Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
744 |
338.8 |
17650688 |
97.8% |
17262372 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,155,780 |
A→G |
T266A (ACC→GCC) |
holB → |
DNA polymerase III delta prime subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,155,780 | 0 | A | G | 98.9%
| 917.8
/ ‑5.5
| 269 | T266A (ACC→GCC) | holB | DNA polymerase III delta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (148/118); total (149/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
CTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGACCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCAC > NC_000913/1155690‑1155869
|
cTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGcc < 2:1639760/93‑1 (MQ=255)
ttAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCa > 1:5027997/1‑93 (MQ=255)
aaTCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAAt < 1:7445278/93‑1 (MQ=255)
aaTCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAAt > 1:6720808/1‑93 (MQ=255)
aTCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATg < 1:7717408/93‑1 (MQ=255)
aTCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATg > 1:7088823/1‑93 (MQ=255)
aTCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATg < 2:6683049/93‑1 (MQ=255)
tCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGt > 1:2086021/1‑93 (MQ=255)
tGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGa > 1:172025/1‑93 (MQ=255)
gAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGAt < 2:5188202/93‑1 (MQ=255)
aCAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGAtgt > 2:5352309/1‑93 (MQ=255)
aCAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGAtgt < 1:2859960/93‑1 (MQ=255)
cAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGAtgtg > 2:2177450/1‑93 (MQ=255)
cAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTACGCAGGTGGCCAATGTTGAtgtg > 2:6013799/1‑93 (MQ=255)
aGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGcc > 2:6342363/1‑93 (MQ=255)
cTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCgg < 2:7914927/93‑1 (MQ=255)
ccGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGc > 1:5956184/1‑93 (MQ=255)
ccGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGc > 2:1154180/1‑93 (MQ=255)
gcgcGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTg > 2:6417634/1‑93 (MQ=255)
gcgcGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTg < 1:4854099/93‑1 (MQ=255)
cgcgTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTgg < 1:1662110/93‑1 (MQ=255)
gcgTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGt < 2:8680195/93‑1 (MQ=255)
gcgTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGt < 2:4881888/93‑1 (MQ=255)
gcgTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGt > 1:5069715/1‑93 (MQ=255)
tttACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGc > 1:2336087/1‑93 (MQ=255)
tttACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGc > 1:8279268/1‑93 (MQ=255)
tttACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGc < 1:3730067/93‑1 (MQ=255)
ttACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGcc > 1:653996/1‑93 (MQ=255)
ttACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGcc < 2:7449189/93‑1 (MQ=255)
tACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCg < 2:1237289/93‑1 (MQ=255)
tACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCg < 1:6177877/93‑1 (MQ=255)
cacTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGaa < 2:2869398/93‑1 (MQ=255)
cacTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGaa > 1:5667682/1‑93 (MQ=255)
acTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGTTGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAAc > 1:3462553/1‑93 (MQ=255)
ctggctggCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACt < 2:5934242/93‑1 (MQ=255)
tggctggcAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTg > 2:1722408/1‑93 (MQ=255)
tggctggcAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTg < 1:3451954/93‑1 (MQ=255)
ggctggcAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTgg > 2:2710179/1‑93 (MQ=255)
gctggcAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGc > 2:5444071/1‑93 (MQ=255)
tggcAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCaa > 1:5704629/1‑93 (MQ=255)
tggcAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCaa > 2:3024731/1‑93 (MQ=255)
cAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAAcc > 2:4478016/1‑93 (MQ=255)
cAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAAcc > 2:8135243/1‑93 (MQ=255)
aCGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAt > 1:8798073/1‑93 (MQ=255)
aCGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAt > 1:536044/1‑93 (MQ=255)
cGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATc < 2:140866/93‑1 (MQ=255)
gTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCt > 2:4394497/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGATGGATGCGCTCAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGACCTGGCAAACCATCtt > 1:5216467/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCtt < 2:2594594/93‑1 (MQ=255)
ttGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCtt > 1:1682030/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCtt > 1:6659000/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGAGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGCACTGGCAAACCATCtt > 1:4042617/1‑93 (MQ=255)
tGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCttt > 2:8269780/1‑93 (MQ=255)
tGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCttt > 1:4109768/1‑93 (MQ=255)
tGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCAAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAACCCATCttt < 2:1501205/93‑1 (MQ=255)
gCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTtc < 2:2166035/93‑1 (MQ=255)
gCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTtc < 2:8494943/93‑1 (MQ=255)
gatggatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTcc < 1:7193053/93‑1 (MQ=255)
atggatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTccc > 1:7991492/1‑93 (MQ=255)
atggatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTccc > 1:3141480/1‑93 (MQ=255)
tggatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCt < 1:8614239/93‑1 (MQ=255)
tggatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCt < 2:6920673/93‑1 (MQ=255)
tggatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCt < 1:473453/93‑1 (MQ=255)
ggatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTc < 1:2327885/93‑1 (MQ=255)
gatgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTcg < 1:4166941/93‑1 (MQ=255)
tgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTcgcg > 1:6601734/1‑93 (MQ=255)
tgCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGCCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTcgcg < 2:4208252/93‑1 (MQ=255)
cgcTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGcc < 2:3817111/93‑1 (MQ=255)
gcTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCt > 1:2483597/1‑93 (MQ=255)
gcTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCt > 2:7107238/1‑93 (MQ=255)
tAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGc > 1:1000416/1‑93 (MQ=255)
tAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGc > 2:559355/1‑93 (MQ=255)
tAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAACGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGc > 1:6921417/1‑93 (MQ=255)
aaaaCGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCa < 2:3673741/93‑1 (MQ=255)
aaaaCGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCa > 2:2765027/1‑93 (MQ=255)
aaaaCGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCa > 2:1870754/1‑93 (MQ=255)
aCGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGc > 2:8341334/1‑93 (MQ=255)
cGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCt > 1:5452820/1‑93 (MQ=255)
gCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCta < 2:4832135/93‑1 (MQ=255)
gCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCta > 2:5250485/1‑93 (MQ=255)
atcatGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATAc < 2:4678109/93‑1 (MQ=255)
atGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTgg < 1:1253092/93‑1 (MQ=255)
tGGTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTggg < 2:6173761/93‑1 (MQ=255)
gTGCTGCGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTggggg < 1:4388475/93‑1 (MQ=255)
gctgcGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGAt > 1:1151957/1‑93 (MQ=255)
gctgcGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGAGCCTGCAGGCTATACTGGGGGAt < 1:2396900/93‑1 (MQ=255)
ctgcGCAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATg > 1:3207269/1‑93 (MQ=255)
gcgcAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGtt > 1:7895781/1‑93 (MQ=255)
gcgcAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGtt > 2:2058684/1‑93 (MQ=255)
cgcAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGttt < 1:3911916/93‑1 (MQ=255)
cgcAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGttt > 1:7395909/1‑93 (MQ=255)
cgcAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGttt > 2:7268631/1‑93 (MQ=255)
cgcAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGttt < 2:7346821/93‑1 (MQ=255)
gcAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGATCTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTg < 2:2388362/93‑1 (MQ=255)
gcAGGTGGAGAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTg < 1:8533085/93‑1 (MQ=255)
cAGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGc > 2:3443559/1‑93 (MQ=255)
aGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGcc > 1:5011975/1‑93 (MQ=255)
aGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGcc > 1:3807335/1‑93 (MQ=255)
aGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGcc > 2:8013900/1‑93 (MQ=255)
aGGTGGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGcc > 1:1927070/1‑93 (MQ=255)
|
CTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGTGACCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCAC > NC_000913/1155690‑1155869
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCCTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GACCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACATT > NC_000913/1155688‑1155872
|
CCCTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGC > SRR4302541.8790523/1‑94 (MQ=60)
CCCTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGC > SRR4302541.8583246/1‑94 (MQ=60)
CCCTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGAGGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCACAGGT‑GGC > SRR4302541.8348538/1‑94 (MQ=60)
CCTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGGCATCATGGTGCTGCGCGGGT‑GGCC > SRR4302541.86612/1‑94 (MQ=60)
CTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCA > SRR4302541.7964077/1‑94 (MQ=60)
CTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCA > SRR4302541.5079699/1‑94 (MQ=60)
CTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCA > SRR4302541.8342263/1‑94 (MQ=60)
TTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAA > SRR4302541.6727711/1‑94 (MQ=60)
TTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAA > SRR4302541.2186982/1‑94 (MQ=60)
TAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAAT > SRR4302541.6792523/1‑94 (MQ=60)
TAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAAT < SRR4302541.7608603/94‑1 (MQ=60)
TAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAAT < SRR4302541.5754384/94‑1 (MQ=60)
AATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATG < SRR4302541.3120531/94‑1 (MQ=60)
AATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATG < SRR4302541.7054352/94‑1 (MQ=60)
AATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATG < SRR4302541.7524821/94‑1 (MQ=60)
AATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATG > SRR4302541.7164238/1‑94 (MQ=60)
ATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGT > SRR4302541.2106218/1‑94 (MQ=60)
ATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGT < SRR4302541.7799494/94‑1 (MQ=60)
TCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTT > SRR4302541.3939916/1‑94 (MQ=60)
ATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGA > SRR4302541.173309/1‑94 (MQ=60)
ATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGA > SRR4302541.3959698/1‑94 (MQ=60)
TGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGAT < SRR4302541.6252711/94‑1 (MQ=60)
TGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGAT < SRR4302541.680683/94‑1 (MQ=60)
TGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGCCAACATTGCTGATGGATGCGCTAAAAGCCCATCAGGGTGCTGCG‑AGGTCGGCCAATGTTGAT > SRR4302541.919685/1‑94 (MQ=57)
AACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGT < SRR4302541.3013134/94‑1 (MQ=60)
ACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTG < SRR4302541.5848207/94‑1 (MQ=60)
ACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTG < SRR4302541.2888706/94‑1 (MQ=60)
CAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGC > SRR4302541.2068520/1‑94 (MQ=60)
AAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCC < SRR4302541.4009260/94‑1 (MQ=60)
TCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGC > SRR4302541.6016888/1‑94 (MQ=60)
GCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGG < SRR4302541.8917928/94‑1 (MQ=60)
GCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGG < SRR4302541.411949/94‑1 (MQ=60)
GCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGG < SRR4302541.4903589/94‑1 (MQ=60)
GCGCCTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGG < SRR4302541.411948/94‑1 (MQ=60)
CGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGT < SRR4302541.1678511/94‑1 (MQ=60)
CGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGT > SRR4302541.5121827/1‑94 (MQ=60)
CGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGT < SRR4302541.5085897/94‑1 (MQ=60)
GCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTC < SRR4302541.6644786/94‑1 (MQ=60)
GCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTC < SRR4302541.173914/94‑1 (MQ=60)
CGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCG > SRR4302541.5301061/1‑94 (MQ=60)
CGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCG > SRR4302541.6235506/1‑94 (MQ=60)
GTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGC > SRR4302541.8369339/1‑94 (MQ=60)
GTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGC > SRR4302541.7210053/1‑94 (MQ=60)
GTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGC > SRR4302541.2358770/1‑94 (MQ=60)
GTTTACACTGGCCGGCAACGTTGCTGATGGATGCTCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGC < SRR4302541.939255/94‑1 (MQ=60)
TTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCC < SRR4302541.3767640/94‑1 (MQ=60)
TTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCC < SRR4302541.3377585/94‑1 (MQ=60)
TTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCC > SRR4302541.660167/1‑94 (MQ=60)
TTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCG < SRR4302541.8070501/94‑1 (MQ=60)
TTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCG > SRR4302541.2275099/1‑94 (MQ=60)
TACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGA < SRR4302541.6240994/94‑1 (MQ=60)
ACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAA > SRR4302541.5725547/1‑94 (MQ=60)
CACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGTTGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAAC > SRR4302541.3497165/1‑94 (MQ=60)
CACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAAC > SRR4302541.4555830/1‑94 (MQ=60)
CACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAAC > SRR4302541.3497164/1‑94 (MQ=60)
CACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAAC > SRR4302541.2587297/1‑94 (MQ=60)
ACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGGCTGGTCGCCGAACT > SRR4302541.144306/1‑94 (MQ=60)
ACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACT < SRR4302541.1682578/94‑1 (MQ=60)
TGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGG < SRR4302541.3486438/94‑1 (MQ=60)
CTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAA > SRR4302541.5762792/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAA > SRR4302541.2086391/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAA > SRR4302541.4333138/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAA > SRR4302541.4864641/1‑94 (MQ=60)
AACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAT > SRR4302541.3651902/1‑94 (MQ=60)
AACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAT > SRR4302541.541070/1‑94 (MQ=60)
AACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAT < SRR4302541.1877555/94‑1 (MQ=60)
AACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAT > SRR4302541.8892037/1‑94 (MQ=60)
AACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGC‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAT < SRR4302541.3833298/94‑1 (MQ=60)
AACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGGGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCAT > SRR4302541.4903038/1‑94 (MQ=60)
ACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATC < SRR4302541.7513566/94‑1 (MQ=60)
CGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCT > SRR4302541.4471283/1‑94 (MQ=60)
CGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCT < SRR4302541.1136063/94‑1 (MQ=60)
CGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACACCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCT > SRR4302541.172771/1‑94 (MQ=60)
GTTGCTGATGGATGCGCTCAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGACCTGGCAAACCATCTT > SRR4302541.5270217/1‑94 (MQ=60)
GTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTT > SRR4302541.6727314/1‑94 (MQ=60)
GTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTT > SRR4302541.2363472/1‑94 (MQ=60)
GTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTT > SRR4302541.386681/1‑94 (MQ=60)
GTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTT > SRR4302541.1698570/1‑94 (MQ=60)
GTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGAGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGCACTGGCAAACCATCTT > SRR4302541.4082528/1‑94 (MQ=60)
TTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTT > SRR4302541.4150358/1‑94 (MQ=60)
TTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTT > SRR4302541.4150357/1‑94 (MQ=60)
TGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTC < SRR4302541.673108/94‑1 (MQ=60)
GCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCT < SRR4302541.842995/94‑1 (MQ=60)
TGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGACCTGGCAAACCATCTTTCTCC > SRR4302541.8728330/1‑94 (MQ=60)
TGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTTC > SRR4302541.4356373/1‑94 (MQ=60)
TGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCC > SRR4302541.6695994/1‑94 (MQ=60)
TGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCC > SRR4302541.5177412/1‑94 (MQ=60)
GATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCC < SRR4302541.7269776/94‑1 (MQ=60)
GATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCC > SRR4302541.8079476/1‑94 (MQ=60)
GATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCC > SRR4302541.3173213/1‑94 (MQ=60)
ATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCT < SRR4302541.5219334/94‑1 (MQ=60)
TGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTC < SRR4302541.477950/94‑1 (MQ=60)
TGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTC < SRR4302541.8706606/94‑1 (MQ=60)
GGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCG > SRR4302541.5670571/1‑94 (MQ=60)
GGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCG < SRR4302541.7370884/94‑1 (MQ=60)
GGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCG < SRR4302541.2350477/94‑1 (MQ=60)
GATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGC < SRR4302541.4208217/94‑1 (MQ=60)
ATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCG > SRR4302541.6669351/1‑94 (MQ=60)
ttaGCTAAAACGACATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGACAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGC < SRR4302541.3496134/91‑1 (MQ=60)
CGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCT > SRR4302541.7727813/1‑94 (MQ=60)
CGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCT > SRR4302541.2508550/1‑94 (MQ=60)
CGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCT > SRR4302541.5575960/1‑94 (MQ=60)
CGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCT < SRR4302541.5490484/94‑1 (MQ=60)
CGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCT < SRR4302541.1240866/94‑1 (MQ=60)
CGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCT < SRR4302541.4934818/94‑1 (MQ=60)
CTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGC > SRR4302541.8744713/1‑94 (MQ=60)
CTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGC > SRR4302541.1009718/1‑94 (MQ=60)
CTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGC > SRR4302541.510669/1‑94 (MQ=60)
CTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAACGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGC > SRR4302541.6995278/1‑94 (MQ=60)
TAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGACAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCA > SRR4302541.2484352/1‑94 (MQ=60)
ACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCGGGCT > SRR4302541.7211734/1‑94 (MQ=60)
ACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCT < SRR4302541.5050398/94‑1 (MQ=60)
ACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCT > SRR4302541.5508766/1‑94 (MQ=60)
GCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTAT > SRR4302541.6709529/1‑94 (MQ=60)
GCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTAT < SRR4302541.574391/94‑1 (MQ=60)
CCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATA > SRR4302541.5386049/1‑94 (MQ=60)
CATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATAC < SRR4302541.2398223/94‑1 (MQ=60)
ATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACT < SRR4302541.2787356/94‑1 (MQ=60)
TCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTG > SRR4302541.3556657/1‑94 (MQ=60)
TCATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTG > SRR4302541.3181504/1‑94 (MQ=60)
ATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGG < SRR4302541.1265521/94‑1 (MQ=60)
ATGGTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGG > SRR4302541.8548157/1‑94 (MQ=60)
GTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGA < SRR4302541.4432372/94‑1 (MQ=60)
GTGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGA > SRR4302541.7355387/1‑94 (MQ=60)
TGCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGAT > SRR4302541.1162962/1‑94 (MQ=60)
GCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATG > SRR4302541.3239669/1‑94 (MQ=60)
GCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATG < SRR4302541.235397/94‑1 (MQ=60)
GCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATG < SRR4302541.1266118/94‑1 (MQ=60)
GCTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGAGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATG < SRR4302541.2420374/94‑1 (MQ=60)
CTGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGT > SRR4302541.8054689/1‑94 (MQ=60)
TGCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTT > SRR4302541.7982607/1‑94 (MQ=60)
GCGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTT > SRR4302541.7474996/1‑94 (MQ=60)
CGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGTGATGTTTG > SRR4302541.6573025/1‑94 (MQ=60)
CGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTG > SRR4302541.7938487/1‑94 (MQ=60)
CGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTG < SRR4302541.6653762/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTG < SRR4302541.3950980/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCCCCGAACTGGAAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTCCAGGCTATACTGGGGGtggtttc > SRR4302541.6923757/1‑87 (MQ=60)
GCAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGC > SRR4302541.5869955/1‑94 (MQ=60)
CAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCC > SRR4302541.2470894/1‑94 (MQ=60)
CAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCC > SRR4302541.1945626/1‑94 (MQ=60)
CAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCC > SRR4302541.5063501/1‑94 (MQ=60)
CAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCC > SRR4302541.5063502/1‑94 (MQ=60)
CAGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCC > SRR4302541.3845676/1‑94 (MQ=60)
AGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCA > SRR4302541.1203485/1‑94 (MQ=60)
AGGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCA < SRR4302541.7084208/94‑1 (MQ=60)
GGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCAC < SRR4302541.8644886/94‑1 (MQ=60)
GGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCAC > SRR4302541.3445230/1‑94 (MQ=60)
GGT‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCAC > SRR4302541.1693225/1‑94 (MQ=60)
T‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACAT < SRR4302541.5694446/94‑1 (MQ=60)
T‑GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACAT < SRR4302541.4128444/94‑1 (MQ=60)
GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACATT < SRR4302541.7215536/94‑1 (MQ=60)
GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACATT < SRR4302541.6499157/94‑1 (MQ=60)
GGCCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACATT < SRR4302541.4835388/94‑1 (MQ=60)
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CCCTTAATCATGAACAAGCTCCGGCGCGTTTACACTGGCTGGCAACGTTGCTGATGGATGCGCTAAAACGCCATCATGGTGCTGCGCAGGT‑GACCAATGTTGATGTGCCGGGCCTGGTCGCCGAACTGGCAAACCATCTTTCTCCCTCGCGCCTGCAGGCTATACTGGGGGATGTTTGCCACATT > NC_000913/1155688‑1155872
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
