Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,888,054 |
A→G |
N64D (AAT→GAT) |
tnaB → |
low affinity tryptophan permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,888,054 | 0 | A | G | 86.2%
| 726.0
/ 101.2
| 296 | N64D (AAT→GAT) | tnaB | low affinity tryptophan permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/17); new base G (132/123); total (156/140) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.20e-01 |
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
TCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTGCC > NC_000913/3887963‑3888146
|
cTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGAt < 2:2549086/93‑1 (MQ=255)
ttGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGAtt < 1:5441217/93‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAAttt < 2:1944915/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTa > 2:1479833/1‑93 (MQ=255)
ccGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTaa > 2:1791207/1‑93 (MQ=255)
cGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTaaa < 2:5947399/93‑1 (MQ=255)
gTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAAtt > 2:6509804/1‑93 (MQ=255)
tGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTa < 2:2159263/93‑1 (MQ=255)
tGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTa < 2:5271645/93‑1 (MQ=255)
tGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTa < 1:1943074/93‑1 (MQ=255)
gCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTAt < 2:6045337/93‑1 (MQ=255)
ccTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATc < 1:3505641/93‑1 (MQ=255)
ccTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATc < 1:6479058/93‑1 (MQ=255)
cTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATcc > 2:5023404/1‑93 (MQ=255)
tGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATccc > 1:1997518/1‑93 (MQ=255)
tGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATccc > 1:2957896/1‑93 (MQ=255)
tGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATccc > 1:7409325/1‑93 (MQ=255)
tGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATccc > 1:3750365/1‑93 (MQ=255)
ggTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCg < 1:7124361/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGt > 2:5495989/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGt > 2:2844281/1‑93 (MQ=255)
tttttCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTc < 1:4655690/93‑1 (MQ=255)
ggggTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCa < 2:405136/93‑1 (MQ=255)
ggTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGt > 2:6558250/1‑93 (MQ=255)
ggTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGt < 2:727047/93‑1 (MQ=255)
gTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGtt > 2:6791496/1‑93 (MQ=255)
tGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGttt > 1:751706/1‑93 (MQ=255)
gCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGtttt > 1:5542768/1‑93 (MQ=255)
gCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGttnn > 1:1297794/1‑91 (MQ=255)
cTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTaa < 2:6379805/93‑1 (MQ=255)
cTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTaa > 1:3609087/1‑93 (MQ=255)
tttATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAac < 2:673700/93‑1 (MQ=255)
tttATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAac > 2:3807022/1‑93 (MQ=255)
tttATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAac > 1:4784295/1‑93 (MQ=255)
tttATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAac > 1:6689311/1‑93 (MQ=255)
tttATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAac > 2:2949328/1‑93 (MQ=255)
ttATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAaca > 1:3913903/1‑93 (MQ=255)
tCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCa > 1:5938621/1‑93 (MQ=255)
ccTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCAt > 2:4923629/1‑93 (MQ=255)
cTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATc < 2:1156678/93‑1 (MQ=255)
tATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCAc > 2:3250890/1‑93 (MQ=255)
tCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCa > 1:1471488/1‑93 (MQ=255)
tCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCa < 1:4853492/93‑1 (MQ=255)
cATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCaa > 1:6818491/1‑93 (MQ=255)
aTTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCaaa < 2:697284/93‑1 (MQ=255)
ttGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAg > 1:2642795/1‑93 (MQ=255)
gCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGAt > 1:1156167/1‑93 (MQ=255)
ccTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGAtt > 1:6259387/1‑93 (MQ=255)
ccTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGAtt < 1:3036531/93‑1 (MQ=255)
cTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGAttt > 2:1426845/1‑93 (MQ=255)
cTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGAttt > 1:3550773/1‑93 (MQ=255)
cTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGAttt > 2:612889/1‑93 (MQ=255)
ggTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTaa < 1:2348134/93‑1 (MQ=255)
gTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAAt < 1:841257/93‑1 (MQ=255)
gTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAAt > 2:3435167/1‑93 (MQ=255)
tttCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCg < 2:5911893/93‑1 (MQ=255)
ttaaTTCTTCCTTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGGCGGCTCCAATTTTAACACCATCGCCAAAGATTTAATCGGt < 1:5734700/91‑1 (MQ=255)
tCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGt > 1:6376124/1‑93 (MQ=255)
tCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGt > 1:7274976/1‑93 (MQ=255)
cAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTACCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTa < 1:7003895/93‑1 (MQ=255)
aaTGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTaa < 2:7344161/93‑1 (MQ=255)
aaTGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTaa > 2:5582578/1‑93 (MQ=255)
aaTGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTaa > 2:3160700/1‑93 (MQ=255)
aaTGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTaa > 1:7480697/1‑93 (MQ=255)
tGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAaca > 2:1066011/1‑93 (MQ=255)
gCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAacac > 2:5781990/1‑93 (MQ=255)
gCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAacac > 2:5673635/1‑93 (MQ=255)
cTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACAcc < 1:4200244/93‑1 (MQ=255)
ttCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCt > 2:271951/1‑93 (MQ=255)
ttCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCt > 1:2132800/1‑93 (MQ=255)
tCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTg < 2:1700476/93‑1 (MQ=255)
tCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTg < 1:434391/93‑1 (MQ=255)
tCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTg < 2:4634514/93‑1 (MQ=255)
aTTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGa < 2:2230487/93‑1 (MQ=255)
ttCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGaa > 1:5667436/1‑93 (MQ=255)
ttCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGaa > 2:4790326/1‑93 (MQ=255)
ccGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACa < 1:5143758/93‑1 (MQ=255)
gggTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACAtt > 1:7376101/1‑93 (MQ=255)
gttattgttattAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTAt > 2:2102479/1‑93 (MQ=255)
gttattgttattAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTAt > 1:3193923/1‑93 (MQ=255)
ttattgttattAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATc < 2:3676139/93‑1 (MQ=255)
ttgttattAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGc > 2:6227441/1‑93 (MQ=255)
ttgttattAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGc < 1:1594094/93‑1 (MQ=255)
tgttattAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCg < 1:2779395/93‑1 (MQ=255)
gttattAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCgg > 2:75204/1‑93 (MQ=255)
gttattAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCgg < 2:4703680/93‑1 (MQ=255)
gttattAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCgg > 1:4071288/1‑93 (MQ=255)
tattaGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTa < 2:1239245/93‑1 (MQ=255)
attaGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTAt < 2:6181575/93‑1 (MQ=255)
attaGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTAt < 2:3993556/93‑1 (MQ=255)
ttaGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTAtt > 1:3293805/1‑93 (MQ=255)
taGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTa < 2:4865201/93‑1 (MQ=255)
aGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTAc < 2:1670169/93‑1 (MQ=255)
gAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTAcc > 2:6894373/1‑93 (MQ=255)
aaGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCg < 2:2797480/93‑1 (MQ=255)
aGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGt > 2:1558300/1‑93 (MQ=255)
gCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGtt < 2:4151931/93‑1 (MQ=255)
gCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGtt < 2:3565467/93‑1 (MQ=255)
gCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGtt > 1:103760/1‑93 (MQ=255)
aaTTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTGcc > 2:5200336/1‑93 (MQ=255)
|
TCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTGCC > NC_000913/3887963‑3888146
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GATCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTGCCT > NC_000913/3887961‑3888147
|
GATCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAG < SRR4302542.6780701/94‑1 (MQ=60)
ATCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGA < SRR4302542.2862944/94‑1 (MQ=60)
TCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGAT < SRR4302542.3007424/94‑1 (MQ=60)
TCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAAT < SRR4302542.5185454/94‑1 (MQ=60)
CTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATT < SRR4302542.7468863/94‑1 (MQ=60)
TTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTT < SRR4302542.1233876/94‑1 (MQ=60)
TTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTT < SRR4302542.5494080/94‑1 (MQ=60)
TGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTA > SRR4302542.4148098/1‑94 (MQ=60)
CCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAA > SRR4302542.6770725/1‑94 (MQ=60)
CGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAAT > SRR4302542.4660635/1‑94 (MQ=60)
CGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAAT < SRR4302542.1661561/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAAT < SRR4302542.7383143/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAAT < SRR4302542.1435348/94‑1 (MQ=60)
GTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTA < SRR4302542.6217308/94‑1 (MQ=60)
TGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTAT < SRR4302542.1531047/94‑1 (MQ=60)
TGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTAT < SRR4302542.1959877/94‑1 (MQ=60)
TGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTAT < SRR4302542.3616945/94‑1 (MQ=60)
CCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCC > SRR4302542.82896/1‑94 (MQ=60)
CCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCC < SRR4302542.3538429/94‑1 (MQ=60)
CCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCC < SRR4302542.6542889/94‑1 (MQ=60)
CTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCC > SRR4302542.2014752/1‑94 (MQ=60)
CTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCC > SRR4302542.2986250/1‑94 (MQ=60)
CTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCC > SRR4302542.7481843/1‑94 (MQ=60)
CTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCC > SRR4302542.3787472/1‑94 (MQ=60)
GGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGT < SRR4302542.7194285/94‑1 (MQ=60)
GTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTC < SRR4302542.7557991/94‑1 (MQ=60)
TTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCG < SRR4302542.4701207/94‑1 (MQ=60)
TTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCTGATTTAAATTATCCCGTCGGC > SRR4302542.5755716/1‑94 (MQ=60)
TTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCT > SRR4302542.316594/1‑94 (MQ=60)
TCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTC < SRR4302542.5661433/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTT < SRR4302542.7454847/94‑1 (MQ=60)
GTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTT > SRR4302542.7549362/1‑94 (MQ=60)
GTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTT > SRR4302542.758209/1‑94 (MQ=60)
GTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTT > SRR4302542.6156304/1‑94 (MQ=60)
TGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTT < SRR4302542.3551425/94‑1 (MQ=60)
TGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTT < SRR4302542.1193857/94‑1 (MQ=60)
TGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTT > SRR4302542.5596643/1‑94 (MQ=60)
TGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTNN > SRR4302542.1308967/1‑94 (MQ=60)
CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAA > SRR4302542.6473926/1‑94 (MQ=60)
CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAA > SRR4302542.3642719/1‑94 (MQ=60)
CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAA > SRR4302542.3838215/1‑94 (MQ=60)
CTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAAC > SRR4302542.6755208/1‑94 (MQ=60)
CTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAAC > SRR4302542.4636535/1‑94 (MQ=60)
CTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAAC > SRR4302542.4830926/1‑94 (MQ=60)
CTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAAC > SRR4302542.6325191/1‑94 (MQ=60)
TTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACA > SRR4302542.3952525/1‑94 (MQ=60)
TTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACA > SRR4302542.909155/1‑94 (MQ=60)
TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACC > SRR4302542.2314971/1‑94 (MQ=60)
ATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCA > SRR4302542.3027403/1‑94 (MQ=60)
ATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCA > SRR4302542.5996152/1‑94 (MQ=60)
TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCAT > SRR4302542.4728409/1‑94 (MQ=60)
TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCAT < SRR4302542.5529004/94‑1 (MQ=60)
CCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATC < SRR4302542.2841106/94‑1 (MQ=60)
CCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATC < SRR4302542.3147130/94‑1 (MQ=60)
CCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATC < SRR4302542.3597068/94‑1 (MQ=60)
CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCA > SRR4302542.5448945/1‑94 (MQ=60)
CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCA > SRR4302542.2065695/1‑94 (MQ=60)
ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCA > SRR4302542.1484194/1‑94 (MQ=60)
TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAA > SRR4302542.6885518/1‑94 (MQ=60)
TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAA < SRR4302542.4900752/94‑1 (MQ=60)
ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAG < SRR4302542.7281119/94‑1 (MQ=60)
ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAG > SRR4302542.2668319/1‑94 (MQ=60)
ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAG < SRR4302542.2806741/94‑1 (MQ=60)
TTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGA > SRR4302542.848432/1‑94 (MQ=60)
TGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGAT > SRR4302542.6586915/1‑94 (MQ=60)
TGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGAT > SRR4302542.1166074/1‑94 (MQ=60)
TGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGAT > SRR4302542.3314974/1‑94 (MQ=60)
TGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGAT > SRR4302542.5970299/1‑94 (MQ=60)
GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATT > SRR4302542.6321063/1‑94 (MQ=60)
CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTT > SRR4302542.1682352/1‑94 (MQ=60)
CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTT < SRR4302542.3065494/94‑1 (MQ=60)
CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTT < SRR4302542.7412107/94‑1 (MQ=60)
CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTT > SRR4302542.3583966/1‑94 (MQ=60)
CTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTA > SRR4302542.422237/1‑94 (MQ=60)
CTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTA > SRR4302542.5942297/1‑94 (MQ=60)
TGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAA > SRR4302542.6897678/1‑94 (MQ=60)
GGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAAT < SRR4302542.4831313/94‑1 (MQ=60)
GGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAAT < SRR4302542.2368285/94‑1 (MQ=60)
GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATC < SRR4302542.5709818/94‑1 (MQ=60)
GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATC < SRR4302542.848522/94‑1 (MQ=60)
GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATC < SRR4302542.3717408/94‑1 (MQ=60)
TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCG < SRR4302542.1424047/94‑1 (MQ=60)
TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCG > SRR4302542.3060796/1‑94 (MQ=60)
TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGT > SRR4302542.6438905/1‑94 (MQ=60)
TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGT > SRR4302542.7346280/1‑94 (MQ=60)
TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGT > SRR4302542.7017411/1‑94 (MQ=60)
TTAATTCTTCCTTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGGCGGCTCCAATTTTAACACCATCGCCAAAGATTTAATCGGTA < SRR4302542.5790353/94‑1 (MQ=60)
CAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAA > SRR4302542.7177617/1‑94 (MQ=60)
CAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAA > SRR4302542.7554024/1‑94 (MQ=60)
CAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAA > SRR4302542.4365655/1‑94 (MQ=60)
CAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTACCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAA < SRR4302542.7072692/94‑1 (MQ=60)
AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAAC < SRR4302542.272864/94‑1 (MQ=60)
AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAAC < SRR4302542.3909173/94‑1 (MQ=60)
AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAAC < SRR4302542.7483864/94‑1 (MQ=60)
ATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACA > SRR4302542.7582367/1‑94 (MQ=60)
GCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATtcacaacacc > SRR4302542.4997259/1‑84 (MQ=60)
GCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACC > SRR4302542.2570834/1‑94 (MQ=60)
CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCT > SRR4302542.2151203/1‑94 (MQ=60)
CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCT < SRR4302542.4241652/94‑1 (MQ=60)
CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCT > SRR4302542.2090686/1‑94 (MQ=60)
CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCT < SRR4302542.2001772/94‑1 (MQ=60)
CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCT < SRR4302542.684218/94‑1 (MQ=60)
TCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGG < SRR4302542.438152/94‑1 (MQ=60)
CATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGA < SRR4302542.1135113/94‑1 (MQ=60)
CATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGA > SRR4302542.3562390/1‑94 (MQ=60)
ATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAA > SRR4302542.5722484/1‑94 (MQ=60)
TTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAAC > SRR4302542.3728349/1‑94 (MQ=60)
TCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACA > SRR4302542.5787730/1‑94 (MQ=60)
CCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACAT < SRR4302542.5137171/94‑1 (MQ=60)
CCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACAT < SRR4302542.5193756/94‑1 (MQ=60)
CGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATT < SRR4302542.1557372/94‑1 (MQ=60)
CGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATT > SRR4302542.7448326/1‑94 (MQ=60)
CGGGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATT > SRR4302542.7126844/1‑94 (MQ=60)
GGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTA > SRR4302542.55366/1‑94 (MQ=60)
GGTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTAT > SRR4302542.6347055/1‑94 (MQ=60)
GGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTAT > SRR4302542.3224170/1‑94 (MQ=60)
GTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATC < SRR4302542.5486208/94‑1 (MQ=60)
GTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATC > SRR4302542.222737/1‑94 (MQ=60)
GTTATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATC > SRR4302542.3305189/1‑94 (MQ=60)
TATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAG > SRR4302542.3979034/1‑94 (MQ=60)
ATTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTAGAACATTATCAGC < SRR4302542.3508227/94‑1 (MQ=60)
TTGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCG < SRR4302542.1607864/94‑1 (MQ=60)
TTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCG < SRR4302542.4000893/94‑1 (MQ=60)
TGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGG < SRR4302542.2806161/94‑1 (MQ=60)
TGTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGG > SRR4302542.4111433/1‑94 (MQ=60)
GTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGT < SRR4302542.2007512/94‑1 (MQ=60)
GTTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGT > SRR4302542.4790170/1‑94 (MQ=60)
TTATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTA < SRR4302542.270251/94‑1 (MQ=60)
TATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTAT > SRR4302542.7235037/1‑94 (MQ=60)
ATTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATT > SRR4302542.3324888/1‑94 (MQ=60)
TTAGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTA > SRR4302542.4248359/1‑94 (MQ=60)
AGAAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACC > SRR4302542.2533181/1‑94 (MQ=60)
AGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACC < SRR4302542.4835296/94‑1 (MQ=60)
AAGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGT < SRR4302542.5478566/94‑1 (MQ=60)
AGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTT > SRR4302542.3466470/1‑94 (MQ=60)
AGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTT > SRR4302542.104621/1‑94 (MQ=60)
AGCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTT < SRR4302542.6477300/94‑1 (MQ=60)
GCAGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTG < SRR4302542.666571/94‑1 (MQ=60)
AGATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTGCC < SRR4302542.5173091/94‑1 (MQ=60)
GATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTGCCT > SRR4302542.4581842/1‑94 (MQ=60)
|
GATCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGAAGCAAATTTAAATTATCCCGTCGGCTCCAGTTTTAACACCATCACCAAAGATTTAATCGGTAACACCTGGAACATTATCAGCGGTATTACCGTTGCCT > NC_000913/3887961‑3888147
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
