Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
593 |
264.2 |
13311096 |
97.8% |
13018251 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,002,916 |
C→T |
D101D (GAC→GAT) |
b0943 → |
putative fimbrial‑like protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,002,916 | 0 | C | T | 86.5%
| 662.3
/ 71.9
| 229 | D101D (GAC→GAT) | b0943 | putative fimbrial‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/11); new base T (107/91); total (127/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.54e-01 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCG > NC_000913/1002826‑1003006
|
gCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGt > 1:62583/1‑93 (MQ=255)
cTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTc > 2:6263883/1‑93 (MQ=255)
gACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCAc > 1:4076677/1‑93 (MQ=255)
acacGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCAcc < 2:6079880/93‑1 (MQ=255)
acacGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCAcc < 2:6029641/93‑1 (MQ=255)
cacGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCt < 1:1542488/93‑1 (MQ=255)
cacGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCt > 2:2929321/1‑93 (MQ=255)
cGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCttt < 2:1573096/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCtttt < 1:5276160/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCtttt < 1:4270464/93‑1 (MQ=255)
tttttCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTc > 2:782031/1‑93 (MQ=255)
tttttCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTc < 1:6933/93‑1 (MQ=255)
ttttCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCa > 2:2163402/1‑93 (MQ=255)
ttttCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCa > 1:4436371/1‑93 (MQ=255)
tttCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAg > 2:5495727/1‑93 (MQ=255)
tcATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAc < 2:3243707/93‑1 (MQ=255)
tcATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAc > 2:3420518/1‑93 (MQ=255)
gcATGGGAATGATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGCAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCTCCTTTTCAGGAAc < 1:460571/92‑1 (MQ=255)
cATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAcc < 2:1248369/93‑1 (MQ=255)
aTGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAccc > 2:4935751/1‑93 (MQ=255)
aTGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAccc < 1:2642509/93‑1 (MQ=255)
tGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAcccc > 2:2258666/1‑93 (MQ=255)
gggAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAccccc < 2:2845908/93‑1 (MQ=255)
ggAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCg > 2:6308698/1‑93 (MQ=255)
ggAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCg < 1:5032277/93‑1 (MQ=255)
tGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGCCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGt < 2:4662986/93‑1 (MQ=255)
tgCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTg < 2:6252050/92‑1 (MQ=255)
gCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGc < 1:5712204/93‑1 (MQ=255)
cccGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCa < 1:1371580/93‑1 (MQ=255)
cccGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCa < 2:2192986/93‑1 (MQ=255)
ccGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCag < 2:5676869/93‑1 (MQ=255)
cGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCaga < 2:6142375/93‑1 (MQ=255)
cGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCaga > 1:2708219/1‑93 (MQ=255)
ggAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCagag > 2:4354008/1‑93 (MQ=255)
gagaAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGc > 2:3543947/1‑93 (MQ=255)
agaAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCg > 1:3314855/1‑93 (MQ=255)
gaAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGa > 1:2014385/1‑93 (MQ=255)
aaaTCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGaa > 1:6352340/1‑93 (MQ=255)
aaTCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGATGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGAGCAGAGCGaaa > 2:2635234/1‑93 (MQ=255)
aTCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAt > 1:610193/1‑93 (MQ=255)
tCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACTCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtg > 2:2667208/1‑93 (MQ=255)
tCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtg > 2:4565633/1‑93 (MQ=255)
cTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtgt > 1:3887823/1‑93 (MQ=255)
tttCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtgtt > 1:4472955/1‑93 (MQ=255)
ttCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtgttg > 2:3878291/1‑93 (MQ=255)
ttCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtgttg < 1:6396500/93‑1 (MQ=255)
tcatcaTTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtgttgt > 2:5299321/1‑93 (MQ=255)
catcatTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTc > 1:1272867/1‑93 (MQ=255)
atcatTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTcc > 1:658560/1‑93 (MQ=255)
catTAATTTGCAGGATTGTTGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCAt < 2:934541/93‑1 (MQ=255)
catTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCAt < 2:1768656/93‑1 (MQ=255)
catTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCAt > 2:3381278/1‑93 (MQ=255)
ttAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGACATGTTGTCCATTg > 2:4753725/1‑93 (MQ=255)
tAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGa > 1:2501207/1‑93 (MQ=255)
aaTTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGaa > 1:2431375/1‑93 (MQ=255)
aaTTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGaa > 1:3450341/1‑93 (MQ=255)
aTTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGaaa < 1:4377569/93‑1 (MQ=255)
gCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTgg > 1:2929084/1‑93 (MQ=255)
cAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGt > 2:6603622/1‑93 (MQ=255)
cAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGt > 2:5706526/1‑93 (MQ=255)
cAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGt > 1:397608/1‑93 (MQ=255)
aGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTa > 2:3579060/1‑93 (MQ=255)
aGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTa > 2:2901540/1‑93 (MQ=255)
aGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTa < 1:5605890/93‑1 (MQ=255)
aGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTa > 1:5855914/1‑93 (MQ=255)
ggATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTAc > 1:6180516/1‑93 (MQ=255)
ggATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTAc < 2:5896999/93‑1 (MQ=255)
ggATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTAc < 2:4161553/93‑1 (MQ=255)
aTTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACgg > 1:3581289/1‑93 (MQ=255)
ttGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGa < 2:5236247/93‑1 (MQ=255)
ttGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGa > 1:1077088/1‑93 (MQ=255)
tGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGAt > 2:693234/1‑93 (MQ=255)
ggAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGca > 2:3920788/1‑93 (MQ=255)
ggAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGca > 2:4989092/1‑93 (MQ=255)
gAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcag > 1:794172/1‑93 (MQ=255)
aaCAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcagc < 1:6480432/93‑1 (MQ=255)
aaCAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcagc > 1:4935985/1‑93 (MQ=255)
aCAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcagcc > 1:2233509/1‑93 (MQ=255)
cAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcagcca < 2:1138615/93‑1 (MQ=255)
cAGATGTCAGCACAGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcagcca < 2:2423187/93‑1 (MQ=255)
gATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcagccagc < 2:3494834/93‑1 (MQ=255)
gATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcagccagc > 1:4543809/1‑93 (MQ=255)
gATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcagccagc > 1:260273/1‑93 (MQ=255)
gATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcagccagc < 1:2032443/93‑1 (MQ=255)
tGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCgg > 1:3290306/1‑93 (MQ=255)
tGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCgg > 1:5517355/1‑93 (MQ=255)
tCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGc < 1:4195058/93‑1 (MQ=255)
cAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTGCGGATGCAGCCAGCGGGCt < 1:987801/93‑1 (MQ=255)
cAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCt < 1:5454979/93‑1 (MQ=255)
aGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTg > 1:4749570/1‑93 (MQ=255)
gCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGACCCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTgg < 2:1340224/93‑1 (MQ=255)
gCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTgg < 1:2108658/93‑1 (MQ=255)
cACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGc > 2:1442199/1‑93 (MQ=255)
aCGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCa > 1:6636397/1‑93 (MQ=255)
ggTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAAt < 2:5607833/93‑1 (MQ=255)
ttGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTg < 2:6510927/93‑1 (MQ=255)
ttGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTg < 1:5895727/93‑1 (MQ=255)
tGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGc > 1:5186016/1‑93 (MQ=255)
tGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGc > 2:3746747/1‑93 (MQ=255)
gACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCg > 1:3718405/1‑93 (MQ=255)
|
GCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCG > NC_000913/1002826‑1003006
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATT > NC_000913/1002823‑1003009
|
CTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGAT > SRR4302547.6301845/1‑94 (MQ=60)
CTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGAT > SRR4302547.3595429/1‑94 (MQ=60)
CTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGAT < SRR4302547.4002054/94‑1 (MQ=60)
TCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATG < SRR4302547.5681202/94‑1 (MQ=60)
CGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGT > SRR4302547.63760/1‑94 (MQ=60)
GCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTC < SRR4302547.5943179/94‑1 (MQ=60)
CTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCA < SRR4302547.5915860/94‑1 (MQ=60)
TGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCAC > SRR4302547.3473835/1‑94 (MQ=60)
TGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCAC > SRR4302547.4159514/1‑94 (MQ=60)
ACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCT < SRR4302547.4493492/94‑1 (MQ=60)
CACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTT < SRR4302547.1573190/94‑1 (MQ=60)
CGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTT > SRR4302547.1001472/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTC < SRR4302547.5384938/94‑1 (MQ=60)
GTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTC < SRR4302547.4358111/94‑1 (MQ=60)
TTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCA > SRR4302547.4528080/1‑94 (MQ=60)
TTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCA < SRR4302547.3548907/94‑1 (MQ=60)
TTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCA < SRR4302547.7058/94‑1 (MQ=60)
TTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGG < SRR4302547.4567386/94‑1 (MQ=60)
TTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGA < SRR4302547.441549/94‑1 (MQ=60)
CTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAC < SRR4302547.136650/94‑1 (MQ=60)
TCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACC > SRR4302547.2199663/1‑94 (MQ=60)
TCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACC > SRR4302547.2637153/1‑94 (MQ=60)
GCATGGGAATGATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGCAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCTCCTTTTCAGGAACC < SRR4302547.469080/94‑1 (MQ=60)
CATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCC < SRR4302547.3277054/94‑1 (MQ=60)
ATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCC < SRR4302547.4256732/94‑1 (MQ=60)
ATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCC < SRR4302547.3854513/94‑1 (MQ=60)
ATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCC < SRR4302547.2695691/94‑1 (MQ=60)
TGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCC < SRR4302547.943764/94‑1 (MQ=60)
TGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCC < SRR4302547.5102342/94‑1 (MQ=60)
TGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCC > SRR4302547.52423/1‑94 (MQ=60)
TGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCC < SRR4302547.5996704/94‑1 (MQ=60)
TGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCC < SRR4302547.3376757/94‑1 (MQ=60)
GGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGA < SRR4302547.5136247/94‑1 (MQ=60)
GAATTATGGCCCGGAGAAATCGTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGAC > SRR4302547.5423112/1‑94 (MQ=60)
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ATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGG < SRR4302547.6513847/94‑1 (MQ=60)
TTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGA > SRR4302547.736564/1‑94 (MQ=60)
TGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTG > SRR4302547.2616368/1‑94 (MQ=60)
GGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGC > SRR4302547.4025670/1‑94 (MQ=60)
GGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGC < SRR4302547.684485/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCA < SRR4302547.5830181/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCA > SRR4302547.2014510/1‑94 (MQ=60)
CCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAG < SRR4302547.1399097/94‑1 (MQ=60)
CCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGA < SRR4302547.4297502/94‑1 (MQ=60)
CCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGA > SRR4302547.2762592/1‑94 (MQ=60)
CGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAG < SRR4302547.4253223/94‑1 (MQ=60)
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AATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAT > SRR4302547.621528/1‑94 (MQ=60)
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TGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGG > SRR4302547.2987482/1‑94 (MQ=60)
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CAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTA > SRR4302547.5977082/1‑94 (MQ=60)
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AGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTAC < SRR4302547.5721552/94‑1 (MQ=60)
GGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACG > SRR4302547.5188358/1‑94 (MQ=60)
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CACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGCGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCA > SRR4302547.6650522/1‑94 (MQ=60)
GGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATT < SRR4302547.3948793/94‑1 (MQ=60)
TTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGC < SRR4302547.6017808/94‑1 (MQ=60)
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TGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATT > SRR4302547.1972450/1‑94 (MQ=60)
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CTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATT > NC_000913/1002823‑1003009
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
