Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
647 |
270.1 |
21258240 |
98.4% |
20918108 |
94.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,429,483 |
T→C |
E65E (GAA→GAG) |
dedD ← |
putative lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,429,483 | 0 | T | C | 100.0%
| 761.8
/ NA
| 221 | E65E (GAA→GAG) | dedD | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (116/105); total (116/105) |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGC > NC_000913/2429393‑2429573
|
aCCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCAcctctt > 1:10212647/1‑94 (MQ=255)
ccGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGGGGCATCACCTGCCCGCACctcttc > 1:7107375/1‑94 (MQ=255)
cGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGGGCTTCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTcc > 1:5259596/1‑94 (MQ=255)
ggTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCg > 2:3387569/1‑94 (MQ=255)
gTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGc > 1:7332588/1‑94 (MQ=255)
tGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCt < 1:8925420/94‑1 (MQ=255)
gCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTg < 1:9844788/94‑1 (MQ=255)
cAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTgc > 2:10090522/1‑94 (MQ=255)
aGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCCCTgcc > 2:7799511/1‑93 (MQ=255)
ttCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCt < 2:3077608/94‑1 (MQ=255)
tCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCCCCTCTTCCGCTGCGCCtt < 2:7924949/94‑1 (MQ=255)
tCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCtt > 2:6002682/1‑94 (MQ=255)
tCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCtt > 2:5635629/1‑94 (MQ=255)
ccGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTc < 1:7205083/94‑1 (MQ=255)
ccGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTc < 1:358602/94‑1 (MQ=255)
cGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTcc > 1:4544349/1‑94 (MQ=255)
cGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTcc < 2:6663195/94‑1 (MQ=255)
ggTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCcg < 1:2252062/94‑1 (MQ=255)
gattCAAACTCGGGGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCCCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCcg < 1:5027688/92‑1 (MQ=255)
ttCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCcggc > 2:481213/1‑94 (MQ=255)
ttCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCcggc > 1:1237832/1‑94 (MQ=255)
aaCTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCt < 2:1399213/94‑1 (MQ=255)
aaCTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCt > 1:4631104/1‑94 (MQ=255)
cTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGc > 1:2946860/1‑94 (MQ=255)
tCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCCGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCg < 2:5408252/94‑1 (MQ=255)
cGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGt > 1:1458839/1‑94 (MQ=255)
ggTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTc < 2:2316699/94‑1 (MQ=255)
ggTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTc < 1:6625264/94‑1 (MQ=255)
gtgtTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCg > 1:9631936/1‑94 (MQ=255)
gtgtTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCg > 1:6030138/1‑94 (MQ=255)
gtTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGt < 2:7788064/94‑1 (MQ=255)
ttATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTa > 2:660459/1‑94 (MQ=255)
ttATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTa > 2:5031303/1‑94 (MQ=255)
ttATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTa > 1:8829709/1‑94 (MQ=255)
tATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTaa > 1:2680170/1‑94 (MQ=255)
tATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTaa < 2:10273212/94‑1 (MQ=255)
tATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTaa > 2:9163850/1‑94 (MQ=255)
tATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGGaa > 2:7673174/1‑94 (MQ=255)
aTTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAAc > 1:48786/1‑94 (MQ=255)
aTTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAAc > 1:10556659/1‑94 (MQ=255)
tGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACgg > 1:18300/1‑93 (MQ=255)
ggCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGcc > 2:7171285/1‑94 (MQ=255)
ggCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGcc < 1:8793890/94‑1 (MQ=255)
gCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCt < 2:6702697/94‑1 (MQ=255)
gCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCt < 2:7083283/94‑1 (MQ=255)
tGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTgg > 2:804186/1‑94 (MQ=255)
cgCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTgg < 2:425780/93‑1 (MQ=255)
cAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCCCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGt < 2:2928067/94‑1 (MQ=255)
cAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTgggg > 1:1664137/1‑93 (MQ=255)
cAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGt > 2:6777342/1‑94 (MQ=255)
aaTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTg < 2:2519135/94‑1 (MQ=255)
aTAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTgg > 2:9809966/1‑94 (MQ=255)
tAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTggggggg > 1:3941265/1‑93 (MQ=255)
tAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTCGGTggc > 2:9437462/1‑94 (MQ=255)
aGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTggcg > 2:1749680/1‑94 (MQ=255)
ggCCGGGTCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTACGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTggcggat < 1:9394521/94‑3 (MQ=255)
ggCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCt < 1:7993459/94‑1 (MQ=255)
ggCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCt > 1:5690389/1‑94 (MQ=255)
ggCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCt < 1:8322180/94‑1 (MQ=255)
tCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGcatca < 2:9655968/94‑1 (MQ=255)
cGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGcatcat > 2:1043034/1‑94 (MQ=255)
gAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCata > 2:930103/1‑94 (MQ=255)
aGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCatat < 2:6891633/94‑1 (MQ=255)
aGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCatat > 2:3859649/1‑94 (MQ=255)
aGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCatat > 1:5270720/1‑94 (MQ=255)
aGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCatat > 1:7706928/1‑94 (MQ=255)
aGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGGAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCatat > 1:4884856/1‑94 (MQ=255)
gCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATc < 2:3959462/94‑1 (MQ=255)
cGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCa > 2:6533179/1‑94 (MQ=255)
gACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAg > 2:1196510/1‑94 (MQ=255)
cGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGc < 2:7442731/94‑1 (MQ=255)
cGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGc > 1:1577967/1‑94 (MQ=255)
ggTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCGTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCt < 2:1229184/94‑1 (MQ=255)
ggTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCt > 1:6996749/1‑94 (MQ=255)
ggTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCt < 2:5928900/94‑1 (MQ=255)
ggTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCt < 2:10122740/94‑1 (MQ=255)
gTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCtc > 1:459037/1‑94 (MQ=255)
ctgcGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCtcatc < 2:1531689/94‑1 (MQ=255)
ctgcGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCtcatc < 2:6872851/94‑1 (MQ=255)
tgcGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCCGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCtcatca > 1:8179927/1‑94 (MQ=255)
cGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACg > 1:8640394/1‑94 (MQ=255)
cGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACg > 2:8304296/1‑94 (MQ=255)
cGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACg > 1:631605/1‑94 (MQ=255)
gCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATGACGAt > 1:3617699/1‑94 (MQ=255)
gCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGAt > 2:4269262/1‑94 (MQ=255)
gCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGAt > 2:8716867/1‑94 (MQ=255)
cATCCCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATc < 1:3028916/94‑1 (MQ=255)
cATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATc < 2:10601257/94‑1 (MQ=255)
aTCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCg > 2:4135814/1‑94 (MQ=255)
aTCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCg > 2:1879259/1‑94 (MQ=255)
cACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGcc > 1:5204455/1‑94 (MQ=255)
ccTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACACCTGGGTCGCGGCTGGCATCATATCACGCTCATCACGCTCGCCCg > 2:4559907/1‑94 (MQ=255)
cTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGc > 1:5504401/1‑94 (MQ=255)
cTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGc > 2:10502074/1‑94 (MQ=255)
cTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGc > 1:3086398/1‑94 (MQ=255)
cccGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCttt > 2:5615159/1‑94 (MQ=255)
cccGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCttt < 2:1988157/94‑1 (MQ=255)
ccGCCCCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTc < 1:668454/94‑1 (MQ=255)
cGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAAAGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCg > 1:2426056/1‑94 (MQ=255)
cACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGc > 2:3327090/1‑94 (MQ=255)
|
GACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGC > NC_000913/2429393‑2429573
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGCGACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGCACC > NC_000913/2429390‑2429576
|
GGCGACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACC > SRR4302545.8251083/1‑94 (MQ=60)
GGCGACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGCGCTGAGGCCTCACCTGCCCGCACC > SRR4302545.2307297/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAGCTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTT < SRR4302545.970497/94‑1 (MQ=60)
ACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTT > SRR4302545.10514279/1‑94 (MQ=60)
CCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGGGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTC > SRR4302545.7304281/1‑94 (MQ=60)
CCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTC > SRR4302545.3156536/1‑94 (MQ=60)
CGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGGGCTTCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCC > SRR4302545.5395548/1‑94 (MQ=60)
CGGTGCACGTTCCGGATCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCCCACCTCCTCC > SRR4302545.5395545/1‑94 (MQ=60)
GGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCG < SRR4302545.885655/94‑1 (MQ=60)
GTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGC > SRR4302545.8314450/1‑94 (MQ=60)
GTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGC > SRR4302545.7538278/1‑94 (MQ=60)
TGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCT < SRR4302545.9184914/94‑1 (MQ=60)
TGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCT > SRR4302545.1080389/1‑94 (MQ=60)
GCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTG < SRR4302545.10137314/94‑1 (MQ=60)
GGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCTCCTCTTCCGCTGCGC > SRR4302545.7407267/1‑94 (MQ=60)
TCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTT < SRR4302545.5008140/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTC > SRR4302545.1808666/1‑94 (MQ=60)
CCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTC < SRR4302545.7405905/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTC < SRR4302545.366372/94‑1 (MQ=60)
CGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCC > SRR4302545.4660870/1‑94 (MQ=60)
CGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCC < SRR4302545.4964235/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCG < SRR4302545.9174439/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCG < SRR4302545.2306906/94‑1 (MQ=60)
GATTCAAACTCGGGGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCCCCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCG < SRR4302545.5155122/94‑1 (MQ=60)
TTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGC > SRR4302545.1265738/1‑94 (MQ=60)
TCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCG > SRR4302545.4722106/1‑94 (MQ=60)
AACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCT > SRR4302545.4749491/1‑94 (MQ=60)
ACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTG > SRR4302545.305117/1‑94 (MQ=60)
CTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGC > SRR4302545.3018563/1‑94 (MQ=60)
CGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGT > SRR4302545.1492210/1‑94 (MQ=60)
CGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGT < SRR4302545.6916215/94‑1 (MQ=60)
CGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGT > SRR4302545.3686706/1‑94 (MQ=60)
GGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTC < SRR4302545.6806848/94‑1 (MQ=60)
GTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCG > SRR4302545.6193084/1‑94 (MQ=60)
GTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCG > SRR4302545.9915831/1‑94 (MQ=60)
GTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCG < SRR4302545.8457969/94‑1 (MQ=60)
GTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCG > SRR4302545.736577/1‑94 (MQ=60)
TTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTA > SRR4302545.9086106/1‑94 (MQ=60)
TATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAA > SRR4302545.2744749/1‑94 (MQ=60)
TATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAA > SRR4302545.5237287/1‑94 (MQ=60)
TTTGGCTCCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCTGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAAC < SRR4302545.5371438/94‑1 (MQ=60)
ATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAAC > SRR4302545.10867596/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAAC > SRR4302545.49905/1‑94 (MQ=60)
TTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACG < SRR4302545.6869663/94‑1 (MQ=60)
TTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACG < SRR4302545.1568567/94‑1 (MQ=60)
TTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACG < SRR4302545.1487981/94‑1 (MQ=60)
TGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGG > SRR4302545.18756/1‑94 (MQ=60)
GGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCC < SRR4302545.913942/94‑1 (MQ=60)
GGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCC < SRR4302545.9049090/94‑1 (MQ=60)
GGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCC < SRR4302545.9049089/94‑1 (MQ=60)
GGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCC < SRR4302545.2051760/94‑1 (MQ=60)
GCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCT < SRR4302545.8265324/94‑1 (MQ=60)
CTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTG > SRR4302545.7708505/1‑94 (MQ=60)
CTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTG > SRR4302545.4705201/1‑94 (MQ=60)
TGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGG < SRR4302545.2694369/94‑1 (MQ=60)
CAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGG > SRR4302545.1703499/1‑94 (MQ=60)
CAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGG > SRR4302545.523159/1‑94 (MQ=60)
AATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTG > SRR4302545.5404493/1‑94 (MQ=60)
ATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGG < SRR4302545.4171395/94‑1 (MQ=60)
ATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGAGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGGGG > SRR4302545.3645722/1‑94 (MQ=60)
TAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGgggg > SRR4302545.4039697/1‑90 (MQ=60)
TAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGC < SRR4302545.10762953/94‑1 (MQ=60)
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AGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCG > SRR4302545.294991/1‑94 (MQ=60)
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TCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCA < SRR4302545.4772021/94‑1 (MQ=60)
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AGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGGAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATAT > SRR4302545.5008989/1‑94 (MQ=60)
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CTGCGGCATCACCTGTTGGCACCTCTTCCGGTGCGGCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGTCTGGGGGGCGGCTGGGCTCATATCAGGCCCATC > SRR4302545.2051808/1‑94 (MQ=32)
TGCGGCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCCGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCA > SRR4302545.8416552/1‑94 (MQ=60)
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GCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATGACGAT > SRR4302545.3705899/1‑94 (MQ=60)
GCATCACCTGCCCGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGAT > SRR4302545.10147545/1‑94 (MQ=60)
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CCGCCCCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTC < SRR4302545.683341/94‑1 (MQ=60)
CGCACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAAAGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCG > SRR4302545.2484826/1‑94 (MQ=60)
ACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGGTCATCACGATCGCACGCTTTCGGCA > SRR4302545.4433728/1‑94 (MQ=60)
ACCTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGCA > SRR4302545.817187/1‑94 (MQ=60)
CTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGCACC > SRR4302545.6941037/1‑94 (MQ=60)
CTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGATCGTTACGATCGTCCGCTTTCGGCAGC > SRR4302545.7487197/1‑94 (MQ=60)
|
GGCGACCGGTGCAGGTTCCGGTTCAAACTCGGTGTTATTGGCTGCAATAGTGGCCGGATCGAGCGACGGTGCTGCGGCATCACCTGCCCGCACTTCTTCCGCTGCGCCTTCCGGCGGCTGCGTCGGTAACGCCTGGGTGGCGGCTGGCATCATATCAGGCTCATCACGATCGCCCGCTTTCGGCACC > NC_000913/2429390‑2429576
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
