Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
521 |
238.2 |
12299412 |
96.0% |
11807435 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,838,055 |
Δ1 bp |
coding (509/1458 nt) |
ascF → |
PTS system enzyme IIBC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,838,055 | 0 | G | . | 99.6%
| 1036.5
/ ‑2.5
| 225 | coding (509/1458 nt) | ascF | PTS system enzyme IIBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base . (106/117); minor base C (0/1); total (106/119) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.28e-01 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
CAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGC‑GCATCTGCCGCGCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGC > NC_000913/2837968‑2838142
|
aaaaGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCaa < 1:1045407/93‑1 (MQ=255)
aaaGGATGGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCaaa < 2:2616380/93‑1 (MQ=255)
aaaGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCaaa < 1:5571990/93‑1 (MQ=255)
aaaGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCaaa < 1:5362960/93‑1 (MQ=255)
aaGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAAt < 2:2584770/93‑1 (MQ=255)
aGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAAtt < 2:4864468/93‑1 (MQ=255)
aGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAAtt > 2:3058929/1‑93 (MQ=255)
aGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAAtt < 1:1312396/93‑1 (MQ=255)
gATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTa < 2:1424155/93‑1 (MQ=255)
aTCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTaa < 2:3328294/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTaaa < 1:3825554/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTaaa < 1:2766439/93‑1 (MQ=255)
gCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAAc > 1:883987/1‑93 (MQ=255)
ccGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAAcc > 1:1353645/1‑93 (MQ=255)
cGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCa > 1:5186403/1‑93 (MQ=255)
cGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCa > 1:2885142/1‑93 (MQ=255)
gACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCaa < 1:1155288/93‑1 (MQ=255)
aCCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAat < 2:727244/93‑1 (MQ=255)
aCCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAat < 1:2211618/93‑1 (MQ=255)
aCCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAat < 1:1208212/93‑1 (MQ=255)
aCCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAat < 2:5119067/93‑1 (MQ=255)
ccTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAata > 2:2342652/1‑93 (MQ=255)
ccTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAata > 2:3644068/1‑93 (MQ=255)
ccTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAata > 2:1241390/1‑93 (MQ=255)
ttAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATg < 2:1878550/93‑1 (MQ=255)
ttAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATg > 2:4783306/1‑93 (MQ=255)
ttAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATg > 2:4658699/1‑93 (MQ=255)
ttAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATg > 1:4578633/1‑93 (MQ=255)
tAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAATCAATATGt > 2:892425/1‑93 (MQ=255)
aaCCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTc < 1:288923/93‑1 (MQ=255)
aaCCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTc < 2:5232944/93‑1 (MQ=255)
cATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCTGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCt < 2:1208314/93‑1 (MQ=255)
cATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCt < 2:4449716/93‑1 (MQ=255)
aTTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTg < 2:4081254/93‑1 (MQ=255)
aTTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTg < 2:4241879/93‑1 (MQ=255)
tCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGc < 1:2145436/93‑1 (MQ=255)
tGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGa > 1:1037356/1‑93 (MQ=255)
gAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGAt < 2:2494952/93‑1 (MQ=255)
aTGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTg > 2:3388727/1‑93 (MQ=255)
aTGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTg < 1:6039463/93‑1 (MQ=255)
tgtgATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGc < 2:2839792/93‑1 (MQ=255)
tgtgATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGc < 2:402966/93‑1 (MQ=255)
gATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCAt < 1:1077787/93‑1 (MQ=255)
aTTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGTCGATTGCCATc > 1:3259327/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATcg > 2:5896242/1‑93 (MQ=255)
gTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCgg < 2:4505174/93‑1 (MQ=255)
gTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCgg < 1:1763614/93‑1 (MQ=255)
gACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGgt < 1:1526481/93‑1 (MQ=255)
gcGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGgtg < 2:3338869/92‑1 (MQ=255)
ggTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGggtg > 1:4809342/1‑93 (MQ=255)
gTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGTCATCGCGGGTGTGc > 2:4973586/1‑93 (MQ=255)
gTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGc > 2:4558829/1‑93 (MQ=255)
gTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGc < 1:2632578/93‑1 (MQ=255)
tGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCt < 2:5294945/93‑1 (MQ=255)
gCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTg > 1:858070/1‑93 (MQ=255)
gCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTg < 2:1451778/93‑1 (MQ=255)
cTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTgg > 2:1766596/1‑93 (MQ=255)
cTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTgg < 1:1696772/93‑1 (MQ=255)
tttCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGt < 1:3385260/93‑1 (MQ=255)
tttCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGt > 1:4071262/1‑93 (MQ=255)
ttcttcttcCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTa > 2:2739515/1‑93 (MQ=255)
cttcttcCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACa < 2:2002690/93‑1 (MQ=255)
ttcttcCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACAt > 1:6115894/1‑93 (MQ=255)
tcttcCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATc > 1:2063724/1‑93 (MQ=255)
cttcCTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATcc > 2:2517782/1‑93 (MQ=255)
ccTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAg < 2:2319709/93‑1 (MQ=255)
ccTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAg < 1:7372/93‑1 (MQ=255)
ccTGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAg > 2:426836/1‑93 (MQ=255)
tGCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGtt < 2:6052194/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGAAGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGtt > 1:4185611/1‑93 (MQ=255)
gCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGttt > 1:1829194/1‑93 (MQ=255)
gCCGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGttt > 2:3292683/1‑93 (MQ=255)
cGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTa < 1:5861805/93‑1 (MQ=255)
cGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTa < 2:2416149/93‑1 (MQ=255)
cGCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTa > 2:5928681/1‑93 (MQ=255)
gCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAt > 2:37059/1‑93 (MQ=255)
gCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAt > 2:3899067/1‑93 (MQ=255)
gCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAt > 2:1002203/1‑93 (MQ=255)
gCTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGCGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAt > 2:5768378/1‑93 (MQ=255)
cTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAtt > 2:2799128/1‑93 (MQ=255)
cTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAtt < 1:312282/93‑1 (MQ=255)
cTGATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAtt > 2:1503606/1‑93 (MQ=255)
gATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGa < 1:5046500/93‑1 (MQ=255)
gATGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGa > 1:2524560/1‑93 (MQ=255)
tGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAAc < 2:3047040/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAAc < 1:4888640/93‑1 (MQ=255)
gTCGCGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTg > 2:1585587/1‑93 (MQ=255)
cgcggcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGAt < 2:2434556/89‑1 (MQ=255)
gcggcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATg < 1:4637006/90‑1 (MQ=255)
cggcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATgg < 1:5651854/91‑1 (MQ=255)
ggcATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGc > 2:3540139/2‑93 (MQ=255)
cATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGa < 1:2934478/93‑1 (MQ=255)
tCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGaaa > 1:3717867/1‑93 (MQ=255)
tCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGaaa > 1:3749144/1‑93 (MQ=255)
tCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGaaa > 1:4316052/1‑93 (MQ=255)
tCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGaaa > 2:4200021/1‑93 (MQ=255)
tCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATCGCGaaa > 1:2375877/1‑93 (MQ=255)
cTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAg < 1:3425874/93‑1 (MQ=255)
tGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGc < 2:6138289/93‑1 (MQ=255)
tGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGc < 1:5880220/93‑1 (MQ=255)
|
CAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGC‑GCATCTGCCGCGCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGC > NC_000913/2837968‑2838142
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑GCATCTGCCGCGCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCA > NC_000913/2837965‑2838148
|
TGCCACAAGGATCGCCGCCCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CAT < SRR4302532.3501207/94‑1 (MQ=60)
TGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CAT < SRR4302532.403119/94‑1 (MQ=60)
TGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CAT > SRR4302532.1753278/1‑94 (MQ=60)
CAAAAGGATCGCCGCCCTTAACCATTATTAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCCCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAA < SRR4302532.683681/94‑1 (MQ=60)
AAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAA > SRR4302532.1076376/1‑94 (MQ=60)
AAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAA < SRR4302532.1080642/94‑1 (MQ=60)
AAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAA > SRR4302532.5497472/1‑94 (MQ=60)
AAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAT < SRR4302532.5548874/94‑1 (MQ=60)
AAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAT < SRR4302532.5765471/94‑1 (MQ=60)
AAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATT < SRR4302532.5883404/94‑1 (MQ=60)
AGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTT < SRR4302532.1356299/94‑1 (MQ=60)
AGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTT > SRR4302532.3017388/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAA > SRR4302532.5754620/1‑94 (MQ=60)
TCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAA < SRR4302532.2859328/94‑1 (MQ=60)
TCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAA < SRR4302532.3954716/94‑1 (MQ=60)
CGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAAC > SRR4302532.914205/1‑94 (MQ=60)
GCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACC > SRR4302532.1398913/1‑94 (MQ=60)
CCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCA > SRR4302532.2981558/1‑94 (MQ=60)
CCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCA > SRR4302532.5365099/1‑94 (MQ=60)
CGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAA < SRR4302532.1875163/94‑1 (MQ=60)
GACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAAT < SRR4302532.1193935/94‑1 (MQ=60)
GACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAAT < SRR4302532.1193832/94‑1 (MQ=60)
GACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAAT > SRR4302532.6127314/1‑94 (MQ=60)
ACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATA < SRR4302532.2285113/94‑1 (MQ=60)
ACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATA < SRR4302532.1248650/94‑1 (MQ=60)
ACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAAACAATA > SRR4302532.2663538/1‑94 (MQ=60)
CCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATAT < SRR4302532.3165693/94‑1 (MQ=60)
CCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATAT > SRR4302532.1365850/1‑94 (MQ=60)
CTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATG > SRR4302532.4734752/1‑94 (MQ=60)
CTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATG > SRR4302532.927244/1‑94 (MQ=60)
TAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTC > SRR4302532.3517632/1‑94 (MQ=60)
AACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCT > SRR4302532.2252728/1‑94 (MQ=60)
AACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCG > SRR4302532.2198988/1‑94 (MQ=60)
AACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCG < SRR4302532.298887/94‑1 (MQ=60)
CCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGGCGCC‑GCATCTGCC‑CCCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCT < SRR4302532.4080366/94‑1 (MQ=60)
CATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTG < SRR4302532.4316827/94‑1 (MQ=60)
ATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGG < SRR4302532.1000329/94‑1 (MQ=60)
ATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGG < SRR4302532.2733371/94‑1 (MQ=60)
ATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGG > SRR4302532.5846906/1‑94 (MQ=60)
TCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCG < SRR4302532.2217106/94‑1 (MQ=60)
TCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTGCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCG < SRR4302532.2531561/94‑1 (MQ=60)
CTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGA > SRR4302532.1072355/1‑94 (MQ=60)
TGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGAT > SRR4302532.463117/1‑94 (MQ=60)
ATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGC < SRR4302532.6248038/94‑1 (MQ=60)
ATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGC > SRR4302532.1113024/1‑94 (MQ=60)
TGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCC > SRR4302532.806644/1‑94 (MQ=60)
GTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCA > SRR4302532.5014651/1‑94 (MQ=60)
GATTGGTGACGGTGTTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATC < SRR4302532.4785667/94‑1 (MQ=60)
GATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGTCGATTGCCATC > SRR4302532.3367658/1‑94 (MQ=60)
GATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATC < SRR4302532.1591725/94‑1 (MQ=60)
GATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATC < SRR4302532.1762741/94‑1 (MQ=60)
GATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATC < SRR4302532.1113951/94‑1 (MQ=60)
TTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGC < SRR4302532.4796897/94‑1 (MQ=60)
TGGTGACGGTTCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCG < SRR4302532.5251805/94‑1 (MQ=60)
GGTGACAGTGCTTTCATATACCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGAATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGaaggcgatagccaaagaag < SRR4302532.5677374/94‑20 (MQ=30)
GTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGG < SRR4302532.1822745/94‑1 (MQ=60)
TGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGT > SRR4302532.4280858/1‑94 (MQ=60)
GACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTG < SRR4302532.1185180/94‑1 (MQ=60)
GACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTG < SRR4302532.1578047/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTG > SRR4302532.90804/1‑94 (MQ=60)
CGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGGGTG > SRR4302532.4974968/1‑94 (MQ=60)
GGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCAACTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGC > SRR4302532.6270341/1‑94 (MQ=60)
GTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCT < SRR4302532.2720779/94‑1 (MQ=60)
TGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTG > SRR4302532.5874070/1‑94 (MQ=60)
TGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTG > SRR4302532.887551/1‑94 (MQ=60)
TGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTAGCGGTTGCCATCGGGGGTGTGCTG > SRR4302532.250916/1‑94 (MQ=60)
TCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGG < SRR4302532.5094906/94‑1 (MQ=60)
CTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGT < SRR4302532.1754030/94‑1 (MQ=60)
CTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGT > SRR4302532.4207993/1‑94 (MQ=60)
TTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTA < SRR4302532.3498491/94‑1 (MQ=60)
TCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACA < SRR4302532.2968690/94‑1 (MQ=60)
TCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACA < SRR4302532.3341185/94‑1 (MQ=60)
CTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACAT > SRR4302532.6326965/1‑94 (MQ=60)
TTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATC > SRR4302532.4845189/1‑94 (MQ=60)
TTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATC < SRR4302532.6267669/94‑1 (MQ=60)
TTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATC > SRR4302532.2132487/1‑94 (MQ=60)
TTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATC > SRR4302532.1522330/1‑94 (MQ=60)
TTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATC > SRR4302532.1225790/1‑94 (MQ=60)
TCTGCCTGCCGCTTATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCC < SRR4302532.2496338/94‑1 (MQ=60)
TCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAG < SRR4302532.3768326/94‑1 (MQ=60)
CCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGCG‑ATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTTCTGGTGCATCCGAGT < SRR4302532.229293/94‑1 (MQ=60)
CCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGT < SRR4302532.7671/94‑1 (MQ=60)
CCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGT < SRR4302532.4355301/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGCACATCCGAGTT > SRR4302532.3328009/1‑94 (MQ=60)
CTGCCGCTGAAGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTT > SRR4302532.4326025/1‑94 (MQ=60)
TGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTT > SRR4302532.3371766/1‑94 (MQ=60)
TGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTT > SRR4302532.1890070/1‑94 (MQ=60)
GCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTT > SRR4302532.1583165/1‑94 (MQ=60)
CGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAT > SRR4302532.1319373/1‑94 (MQ=60)
CGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAT < SRR4302532.1987847/94‑1 (MQ=60)
CGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAT < SRR4302532.6065040/94‑1 (MQ=60)
GCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATT > SRR4302532.2971334/1‑94 (MQ=60)
CTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTG < SRR4302532.323113/94‑1 (MQ=60)
TGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGA > SRR4302532.2608796/1‑94 (MQ=60)
GATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAA < SRR4302532.5219630/94‑1 (MQ=60)
TGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACT < SRR4302532.5056656/94‑1 (MQ=60)
TGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACT < SRR4302532.607698/94‑1 (MQ=60)
TCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGAT < SRR4302532.5286520/94‑1 (MQ=60)
TCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTACCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGAT < SRR4302532.2439929/94‑1 (MQ=60)
CG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCTATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATG > SRR4302532.3928582/1‑94 (MQ=60)
gcgGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGG < SRR4302532.4795098/91‑1 (MQ=60)
cgGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGC < SRR4302532.5848546/92‑1 (MQ=60)
G‑GCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCG > SRR4302532.5286861/1‑94 (MQ=60)
CATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAA < SRR4302532.3863112/94‑1 (MQ=60)
CATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAA < SRR4302532.3032004/94‑1 (MQ=60)
ATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAA > SRR4302532.3875180/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAA > SRR4302532.3842647/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAA > SRR4302532.4461956/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAA > SRR4302532.2062956/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATCGCGAAA > SRR4302532.2455066/1‑94 (MQ=60)
TCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAG < SRR4302532.3819938/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGC < SRR4302532.3540650/94‑1 (MQ=60)
TGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCG < SRR4302532.2983787/94‑1 (MQ=60)
TGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCG < SRR4302532.6083909/94‑1 (MQ=60)
CCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGC < SRR4302532.3577716/94‑1 (MQ=60)
CGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCC > SRR4302532.4783654/1‑94 (MQ=60)
CCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCA > SRR4302532.629002/1‑94 (MQ=60)
|
TGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑GCATCTGCCGCGCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCGAAAGCGGCCCA > NC_000913/2837965‑2838148
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
