Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,778,301 |
T→C |
V283A (GTA→GCA) |
lldD → |
L‑lactate dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,778,301 | 0 | T | C | 85.9%
| 741.5
/ 99.3
| 313 | V283A (GTA→GCA) | lldD | L‑lactate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/23); new base C (130/139); total (151/162) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.34e-01 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
ATCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAACGGGCT > NC_000913/3778210‑3778391
|
tCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCAATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCAc < 2:5827875/93‑1 (MQ=255)
ccTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTAct > 1:6191359/1‑93 (MQ=255)
ccTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCAct > 2:602581/1‑93 (MQ=255)
cTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCCGGACGGTGTActc < 1:2140365/93‑1 (MQ=255)
gATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCActctct < 2:5506348/93‑1 (MQ=255)
gATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCActctct < 1:2719712/93‑1 (MQ=255)
gATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGAGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCActctct > 1:2650059/1‑93 (MQ=255)
aTCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCtt > 1:4590862/1‑93 (MQ=255)
tCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTc < 2:3588038/93‑1 (MQ=255)
ggAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGc > 2:346908/1‑93 (MQ=255)
gAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGcc > 2:1337020/1‑93 (MQ=255)
tGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGc > 1:3935865/1‑93 (MQ=255)
tGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGc > 2:4833082/1‑93 (MQ=255)
gcgATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCActgc < 1:202706/93‑1 (MQ=255)
gcgATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCActgc > 2:6753202/1‑93 (MQ=255)
gcgATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCActgc < 2:4975837/93‑1 (MQ=255)
cgATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCActgcc < 2:2430273/93‑1 (MQ=255)
gATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCActgcct > 2:1608/1‑93 (MQ=255)
gATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCActgcct > 1:6105768/1‑93 (MQ=255)
gATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCActgcct < 2:2521364/93‑1 (MQ=255)
gATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCActgcct > 1:3344395/1‑93 (MQ=255)
tGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCActgcctgc < 2:5258364/93‑1 (MQ=255)
tGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCActgcctgc > 2:1474741/1‑93 (MQ=255)
gCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCt > 2:4313580/1‑93 (MQ=255)
gCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCt > 1:4089984/1‑93 (MQ=255)
gCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCt > 1:4312105/1‑93 (MQ=255)
gCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCt > 1:6897289/1‑93 (MQ=255)
gCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCt > 1:5459041/1‑93 (MQ=255)
cAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTa > 2:6230601/1‑93 (MQ=255)
cAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTa < 1:1693056/93‑1 (MQ=255)
aGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTAt < 1:2483837/93‑1 (MQ=255)
aGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTAt > 1:1351848/1‑93 (MQ=255)
gTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTAtt < 2:3171118/93‑1 (MQ=255)
gTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTAtt < 1:1144678/93‑1 (MQ=255)
gTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTAtt < 1:1113332/93‑1 (MQ=255)
gTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTAnt > 2:7431536/1‑93 (MQ=255)
tACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTg > 1:5085228/1‑93 (MQ=255)
tACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTg > 1:2583726/1‑93 (MQ=255)
gTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAg > 2:6336266/1‑93 (MQ=255)
gTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAg < 2:1993311/93‑1 (MQ=255)
ttttGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGa < 2:5192693/93‑1 (MQ=255)
ttttGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGa > 1:5730054/1‑93 (MQ=255)
ttttGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGa < 2:5323177/93‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATg < 1:70441/93‑1 (MQ=255)
tGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGt < 1:5368544/93‑1 (MQ=255)
cTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGa < 2:1371310/93‑1 (MQ=255)
tGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGaa > 2:2566520/1‑93 (MQ=255)
tGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGaa > 1:2783267/1‑93 (MQ=255)
gATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGaaa < 1:1494945/93‑1 (MQ=255)
aTGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAg < 1:3236057/93‑1 (MQ=255)
aTGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAg < 1:7499360/93‑1 (MQ=255)
tGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAgg > 2:6496814/1‑93 (MQ=255)
aaTTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGa < 1:4906470/93‑1 (MQ=255)
aTTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGat > 2:411054/1‑93 (MQ=255)
ttGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGata < 1:5886445/93‑1 (MQ=255)
ttGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGata > 2:7057474/1‑93 (MQ=255)
ttGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGata < 1:1748622/93‑1 (MQ=255)
ttGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGata < 1:715189/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGatat > 2:6512399/1‑93 (MQ=255)
gtgGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGAtata < 1:6724342/93‑1 (MQ=255)
gtgGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGAtata > 1:3804628/1‑93 (MQ=255)
tgGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAg < 2:3969938/93‑1 (MQ=255)
ggTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGc < 2:3786534/93‑1 (MQ=255)
ggTGTCTAACGACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCGCCCTCTCCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGc < 2:6861925/93‑1 (MQ=255)
gTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGcc > 1:6566368/1‑93 (MQ=255)
tttCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCa > 1:5958828/1‑93 (MQ=255)
ttCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCAt < 1:934629/93‑1 (MQ=255)
ttCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCAt < 1:624209/93‑1 (MQ=255)
tCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCAtt > 2:4160056/1‑93 (MQ=255)
tAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCt > 2:2165039/1‑93 (MQ=255)
tAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCt < 1:1779039/93‑1 (MQ=255)
tAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCt > 1:4225028/1‑93 (MQ=255)
tAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCt < 1:5981642/93‑1 (MQ=255)
ccACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGc < 2:45540/93‑1 (MQ=255)
ccACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGc > 1:4021079/1‑93 (MQ=255)
ccACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGc < 2:1278069/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGGCCGCCGGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCgg > 1:4151583/1‑93 (MQ=255)
cGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGa > 2:6952406/1‑93 (MQ=255)
ggTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGAt < 1:5903294/93‑1 (MQ=255)
ggTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGAt > 2:4890976/1‑93 (MQ=255)
ggTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGAt > 2:2879971/1‑93 (MQ=255)
gTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATa > 2:1050162/1‑93 (MQ=255)
ggCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGc < 1:3038186/93‑1 (MQ=255)
gccAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGaa > 1:3693676/1‑93 (MQ=255)
gccAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGaa < 2:3254101/93‑1 (MQ=255)
gccAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGaa < 1:4740547/93‑1 (MQ=255)
gccAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGaa < 1:5242474/93‑1 (MQ=255)
cAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAAtt > 2:2256211/1‑93 (MQ=255)
aGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTc > 1:6848579/1‑93 (MQ=255)
aGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTc > 2:1573294/1‑93 (MQ=255)
gCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCg < 1:2607818/93‑1 (MQ=255)
gCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCg > 1:3625997/1‑93 (MQ=255)
gCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCg > 1:7345716/1‑93 (MQ=255)
cTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGt < 1:5547402/93‑1 (MQ=255)
tGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTa > 2:1809893/1‑93 (MQ=255)
tGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTa > 2:5655407/1‑93 (MQ=255)
gACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAAc < 2:6076301/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAACg < 2:2981944/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAACg < 2:3068661/93‑1 (MQ=255)
tgtACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCGGGCGGATAGCGGAATTCGTAACGGGCt < 1:837107/93‑1 (MQ=255)
|
ATCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAACGGGCT > NC_000913/3778210‑3778391
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGATCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAACGGGCTTG > NC_000913/3778208‑3778393
|
GGATCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGT < SRR4302542.5553195/94‑1 (MQ=60)
GGATCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGC > SRR4302542.5355322/1‑94 (MQ=60)
GATCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTA > SRR4302542.590853/1‑94 (MQ=60)
GATCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCA > SRR4302542.2076554/1‑94 (MQ=60)
ATCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCAC > SRR4302542.1696168/1‑94 (MQ=60)
TCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACT > SRR4302542.6251589/1‑94 (MQ=60)
CCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTC > SRR4302542.4174901/1‑94 (MQ=60)
CTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCT < SRR4302542.1761039/94‑1 (MQ=60)
CTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCCGGACGGTGTACTCT < SRR4302542.2158834/94‑1 (MQ=60)
CGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCT > SRR4302542.2126702/1‑94 (MQ=60)
CGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGAGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCT > SRR4302542.2675653/1‑94 (MQ=60)
GATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTT < SRR4302542.2745935/94‑1 (MQ=60)
GATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTT > SRR4302542.7011545/1‑94 (MQ=60)
GATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTT < SRR4302542.3553462/94‑1 (MQ=60)
GATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTT > SRR4302542.4635762/1‑94 (MQ=60)
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GTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGA < SRR4302542.6412425/94‑1 (MQ=60)
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ATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGG < SRR4302542.7573102/94‑1 (MQ=60)
