Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,155,780 |
A→G |
T266A (ACC→GCC) |
holB → |
DNA polymerase III delta prime subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,155,780 | 0 | A | G | 100.0%
| 786.8
/ NA
| 224 | T266A (ACC→GCC) | holB | DNA polymerase III delta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (120/104); total (120/104) |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGACCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCA > NC_000913/1155690‑1155868
|
cTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGcc > 2:2824132/1‑93 (MQ=255)
cTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGcc > 2:4383728/1‑93 (MQ=255)
ttAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGGTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCa > 1:5754060/1‑93 (MQ=255)
aaTCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAAt < 1:1266758/93‑1 (MQ=255)
tCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGt > 2:1635619/1‑93 (MQ=255)
aTGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGGTGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTg > 2:6186966/1‑93 (MQ=255)
tGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGa > 1:3458862/1‑93 (MQ=255)
aaCAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGAtg > 1:4891878/1‑93 (MQ=255)
aCAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGAtgt < 1:5890090/93‑1 (MQ=255)
aCAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGAtgt < 1:913585/93‑1 (MQ=255)
aCAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGAtgt > 2:3750755/1‑93 (MQ=255)
aGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGcc > 2:3912479/1‑93 (MQ=255)
aGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGcc > 2:5241218/1‑93 (MQ=255)
gCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCg < 1:4290157/93‑1 (MQ=255)
gCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCg > 1:5571879/1‑93 (MQ=255)
cTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCgg < 1:6399281/93‑1 (MQ=255)
ccGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGc < 1:4572246/93‑1 (MQ=255)
cgccgcgTTTACACTGGATGGCAACGTTGCTGATGGACGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGcc < 1:2690052/90‑1 (MQ=255)
cGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGcc < 2:434301/93‑1 (MQ=255)
ggCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCt < 1:3018456/93‑1 (MQ=255)
ggCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCt < 2:2252969/93‑1 (MQ=255)
ggCGCGTTTACACCGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCt < 1:1404479/93‑1 (MQ=255)
cgcgTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTgg < 1:5249430/93‑1 (MQ=255)
cgcgTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTgg < 2:6383350/93‑1 (MQ=255)
gcgTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTTCCGGGCCTGGt < 1:351886/93‑1 (MQ=255)
gcgTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGt < 1:30626/93‑1 (MQ=255)
tttACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGc < 1:363956/93‑1 (MQ=255)
tttACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGc < 1:358401/93‑1 (MQ=255)
tttACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGc > 1:6213246/1‑93 (MQ=255)
cacTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGaa > 1:5061473/1‑93 (MQ=255)
acTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAAc < 2:5343122/93‑1 (MQ=255)
acTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAAc > 1:3149675/1‑93 (MQ=255)
acTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAAc < 1:765815/93‑1 (MQ=255)
ggctggcAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTgg < 2:6123953/93‑1 (MQ=255)
ggctggcAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTgg > 2:1397472/1‑93 (MQ=255)
gcAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAAc > 2:3784099/1‑93 (MQ=255)
gcAACGTTACTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTCGCAAAc > 1:6286510/1‑93 (MQ=255)
aaCGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCa > 2:4726700/1‑93 (MQ=255)
aaCGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCa > 1:1798785/1‑93 (MQ=255)
aCGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAt > 2:5422676/1‑93 (MQ=255)
aCGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAt > 2:3066336/1‑93 (MQ=255)
aCGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAt > 2:1017105/1‑93 (MQ=255)
aCGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAAACAt > 2:177036/1‑93 (MQ=255)
gTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCt < 2:844104/93‑1 (MQ=255)
gTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCt < 2:4504770/93‑1 (MQ=255)
ttGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCtt < 1:2448046/93‑1 (MQ=255)
ttGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCtt < 1:5120143/93‑1 (MQ=255)
ttGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCtt < 2:3317380/93‑1 (MQ=255)
ttGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCtt < 2:3170509/93‑1 (MQ=255)
ttGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCtt > 2:2067479/1‑93 (MQ=255)
cTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTtct < 1:6035828/93‑1 (MQ=255)
cTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTtct < 2:1809337/93‑1 (MQ=255)
tGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTtctc > 1:2793895/1‑93 (MQ=255)
ggatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACACTCTTTCTCCCTc > 1:6095218/1‑93 (MQ=255)
gatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTcg < 1:289362/93‑1 (MQ=255)
gatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTcg > 1:1944571/1‑93 (MQ=255)
gatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTcg > 2:1329148/1‑93 (MQ=255)
gatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTcg < 2:5760271/93‑1 (MQ=255)
gatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTcg > 1:2139022/1‑93 (MQ=255)
atgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTcgc < 2:4092315/93‑1 (MQ=255)
atgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTcgc > 2:2602292/1‑93 (MQ=255)
atgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATATTTCTCCCTcgc < 1:5152210/93‑1 (MQ=255)
cgcTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGcc < 1:2379254/93‑1 (MQ=255)
cgcTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGcc < 2:5489584/93‑1 (MQ=255)
gcTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCt < 1:47775/93‑1 (MQ=255)
aaaaCGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTAGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCa < 2:4895657/93‑1 (MQ=255)
aaaCGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAg < 1:2616165/93‑1 (MQ=255)
aaaCGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAg > 2:626734/1‑93 (MQ=255)
aCGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGc > 2:4438281/1‑93 (MQ=255)
ggCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGTGCAATGTTGATGTGCGTGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCt < 2:245739/92‑1 (MQ=255)
cGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCt > 2:1957086/1‑93 (MQ=255)
agCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCAAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCCCCTGCAGGCt < 2:1281121/92‑1 (MQ=255)
gCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCta < 1:5452434/93‑1 (MQ=255)
gCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCta > 1:1881068/1‑93 (MQ=255)
ccATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCtat > 2:2210722/1‑93 (MQ=255)
catcatGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCtata > 1:691185/1‑93 (MQ=255)
atcatGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATAc > 1:321059/1‑93 (MQ=255)
atcatGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATAc > 1:287381/1‑93 (MQ=255)
atcatGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATAc > 2:5639155/1‑93 (MQ=255)
tcatGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACt > 2:1937463/1‑93 (MQ=255)
catGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTg < 2:3008934/93‑1 (MQ=255)
atGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTgg > 1:143860/1‑93 (MQ=255)
atGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTgg < 2:3413947/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTgggg < 1:3596241/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTgggg < 2:2132296/93‑1 (MQ=255)
gTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTggggg < 2:1553614/93‑1 (MQ=255)
tgctgcGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGa < 1:2993776/93‑1 (MQ=255)
gctgcGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGAt > 1:3863952/1‑93 (MQ=255)
gctgcGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGAt < 1:3985428/93‑1 (MQ=255)
tgcGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGt < 2:5779584/93‑1 (MQ=255)
gcgcAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGtt < 1:3780817/93‑1 (MQ=255)
gcgcAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGtt > 2:1583135/1‑93 (MQ=255)
gcgcAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGtt < 1:1165423/93‑1 (MQ=255)
cgcAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGttt < 1:4535254/93‑1 (MQ=255)
cAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGc > 2:1116840/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGc < 1:4670054/93‑1 (MQ=255)
aGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGcc < 2:2506109/93‑1 (MQ=255)
ggTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCca < 2:5068829/93‑1 (MQ=255)
ggTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCca > 2:5935276/1‑93 (MQ=255)
ggTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCca > 2:4311769/1‑93 (MQ=255)
|
CTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGACCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCA > NC_000913/1155690‑1155868
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCCTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGACCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACATTC > NC_000913/1155687‑1155873
|
GCCCTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGG < SRR4302534.1120018/94‑1 (MQ=60)
GCCCTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGG < SRR4302534.974354/94‑1 (MQ=60)
CCCTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAGCGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGC < SRR4302534.4388113/94‑1 (MQ=60)
CCTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCC < SRR4302534.5003170/94‑1 (MQ=60)
CTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGGTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCA > SRR4302534.5910120/1‑94 (MQ=60)
TAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAAT > SRR4302534.6208135/1‑94 (MQ=60)
TAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAAT > SRR4302534.2902601/1‑94 (MQ=60)
AATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATG < SRR4302534.1300118/94‑1 (MQ=60)
AATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATG > SRR4302534.4933590/1‑94 (MQ=60)
AATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATG < SRR4302534.3233566/94‑1 (MQ=60)
CATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTG > SRR4302534.2885242/1‑94 (MQ=60)
ATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGA > SRR4302534.3551838/1‑94 (MQ=60)
TGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGAT < SRR4302534.6605372/94‑1 (MQ=60)
GAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATG > SRR4302534.5024514/1‑94 (MQ=60)
ACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTG < SRR4302534.6550257/94‑1 (MQ=60)
ACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTG < SRR4302534.936822/94‑1 (MQ=60)
ACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTG < SRR4302534.6050019/94‑1 (MQ=60)
AGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCG < SRR4302534.552165/94‑1 (MQ=60)
AGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCG > SRR4302534.5722346/1‑94 (MQ=60)
GCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGG < SRR4302534.4406393/94‑1 (MQ=60)
CTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGG > SRR4302534.4038576/1‑94 (MQ=60)
CTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGG < SRR4302534.6572091/94‑1 (MQ=60)
CCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCC < SRR4302534.4696210/94‑1 (MQ=60)
CGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCT < SRR4302534.5940068/94‑1 (MQ=60)
CGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCT > SRR4302534.3623145/1‑94 (MQ=60)
CGCCGCGTTTACACTGGATGGCAACGTTGCTGATGGACGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCT < SRR4302534.2761145/94‑1 (MQ=60)
GGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTG < SRR4302534.3097486/94‑1 (MQ=60)
GGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTG < SRR4302534.5211057/94‑1 (MQ=60)
GGCGCGTTTACACCGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTG < SRR4302534.1441415/94‑1 (MQ=60)
CGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGT < SRR4302534.3569193/94‑1 (MQ=60)
CGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGT < SRR4302534.5391243/94‑1 (MQ=60)
GCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTTCCGGGCCTGGTC < SRR4302534.360894/94‑1 (MQ=60)
GCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTC < SRR4302534.31442/94‑1 (MQ=60)
GCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTA < SRR4302534.639822/94‑1 (MQ=60)
CGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCG > SRR4302534.1467194/1‑94 (MQ=60)
GTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGC > SRR4302534.6382078/1‑94 (MQ=60)
TTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCC < SRR4302534.373236/94‑1 (MQ=60)
TTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCC < SRR4302534.367554/94‑1 (MQ=60)
TTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCG > SRR4302534.282174/1‑94 (MQ=60)
ACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAA > SRR4302534.5198159/1‑94 (MQ=60)
CACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAAC < SRR4302534.864718/94‑1 (MQ=60)
CACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAAC > SRR4302534.4881422/1‑94 (MQ=60)
CACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAAC > SRR4302534.3232550/1‑94 (MQ=60)
ACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACT < SRR4302534.2585795/94‑1 (MQ=60)
ACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACT < SRR4302534.784843/94‑1 (MQ=60)
CTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTG < SRR4302534.3761225/94‑1 (MQ=60)
CTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTG > SRR4302534.3684525/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTG < SRR4302534.2991048/94‑1 (MQ=60)
CTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAA > SRR4302534.1889149/1‑94 (MQ=60)
TGGCAACGTTGCTGATGGCTGCGCTAAAAGGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGACGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAA > SRR4302534.2709086/1‑94 (MQ=60)
GGCAACGTTACTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTCGCAAAC > SRR4302534.6456597/1‑94 (MQ=60)
CAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCA > SRR4302534.1845493/1‑94 (MQ=60)
CAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCA > SRR4302534.3087445/1‑94 (MQ=60)
AACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAT > SRR4302534.3421781/1‑94 (MQ=60)
AACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAT > SRR4302534.3216729/1‑94 (MQ=60)
CGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCT < SRR4302534.1996656/94‑1 (MQ=60)
GTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTT > SRR4302534.1230155/1‑94 (MQ=60)
TTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTT < SRR4302534.2513095/94‑1 (MQ=60)
TTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTT < SRR4302534.5258391/94‑1 (MQ=60)
TTGCTGATGGATGCGATAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGACTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTT < SRR4302534.5258392/94‑1 (MQ=60)
CTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTC < SRR4302534.6199868/94‑1 (MQ=60)
CTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTC > SRR4302534.5169727/1‑94 (MQ=60)
CTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTC < SRR4302534.3927951/94‑1 (MQ=60)
CTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTC > SRR4302534.2867381/1‑94 (MQ=60)
CTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTC > SRR4302534.3719607/1‑94 (MQ=60)
TGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCC > SRR4302534.6340058/1‑94 (MQ=60)
GATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCC < SRR4302534.6358188/94‑1 (MQ=60)
ATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCT < SRR4302534.1017500/94‑1 (MQ=60)
TGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACACTCTTTCTCCCTC > SRR4302534.6260969/1‑94 (MQ=60)
GGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCG > SRR4302534.1995440/1‑94 (MQ=60)
GGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCG > SRR4302534.2195419/1‑94 (MQ=60)
GATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGC < SRR4302534.296846/94‑1 (MQ=60)
GATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGC > SRR4302534.3120977/1‑94 (MQ=60)
ATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATATTTCTCCCTCGCG < SRR4302534.5291190/94‑1 (MQ=60)
CGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCT < SRR4302534.2442463/94‑1 (MQ=60)
GCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTG < SRR4302534.49054/94‑1 (MQ=60)
GCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTC > SRR4302534.3625614/1‑94 (MQ=60)
CTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGC > SRR4302534.6061072/1‑94 (MQ=60)
TAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCA > SRR4302534.2395828/1‑94 (MQ=60)
TAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCA > SRR4302534.4526914/1‑94 (MQ=60)
TAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCA > SRR4302534.3281509/1‑94 (MQ=60)
AAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGG < SRR4302534.2685397/94‑1 (MQ=60)
AAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGG > SRR4302534.6989/1‑94 (MQ=60)
AAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGG < SRR4302534.3089306/94‑1 (MQ=60)
AAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGG < SRR4302534.804178/94‑1 (MQ=60)
AACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGC > SRR4302534.5212910/1‑94 (MQ=60)
ACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCT < SRR4302534.5668562/94‑1 (MQ=60)
ACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCT < SRR4302534.4435420/94‑1 (MQ=60)
CGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTA > SRR4302534.1930068/1‑94 (MQ=60)
GCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTAT < SRR4302534.2459504/94‑1 (MQ=60)
GCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTAT < SRR4302534.5599351/94‑1 (MQ=60)
CCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATA > SRR4302534.708100/1‑94 (MQ=60)
TATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATAC > SRR4302534.294811/1‑94 (MQ=60)
CATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATAC > SRR4302534.5314058/1‑94 (MQ=60)
CATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATAC > SRR4302534.5571665/1‑94 (MQ=60)
CATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATAC > SRR4302534.329322/1‑94 (MQ=60)
CATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATAC > SRR4302534.777602/1‑94 (MQ=60)
CATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATAA < SRR4302534.1975728/94‑1 (MQ=60)
ATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACT > SRR4302534.1409195/1‑94 (MQ=60)
ATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACT > SRR4302534.4876665/1‑94 (MQ=60)
CATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGG > SRR4302534.147621/1‑94 (MQ=60)
ATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGG > SRR4302534.3821049/1‑94 (MQ=60)
TGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGG > SRR4302534.5757500/1‑94 (MQ=60)
GGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGG < SRR4302534.3692962/94‑1 (MQ=60)
GTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGA < SRR4302534.2607458/94‑1 (MQ=60)
GTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGA < SRR4302534.2192548/94‑1 (MQ=60)
TGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGAT > SRR4302534.3967698/1‑94 (MQ=60)
TGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGAT < SRR4302534.3072011/94‑1 (MQ=60)
GCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATG < SRR4302534.4092066/94‑1 (MQ=60)
GCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGGGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATG < SRR4302534.1638747/94‑1 (MQ=60)
TGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGTGATGTT > SRR4302534.5999748/1‑94 (MQ=60)
TGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTT < SRR4302534.1834570/94‑1 (MQ=60)
GCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTT < SRR4302534.1196019/94‑1 (MQ=60)
GCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTT < SRR4302534.3882329/94‑1 (MQ=60)
GCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTT < SRR4302534.4218320/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTG < SRR4302534.4658159/94‑1 (MQ=60)
CAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCC < SRR4302534.4796828/94‑1 (MQ=60)
CAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCC > SRR4302534.296508/1‑94 (MQ=60)
CAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCC > SRR4302534.4741670/1‑94 (MQ=60)
AGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCA > SRR4302534.4685631/1‑94 (MQ=60)
GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACATT < SRR4302534.3860965/94‑1 (MQ=60)
GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACATT < SRR4302534.2206485/94‑1 (MQ=60)
GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACATT > SRR4302534.4726800/1‑94 (MQ=60)
GCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACATTC > SRR4302534.4931482/1‑94 (MQ=60)
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GCCCTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGACCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACATTC > NC_000913/1155687‑1155873
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
