Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,620,440 |
T→C |
M368T (ATG→ACG) |
yjjJ → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,620,440 | 0 | T | C | 100.0%
| 932.6
/ NA
| 267 | M368T (ATG→ACG) | yjjJ | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (132/135); total (132/135) |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
TCGCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGATGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAA > NC_000913/4620350‑4620529
|
cGCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGt > 2:5925217/1‑93 (MQ=255)
cGCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGt < 2:62372/93‑1 (MQ=255)
ccAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCt > 1:4582046/1‑93 (MQ=255)
cAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTa < 2:6038828/93‑1 (MQ=255)
cAACAGCGATATGCACGCAGCTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGCCATGCTGCCGCCGGTCTa < 1:3772508/93‑1 (MQ=255)
aCAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATg < 2:3024957/93‑1 (MQ=255)
aCAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATg > 2:5115979/1‑93 (MQ=255)
cAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGc > 1:5811152/1‑93 (MQ=255)
cAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGc > 2:4209339/1‑93 (MQ=255)
aGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCa > 2:1282862/1‑93 (MQ=255)
gCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCAc > 1:4393133/1‑93 (MQ=255)
gCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCAc > 2:5614462/1‑93 (MQ=255)
gATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCa > 1:1916562/1‑93 (MQ=255)
atatGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCaa > 2:5054036/1‑93 (MQ=255)
atatGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCaa > 2:798002/1‑93 (MQ=255)
tGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACa < 1:3286504/93‑1 (MQ=255)
tGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACa > 1:3518220/1‑93 (MQ=255)
aCGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAgcg > 1:1012270/1‑93 (MQ=255)
gCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCt < 2:73956/93‑1 (MQ=255)
aGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTgg > 2:1350536/1‑93 (MQ=255)
aGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTgg < 2:4636764/93‑1 (MQ=255)
gTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGaa < 2:3750313/93‑1 (MQ=255)
gTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGaa < 1:4756854/93‑1 (MQ=255)
gTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGACCGTCTACGACATGCTGCCGACAGTCTATGCACCAAACAGCGATAGaa > 2:2458859/1‑93 (MQ=255)
tAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAAt < 1:3411130/93‑1 (MQ=255)
tAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAAt < 1:1418016/93‑1 (MQ=255)
tAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAAt < 1:4129378/93‑1 (MQ=255)
caTTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAAtg < 1:6202479/92‑1 (MQ=255)
aaTTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAAtg > 1:1495824/1‑93 (MQ=255)
tttATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAAtgct < 1:252367/93‑1 (MQ=255)
tATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAAtgctgc < 1:2226755/93‑1 (MQ=255)
tATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAAtgctgc > 1:2742926/1‑93 (MQ=255)
tATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAAtgctgc > 2:3924162/1‑93 (MQ=255)
tCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGt > 2:2920680/1‑93 (MQ=255)
tCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGt > 1:4640186/1‑93 (MQ=255)
gTTTTATTTATCTGACCCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGa < 2:27935/93‑1 (MQ=255)
gTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGa < 2:4419388/93‑1 (MQ=255)
gTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGa < 2:1753615/93‑1 (MQ=255)
gTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCAGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGa > 2:2256547/1‑93 (MQ=255)
ttttATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGAt < 1:1865907/93‑1 (MQ=255)
ttatttatCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGAtgc > 2:1263167/1‑93 (MQ=255)
tatttatCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGAtgct > 2:3661429/1‑93 (MQ=255)
tatttatCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGAtgct < 2:6131491/93‑1 (MQ=255)
tttatCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGTAATGCTGCGTGAtgctgc > 2:347594/1‑93 (MQ=255)
tttatCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGAtgctgc < 2:5865956/93‑1 (MQ=255)
tatCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCa < 1:552325/93‑1 (MQ=255)
atCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCAt < 1:805513/93‑1 (MQ=255)
atCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCAt < 1:4725575/93‑1 (MQ=255)
atCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCAt > 2:2709743/1‑93 (MQ=255)
tCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCAtt > 2:2600751/1‑93 (MQ=255)
tCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCAtt < 2:4018166/93‑1 (MQ=255)
tGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGa > 1:6366751/1‑93 (MQ=255)
tGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGa > 1:488340/1‑93 (MQ=255)
gAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAg > 1:3639026/1‑93 (MQ=255)
gAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAg > 1:3216477/1‑93 (MQ=255)
gAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAg < 2:1786207/93‑1 (MQ=255)
gAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAg < 2:2050735/93‑1 (MQ=255)
aCCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGt > 1:4279549/1‑93 (MQ=255)
cGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGa < 1:705987/93‑1 (MQ=255)
gCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGaa < 1:1071673/93‑1 (MQ=255)
gCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGaa < 2:1557299/93‑1 (MQ=255)
cATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGt > 1:4517276/1‑93 (MQ=255)
agttGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGtt < 2:1090478/91‑1 (MQ=255)
aTTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGtt > 2:1899165/1‑93 (MQ=255)
aTTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGtt > 1:5427527/1‑93 (MQ=255)
aTTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGtt > 2:5129791/1‑93 (MQ=255)
tttGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGttt < 2:1638876/93‑1 (MQ=255)
tttGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGttt < 1:2464431/93‑1 (MQ=255)
tttGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGttt > 2:329320/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGAt < 2:5744137/93‑1 (MQ=255)
cgcTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATc < 1:1199168/93‑1 (MQ=255)
cgcTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATc > 2:3134221/1‑93 (MQ=255)
gcTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCt < 1:3979364/93‑1 (MQ=255)
tGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTa < 2:5447385/93‑1 (MQ=255)
tGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTa < 1:5131575/93‑1 (MQ=255)
tGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTa < 1:1982196/93‑1 (MQ=255)
tGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTa < 2:6176533/93‑1 (MQ=255)
gACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTaa < 1:5549737/93‑1 (MQ=255)
cGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACg > 1:6164677/1‑93 (MQ=255)
gCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGt > 2:5303640/1‑93 (MQ=255)
cccGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTc > 2:173611/1‑93 (MQ=255)
ccGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCa < 2:3829061/93‑1 (MQ=255)
ccGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCa < 2:655218/93‑1 (MQ=255)
cGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAg > 1:3110295/1‑93 (MQ=255)
cGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAg > 1:6041954/1‑93 (MQ=255)
cGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAg < 1:989194/93‑1 (MQ=255)
cGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTCAACGTCAg < 2:6326218/93‑1 (MQ=255)
tCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTa > 1:4604381/1‑93 (MQ=255)
tACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTaaa < 1:2848575/93‑1 (MQ=255)
aCGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTaaaa < 1:3035320/93‑1 (MQ=255)
aCGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTaaaa < 1:505125/93‑1 (MQ=255)
gACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAgc < 2:5581883/93‑1 (MQ=255)
gACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAgc > 1:3481757/1‑93 (MQ=255)
aCATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAgcg < 1:563297/93‑1 (MQ=255)
aTGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCt < 2:5263344/93‑1 (MQ=255)
tgctgcCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCtt < 2:493440/93‑1 (MQ=255)
tgcCGACGGTCTATGCACCAAACAGCTCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGt < 2:881239/93‑1 (MQ=255)
tgcCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGt < 1:6274302/93‑1 (MQ=255)
tgcCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGt < 2:3236213/93‑1 (MQ=255)
tgcCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGt < 2:2814972/93‑1 (MQ=255)
|
TCGCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGATGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAA > NC_000913/4620350‑4620529
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTATCGCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGATGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAACGGC > NC_000913/4620347‑4620533
|
TTATCGCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGAC < SRR4302537.1951258/94‑1 (MQ=60)
TTATCGCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGAC < SRR4302537.1404329/94‑1 (MQ=60)
TTATCGCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGAC > SRR4302537.5736045/1‑94 (MQ=60)
TATCGCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACG < SRR4302537.1202395/94‑1 (MQ=60)
ATCGCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGG < SRR4302537.932229/94‑1 (MQ=60)
ATCGCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGG > SRR4302537.3524667/1‑94 (MQ=60)
GCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCT > SRR4302537.4613740/1‑94 (MQ=60)
GCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCT < SRR4302537.4563876/94‑1 (MQ=60)
CCAACAGCAATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTA < SRR4302537.1998838/94‑1 (MQ=60)
CAACAGCGATATGCACGCAGCTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGCCATGCTGCCGCCGGTCTAT < SRR4302537.3798992/94‑1 (MQ=60)
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GTCTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTA > SRR4302537.4636260/1‑94 (MQ=60)
CTACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAA > SRR4302537.5891490/1‑94 (MQ=60)
TACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAA < SRR4302537.5516308/94‑1 (MQ=60)
TACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAA < SRR4302537.2868521/94‑1 (MQ=60)
ACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAG < SRR4302537.3056480/94‑1 (MQ=60)
ACGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAG < SRR4302537.508597/94‑1 (MQ=60)
CGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGC < SRR4302537.1885953/94‑1 (MQ=60)
CGACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGC > SRR4302537.3506390/1‑94 (MQ=60)
GACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCG < SRR4302537.6235228/94‑1 (MQ=60)
ACATGCTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGC < SRR4302537.567172/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGAGCTTGGT > SRR4302537.1196429/1‑94 (MQ=60)
TGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTT < SRR4302537.4252514/94‑1 (MQ=60)
TGCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTT < SRR4302537.6317353/94‑1 (MQ=60)
GCCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTA < SRR4302537.3505211/94‑1 (MQ=60)
CCGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAA > SRR4302537.5533615/1‑94 (MQ=60)
CGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAAC > SRR4302537.3956710/1‑94 (MQ=60)
CGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAAC > SRR4302537.6084064/1‑94 (MQ=60)
CGACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAAC > SRR4302537.1554111/1‑94 (MQ=60)
GACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAACG < SRR4302537.6389548/94‑1 (MQ=60)
GACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAACG < SRR4302537.260461/94‑1 (MQ=60)
GACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAACG < SRR4302537.1230711/94‑1 (MQ=60)
GACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAACG > SRR4302537.959657/1‑94 (MQ=60)
ACGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAACGG < SRR4302537.2269748/94‑1 (MQ=60)
CGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAACGGC < SRR4302537.1576564/94‑1 (MQ=60)
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TTATCGCCAACAGCGATATGCACGCAGGTAATTTATCGTTTTATTTATCTGAACCGCCATTTGCGCTGACGCCCGTCTACGACATGCTGCCGATGGTCTATGCACCAAACAGCGCTGGAATGCTGCGTGATGCTGCCATTGAGGTGAAGTTTGATCTTAACGTCAGTAAAAGCGCTTGGTTAACGGC > NC_000913/4620347‑4620533
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
