Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
521 |
238.2 |
12299412 |
96.0% |
11807435 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,928,669 |
A→G |
L18L (TTG→CTG) |
yieN ← |
putative 2‑component regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,928,669 | 0 | A | G | 99.1%
| 755.4
/ ‑2.4
| 210 | L18L (TTG→CTG) | yieN | putative 2‑component regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (115/93); total (115/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
GCGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAA > NC_000913/3928579‑3928758
|
gCGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCg < 2:5813219/93‑1 (MQ=255)
cGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGa < 1:2825330/93‑1 (MQ=255)
gggCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGaa > 1:459317/1‑93 (MQ=255)
gggCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAACGaa < 2:4355097/93‑1 (MQ=255)
ggCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAAc < 2:4206935/93‑1 (MQ=255)
ggCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAAc < 1:178731/93‑1 (MQ=255)
gCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACt > 1:781251/1‑93 (MQ=255)
ccAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCGCCTTTTCCAGCGAACTg < 1:5546378/93‑1 (MQ=255)
ccAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTg > 2:1974025/1‑93 (MQ=255)
cAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGc < 1:5842851/93‑1 (MQ=255)
cAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGc > 2:5373471/1‑93 (MQ=255)
aaGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCt < 1:734388/93‑1 (MQ=255)
aaGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCt > 2:5293061/1‑93 (MQ=255)
aggaggAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTc < 1:2570959/93‑1 (MQ=255)
ggaggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCa < 2:1097989/93‑1 (MQ=255)
ggaggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCa < 2:1515064/93‑1 (MQ=255)
ggaggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCa > 1:2873179/1‑93 (MQ=255)
gaggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAg < 1:6060918/93‑1 (MQ=255)
aggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAgg < 1:2125044/93‑1 (MQ=255)
aggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAgg < 2:5819107/93‑1 (MQ=255)
ggaACACGCTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGc < 2:5237151/93‑1 (MQ=255)
ggaACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGc > 1:1133042/1‑93 (MQ=255)
aaCACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCgg > 1:1707486/1‑93 (MQ=255)
acacacTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCggg > 2:3871861/1‑93 (MQ=255)
cacTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGaaa > 2:206391/1‑93 (MQ=255)
cTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAAtt > 2:2024021/1‑93 (MQ=255)
cTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAAtt > 1:2407338/1‑93 (MQ=255)
cTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAAtt > 2:5564423/1‑93 (MQ=255)
tttCACCACTTAGTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTc > 2:216744/1‑93 (MQ=255)
tttCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTc < 1:3321495/93‑1 (MQ=255)
tCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCtt < 2:132752/93‑1 (MQ=255)
tCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCtt < 1:4287853/93‑1 (MQ=255)
caccacTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCttt > 2:2324164/1‑93 (MQ=255)
caccacTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCttt > 1:3524482/1‑93 (MQ=255)
cccacTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTc < 1:2519291/92‑1 (MQ=255)
acTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGc < 2:6120191/93‑1 (MQ=255)
acTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGc < 1:5899762/93‑1 (MQ=255)
tAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaa > 1:760880/1‑93 (MQ=255)
aaTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaat > 1:2792892/1‑93 (MQ=255)
aaTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaat < 1:3172728/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaata > 1:1021849/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaata > 2:607312/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaata < 1:4732197/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCtaata > 2:3458626/1‑93 (MQ=255)
gCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATaaa > 2:1784655/1‑93 (MQ=255)
cGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATg > 1:992751/1‑93 (MQ=255)
taataaACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAgg < 2:3294364/93‑1 (MQ=255)
caataaACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAgg < 1:4885431/92‑1 (MQ=255)
taaACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTg > 2:4229107/1‑93 (MQ=255)
taaACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTg > 2:2841661/1‑93 (MQ=255)
taaACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTg > 2:3035121/1‑93 (MQ=255)
taaACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTg < 2:3571970/93‑1 (MQ=255)
aaaCACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGa < 1:5063737/93‑1 (MQ=255)
acacAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGc > 2:2720839/1‑93 (MQ=255)
acacAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGc > 2:728366/1‑93 (MQ=255)
cacaAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGcc > 1:1076085/1‑93 (MQ=255)
acaAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCa < 1:4091254/93‑1 (MQ=255)
acaAGCGGATGGCGTAGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCa > 1:1433419/1‑93 (MQ=255)
aaGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATa > 1:3286162/1‑93 (MQ=255)
gATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGaa > 2:788549/1‑93 (MQ=255)
gATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGaa > 2:3742328/1‑93 (MQ=255)
gATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGaa > 2:2631976/1‑93 (MQ=255)
gATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCGTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGaa < 2:364665/93‑1 (MQ=255)
aTGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAg < 1:5721606/93‑1 (MQ=255)
tGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGt > 2:4780574/1‑93 (MQ=255)
tGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGt < 2:4618620/93‑1 (MQ=255)
ggCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTg < 1:3199106/93‑1 (MQ=255)
gCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTgg > 2:3691231/1‑93 (MQ=255)
gCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTgg > 1:405207/1‑93 (MQ=255)
gTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCg < 1:3881472/93‑1 (MQ=255)
tGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGt > 2:2554123/1‑93 (MQ=255)
tGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGt > 2:1617098/1‑93 (MQ=255)
tGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGt > 2:3857452/1‑93 (MQ=255)
ggCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTc < 1:1804099/93‑1 (MQ=255)
ggCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTc < 2:5058853/93‑1 (MQ=255)
gCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTcc > 1:877441/1‑93 (MQ=255)
cTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTTGCGTCCt < 1:6031853/93‑1 (MQ=255)
tACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCtt > 2:1830212/1‑93 (MQ=255)
tACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCtt < 1:244454/93‑1 (MQ=255)
aCGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCttt < 1:601936/93‑1 (MQ=255)
aCGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCttt < 1:941904/93‑1 (MQ=255)
gTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTct > 1:1125078/1‑92 (MQ=255)
ttCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGt > 1:5004412/1‑93 (MQ=255)
ttCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGt > 2:5961853/1‑93 (MQ=255)
tCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTc > 2:2199982/1‑93 (MQ=255)
aTAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCaa < 2:646015/93‑1 (MQ=255)
aaaGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCaaaa < 1:4272927/93‑1 (MQ=255)
aGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGt > 2:3510455/1‑93 (MQ=255)
gCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAggt > 2:5514239/1‑91 (MQ=255)
ccccTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTc > 2:5522828/1‑93 (MQ=255)
cccTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCt < 2:1918297/93‑1 (MQ=255)
cccTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCt > 1:891285/1‑93 (MQ=255)
cccTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCt > 2:2448652/1‑93 (MQ=255)
ccTTTTCCAGCGACCTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTg < 1:3550820/93‑1 (MQ=255)
ccTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTg > 1:5131628/1‑93 (MQ=255)
cTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGc > 1:3029607/1‑93 (MQ=255)
ttttCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATCAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGct > 1:1936125/1‑92 (MQ=255)
tttCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGt > 2:2416691/1‑93 (MQ=255)
ttCCAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTa < 2:4151379/93‑1 (MQ=255)
ccAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTaaa < 2:4024592/93‑1 (MQ=255)
|
GCGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAA > NC_000913/3928579‑3928758
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTGGCGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGC > NC_000913/3928576‑3928762
|
CTGGCGGGCCAAGGAGGAACACCCTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAG < SRR4302532.45228/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGC < SRR4302532.1196158/94‑1 (MQ=60)
CGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAA < SRR4302532.2919843/94‑1 (MQ=60)
CGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAA > SRR4302532.475294/1‑94 (MQ=60)
GGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACT > SRR4302532.4032558/1‑94 (MQ=60)
GGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACT > SRR4302532.808107/1‑94 (MQ=60)
GGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACT < SRR4302532.184730/94‑1 (MQ=60)
GCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTG < SRR4302532.715007/94‑1 (MQ=60)
GCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTG < SRR4302532.6058347/94‑1 (MQ=60)
CCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCGCCTTTTCCAGCGAACTGC < SRR4302532.5738878/94‑1 (MQ=60)
CAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCT < SRR4302532.6045635/94‑1 (MQ=60)
AAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTC < SRR4302532.759398/94‑1 (MQ=60)
AAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTC > SRR4302532.2514062/1‑94 (MQ=60)
AAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTC < SRR4302532.759397/94‑1 (MQ=60)
AGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCA < SRR4302532.2656811/94‑1 (MQ=60)
AGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCA > SRR4302532.2969253/1‑94 (MQ=60)
GGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAG < SRR4302532.1860602/94‑1 (MQ=60)
GAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGG < SRR4302532.6270194/94‑1 (MQ=60)
AGGAACCCACTTTCACTACTTAATGGCGCCAAAAAACACAAGCGGATGGGGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCTCGCGAACTGCTTAGGC > SRR4302532.4498659/1‑94 (MQ=48)
AGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGC > SRR4302532.4872430/1‑94 (MQ=60)
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GGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCG < SRR4302532.111819/94‑1 (MQ=60)
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ACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATT > SRR4302532.2487437/1‑94 (MQ=60)
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TCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTT > SRR4302532.3642444/1‑94 (MQ=60)
TCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTT < SRR4302532.3299938/94‑1 (MQ=60)
TCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTT < SRR4302532.4432478/94‑1 (MQ=60)
CCCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCC < SRR4302532.2603350/94‑1 (MQ=60)
CCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCG > SRR4302532.2288625/1‑94 (MQ=60)
CCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCG > SRR4302532.575771/1‑94 (MQ=60)
ACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCT > SRR4302532.3701766/1‑94 (MQ=60)
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CTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGG > SRR4302532.5955460/1‑94 (MQ=60)
CTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGG > SRR4302532.1967413/1‑94 (MQ=60)
CAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGG < SRR4302532.5053368/94‑1 (MQ=60)
ATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTG < SRR4302532.2029567/94‑1 (MQ=60)
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GCTACGTTCATAAAGCCCATTTTCCAGCCAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGttaacagatgagtagcggccgtaattaagaatggctct > SRR4302532.907868/1‑56 (MQ=59)
CTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAGCGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTTGCGTCCTT < SRR4302532.6240178/94‑1 (MQ=60)
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CTGGCGGGCCAAGGAGGAACACACTTTCACCACTTAATGCCGCTAATAAACACAAGCGGATGGCGTGGCTACGTTCATAAAGCCCCTTTTCCAACGAACTGCTCAGGCGGGAAATTCTTTCCGCTAATAAATGAGGGTGAGCCATAATGAAGTGGCGTCCTTTCGTCAAAAGTTCTGCGTAAATTGC > NC_000913/3928576‑3928762
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
