Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,255,670 |
C→T |
A117V (GCT→GTT) |
dinF → |
DNA‑damage‑inducible protein F |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,255,670 | 0 | C | T | 76.6%
| 666.6
/ 180.2
| 333 | A117V (GCT→GTT) | dinF | DNA‑damage‑inducible protein F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/39); new base T (113/142); total (152/181) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.68e-03 |
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
CACCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGC > NC_000913/4255578‑4255762
|
caccacCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGc > 2:1463772/1‑93 (MQ=255)
ccaccGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTg > 2:1850551/1‑93 (MQ=255)
ccaccGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTg > 2:5995465/1‑93 (MQ=255)
ccaccGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTg < 1:5736673/93‑1 (MQ=255)
caccGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTgg < 2:3786440/93‑1 (MQ=255)
caccGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTgg < 1:6979002/93‑1 (MQ=255)
caccGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTgg < 1:5888631/93‑1 (MQ=255)
caccGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTgg < 1:2347493/93‑1 (MQ=255)
caccGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTgg > 1:726700/1‑93 (MQ=255)
accGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTggg > 2:908197/1‑93 (MQ=255)
accGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTggg < 2:3272818/93‑1 (MQ=255)
accGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTggg > 1:5630909/1‑93 (MQ=255)
accGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTggg > 1:6513808/1‑93 (MQ=255)
ccGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCgttgggggttgggg < 2:7183451/93‑1 (MQ=255)
gggCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCg < 1:3925786/93‑1 (MQ=255)
gggCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCg > 2:5507397/1‑93 (MQ=255)
ggCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGt > 2:3521786/1‑93 (MQ=255)
ggCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGt < 2:6640029/93‑1 (MQ=255)
tGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTaa > 2:180530/1‑93 (MQ=255)
tGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTaa < 2:6691060/93‑1 (MQ=255)
tGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTaa > 2:804873/1‑93 (MQ=255)
gACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAAt < 1:2390150/93‑1 (MQ=255)
gACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAAt > 2:6789530/1‑93 (MQ=255)
gACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAAt > 2:2934310/1‑93 (MQ=255)
tGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTgc < 1:2634680/93‑1 (MQ=255)
tGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTgc > 1:6387735/1‑93 (MQ=255)
gcgcAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTgcg < 1:4726466/93‑1 (MQ=255)
aGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCgctgc > 2:3130203/1‑93 (MQ=255)
aGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCgctgc < 1:5023334/93‑1 (MQ=255)
aGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCgctgc > 1:5414885/1‑93 (MQ=255)
ggCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCgctgct > 2:4821728/1‑93 (MQ=255)
cTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCtgctgc > 2:1996340/1‑93 (MQ=255)
cTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCtgctgc < 2:863097/93‑1 (MQ=255)
cTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCtgctgc < 1:3615945/93‑1 (MQ=255)
gTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGc < 1:6930700/93‑1 (MQ=255)
tGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGcc < 2:5425411/93‑1 (MQ=255)
tGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGcc > 2:5650886/1‑93 (MQ=255)
ccAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGa < 2:5221329/93‑1 (MQ=255)
cAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGAt < 1:4276712/93‑1 (MQ=255)
aaaTCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTAt < 1:2960230/93‑1 (MQ=255)
aaTCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATc > 2:5832778/1‑93 (MQ=255)
aaTCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATc > 1:7185350/1‑93 (MQ=255)
aTCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCg > 1:788902/1‑93 (MQ=255)
tCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGa < 1:1420765/93‑1 (MQ=255)
tCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATcnn > 2:3634611/1‑91 (MQ=255)
cTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATc < 1:3675843/93‑1 (MQ=255)
cTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATc > 2:1284057/1‑93 (MQ=255)
cTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATc > 2:2761570/1‑93 (MQ=255)
cTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATc > 1:749645/1‑93 (MQ=255)
cTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATc > 1:4859254/1‑93 (MQ=255)
aGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTgg < 1:2488001/93‑1 (MQ=255)
gCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGgcg > 1:1890469/1‑93 (MQ=255)
gCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGgcg > 1:1330754/1‑93 (MQ=255)
aTTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCt > 1:2022715/1‑93 (MQ=255)
aTTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCt > 1:1678890/1‑93 (MQ=255)
ttAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTg > 1:5527248/1‑93 (MQ=255)
aGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCa > 1:2062797/1‑93 (MQ=255)
gCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCat < 2:4580323/93‑1 (MQ=255)
cccGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCata < 1:4504387/93‑1 (MQ=255)
ccGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCatat > 2:6557139/1‑93 (MQ=255)
cGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATAtt < 1:4348811/93‑1 (MQ=255)
cGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATAtt > 2:4921691/1‑93 (MQ=255)
cGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATAtt > 1:6693482/1‑93 (MQ=255)
gTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATAttg > 2:6506435/1‑93 (MQ=255)
gTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATAttg > 2:4078150/1‑93 (MQ=255)
cGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATAttgttg > 1:3520176/1‑93 (MQ=255)
gCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTgg < 2:2478775/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGc < 1:116764/93‑1 (MQ=255)
tGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCg < 2:6884832/93‑1 (MQ=255)
ggTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCgg > 2:4466772/1‑93 (MQ=255)
gTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGt > 2:4278460/1‑93 (MQ=255)
tGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTa < 2:6969755/93‑1 (MQ=255)
tGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTa < 1:3740253/93‑1 (MQ=255)
tGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTa < 2:4343996/93‑1 (MQ=255)
tGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTa < 1:851530/93‑1 (MQ=255)
gCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAg > 1:276411/1‑93 (MQ=255)
cAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGt < 1:3214754/93‑1 (MQ=255)
cAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGt > 2:2672080/1‑93 (MQ=255)
aCCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGa > 1:3094263/1‑93 (MQ=255)
aCCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGa > 2:532966/1‑93 (MQ=255)
cGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAgg < 2:1540274/93‑1 (MQ=255)
cGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAgg < 1:1511986/93‑1 (MQ=255)
cGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAgg > 2:7514646/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCa < 1:2856690/93‑1 (MQ=255)
ttGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCa < 1:2542717/93‑1 (MQ=255)
ttGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCa < 2:1086298/93‑1 (MQ=255)
gCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGt < 1:1252050/93‑1 (MQ=255)
tGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTcc > 2:6215748/1‑93 (MQ=255)
tGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTcc > 1:4009377/1‑93 (MQ=255)
gTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCt > 2:6325109/1‑93 (MQ=255)
ggCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGa < 1:6127148/93‑1 (MQ=255)
gCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGaa < 1:490137/93‑1 (MQ=255)
gCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGaa < 2:5175986/93‑1 (MQ=255)
cGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAAc < 2:387226/93‑1 (MQ=255)
gttgggggttggggCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACa > 2:7377053/1‑93 (MQ=255)
gttgggggttggggCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACa > 1:445785/1‑93 (MQ=255)
ttGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAg < 1:4970673/93‑1 (MQ=255)
tGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAgg < 1:1101655/93‑1 (MQ=255)
gggggTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAggc < 1:6169905/93‑1 (MQ=255)
gggCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAggcgc < 2:2553871/93‑1 (MQ=255)
|
CACCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGC > NC_000913/4255578‑4255762
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCACCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCG > NC_000913/4255577‑4255763
|
GCACCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGT < SRR4302542.3026632/94‑1 (MQ=60)
GCACCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGT < SRR4302542.2777164/94‑1 (MQ=60)
CACCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTT < SRR4302542.6627876/94‑1 (MQ=60)
CACCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCT < SRR4302542.650644/94‑1 (MQ=60)
ACCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCGTTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTG > SRR4302542.6060679/1‑94 (MQ=60)
ACCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTG > SRR4302542.2597357/1‑94 (MQ=60)
ACCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTG > SRR4302542.4787811/1‑94 (MQ=60)
CCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGG < SRR4302542.2604559/94‑1 (MQ=60)
CCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGG < SRR4302542.657801/94‑1 (MQ=60)
CCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGG > SRR4302542.732964/1‑94 (MQ=60)
CCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGG < SRR4302542.5792375/94‑1 (MQ=60)
CACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGG < SRR4302542.7047551/94‑1 (MQ=60)
CACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGG > SRR4302542.5685579/1‑94 (MQ=60)
CACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGG > SRR4302542.4939454/1‑94 (MQ=60)
CACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGG > SRR4302542.5398871/1‑94 (MQ=60)
CACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGG < SRR4302542.2367634/94‑1 (MQ=60)
CACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGG < SRR4302542.5945699/94‑1 (MQ=60)
CACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGG < SRR4302542.1514790/94‑1 (MQ=60)
CACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGG > SRR4302542.6578004/1‑94 (MQ=60)
ACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGG > SRR4302542.2798666/1‑94 (MQ=60)
CGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCG > SRR4302542.2467652/1‑94 (MQ=60)
CGGGCTGACTGAGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCG < SRR4302542.7606366/94‑1 (MQ=60)
GGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGT < SRR4302542.3964523/94‑1 (MQ=60)
GGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTT < SRR4302542.3821536/94‑1 (MQ=60)
GCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTA > SRR4302542.3230456/1‑94 (MQ=60)
CTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAA > SRR4302542.3189445/1‑94 (MQ=60)
GACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATT < SRR4302542.6244966/94‑1 (MQ=60)
GACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATT < SRR4302542.2412711/94‑1 (MQ=60)
GACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATT < SRR4302542.4455155/94‑1 (MQ=60)
ACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTG < SRR4302542.4413745/94‑1 (MQ=60)
CTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGC > SRR4302542.6450662/1‑94 (MQ=60)
TGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCG < SRR4302542.5060476/94‑1 (MQ=60)
TGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCG < SRR4302542.2660128/94‑1 (MQ=60)
TGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCG < SRR4302542.5698077/94‑1 (MQ=60)
GCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGC > SRR4302542.4667260/1‑94 (MQ=60)
GCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGC < SRR4302542.4772527/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCT > SRR4302542.2383171/1‑94 (MQ=60)
CAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGC > SRR4302542.5467470/1‑94 (MQ=60)
AGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCT < SRR4302542.5813425/94‑1 (MQ=60)
AGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCT < SRR4302542.5072102/94‑1 (MQ=60)
AGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCT < SRR4302542.7105297/94‑1 (MQ=60)
GGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTG < SRR4302542.3983589/94‑1 (MQ=60)
GGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTG > SRR4302542.2512796/1‑94 (MQ=60)
CTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCG > SRR4302542.5019249/1‑94 (MQ=60)
CTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCG < SRR4302542.3649638/94‑1 (MQ=60)
CTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCG > SRR4302542.3553952/1‑94 (MQ=60)
CTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCG < SRR4302542.1677432/94‑1 (MQ=60)
CTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCG > SRR4302542.2544401/1‑94 (MQ=60)
TTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGT > SRR4302542.3498957/1‑94 (MQ=60)
ATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTAC < SRR4302542.6925203/94‑1 (MQ=60)
ATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTAC < SRR4302542.6201603/94‑1 (MQ=60)
ATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTAC > SRR4302542.1122238/1‑94 (MQ=60)
ATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTGGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTAC < SRR4302542.3718146/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGC < SRR4302542.3072504/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGC > SRR4302542.2497643/1‑94 (MQ=60)
GTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCC < SRR4302542.6998745/94‑1 (MQ=60)
GTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCC < SRR4302542.6998743/94‑1 (MQ=60)
TGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCG < SRR4302542.4804241/94‑1 (MQ=60)
TGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGATGCGTACGACG < SRR4302542.6086093/94‑1 (MQ=60)
CCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGAT > SRR4302542.4519818/1‑94 (MQ=60)
CCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGAT > SRR4302542.3887770/1‑94 (MQ=60)
CAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATT < SRR4302542.4170698/94‑1 (MQ=60)
CAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATT < SRR4302542.4318780/94‑1 (MQ=60)
CAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATT < SRR4302542.5616748/94‑1 (MQ=60)
CAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATT > SRR4302542.3842259/1‑94 (MQ=60)
AAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTA > SRR4302542.6498168/1‑94 (MQ=60)
AAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTAT > SRR4302542.85332/1‑94 (MQ=60)
AAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTAT < SRR4302542.4041955/94‑1 (MQ=60)
AAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTAT < SRR4302542.2145416/94‑1 (MQ=60)
AAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGCCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATC < SRR4302542.4534648/94‑1 (MQ=60)
AAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATC < SRR4302542.2988599/94‑1 (MQ=60)
AAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATC > SRR4302542.7255815/1‑94 (MQ=60)
AATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCG > SRR4302542.695891/1‑94 (MQ=60)
AATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCG < SRR4302542.1364625/94‑1 (MQ=60)
AATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCG < SRR4302542.1495990/94‑1 (MQ=60)
AATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCG > SRR4302542.795699/1‑94 (MQ=60)
TCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGAT < SRR4302542.1433069/94‑1 (MQ=60)
TCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGAT < SRR4302542.7537813/94‑1 (MQ=60)
CCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATC > SRR4302542.6649067/1‑94 (MQ=60)
CCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATC > SRR4302542.756129/1‑94 (MQ=60)
CCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATC > SRR4302542.4906581/1‑94 (MQ=60)
CTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCT < SRR4302542.1119064/94‑1 (MQ=60)
CTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCT < SRR4302542.3711508/94‑1 (MQ=60)
TGAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTG > SRR4302542.2299720/1‑94 (MQ=60)
TCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTG < SRR4302542.757671/94‑1 (MQ=60)
TCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTG > SRR4302542.2047031/1‑94 (MQ=60)
AGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGC < SRR4302542.2512144/94‑1 (MQ=60)
AGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGC > SRR4302542.5954989/1‑94 (MQ=60)
AGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGC < SRR4302542.4150859/94‑1 (MQ=60)
AGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGC < SRR4302542.1905351/94‑1 (MQ=60)
AGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGC < SRR4302542.5533726/94‑1 (MQ=60)
GGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCG > SRR4302542.1634254/1‑94 (MQ=60)
GGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCG > SRR4302542.1906827/1‑94 (MQ=60)
GGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCG > SRR4302542.1342213/1‑94 (MQ=60)
GGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCG < SRR4302542.2053902/94‑1 (MQ=60)
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CATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCT > SRR4302542.2040209/1‑94 (MQ=60)
CATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCT > SRR4302542.1223627/1‑94 (MQ=60)
CATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCT < SRR4302542.5769639/94‑1 (MQ=60)
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ATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTG > SRR4302542.5580971/1‑94 (MQ=60)
ATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTG > SRR4302542.6216164/1‑94 (MQ=60)
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TAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCA > SRR4302542.2080625/1‑94 (MQ=60)
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CCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATAT < SRR4302542.4548545/94‑1 (MQ=60)
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CCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATT > SRR4302542.3723550/1‑94 (MQ=60)
CCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATT < SRR4302542.1968943/94‑1 (MQ=60)
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CGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTG < SRR4302542.4391537/94‑1 (MQ=60)
CGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTG > SRR4302542.7313870/1‑94 (MQ=60)
CGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTG < SRR4302542.4218029/94‑1 (MQ=60)
CGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTG > SRR4302542.7052374/1‑94 (MQ=60)
GTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGT < SRR4302542.35814/94‑1 (MQ=60)
TACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTT < SRR4302542.7018470/94‑1 (MQ=60)
ACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTG > SRR4302542.2943689/1‑94 (MQ=60)
ACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTG > SRR4302542.3553078/1‑94 (MQ=60)
ACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTG < SRR4302542.3309059/94‑1 (MQ=60)
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CGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGG < SRR4302542.5262945/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGG > SRR4302542.4955963/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGC > SRR4302542.2249411/1‑94 (MQ=60)
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TGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAG > SRR4302542.278774/1‑94 (MQ=60)
GCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGT > SRR4302542.7329240/1‑94 (MQ=60)
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AACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGA < SRR4302542.3597655/94‑1 (MQ=60)
AACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGA > SRR4302542.1454647/1‑94 (MQ=60)
CGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGC > SRR4302542.3223173/1‑94 (MQ=60)
CGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGC < SRR4302542.1525047/94‑1 (MQ=60)
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TTGCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAG < SRR4302542.2884141/94‑1 (MQ=60)
TTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAG < SRR4302542.4989541/94‑1 (MQ=60)
GCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTC > SRR4302542.5778982/1‑94 (MQ=60)
GCTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTC < SRR4302542.1262821/94‑1 (MQ=60)
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CTGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCC > SRR4302542.4048908/1‑94 (MQ=60)
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TGTTGGCGTTGGGGGTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCT > SRR4302542.1891708/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCT > SRR4302542.4423068/1‑94 (MQ=60)
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GTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGC > SRR4302542.2936480/1‑94 (MQ=60)
GTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGC < SRR4302542.881719/94‑1 (MQ=60)
GCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGC > SRR4302542.1347456/1‑94 (MQ=60)
TTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCG < SRR4302542.7453065/94‑1 (MQ=60)
|
GCACCACCGGGCTGACTGCGCAGGCTTATGGTGCCAAAAATCCTCAGGCATTAGCCCGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCG > NC_000913/4255577‑4255763
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
