Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,796,565 |
T→C |
intergenic (‑49/‑620) |
stpA ← / → b2670 |
StpA/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,796,565 | 0 | T | C | 87.4%
| 655.5
/ 80.7
| 263 | intergenic (‑49/‑620) | stpA/b2670 | StpA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/14); new base C (119/110); total (138/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
GGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACTC > NC_000913/2796474‑2796655
|
ggAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGTCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTa > 2:4495173/1‑93 (MQ=255)
gAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAg > 1:6969996/1‑93 (MQ=255)
gAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAg < 2:3048543/93‑1 (MQ=255)
aGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgt < 2:1635608/93‑1 (MQ=255)
gggTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgtg < 2:1295427/93‑1 (MQ=255)
ggTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgtgt > 2:904057/1‑93 (MQ=255)
tGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTaa < 1:5841708/93‑1 (MQ=255)
cGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGc < 2:7243059/93‑1 (MQ=255)
gAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCg > 2:2106896/1‑93 (MQ=255)
aaTGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGa > 1:5420750/1‑93 (MQ=255)
aaTGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGa < 1:4612312/93‑1 (MQ=255)
aTGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGAt < 1:3055664/93‑1 (MQ=255)
aTGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGAt > 1:3185969/1‑93 (MQ=255)
tGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATc < 2:190628/93‑1 (MQ=255)
tGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATc > 2:6686515/1‑93 (MQ=255)
tGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATc < 1:586694/93‑1 (MQ=255)
gTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCa < 1:7249348/93‑1 (MQ=255)
ttATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCAc > 1:1650260/1‑93 (MQ=255)
tATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACt > 2:3513052/1‑93 (MQ=255)
aTTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACtt > 1:6297781/1‑93 (MQ=255)
tttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACtta < 1:872958/93‑1 (MQ=255)
tttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACtta < 1:6878379/93‑1 (MQ=255)
tttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACtta < 1:2336383/93‑1 (MQ=255)
ttAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACttat > 1:4979224/1‑93 (MQ=255)
ttAAACTTTGTAACA‑TACGGGCATAATTAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGGCGCGCAGTGTAAGCGATCAattatt > 2:3333276/1‑93 (MQ=255)
tttGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATAtt > 2:6469731/1‑93 (MQ=255)
tttGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATAtt > 2:6065014/1‑93 (MQ=255)
tttGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATAtt > 2:2226310/1‑93 (MQ=255)
tGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTc < 2:5593880/93‑1 (MQ=255)
tAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCca > 1:112699/1‑93 (MQ=255)
aCATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCcaca > 1:3419967/1‑93 (MQ=255)
cATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACaa > 2:2912823/1‑93 (MQ=255)
cATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACaa > 1:6170999/1‑93 (MQ=255)
aCGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAAtt > 2:1803179/1‑93 (MQ=255)
ggACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTa < 1:3309714/93‑1 (MQ=255)
ggACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTa < 2:4781094/93‑1 (MQ=255)
cATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATc < 2:3833362/93‑1 (MQ=255)
ataataAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCt < 1:5165262/93‑1 (MQ=255)
ataataAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCt < 2:4413429/93‑1 (MQ=255)
taataaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTa < 2:5443772/93‑1 (MQ=255)
aataaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTAt > 1:4822899/1‑93 (MQ=255)
aataaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTAt < 1:226452/93‑1 (MQ=255)
ataaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTAtt < 1:1850883/93‑1 (MQ=255)
taaAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTAttt > 1:5551040/1‑93 (MQ=255)
aaGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTAc > 2:2678152/1‑93 (MQ=255)
aaGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTAc < 1:1841131/93‑1 (MQ=255)
aaGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTAc > 2:2518566/1‑93 (MQ=255)
aGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACa < 1:4247633/93‑1 (MQ=255)
aGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACa > 1:897838/1‑93 (MQ=255)
aaaaCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGt > 1:5960768/1‑93 (MQ=255)
aaaaCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGt < 2:2890021/93‑1 (MQ=255)
aaaCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTc > 1:6717839/1‑93 (MQ=255)
aaCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTcc < 1:1585049/93‑1 (MQ=255)
aaCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTcc > 2:539420/1‑93 (MQ=255)
aaCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTcc > 1:4110965/1‑93 (MQ=255)
aaCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTcc < 1:4086544/93‑1 (MQ=255)
aCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCt > 1:6331144/1‑93 (MQ=255)
aCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCt > 1:5242453/1‑93 (MQ=255)
ccTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTg > 1:475662/1‑93 (MQ=255)
cTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTgc < 1:1057520/93‑1 (MQ=255)
ttttAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTgcg > 1:1268883/1‑93 (MQ=255)
ttttAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTgcg > 2:6532248/1‑93 (MQ=255)
ttttAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTgcg > 1:3637704/1‑93 (MQ=255)
ttttAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTgcg > 1:3850485/1‑93 (MQ=255)
tAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCga < 2:4567521/93‑1 (MQ=255)
aCGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCgaga < 2:6187882/93‑1 (MQ=255)
nnccAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGat < 1:2206775/91‑1 (MQ=255)
gCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGatt > 2:3400891/1‑93 (MQ=255)
ccAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGatta < 2:2347852/93‑1 (MQ=255)
ccAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGatta < 2:1840092/93‑1 (MQ=255)
caaaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGattat < 1:1333890/93‑1 (MQ=255)
caaaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGattat < 2:1597124/93‑1 (MQ=255)
caaaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGattat > 1:4168267/1‑93 (MQ=255)
aaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTAttt < 1:4065969/93‑1 (MQ=255)
aaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTAttt < 2:7265903/93‑1 (MQ=255)
aaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTAttt > 1:1763777/1‑93 (MQ=255)
aacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTc > 1:7212120/1‑93 (MQ=255)
aacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTc < 1:730214/93‑1 (MQ=255)
aacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTc < 2:2484929/93‑1 (MQ=255)
aacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTc > 2:6850829/1‑93 (MQ=255)
acaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCa < 2:67413/93‑1 (MQ=255)
acaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCa > 1:5490405/1‑93 (MQ=255)
caaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAg < 2:5352724/93‑1 (MQ=255)
aaaaaaGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCt > 1:2817406/1‑93 (MQ=255)
aaaaaaGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCt > 2:2405284/1‑93 (MQ=255)
aaaGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGtt < 2:5685012/93‑1 (MQ=255)
aaGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTa > 2:7431042/1‑93 (MQ=255)
aGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAt < 2:1181536/93‑1 (MQ=255)
aGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAt > 2:4998670/1‑93 (MQ=255)
gTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAtt < 1:2545848/93‑1 (MQ=255)
gTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAtt > 1:2020208/1‑93 (MQ=255)
gTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAtt > 2:6976689/1‑93 (MQ=255)
tATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAttt < 2:6820922/93‑1 (MQ=255)
aTTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTAtttt < 2:4483184/93‑1 (MQ=255)
tttCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTc > 2:3269197/1‑93 (MQ=255)
tcgccgCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTg < 1:7056597/93‑1 (MQ=255)
tcgccgCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTg < 2:1934745/93‑1 (MQ=255)
cgtcgCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGa > 1:1913082/1‑93 (MQ=255)
gccgcgCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACCGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGaa > 2:4859257/3‑93 (MQ=255)
gcgcAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAAct > 1:4353245/1‑93 (MQ=255)
|
GGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACTC > NC_000913/2796474‑2796655
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACTCTCA > NC_000913/2796472‑2796658
|
ACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGC > SRR4302542.1789494/1‑94 (MQ=60)
ACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGC > SRR4302542.2413416/1‑94 (MQ=60)
GGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAG > SRR4302542.7038464/1‑94 (MQ=60)
AGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTG < SRR4302542.4014304/94‑1 (MQ=60)
GGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTA < SRR4302542.4254532/94‑1 (MQ=60)
GTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAA < SRR4302542.615986/94‑1 (MQ=60)
GTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAA > SRR4302542.1610053/1‑94 (MQ=60)
TGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAG < SRR4302542.2030124/94‑1 (MQ=60)
TGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAG < SRR4302542.5898373/94‑1 (MQ=60)
TGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGAACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCAAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAG < SRR4302542.1801192/94‑1 (MQ=60)
GCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGC < SRR4302542.7102897/94‑1 (MQ=60)
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CGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCG > SRR4302542.6720961/1‑94 (MQ=60)
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ACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGAT < SRR4302542.5466706/94‑1 (MQ=60)
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CAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATT > SRR4302542.5459663/1‑94 (MQ=60)
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AAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTT > SRR4302542.4848431/1‑94 (MQ=60)
AAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTT > SRR4302542.1779077/1‑94 (MQ=60)
AAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTC > SRR4302542.7282886/1‑94 (MQ=60)
AAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTC < SRR4302542.4106062/94‑1 (MQ=60)
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GTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTT < SRR4302542.6902048/94‑1 (MQ=60)
ATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTC > SRR4302542.4267558/1‑94 (MQ=60)
ATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTC > SRR4302542.6240648/1‑94 (MQ=60)
ATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTC < SRR4302542.468410/94‑1 (MQ=60)
TTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCT > SRR4302542.7341139/1‑94 (MQ=60)
TTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTG < SRR4302542.1145429/94‑1 (MQ=60)
TCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGA > SRR4302542.1929616/1‑94 (MQ=60)
TCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGA < SRR4302542.7125865/94‑1 (MQ=60)
CGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAA > SRR4302542.5907588/1‑94 (MQ=60)
GCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAA > SRR4302542.5483649/1‑94 (MQ=60)
CGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACT > SRR4302542.4396014/1‑94 (MQ=60)
CGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACT > SRR4302542.4317981/1‑94 (MQ=60)
CGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACT > SRR4302542.4106292/1‑94 (MQ=60)
CGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACT < SRR4302542.951823/94‑1 (MQ=60)
GCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACTCTC > SRR4302542.5349583/1‑94 (MQ=60)
CAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACTCTCA < SRR4302542.1059610/94‑1 (MQ=60)
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ACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACTCTCA > NC_000913/2796472‑2796658
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
