTTACCGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGA > SRR4302545.4913708/1‑94 (MQ=60)
GTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGTCAACAGCAACACTGAAGA > SRR4302545.6388139/1‑94 (MQ=60)
GTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGA < SRR4302545.7521829/94‑1 (MQ=60)
GTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGA > SRR4302545.6388138/1‑94 (MQ=60)
TTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAA < SRR4302545.5129050/94‑1 (MQ=60)
TTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAA > SRR4302545.9246896/1‑94 (MQ=60)
TTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAA < SRR4302545.3281195/94‑1 (MQ=60)
TTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAA < SRR4302545.3294848/94‑1 (MQ=60)
TCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAGCGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAAG < SRR4302545.3334354/94‑1 (MQ=60)
TCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAAG > SRR4302545.1016839/1‑94 (MQ=60)
TCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAAG > SRR4302545.2554825/1‑94 (MQ=60)
CGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAAGG < SRR4302545.8999712/94‑1 (MQ=60)
CGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAAGG < SRR4302545.8654519/94‑1 (MQ=60)
CGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAAGG > SRR4302545.10369715/1‑94 (MQ=60)
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TGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACTGAAGAAGG > NC_000913/704143‑704329
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |