Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,796,560 |
T→C |
intergenic (‑44/‑625) |
stpA ← / → b2670 |
StpA/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,796,560 | 0 | T | C | 87.8%
| 640.1
/ 76.9
| 257 | intergenic (‑44/‑625) | stpA/b2670 | StpA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/14); new base C (118/106); total (136/121) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.50e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGA > NC_000913/2796470‑2796650
|
gCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTtcgtcg > 1:6802113/1‑93 (MQ=255)
gCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTtcgccg < 1:4476449/93‑1 (MQ=255)
aCGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCcgcg > 2:3960371/1‑93 (MQ=255)
cGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCcgcgc > 2:2059696/1‑92 (MQ=255)
ggAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGTCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTa > 2:4495173/1‑93 (MQ=255)
gAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAg < 2:2283752/93‑1 (MQ=255)
gggTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgtg < 2:1295427/93‑1 (MQ=255)
ggTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgtgt > 2:904057/1‑93 (MQ=255)
ggTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgtgt < 1:4213010/93‑1 (MQ=255)
tGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTaa < 1:2012745/93‑1 (MQ=255)
tGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTaa < 1:5841708/93‑1 (MQ=255)
gCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAg < 1:7033794/93‑1 (MQ=255)
cGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGc < 2:7243059/93‑1 (MQ=255)
gAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCg > 1:2331397/1‑93 (MQ=255)
aaTGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGa < 1:5569647/93‑1 (MQ=255)
aTGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGAt < 1:3055664/93‑1 (MQ=255)
aTGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGAt > 1:3185969/1‑93 (MQ=255)
tGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATc > 1:5911533/1‑93 (MQ=255)
tGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATc > 2:6686515/1‑93 (MQ=255)
tGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATc < 2:6058977/93‑1 (MQ=255)
gTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCa < 2:2418284/93‑1 (MQ=255)
gTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCa < 1:7249347/93‑1 (MQ=255)
ttATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCAc > 1:1650260/1‑93 (MQ=255)
tATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACt > 2:3513052/1‑93 (MQ=255)
aTTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACtt > 2:544185/1‑93 (MQ=255)
tttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACtta > 1:1891624/1‑93 (MQ=255)
tttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACtta < 1:6022802/93‑1 (MQ=255)
tttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACtta < 2:1826458/93‑1 (MQ=255)
tttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACtta < 1:6878379/93‑1 (MQ=255)
ttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACttat > 1:880965/1‑93 (MQ=255)
tAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACttatt < 2:6086282/93‑1 (MQ=255)
aaaCTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACttatta < 1:3400133/93‑1 (MQ=255)
aaaCTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACttatta < 1:695273/93‑1 (MQ=255)
aaCTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTtattat > 1:4972266/1‑93 (MQ=255)
aCTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATtata > 1:1845478/1‑93 (MQ=255)
cTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTatat < 2:2713330/93‑1 (MQ=255)
tttGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATAtt > 2:6518420/1‑93 (MQ=255)
tGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTc < 2:4594943/93‑1 (MQ=255)
tAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCca > 1:112699/1‑93 (MQ=255)
aCATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCcaca > 1:3419967/1‑93 (MQ=255)
aTTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACaaa > 2:4550604/1‑93 (MQ=255)
aTTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACaaa > 2:484653/1‑93 (MQ=255)
aCGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAAtt < 2:2197020/93‑1 (MQ=255)
gACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTaa > 2:4468878/1‑93 (MQ=255)
gACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTaa < 2:2524720/93‑1 (MQ=255)
gACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTaa < 1:4087558/93‑1 (MQ=255)
ataataAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCt < 2:4413429/93‑1 (MQ=255)
ataataAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCt > 2:3381441/1‑93 (MQ=255)
taataaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTa < 2:4985650/93‑1 (MQ=255)
taataaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTa > 2:6289949/1‑93 (MQ=255)
taataaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTa < 2:3464813/93‑1 (MQ=255)
aataaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTAt > 1:4822899/1‑93 (MQ=255)
aataaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTAt > 1:2370835/1‑93 (MQ=255)
ataaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTAtt < 1:4158767/93‑1 (MQ=255)
aaaGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTa < 1:4356775/93‑1 (MQ=255)
aaaGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTa > 2:2980431/1‑93 (MQ=255)
aaaGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTa < 2:307060/93‑1 (MQ=255)
aaGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTAc < 2:1784953/93‑1 (MQ=255)
aaaaCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGt < 2:2890021/93‑1 (MQ=255)
aaaaCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGt < 1:1818085/93‑1 (MQ=255)
aaaCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTc > 1:283399/1‑93 (MQ=255)
aaCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTcc < 1:1585049/93‑1 (MQ=255)
aaCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTcc > 2:539420/1‑93 (MQ=255)
aCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCt > 1:5242453/1‑93 (MQ=255)
ccTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTg > 1:769327/1‑93 (MQ=255)
cTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTgc < 1:1057520/93‑1 (MQ=255)
ttttAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTgcg > 1:3637704/1‑93 (MQ=255)
ttttAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTgcg > 1:1268883/1‑93 (MQ=255)
aCGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCgaga < 1:5414123/93‑1 (MQ=255)
aCGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCgaga < 1:4753514/93‑1 (MQ=255)
aCGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCgaga < 1:3870413/93‑1 (MQ=255)
cGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGat > 1:652090/1‑93 (MQ=255)
ccAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGatta > 2:5135138/1‑93 (MQ=255)
caaaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGattat < 2:1597124/93‑1 (MQ=255)
caaaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGattat < 1:1333890/93‑1 (MQ=255)
caaaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGattat > 1:6306158/1‑93 (MQ=255)
aaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTAttt < 1:4065969/93‑1 (MQ=255)
aaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTAttt < 2:7265903/93‑1 (MQ=255)
aaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTAttt > 1:1763777/1‑93 (MQ=255)
aacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTc > 2:6850829/1‑93 (MQ=255)
aacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTc < 2:2484929/93‑1 (MQ=255)
acaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCa > 1:5490405/1‑93 (MQ=255)
acaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCa < 2:67413/93‑1 (MQ=255)
caaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAg < 1:5135058/93‑1 (MQ=255)
aaaaaaaGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGc < 2:1885673/93‑1 (MQ=255)
aaaaaGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTg > 2:2380173/1‑93 (MQ=255)
aaaaGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGt < 1:7170525/93‑1 (MQ=255)
aaaaGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGt < 1:2258836/93‑1 (MQ=255)
aaaGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGtt < 2:5685012/93‑1 (MQ=255)
aaGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTa > 1:2102727/1‑93 (MQ=255)
aaGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTa > 2:7431042/1‑93 (MQ=255)
aGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAt < 2:1181536/93‑1 (MQ=255)
gTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAtt < 1:2545848/93‑1 (MQ=255)
gTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAtt > 2:6976689/1‑93 (MQ=255)
gTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAtt > 2:5457275/1‑93 (MQ=255)
tATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAttt < 2:6820922/93‑1 (MQ=255)
tttCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTc > 1:6180693/1‑93 (MQ=255)
tttCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTc > 2:3269197/1‑93 (MQ=255)
ttCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCt > 1:7269875/1‑93 (MQ=255)
tcgccgCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTg < 2:1934745/93‑1 (MQ=255)
|
GCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGA > NC_000913/2796470‑2796650
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATCGCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAA > NC_000913/2796467‑2796652
|
ATCGCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGC > SRR4302542.3819244/1‑94 (MQ=60)
ATCGCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGC > SRR4302542.4022823/1‑94 (MQ=60)
ATCGCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGC > SRR4302542.1357165/1‑94 (MQ=60)
CGCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCG > SRR4302542.6868992/1‑94 (MQ=60)
GCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGC < SRR4302542.7007851/94‑1 (MQ=60)
GCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGC < SRR4302542.4520351/94‑1 (MQ=60)
ACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGC > SRR4302542.2413416/1‑94 (MQ=60)
ACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGC > SRR4302542.1789494/1‑94 (MQ=60)
GGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAG > SRR4302542.7038464/1‑94 (MQ=60)
AGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTG < SRR4302542.4014304/94‑1 (MQ=60)
GGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTA < SRR4302542.4254532/94‑1 (MQ=60)
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CCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTAT > SRR4302542.6368288/1‑94 (MQ=60)
CAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATT > SRR4302542.5459663/1‑94 (MQ=60)
CAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATT < SRR4302542.1345380/94‑1 (MQ=60)
AAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTT > SRR4302542.4848431/1‑94 (MQ=60)
AAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTT > SRR4302542.1779077/1‑94 (MQ=60)
AAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTC > SRR4302542.7282886/1‑94 (MQ=60)
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AAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTT < SRR4302542.2278258/94‑1 (MQ=60)
AAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTT < SRR4302542.7240859/94‑1 (MQ=60)
AAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTA > SRR4302542.2120875/1‑94 (MQ=60)
AAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAT < SRR4302542.4190322/94‑1 (MQ=60)
AGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATT > SRR4302542.2037681/1‑94 (MQ=60)
GTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTT < SRR4302542.6902048/94‑1 (MQ=60)
GTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTT < SRR4302542.2570521/94‑1 (MQ=60)
ATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTC < SRR4302542.468410/94‑1 (MQ=60)
ATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTC > SRR4302542.6240648/1‑94 (MQ=60)
ATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTC > SRR4302542.4267558/1‑94 (MQ=60)
TTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCT > SRR4302542.7341139/1‑94 (MQ=60)
TTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTG < SRR4302542.1145429/94‑1 (MQ=60)
TCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGA > SRR4302542.1929616/1‑94 (MQ=60)
TCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGA < SRR4302542.7125865/94‑1 (MQ=60)
CGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAA > SRR4302542.5907588/1‑94 (MQ=60)
GCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAA > SRR4302542.5483649/1‑94 (MQ=60)
|
ATCGCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAA > NC_000913/2796467‑2796652
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
