Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
51,728 |
C→T |
V235I (GTC→ATC) |
ksgA ← |
S‑adenosylmethionine‑6‑N',N'‑adenosyl (rRNA) dimethyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 51,728 | 0 | C | T | 100.0%
| 1034.8
/ NA
| 288 | V235I (GTC→ATC) | ksgA | S‑adenosylmethionine‑6‑N',N'‑adenosyl (rRNA) dimethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (139/149); total (139/149) |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
CCAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGACGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTT > NC_000913/51638‑51817
|
cAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCt < 1:2167506/93‑1 (MQ=255)
aTAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTaaa < 1:5278751/93‑1 (MQ=255)
aTAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTaaa < 2:6382775/93‑1 (MQ=255)
aTAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTaaa < 1:6418387/93‑1 (MQ=255)
tAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAAc > 2:1387333/1‑93 (MQ=255)
aGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACa < 2:5762093/93‑1 (MQ=255)
ttCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAgg < 1:1674547/93‑1 (MQ=255)
ttCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAgg < 1:1770816/93‑1 (MQ=255)
tCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGt < 1:4104552/93‑1 (MQ=255)
tCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGt > 1:2857681/1‑93 (MQ=255)
gCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACCCCTCGATGCTAAACAGGTTg < 1:4000273/93‑1 (MQ=255)
gCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTg > 1:3558539/1‑93 (MQ=255)
cATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGcc < 2:3406295/93‑1 (MQ=255)
aTCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGTTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGATGCCg > 1:2141231/1‑93 (MQ=255)
tCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGa < 1:4943287/93‑1 (MQ=255)
tCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGa < 1:555082/93‑1 (MQ=255)
tCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGa < 2:2012897/93‑1 (MQ=255)
cTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAg < 1:3317497/93‑1 (MQ=255)
tGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAgg > 1:4801666/1‑93 (MQ=255)
ggCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGc < 1:466660/93‑1 (MQ=255)
gCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCt > 1:765965/1‑93 (MQ=255)
cAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTg > 2:4058404/1‑93 (MQ=255)
aaTATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGt < 2:1713440/93‑1 (MQ=255)
aaTATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGt > 2:1123512/1‑93 (MQ=255)
atatTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGtt < 1:3049376/93‑1 (MQ=255)
atatTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGtt < 2:4585406/93‑1 (MQ=255)
tatTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTa < 2:5027633/93‑1 (MQ=255)
tGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGa < 2:1826781/93‑1 (MQ=255)
gcgcGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGaa < 2:5485033/93‑1 (MQ=255)
gcgcGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGaa > 2:5272457/1‑93 (MQ=255)
gaaagagGTAGTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACTCCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGt < 1:1491269/90‑1 (MQ=255)
gACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGt > 1:1095815/1‑93 (MQ=255)
aCAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGtt < 1:6188033/93‑1 (MQ=255)
cAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGttt < 1:48475/93‑1 (MQ=255)
agaTATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGGTACGAATGGTTTTac > 2:4397274/1‑93 (MQ=255)
atatTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTacga > 2:2554437/1‑93 (MQ=255)
tatTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTacgac < 2:2324964/93‑1 (MQ=255)
tatTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTacgac < 2:223382/93‑1 (MQ=255)
tatTCTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTacgac < 1:2392177/93‑1 (MQ=255)
ttttCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGc > 1:1165471/1‑93 (MQ=255)
ttttCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGc > 1:2769427/1‑93 (MQ=255)
tttCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCt < 1:5948725/93‑1 (MQ=255)
tttCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCt < 2:5627052/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTg < 1:5138312/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTg < 1:6128425/93‑1 (MQ=255)
tCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTgg < 1:1709683/93‑1 (MQ=255)
ccGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGt < 1:3250411/93‑1 (MQ=255)
ccGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGt < 1:2451417/93‑1 (MQ=255)
gCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTa > 1:5655004/1‑93 (MQ=255)
gCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTa > 2:1962022/1‑93 (MQ=255)
tCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTaaa > 2:4499440/1‑93 (MQ=255)
tCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTaaa > 2:3051034/1‑93 (MQ=255)
tCGCATCGCCGGGGCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCAAGGCGGTTACGAAGGGTTTTAGGAAGCTGGTTaag > 2:4168421/1‑92 (MQ=255)
cGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAg < 2:3567293/93‑1 (MQ=255)
cATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGc > 1:2293928/1‑93 (MQ=255)
cATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGc < 1:1268983/93‑1 (MQ=255)
cATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTCTTACGACGCTGGTTACAGGc > 2:2864985/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCt < 2:6198110/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCtt > 2:3099788/1‑93 (MQ=255)
tCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCtt < 1:3434771/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCtt > 2:5359401/1‑93 (MQ=255)
tCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCtt < 2:2475234/93‑1 (MQ=255)
gCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCg > 2:974542/1‑93 (MQ=255)
ccGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCgg < 2:1768527/93‑1 (MQ=255)
cGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCggt < 1:1463601/93‑1 (MQ=255)
tCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGgtggtg > 1:2594442/1‑93 (MQ=255)
tCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGGTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGgtggtg > 2:5109474/1‑93 (MQ=255)
cGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGa < 1:5828926/93‑1 (MQ=255)
aTCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATg > 2:2729838/1‑93 (MQ=255)
aTCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATg > 2:755897/1‑93 (MQ=255)
aTCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATg < 2:6032616/93‑1 (MQ=255)
aTCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATg < 2:1351738/93‑1 (MQ=255)
aTCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATg > 1:2024799/1‑93 (MQ=255)
tCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGc > 2:3954316/1‑93 (MQ=255)
ccccATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCg > 2:4806133/1‑93 (MQ=255)
ccccATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCg > 2:6437310/1‑93 (MQ=255)
cccATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCgg > 2:3841256/1‑93 (MQ=255)
ccATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGc > 1:1619996/1‑93 (MQ=255)
cATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCt < 1:1080960/93‑1 (MQ=255)
aTTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGCATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTc > 1:605212/1‑93 (MQ=255)
aTTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCta > 1:4380195/1‑92 (MQ=255)
ttCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCa > 1:3149548/1‑93 (MQ=255)
ccGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAaca > 2:4241561/1‑93 (MQ=255)
ccGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAaca > 2:3310987/1‑93 (MQ=255)
cGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAacac < 1:6263819/93‑1 (MQ=255)
gTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAacaca < 1:4269060/93‑1 (MQ=255)
ttAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAacacac > 1:3615533/1‑93 (MQ=255)
ttAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAacacac > 2:6169045/1‑93 (MQ=255)
aaCACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGa > 1:4349472/1‑93 (MQ=255)
acacCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGaa < 2:5588756/93‑1 (MQ=255)
acCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACa > 1:3705444/1‑93 (MQ=255)
acCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACa > 2:4935739/1‑93 (MQ=255)
acCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACa < 2:3610872/93‑1 (MQ=255)
acCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACa < 2:2936512/93‑1 (MQ=255)
ccTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACAt < 2:5813791/93‑1 (MQ=255)
ccTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGAGGCTCAACACACGAACAt > 2:1623364/1‑93 (MQ=255)
cTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATc > 2:2609364/1‑93 (MQ=255)
tCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCt < 1:5780423/93‑1 (MQ=255)
cGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCtt < 2:166651/93‑1 (MQ=255)
cGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCtt < 2:877117/93‑1 (MQ=255)
|
CCAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGACGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTT > NC_000913/51638‑51817
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCGCCAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGACGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTTTAAC > NC_000913/51635‑51821
|
CCGCCAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATGGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCTCCGGGTCGATCCCCATGCCCGTTAACACCTCGAT < SRR4302537.995414/94‑1 (MQ=60)
CGCCAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATG > SRR4302537.3014801/1‑94 (MQ=60)
CGCCAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATG < SRR4302537.292227/94‑1 (MQ=60)
caCAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGC < SRR4302537.5064278/92‑1 (MQ=60)
GCCAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGC > SRR4302537.2811313/1‑94 (MQ=60)
CCAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCTCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCT > SRR4302537.5851193/1‑94 (MQ=60)
CCAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCT < SRR4302537.6254845/94‑1 (MQ=60)
CCAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCT > SRR4302537.6102543/1‑94 (MQ=60)
CAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTA < SRR4302537.2182772/94‑1 (MQ=60)
AGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAA > SRR4302537.1088844/1‑94 (MQ=60)
AGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAA > SRR4302537.4929598/1‑94 (MQ=60)
GATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAA > SRR4302537.5439492/1‑94 (MQ=60)
ATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAAC < SRR4302537.5604123/94‑1 (MQ=60)
ATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAAC < SRR4302537.6462027/94‑1 (MQ=60)
ATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAAC < SRR4302537.5315067/94‑1 (MQ=60)
ATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAAC < SRR4302537.3599431/94‑1 (MQ=60)
AGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAG > SRR4302537.1480284/1‑94 (MQ=60)
AGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAG > SRR4302537.4385036/1‑94 (MQ=60)
AGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAG > SRR4302537.3016128/1‑94 (MQ=60)
GTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGG < SRR4302537.1291149/94‑1 (MQ=60)
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TTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGT < SRR4302537.1783147/94‑1 (MQ=60)
TTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGT < SRR4302537.6213976/94‑1 (MQ=60)
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TCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTT < SRR4302537.4133224/94‑1 (MQ=60)
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AATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGTCGAGGCTGTT > SRR4302537.283091/1‑94 (MQ=60)
AATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTT > SRR4302537.6238183/1‑94 (MQ=60)
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ATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTA > SRR4302537.219306/1‑94 (MQ=60)
TATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTAC < SRR4302537.5701085/94‑1 (MQ=60)
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TGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAA < SRR4302537.4191655/94‑1 (MQ=60)
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CAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTT < SRR4302537.48836/94‑1 (MQ=60)
AGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTA > SRR4302537.3286790/1‑94 (MQ=60)
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ATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGCTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTtagac > SRR4302537.5817471/1‑89 (MQ=60)
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TATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACG < SRR4302537.1750021/94‑1 (MQ=60)
TATTCTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACG < SRR4302537.2409027/94‑1 (MQ=60)
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TTCCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAA < SRR4302537.2551636/94‑1 (MQ=60)
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CCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACA < SRR4302537.6356601/94‑1 (MQ=60)
CCCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACA < SRR4302537.232274/94‑1 (MQ=60)
CCGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACAC < SRR4302537.3519369/94‑1 (MQ=60)
CGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACA < SRR4302537.6306816/94‑1 (MQ=60)
CGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACA > SRR4302537.1290075/1‑94 (MQ=60)
CGTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACA < SRR4302537.4982522/94‑1 (MQ=60)
GTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACAC > SRR4302537.3641023/1‑94 (MQ=60)
GTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACAC > SRR4302537.2891247/1‑94 (MQ=60)
GTTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACAC < SRR4302537.4298721/94‑1 (MQ=60)
TTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACG < SRR4302537.1132676/94‑1 (MQ=60)
TTAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACG < SRR4302537.5754553/94‑1 (MQ=60)
TAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGA < SRR4302537.3352559/94‑1 (MQ=60)
TAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGA > SRR4302537.4379608/1‑94 (MQ=60)
TAACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGA > SRR4302537.2159976/1‑94 (MQ=60)
AACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAA > SRR4302537.3135344/1‑94 (MQ=60)
ACACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAAC < SRR4302537.1547327/94‑1 (MQ=60)
CACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACA > SRR4302537.3731503/1‑94 (MQ=60)
ACCTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACAT < SRR4302537.1477445/94‑1 (MQ=60)
CTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCT < SRR4302537.4393023/94‑1 (MQ=60)
CTCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCT > SRR4302537.1177142/1‑94 (MQ=60)
TCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTT < SRR4302537.5820038/94‑1 (MQ=60)
TCGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTT > SRR4302537.4878207/1‑94 (MQ=60)
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CGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTTT < SRR4302537.3925051/94‑1 (MQ=60)
CGATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGGTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTTT < SRR4302537.1798497/94‑1 (MQ=60)
ATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTTTAA > SRR4302537.3159880/1‑94 (MQ=60)
ATGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTTTAA < SRR4302537.4918975/94‑1 (MQ=60)
TGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTTTAAC < SRR4302537.3812597/94‑1 (MQ=60)
TGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTTTAAC < SRR4302537.5252382/94‑1 (MQ=60)
TGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTTTAAC < SRR4302537.4846498/94‑1 (MQ=60)
TGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTTTAAC < SRR4302537.5039758/94‑1 (MQ=60)
TGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTTTAAC > SRR4302537.5070011/1‑94 (MQ=60)
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CCGCCAGATAGTTCGCCATCTGGCAATATTGCGCGACAGAGATATTTTCCGCTCGCATCGCCGGGTCGATCCCCATTCCCGTTAACACCTCGACGCTAAACAGGTTGCCGAGGCTGTTACGAATGGTTTTACGACGCTGGTTAAAGGCTTCGGTGGTGATGCGGCTCAACACACGAACATCTTTAAC > NC_000913/51635‑51821
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