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GGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTG < SRR4302542.2654460/94‑1 (MQ=60)
GGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTG < SRR4302542.5954994/94‑1 (MQ=60)
GAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGaagagagtgc < SRR4302542.4310141/94‑11 (MQ=60)
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TTGTGGTTTCTAGCCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATAT < SRR4302542.896849/94‑1 (MQ=60)
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TTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATAT < SRR4302542.721359/94‑1 (MQ=60)
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TAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTG < SRR4302542.6039585/94‑1 (MQ=60)
TAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTG < SRR4302542.1794461/94‑1 (MQ=60)
ACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGC > SRR4302542.770323/1‑94 (MQ=60)
ACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGC > SRR4302542.4060758/1‑94 (MQ=60)
CCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCG < SRR4302542.3217724/94‑1 (MQ=60)
CACGGTGGCCGCCGGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGG > SRR4302542.4192466/1‑94 (MQ=60)
CACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGG < SRR4302542.5543543/94‑1 (MQ=60)
CACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGG > SRR4302542.619746/1‑94 (MQ=60)
ACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGA < SRR4302542.2950835/94‑1 (MQ=60)
CTGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCGCTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGAT < SRR4302542.2309878/94‑1 (MQ=60)
CGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGAT < SRR4302542.7534995/94‑1 (MQ=60)
CGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGAT > SRR4302542.730088/1‑94 (MQ=60)
CGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGAT < SRR4302542.5788134/94‑1 (MQ=60)
GGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATA > SRR4302542.4356362/1‑94 (MQ=60)
GGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATA < SRR4302542.5960520/94‑1 (MQ=60)
GTGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAG < SRR4302542.5369617/94‑1 (MQ=60)
TGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGC < SRR4302542.988467/94‑1 (MQ=60)
TGGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGC < SRR4302542.6632415/94‑1 (MQ=60)
GGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCG < SRR4302542.3067204/94‑1 (MQ=60)
GGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCG < SRR4302542.3678214/94‑1 (MQ=60)
GGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCG > SRR4302542.4213375/1‑94 (MQ=60)
GGCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCG > SRR4302542.6100665/1‑94 (MQ=60)
GCCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGG < SRR4302542.4052212/94‑1 (MQ=60)
CCGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGA < SRR4302542.252682/94‑1 (MQ=60)
CGCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAA > SRR4302542.3730233/1‑94 (MQ=60)
GCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAAT < SRR4302542.4786768/94‑1 (MQ=60)
GCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAAT < SRR4302542.7142168/94‑1 (MQ=60)
GCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAAT < SRR4302542.5293435/94‑1 (MQ=60)
GCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAAT > SRR4302542.1733930/1‑94 (MQ=60)
GCCAGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAAT > SRR4302542.6821743/1‑94 (MQ=60)
CAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTC > SRR4302542.6915843/1‑94 (MQ=60)
CAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTC > SRR4302542.5555037/1‑94 (MQ=60)
AGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCG < SRR4302542.6430894/94‑1 (MQ=60)
AGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCG < SRR4302542.5777079/94‑1 (MQ=60)
AGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCG > SRR4302542.3659774/1‑94 (MQ=60)
AGCTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCG > SRR4302542.7417661/1‑94 (MQ=60)
GCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGT < SRR4302542.2633034/94‑1 (MQ=60)
CTGGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTA < SRR4302542.5601316/94‑1 (MQ=60)
TGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGCAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAA < SRR4302542.6276195/94‑1 (MQ=60)
GGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAAC < SRR4302542.2134147/94‑1 (MQ=60)
GGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAAC < SRR4302542.4316781/94‑1 (MQ=60)
GGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAAC > SRR4302542.5442371/1‑94 (MQ=60)
GGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAAC < SRR4302542.2624152/94‑1 (MQ=60)
GGACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAAC < SRR4302542.690221/94‑1 (MQ=60)
GACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAACG < SRR4302542.5897644/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAACGG < SRR4302542.6006572/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAACGGG < SRR4302542.1770088/94‑1 (MQ=60)
TGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCGGGCGGATAGCGGAATTCGTAACGGGCTT < SRR4302542.844340/94‑1 (MQ=60)
GCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAACGGGCTTG < SRR4302542.4783537/94‑1 (MQ=60)
GCACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAACGGGCTTG > SRR4302542.3921464/1‑94 (MQ=60)
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GGATCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCCGCCAGCTGGACGGTGTACTCTCTTCCGCCCGTGCACTGCCTGCTATTGCAGATGCGGTGAAAGGTGATATAGCCATTCTGGCGGATAGCGGAATTCGTAACGGGCTTG > NC_000913/3778208‑3778393
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
