Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,915,980 |
G→A |
G502G (GGC→GGT) |
atpA ← |
membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, alpha‑subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,915,980 | 0 | G | A | 84.8%
| 836.1
/ 104.0
| 336 | G502G (GGC→GGT) | atpA | membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, alpha‑subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/22); new base A (152/132); total (181/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.35e-02 |
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
CCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGC > NC_000913/3915890‑3916069
|
ccATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATAcc < 1:4282218/93‑1 (MQ=255)
aTGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCtt > 2:6874784/1‑93 (MQ=255)
aTGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCtt < 1:7428571/93‑1 (MQ=255)
tGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCttt > 2:129663/1‑93 (MQ=255)
gAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTc > 1:2116649/1‑93 (MQ=255)
gAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTc < 1:6922130/93‑1 (MQ=255)
gAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTc < 2:6174892/93‑1 (MQ=255)
aGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCa < 2:749097/93‑1 (MQ=255)
aGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCa > 1:1945288/1‑93 (MQ=255)
cTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGc < 2:7031864/93‑1 (MQ=255)
cTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGc < 2:5438725/93‑1 (MQ=255)
ttCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTTAGCt > 1:6287718/1‑93 (MQ=255)
ttCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCt < 1:6713543/93‑1 (MQ=255)
tctcCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCtt > 2:4095271/1‑93 (MQ=255)
tctcCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCtt < 2:4396512/93‑1 (MQ=255)
cctcAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGcc > 1:346610/1‑93 (MQ=255)
cctcAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGcc < 2:2905669/93‑1 (MQ=255)
ctcAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCt > 1:3876723/1‑93 (MQ=255)
tcAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCtt < 2:3620406/93‑1 (MQ=255)
cAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTc < 1:708236/93‑1 (MQ=255)
aaTGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCg < 1:6200834/93‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGAtt < 1:5105324/93‑1 (MQ=255)
ccTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGAttt < 2:4991003/93‑1 (MQ=255)
ccTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGAttt > 2:3318630/1‑93 (MQ=255)
cTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTtc < 2:2730690/93‑1 (MQ=255)
cTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTtc < 1:376951/93‑1 (MQ=255)
tGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTtcgt > 1:272227/1‑93 (MQ=255)
cGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTtcgtcg < 2:1916292/93‑1 (MQ=255)
ggCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTcgtcgt > 2:2140331/1‑93 (MQ=255)
cTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGt < 1:4625501/93‑1 (MQ=255)
tGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTa < 2:260822/93‑1 (MQ=255)
cccTAAGGAAAGCCCCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATCCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGc < 1:2485533/93‑1 (MQ=255)
ccTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGcc > 1:4410563/1‑93 (MQ=255)
cTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCa > 1:4517464/1‑93 (MQ=255)
cTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCa > 1:6401576/1‑93 (MQ=255)
cTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCa < 2:6306950/93‑1 (MQ=255)
tAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCAc > 1:1382335/1‑93 (MQ=255)
tAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCAc > 1:1460919/1‑93 (MQ=255)
tAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCAc > 2:4601460/1‑93 (MQ=255)
tAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCAc > 2:2946683/1‑93 (MQ=255)
aaGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCAcc < 1:5129185/93‑1 (MQ=255)
ggCAAGCCTCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCgg > 2:3527943/1‑93 (MQ=255)
gCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGt < 2:6496795/93‑1 (MQ=255)
cAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTc < 1:3160726/93‑1 (MQ=255)
aaGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCt < 1:5043872/93‑1 (MQ=255)
aGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTg > 1:752901/1‑93 (MQ=255)
aGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTg > 2:1777338/1‑93 (MQ=255)
ccAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGa > 1:2597761/1‑93 (MQ=255)
cAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGAt < 2:3768271/93‑1 (MQ=255)
cAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGAt < 1:2186821/93‑1 (MQ=255)
aGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGAtc > 2:1499157/1‑93 (MQ=255)
aGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGAtc < 2:3235727/93‑1 (MQ=255)
aCGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGAtctc > 1:3981446/1‑93 (MQ=255)
aCGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGAtctc > 2:7512986/1‑93 (MQ=255)
cGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATctct < 1:1150059/93‑1 (MQ=255)
cGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATctct > 1:362238/1‑93 (MQ=255)
cGTTACCAGGATTGGCTTGCTTTGAAGGAATCGCGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATCTCGTCGGTCTAGCCCCCGGTCCGCGTGAtctca > 1:705483/1‑92 (MQ=255)
tACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGc < 1:959479/93‑1 (MQ=255)
ccAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCAt > 2:3008724/1‑93 (MQ=255)
ccAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCAt > 1:7222253/1‑93 (MQ=255)
cAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATc > 2:4027871/1‑93 (MQ=255)
cAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATc < 1:1561523/93‑1 (MQ=255)
ggATTGGGTTGCTTTGAAGGAATTGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCaa > 1:5707990/1‑93 (MQ=255)
ggATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCaa < 2:3117267/93‑1 (MQ=255)
ggATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCaa < 1:5650095/93‑1 (MQ=255)
ggATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCaa > 1:5891644/1‑93 (MQ=255)
ggATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCaa > 1:4909216/1‑93 (MQ=255)
ggATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCaa > 1:5410530/1‑93 (MQ=255)
aTTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACg > 2:1949670/1‑93 (MQ=255)
ttGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACgg > 1:6762448/1‑93 (MQ=255)
ttGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACgg < 1:2442209/93‑1 (MQ=255)
ttGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACgg > 1:3856714/1‑93 (MQ=255)
gTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCg < 2:7178144/93‑1 (MQ=255)
gTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCg < 2:5213247/93‑1 (MQ=255)
ttGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGt < 2:5264944/93‑1 (MQ=255)
ttGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGt < 1:1038241/93‑1 (MQ=255)
gCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGa > 2:2502946/1‑93 (MQ=255)
cTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGAt < 1:3079638/93‑1 (MQ=255)
cTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGAt < 1:652248/93‑1 (MQ=255)
cTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGAt > 2:5565857/1‑93 (MQ=255)
tttGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATc < 2:381774/93‑1 (MQ=255)
tttGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATc < 1:6067543/93‑1 (MQ=255)
tttGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATc > 2:5107475/1‑93 (MQ=255)
ttGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCa > 2:6675465/1‑93 (MQ=255)
tGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCAc < 1:3552587/93‑1 (MQ=255)
tGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCAc < 2:1627013/93‑1 (MQ=255)
gAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACg > 2:2231040/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACgg > 2:6616642/1‑93 (MQ=255)
aaTCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGa < 1:1219742/93‑1 (MQ=255)
aaTCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGa > 2:5643954/1‑93 (MQ=255)
aTCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGAc < 2:5921273/93‑1 (MQ=255)
tCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACg > 2:1432875/1‑93 (MQ=255)
gAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTa < 1:3016301/93‑1 (MQ=255)
gAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTa > 2:4803535/1‑93 (MQ=255)
gAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTa > 2:2274746/1‑93 (MQ=255)
aGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTaa > 1:29017/1‑93 (MQ=255)
aGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTaa < 2:1134929/93‑1 (MQ=255)
ggATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAg > 1:5318288/1‑93 (MQ=255)
gATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGc > 2:4490085/1‑93 (MQ=255)
gATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTCCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGc < 2:3910221/93‑1 (MQ=255)
|
CCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGC > NC_000913/3915890‑3916069
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCCAGC > NC_000913/3915887‑3916073
|
CGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATA > SRR4302542.1594401/1‑94 (MQ=60)
CGGCCATGAGCCTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATA < SRR4302542.6007965/94‑1 (MQ=60)
GCNNNNANCTTCTCNTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCNGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCC < SRR4302542.7089243/94‑1 (MQ=60)
GCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACC < SRR4302542.3569545/94‑1 (MQ=60)
GCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACC < SRR4302542.4298605/94‑1 (MQ=60)
CCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCT > SRR4302542.2116048/1‑94 (MQ=60)
CCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCT < SRR4302542.4324340/94‑1 (MQ=60)
CATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTT > SRR4302542.3892999/1‑94 (MQ=60)
CATGACCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTT < SRR4302542.5117939/94‑1 (MQ=60)
ATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTT > SRR4302542.2374600/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTT > SRR4302542.2991267/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTT > SRR4302542.1762154/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTT < SRR4302542.7501268/94‑1 (MQ=60)
TGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTC < SRR4302542.3902362/94‑1 (MQ=60)
TGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTC > SRR4302542.2134920/1‑94 (MQ=60)
GAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCA > SRR4302542.7360790/1‑94 (MQ=60)
GAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCA < SRR4302542.3056950/94‑1 (MQ=60)
GAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCA < SRR4302542.2508973/94‑1 (MQ=60)
GAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCA < SRR4302542.6990091/94‑1 (MQ=60)
GAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCA > SRR4302542.1962115/1‑94 (MQ=60)
GAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCA > SRR4302542.1069497/1‑94 (MQ=60)
CTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCT > SRR4302542.2936266/1‑94 (MQ=60)
CTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTTAGCT > SRR4302542.6349675/1‑94 (MQ=60)
CTTCTCCTCAATGCCTGGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCT < SRR4302542.6751935/94‑1 (MQ=60)
TTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTT < SRR4302542.6779675/94‑1 (MQ=60)
TTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTT > SRR4302542.360518/1‑94 (MQ=60)
TTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTT < SRR4302542.877424/94‑1 (MQ=60)
TCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCC > SRR4302542.349619/1‑94 (MQ=60)
TCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCC > SRR4302542.6468240/1‑94 (MQ=60)
CCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCT > SRR4302542.3915020/1‑94 (MQ=60)
CCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCT > SRR4302542.2006169/1‑94 (MQ=60)
CCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCT < SRR4302542.5728584/94‑1 (MQ=60)
CTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTT > SRR4302542.3111994/1‑94 (MQ=60)
CTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTT > SRR4302542.3834512/1‑94 (MQ=60)
TCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCCGCTTGCCTTC > SRR4302542.147205/1‑94 (MQ=60)
TCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTC < SRR4302542.639368/94‑1 (MQ=60)
TCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTC > SRR4302542.3061651/1‑94 (MQ=60)
CAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCG < SRR4302542.714353/94‑1 (MQ=60)
CAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCG < SRR4302542.7163288/94‑1 (MQ=60)
CAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCG > SRR4302542.4218681/1‑94 (MQ=60)
AATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGA > SRR4302542.4390131/1‑94 (MQ=60)
AATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGA < SRR4302542.6261492/94‑1 (MQ=60)
ATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGAT < SRR4302542.3412579/94‑1 (MQ=60)
GCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTT < SRR4302542.5154917/94‑1 (MQ=60)
GCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTT > SRR4302542.1371924/1‑94 (MQ=60)
GCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTT > SRR4302542.4263687/1‑94 (MQ=60)
GCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTT > SRR4302542.3126195/1‑94 (MQ=60)
GCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTT > SRR4302542.4349003/1‑94 (MQ=60)
CTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCG > SRR4302542.1636595/1‑94 (MQ=60)
CTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCG < SRR4302542.380232/94‑1 (MQ=60)
CTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCG < SRR4302542.1173347/94‑1 (MQ=60)
TTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGT > SRR4302542.274560/1‑94 (MQ=60)
CGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGT < SRR4302542.5439847/94‑1 (MQ=60)
GGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTT > SRR4302542.5800926/1‑94 (MQ=60)
GCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTG < SRR4302542.2182607/94‑1 (MQ=60)
CCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGT < SRR4302542.3663796/94‑1 (MQ=60)
CTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTA < SRR4302542.4670695/94‑1 (MQ=60)
CTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTA < SRR4302542.2137244/94‑1 (MQ=60)
CTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTA < SRR4302542.3906486/94‑1 (MQ=60)
GCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGC > SRR4302542.3975116/1‑94 (MQ=60)
GCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGC > SRR4302542.5969403/1‑94 (MQ=60)
CCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCC > SRR4302542.4453874/1‑94 (MQ=60)
CCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCC < SRR4302542.6778546/94‑1 (MQ=60)
CCCTAAGGAAAGCCCCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATCCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCC < SRR4302542.2509621/94‑1 (MQ=60)
CCTAGGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCA > SRR4302542.7039983/1‑94 (MQ=60)
CCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCA > SRR4302542.6464656/1‑94 (MQ=60)
CCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCA > SRR4302542.7169835/1‑94 (MQ=60)
CCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCA > SRR4302542.4561727/1‑94 (MQ=60)
caagGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCAC < SRR4302542.2635646/90‑1 (MQ=60)
CTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCAC > SRR4302542.545248/1‑94 (MQ=60)
CTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCAC > SRR4302542.1394276/1‑94 (MQ=60)
CTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCAC > SRR4302542.1473530/1‑94 (MQ=60)
CTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCAC < SRR4302542.3436515/94‑1 (MQ=60)
AAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCG < SRR4302542.5179003/94‑1 (MQ=60)
AAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCG < SRR4302542.3963904/94‑1 (MQ=60)
AGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGG > SRR4302542.2925753/1‑94 (MQ=60)
CAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCT < SRR4302542.3190727/94‑1 (MQ=60)
CAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCT > SRR4302542.2820959/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTG > SRR4302542.759415/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTG < SRR4302542.5092834/94‑1 (MQ=60)
AGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGG > SRR4302542.491093/1‑94 (MQ=60)
AGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGG < SRR4302542.7528644/94‑1 (MQ=60)
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CGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTG > SRR4302542.5704316/1‑94 (MQ=60)
CGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTG > SRR4302542.7565584/1‑94 (MQ=60)
CGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTG < SRR4302542.2306610/94‑1 (MQ=60)
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GACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTC > SRR4302542.4020718/1‑94 (MQ=60)
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CGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTT < SRR4302542.4422216/94‑1 (MQ=60)
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ACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCAT > SRR4302542.7293097/1‑94 (MQ=60)
ACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCAT > SRR4302542.2650269/1‑94 (MQ=60)
CCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATC > SRR4302542.3677648/1‑94 (MQ=60)
CCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATC > SRR4302542.3513146/1‑94 (MQ=60)
CCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATC > SRR4302542.1347355/1‑94 (MQ=60)
CAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCA < SRR4302542.5160742/94‑1 (MQ=60)
CAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCA < SRR4302542.1575019/94‑1 (MQ=60)
AGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATTGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAA > SRR4302542.5763399/1‑94 (MQ=60)
AGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAA < SRR4302542.324925/94‑1 (MQ=60)
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AGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAA > SRR4302542.4557900/1‑94 (MQ=60)
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GGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAAC < SRR4302542.5704955/94‑1 (MQ=60)
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GATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACG < SRR4302542.5202628/94‑1 (MQ=60)
ATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGG > SRR4302542.2479946/1‑94 (MQ=60)
ATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGG > SRR4302542.3894812/1‑94 (MQ=60)
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ATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGG > SRR4302542.2982079/1‑94 (MQ=60)
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TACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCCAG > SRR4302542.4001893/1‑94 (MQ=60)
ACCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCCAGC > SRR4302542.1718077/1‑94 (MQ=60)
|
CGGCCATGAGCTTCTCCTCAATGCCTTGCGGCCTGCCCTAAGGCAAGCCGCCAGACGTTACCAGGATTGGGTTGCTTTGAAGGAATCGAGGATGCCTTTCAGCTTGCCTTCGATTTCGTCGTTGTAGCCACCGGTCTGGTTGATCTCTTGCATCAACGGAGCGTGATCACGGTCGACGTAAGCCAGC > NC_000913/3915887‑3916073
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
