Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,856,410 |
A→G |
I445T (ATC→ACC) |
yidK ← |
putative cotransporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,856,410 | 0 | A | G | 80.7%
| 640.0
/ 164.1
| 316 | I445T (ATC→ACC) | yidK | putative cotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/35); new base G (113/142); total (139/177) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
CATCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCACGTTG > NC_000913/3856319‑3856502
|
aTCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGtt > 2:2098219/1‑93 (MQ=255)
aTCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGtt < 1:2835858/93‑1 (MQ=255)
tCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTa < 1:5086267/93‑1 (MQ=255)
tCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTa < 2:3573852/93‑1 (MQ=255)
tCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTa < 2:1427752/93‑1 (MQ=255)
tCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTa < 2:6599187/93‑1 (MQ=255)
tCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTa < 1:4372458/93‑1 (MQ=255)
tCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTa > 2:6337296/1‑93 (MQ=255)
cACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTAt < 2:2754633/93‑1 (MQ=255)
aCGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATg > 1:1763177/1‑93 (MQ=255)
cGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGc < 2:6543707/93‑1 (MQ=255)
gACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGcc > 1:4740246/1‑93 (MQ=255)
cACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAAt < 1:7315109/93‑1 (MQ=255)
cGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATcc < 2:3322122/93‑1 (MQ=255)
gTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATccc < 2:7525032/93‑1 (MQ=255)
ttGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATcccc < 1:2287998/93‑1 (MQ=255)
ttGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATcccc > 2:3531497/1‑93 (MQ=255)
ttGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATcccc < 2:4242255/93‑1 (MQ=255)
tGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCa < 2:302816/93‑1 (MQ=255)
gATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAACCCCCAt < 2:7094137/93‑1 (MQ=255)
aTGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATc < 1:3448098/93‑1 (MQ=255)
aTGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATc < 1:1314720/93‑1 (MQ=255)
tGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCg > 2:5880478/1‑93 (MQ=255)
gCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGc < 1:6433302/93‑1 (MQ=255)
gCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGc < 1:5852911/93‑1 (MQ=255)
gAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTAc < 1:1154112/93‑1 (MQ=255)
gAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTAc < 1:4945584/93‑1 (MQ=255)
gAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTAc > 2:3974928/1‑93 (MQ=255)
gAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTAc < 2:1334894/93‑1 (MQ=255)
aCGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACtt < 2:3621249/93‑1 (MQ=255)
gTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACtttt > 2:5811348/1‑93 (MQ=255)
gTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACtttt < 2:664354/93‑1 (MQ=255)
gTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACtttt > 1:930792/1‑93 (MQ=255)
tACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTg > 1:1687209/1‑93 (MQ=255)
aCAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTgc < 1:5457137/93‑1 (MQ=255)
aCAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTgc > 2:6192523/1‑93 (MQ=255)
ggCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTgccgc < 2:1766177/93‑1 (MQ=255)
ccAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCa < 1:6609139/93‑1 (MQ=255)
ccAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCa < 1:1963422/93‑1 (MQ=255)
cAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAg < 1:7072908/93‑1 (MQ=255)
cAGCACATAGAGGAAATGGAAATCGAACTTCACCAGATAATTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCaa > 1:6223619/1‑92 (MQ=255)
cacaTAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAgcgc > 1:1245414/1‑93 (MQ=255)
aTAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCgg < 2:5365858/93‑1 (MQ=255)
aTAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCgg < 1:2743559/93‑1 (MQ=255)
aTAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCgg > 1:4211627/1‑93 (MQ=255)
aTAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCgg < 2:1990145/93‑1 (MQ=255)
tAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCggg > 1:6951920/1‑93 (MQ=255)
tAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCggg > 2:2443575/1‑93 (MQ=255)
tAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCggg < 2:1678652/93‑1 (MQ=255)
gagGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGAt > 2:1664834/1‑93 (MQ=255)
agGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATg > 2:5475968/1‑93 (MQ=255)
ggAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATgc > 2:2927232/1‑93 (MQ=255)
ggAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATgc < 1:4842212/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATgcgc < 1:4143951/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATgcgc < 2:3660183/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATgcgc < 1:1048811/93‑1 (MQ=255)
aTGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCgg < 1:1530207/93‑1 (MQ=255)
gAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGgaa < 1:3327115/93‑1 (MQ=255)
gAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGgaa > 1:595466/1‑93 (MQ=255)
gAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGgaa > 1:3210505/1‑93 (MQ=255)
aGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGgaaga < 2:2380283/93‑1 (MQ=255)
aGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGgaaga > 2:4975551/1‑93 (MQ=255)
cGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGaaaa < 2:69868/93‑1 (MQ=255)
aaCTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAg < 2:814076/93‑1 (MQ=255)
ttCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGccc < 2:5135069/93‑1 (MQ=255)
tCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCa < 2:1907503/93‑1 (MQ=255)
tCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCa < 2:5956861/93‑1 (MQ=255)
aCCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATa > 1:1395260/1‑93 (MQ=255)
ccAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATaa > 2:7328683/1‑93 (MQ=255)
cAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAat < 2:294727/93‑1 (MQ=255)
aGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAatg < 1:7055993/93‑1 (MQ=255)
gATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAatga < 1:5766234/93‑1 (MQ=255)
gATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAatga > 2:3490299/1‑93 (MQ=255)
gATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAatga > 2:3851485/1‑93 (MQ=255)
gATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAatga < 2:4578619/93‑1 (MQ=255)
aTAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAatgat < 2:5212755/93‑1 (MQ=255)
tAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAatgatg > 2:4035299/1‑93 (MQ=255)
aGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAatgatga < 1:3956148/93‑1 (MQ=255)
aGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAatgatga < 2:1102990/93‑1 (MQ=255)
gATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGt < 1:4520743/93‑1 (MQ=255)
gATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGt > 1:3286252/1‑93 (MQ=255)
aTGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTa > 2:776540/1‑93 (MQ=255)
ggTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAAc < 1:6707188/93‑1 (MQ=255)
gTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAAcc < 2:5260858/93‑1 (MQ=255)
gATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAg > 2:5635247/1‑93 (MQ=255)
gATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAg < 2:5014752/93‑1 (MQ=255)
aTGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGc > 2:6038300/1‑93 (MQ=255)
aTGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGc > 2:1287378/1‑93 (MQ=255)
tGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCg > 2:4761800/1‑93 (MQ=255)
tGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCACGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCg < 1:4647574/93‑1 (MQ=255)
gTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCgg < 1:7464456/93‑1 (MQ=255)
gTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCgg > 1:5275288/1‑93 (MQ=255)
gTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCgg > 2:2718753/1‑93 (MQ=255)
gTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGAATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCgg < 1:7172135/93‑1 (MQ=255)
tAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGc < 2:3779420/93‑1 (MQ=255)
aGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCa > 2:5752652/1‑93 (MQ=255)
aGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCa < 2:2508979/93‑1 (MQ=255)
gCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCAc > 1:363936/1‑93 (MQ=255)
cTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCACg > 1:3835666/1‑93 (MQ=255)
aTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCACGTTg > 2:5407282/1‑93 (MQ=255)
|
CATCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCACGTTG > NC_000913/3856319‑3856502
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AGCATCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCACGTTGT > NC_000913/3856317‑3856503
|
AGCATCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGG > SRR4302542.7236599/1‑94 (MQ=60)
CATCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTT > SRR4302542.4003762/1‑94 (MQ=60)
CATCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATT > SRR4302542.1722008/1‑94 (MQ=60)
ATCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTA < SRR4302542.2863118/94‑1 (MQ=60)
ATCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTA > SRR4302542.1149399/1‑94 (MQ=60)
ATCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTA > SRR4302542.6437623/1‑94 (MQ=60)
TCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTAT < SRR4302542.4415378/94‑1 (MQ=60)
TCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTAT < SRR4302542.3248481/94‑1 (MQ=60)
TCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTAT < SRR4302542.4934430/94‑1 (MQ=60)
TCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTAT < SRR4302542.5135700/94‑1 (MQ=60)
CACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATG < SRR4302542.7035815/94‑1 (MQ=60)
CACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATG > SRR4302542.2861271/1‑94 (MQ=60)
CACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATG > SRR4302542.1778470/1‑94 (MQ=60)
CGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCC > SRR4302542.4786465/1‑94 (MQ=60)
GACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGGGATGAAGCTGGTAATGCCA > SRR4302542.4735204/1‑94 (MQ=60)
CACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATC < SRR4302542.7386759/94‑1 (MQ=60)
CACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATC > SRR4302542.5863074/1‑94 (MQ=60)
ACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCC < SRR4302542.1307780/94‑1 (MQ=60)
CGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCC > SRR4302542.4681867/1‑94 (MQ=60)
CGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCC < SRR4302542.6872503/94‑1 (MQ=60)
CGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCC > SRR4302542.2288269/1‑94 (MQ=60)
GTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCC > SRR4302542.1236038/1‑94 (MQ=60)
TTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCA < SRR4302542.2307657/94‑1 (MQ=60)
TGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCAT < SRR4302542.1547089/94‑1 (MQ=60)
GATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATC < SRR4302542.319116/94‑1 (MQ=60)
ATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCG < SRR4302542.54409/94‑1 (MQ=60)
ATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCG < SRR4302542.3480360/94‑1 (MQ=60)
ATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCG < SRR4302542.1326051/94‑1 (MQ=60)
ATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCG < SRR4302542.6706588/94‑1 (MQ=60)
GCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCT < SRR4302542.6496685/94‑1 (MQ=60)
GCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCT < SRR4302542.5909674/94‑1 (MQ=60)
CAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTA > SRR4302542.2718298/1‑94 (MQ=60)
AGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTAC > SRR4302542.4336059/1‑94 (MQ=60)
AGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTAC > SRR4302542.4309035/1‑94 (MQ=60)
GAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACT < SRR4302542.4993635/94‑1 (MQ=60)
GAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACT < SRR4302542.1164002/94‑1 (MQ=60)
AACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTT < SRR4302542.7148393/94‑1 (MQ=60)
CGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTT > SRR4302542.3267396/1‑94 (MQ=60)
CGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTT > SRR4302542.938797/1‑94 (MQ=60)
GTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTG < SRR4302542.4738322/94‑1 (MQ=60)
GTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTG > SRR4302542.1701817/1‑94 (MQ=60)
TACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGC < SRR4302542.6542994/94‑1 (MQ=60)
ACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCC < SRR4302542.4904880/94‑1 (MQ=60)
ACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCC < SRR4302542.5510147/94‑1 (MQ=60)
AGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGC > SRR4302542.3927626/1‑94 (MQ=60)
GCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCA < SRR4302542.6710764/94‑1 (MQ=60)
GCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCA > SRR4302542.5935184/1‑94 (MQ=60)
GCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCA > SRR4302542.3877515/1‑94 (MQ=60)
GCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCA > SRR4302542.1086345/1‑94 (MQ=60)
CCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAG < SRR4302542.1980394/94‑1 (MQ=60)
CCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAG < SRR4302542.6674244/94‑1 (MQ=60)
CCAGCACATAGAGGAAATGGAAATCGAACTTCACCAGATAATTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAA > SRR4302542.6284909/1‑94 (MQ=60)
CAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGC < SRR4302542.7142320/94‑1 (MQ=60)
CAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGC < SRR4302542.7141653/94‑1 (MQ=60)
CAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGC < SRR4302542.7141648/94‑1 (MQ=60)
CAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGC < SRR4302542.6177072/94‑1 (MQ=60)
AGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCG < SRR4302542.7063372/94‑1 (MQ=60)
AGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCG > SRR4302542.3346968/1‑94 (MQ=60)
AGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCG < SRR4302542.1296528/94‑1 (MQ=60)
GCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGC > SRR4302542.1256122/1‑94 (MQ=60)
CACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCC < SRR4302542.1917619/94‑1 (MQ=60)
CACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCC > SRR4302542.6164401/1‑94 (MQ=60)
ACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCG < SRR4302542.5073229/94‑1 (MQ=60)
CATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGG < SRR4302542.5148346/94‑1 (MQ=60)
CATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGG > SRR4302542.4253133/1‑94 (MQ=60)
ATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGG < SRR4302542.5740173/94‑1 (MQ=60)
ATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGG < SRR4302542.7596349/94‑1 (MQ=60)
ATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGG < SRR4302542.2770009/94‑1 (MQ=60)
ATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGG > SRR4302542.7020229/1‑94 (MQ=60)
AGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGAT < SRR4302542.48444/94‑1 (MQ=60)
AGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGAT < SRR4302542.4758379/94‑1 (MQ=60)
AGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGAT > SRR4302542.3444619/1‑94 (MQ=60)
AGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGAT < SRR4302542.4235710/94‑1 (MQ=60)
GAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATG > SRR4302542.1491368/1‑94 (MQ=60)
AGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGC > SRR4302542.5442369/1‑94 (MQ=60)
GGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCG > SRR4302542.1937732/1‑94 (MQ=60)
GGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCG < SRR4302542.4889373/94‑1 (MQ=60)
AAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCG < SRR4302542.4184780/94‑1 (MQ=60)
AAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCG > SRR4302542.1386640/1‑94 (MQ=60)
AAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCG < SRR4302542.1057837/94‑1 (MQ=60)
AATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGG < SRR4302542.7389473/94‑1 (MQ=60)
AATGGAAGCCGAACTTCACCAGCTAGATGATGGGGAAGTAACTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGTGCCGGGATGCGCGG > SRR4302542.1461869/1‑94 (MQ=60)
ATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTAGTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGG < SRR4302542.7444814/94‑1 (MQ=60)
ATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGG < SRR4302542.1543420/94‑1 (MQ=60)
TGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGA > SRR4302542.3818790/1‑94 (MQ=60)
GGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAA > SRR4302542.3240900/1‑94 (MQ=60)
GGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAA > SRR4302542.600602/1‑94 (MQ=60)
GAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAG < SRR4302542.3358438/94‑1 (MQ=60)
GAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAG < SRR4302542.3478321/94‑1 (MQ=60)
AGTCGAATTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGAATATGCCAACCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAA < SRR4302542.4633645/94‑1 (MQ=60)
CGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAA < SRR4302542.420716/94‑1 (MQ=60)
GAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAG > SRR4302542.1776275/1‑94 (MQ=60)
GAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAG > SRR4302542.4425458/1‑94 (MQ=60)
GAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAG > SRR4302542.1394873/1‑94 (MQ=60)
AACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGC > SRR4302542.1571147/1‑94 (MQ=60)
AACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGC > SRR4302542.3059737/1‑94 (MQ=60)
AACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGC > SRR4302542.3598332/1‑94 (MQ=60)
ACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCACATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCC > SRR4302542.641849/1‑94 (MQ=60)
CTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCC > SRR4302542.5743187/1‑94 (MQ=60)
CTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCC < SRR4302542.1246397/94‑1 (MQ=60)
TCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCAT < SRR4302542.4141033/94‑1 (MQ=60)
TCACCAGATAGTTGAAGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCAT < SRR4302542.7388062/94‑1 (MQ=60)
CACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATA < SRR4302542.3807944/94‑1 (MQ=60)
CACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATA > SRR4302542.1407313/1‑94 (MQ=60)
CAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATG < SRR4302542.2773015/94‑1 (MQ=60)
AGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGA < SRR4302542.7125255/94‑1 (MQ=60)
AGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGA > SRR4302542.948782/1‑94 (MQ=60)
AGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGA > SRR4302542.2980391/1‑94 (MQ=60)
GATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGAT < SRR4302542.5822212/94‑1 (MQ=60)
GATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGAT < SRR4302542.7552023/94‑1 (MQ=60)
ATAGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATG < SRR4302542.7219801/94‑1 (MQ=60)
ATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATG < SRR4302542.5182205/94‑1 (MQ=60)
AGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGAT < SRR4302542.5057746/94‑1 (MQ=60)
AGTTGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGAT < SRR4302542.3995204/94‑1 (MQ=60)
AGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGAT > SRR4302542.7336648/1‑94 (MQ=60)
TGATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGT > SRR4302542.3317281/1‑94 (MQ=60)
GATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTA > SRR4302542.5870291/1‑94 (MQ=60)
GATGGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTA < SRR4302542.4565033/94‑1 (MQ=60)
ATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAA > SRR4302542.48681/1‑94 (MQ=60)
GGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACC < SRR4302542.1637742/94‑1 (MQ=60)
GGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACC < SRR4302542.5985582/94‑1 (MQ=60)
GGTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACC < SRR4302542.6773260/94‑1 (MQ=60)
GTGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCA < SRR4302542.7329805/94‑1 (MQ=60)
TGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAG < SRR4302542.3967338/94‑1 (MQ=60)
TGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAG < SRR4302542.3334629/94‑1 (MQ=60)
TGATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAG > SRR4302542.3652787/1‑94 (MQ=60)
GATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGC > SRR4302542.4450746/1‑94 (MQ=60)
ATGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCG < SRR4302542.5818697/94‑1 (MQ=60)
TGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGG > SRR4302542.5326551/1‑94 (MQ=60)
TGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGG < SRR4302542.235353/94‑1 (MQ=60)
TGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGG < SRR4302542.2210651/94‑1 (MQ=60)
TGTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCACGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGG < SRR4302542.4693017/94‑1 (MQ=60)
GTAGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGC < SRR4302542.7537586/94‑1 (MQ=60)
GTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGAATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGC < SRR4302542.7242488/94‑1 (MQ=60)
AGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCAC > SRR4302542.367100/1‑94 (MQ=60)
AGCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCAC > SRR4302542.6669517/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCACG > SRR4302542.3873600/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCACG > SRR4302542.6938269/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCACG < SRR4302542.6694380/94‑1 (MQ=60)
TGGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCACGTT < SRR4302542.2530239/94‑1 (MQ=60)
GGTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCACGTTG > SRR4302542.3064334/1‑94 (MQ=60)
GTTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCACGTTGT < SRR4302542.6812408/94‑1 (MQ=60)
|
AGCATCACGACCACGTTGATGCAGAACGTACAGGCCAGCACATAGAGGAAATGGAAGTCGAACTTCACCAGATAGTTGATGGTGATGTAGCTGATTATGCCAATCCCCATCGCTACTTTTGCCGCCAGCGCCGGGATGCGCGGGAAGAAAAAGCCCATAATGATGATGGTAACCAGCGGCACGTTGT > NC_000913/3856317‑3856503
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
