Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
593 |
264.2 |
13311096 |
97.8% |
13018251 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,470,125 |
G→A |
intergenic (+1592/‑2120) |
tra82 → / → ydbC |
IS30 transposase/putative dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,470,125 | 0 | G | A | 88.3%
| 691.9
/ 53.8
| 223 | intergenic (+1592/‑2120) | tra82/ydbC | IS30 transposase/putative dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/13); new base A (103/94); total (116/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.38e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAACGGGGTCA > NC_000913/1470035‑1470217
|
tttATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGaa > 1:6564800/1‑93 (MQ=255)
tataATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACg > 2:3092876/1‑93 (MQ=255)
tataATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTACCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAACGACGGAACg > 1:5315451/1‑93 (MQ=255)
ataataCCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGa > 2:4165176/1‑93 (MQ=255)
taCCGGTCGCATGAACATCAGTAATTCTTCCCTCAACGGAGACGTGAATATGTGGGGCGGAAGTGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGa < 2:1400912/93‑1 (MQ=255)
taCCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGa < 1:2721874/93‑1 (MQ=255)
taCCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGa > 2:5454740/1‑93 (MQ=255)
aCCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGAt < 2:6217346/93‑1 (MQ=255)
ccGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATg > 2:2457346/1‑93 (MQ=255)
cGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGt > 1:4787222/1‑93 (MQ=255)
gTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGGAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGttt > 2:6019800/1‑93 (MQ=255)
gTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGttt > 1:20254/1‑93 (MQ=255)
tCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTc > 2:4770500/1‑93 (MQ=255)
caTGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGc > 2:3239015/1‑93 (MQ=255)
caTGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGc < 1:5278795/93‑1 (MQ=255)
caTGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGc > 1:3692799/1‑93 (MQ=255)
aTGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCg > 2:4810370/1‑93 (MQ=255)
aaTCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTc < 1:4518627/92‑1 (MQ=255)
aTCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCa > 2:6412858/1‑93 (MQ=255)
aTCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCa < 2:5833540/93‑1 (MQ=255)
cAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACt < 1:1016082/93‑1 (MQ=255)
cAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACt < 1:5958315/93‑1 (MQ=255)
aGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTg > 2:1540315/1‑93 (MQ=255)
gTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTgg < 2:899375/93‑1 (MQ=255)
tAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGt > 2:5700340/1‑93 (MQ=255)
tAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGt > 2:5176749/1‑93 (MQ=255)
aaTTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTa < 1:1147685/93‑1 (MQ=255)
ttcttcCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGt < 2:2129127/93‑1 (MQ=255)
tcttcCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTc < 2:450536/93‑1 (MQ=255)
tctccCCACAAGGGAGCCGTTAATATGGGGGGCGAAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGta < 1:84062/93‑2 (MQ=255)
cttcCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCa < 1:4903103/93‑1 (MQ=255)
cttcCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACGGGTAGTCa < 1:6478632/93‑1 (MQ=255)
ttcCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAg > 1:3297004/1‑93 (MQ=255)
tcCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAgc < 1:6199926/93‑1 (MQ=255)
tcCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAgc > 2:4840311/1‑93 (MQ=255)
tcCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAgc > 2:32906/1‑93 (MQ=255)
cccACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAgcg < 1:1828560/93‑1 (MQ=255)
cacaACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCt < 1:5980402/93‑1 (MQ=255)
acaACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCta > 1:2834705/1‑93 (MQ=255)
aaCGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCtaat < 2:148602/93‑1 (MQ=255)
aaCGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGATACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCtaat > 1:2663018/1‑93 (MQ=255)
aaCGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCtaat < 1:3127585/93‑1 (MQ=255)
aCGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCtaata < 2:2898194/93‑1 (MQ=255)
aCGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCtaata > 1:3258346/1‑93 (MQ=255)
cGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCtaataa < 1:2363646/93‑1 (MQ=255)
cGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCtaataa < 2:4028553/93‑1 (MQ=255)
ggAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTaataat < 1:4215076/93‑1 (MQ=255)
gAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATg > 1:3325843/1‑93 (MQ=255)
gAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATg > 2:3852008/1‑93 (MQ=255)
gAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATg < 1:4173956/93‑1 (MQ=255)
aGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGc < 1:688792/93‑1 (MQ=255)
aGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGc < 1:1070097/93‑1 (MQ=255)
gCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGcc < 2:6629099/93‑1 (MQ=255)
gCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGcc < 2:2075057/93‑1 (MQ=255)
ccGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCg < 1:4358568/93‑1 (MQ=255)
ccGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCg < 1:1236652/93‑1 (MQ=255)
ccGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCg < 1:4922087/93‑1 (MQ=255)
ccGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCg > 2:4368666/1‑93 (MQ=255)
cGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCgg > 1:3734592/1‑93 (MQ=255)
gTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGc > 1:5922731/1‑93 (MQ=255)
gTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGACGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGc < 2:3555729/93‑1 (MQ=255)
ttAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCg < 1:400822/93‑1 (MQ=255)
tatGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCa > 2:4688812/1‑93 (MQ=255)
tatGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCa > 2:5433925/1‑93 (MQ=255)
tatGTGGGGCGGAAATGGACGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCa < 2:2641815/93‑1 (MQ=255)
atGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCaa > 2:1791093/1‑92 (MQ=255)
atGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAg > 2:1152435/1‑93 (MQ=255)
atGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACCGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAg > 2:2017730/1‑93 (MQ=255)
gtgGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGaa < 1:1470630/93‑1 (MQ=255)
gtgGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGaa < 1:3133301/93‑1 (MQ=255)
tgGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAAt < 2:2240515/93‑1 (MQ=255)
gggCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGc < 2:276973/93‑1 (MQ=255)
gggCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGACGGCGATCAGAATGc > 1:514901/1‑93 (MQ=255)
ggCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGcc > 1:5632877/1‑93 (MQ=255)
cGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCctt < 2:1811722/93‑1 (MQ=255)
gtaaaTGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCcttc < 1:365004/91‑1 (MQ=255)
ggAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCcttc > 2:1760592/1‑93 (MQ=255)
gAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGATAATAATGCCGGCGATCAGAATGCcttct > 1:6529226/1‑93 (MQ=255)
aaaTGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCcttctt > 2:4578719/1‑93 (MQ=255)
aaaTGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCcttctt > 1:5992599/1‑93 (MQ=255)
aaTGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCttcttc < 1:92851/93‑1 (MQ=255)
aTGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTtcttct < 2:5052719/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTg > 2:1599394/1‑93 (MQ=255)
ggTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTgg > 1:6056631/1‑93 (MQ=255)
tCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGaa > 1:5669371/1‑93 (MQ=255)
gTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAAcc > 2:4071278/1‑93 (MQ=255)
ttttATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCa < 1:3032190/93‑1 (MQ=255)
ttttATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCATCTGGAACCa > 1:2974037/1‑93 (MQ=255)
tttATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAg > 1:5493659/1‑93 (MQ=255)
tATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGa < 2:5030136/93‑1 (MQ=255)
tATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGa > 2:2921490/1‑93 (MQ=255)
tATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGa < 1:1940517/93‑1 (MQ=255)
tATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGa < 1:1880544/93‑1 (MQ=255)
aTCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGAt < 2:34679/93‑1 (MQ=255)
aaTGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAAc < 2:5638266/93‑1 (MQ=255)
aaTGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAAc < 2:3371258/93‑1 (MQ=255)
aaTGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCCGGATAAc > 1:2780540/1‑93 (MQ=255)
aaTGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAAc < 1:6220017/93‑1 (MQ=255)
aTGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAACg > 2:4152681/1‑93 (MQ=255)
aCGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAACgggg < 2:2408747/93‑1 (MQ=255)
|
TTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAACGGGGTCA > NC_000913/1470035‑1470217
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAACGGGGTCAT > NC_000913/1470032‑1470218
|
CGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGA > SRR4302547.410961/1‑94 (MQ=60)
CGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGA > SRR4302547.6136384/1‑94 (MQ=60)
CGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGA > SRR4302547.189127/1‑94 (MQ=60)
GCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAA > SRR4302547.3844241/1‑94 (MQ=60)
CTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAA > SRR4302547.6701489/1‑94 (MQ=60)
TTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAAC > SRR4302547.2944355/1‑94 (MQ=60)
TTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAAC > SRR4302547.2742404/1‑94 (MQ=60)
TTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAACGACGGAACG > SRR4302547.5425063/1‑94 (MQ=60)
TTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTACCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAACGACGGAACG > SRR4302547.5425062/1‑94 (MQ=60)
TAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATT > SRR4302547.5267292/1‑94 (MQ=60)
attccgccCACATGAACATCAGTAATTCTCCCCACAGCGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGA < SRR4302547.5806996/86‑1 (MQ=60)
TACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGAT < SRR4302547.3436952/94‑1 (MQ=60)
TACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGAT < SRR4302547.2776533/94‑1 (MQ=60)
ACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATG > SRR4302547.3340583/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATG < SRR4302547.6717407/94‑1 (MQ=60)
CCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGT > SRR4302547.4886409/1‑94 (MQ=60)
GGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTT > SRR4302547.20645/1‑94 (MQ=60)
CACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTG < SRR4302547.5751125/94‑1 (MQ=60)
ACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGC > SRR4302547.3768191/1‑94 (MQ=60)
CATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCG < SRR4302547.3043458/94‑1 (MQ=60)
CATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCG > SRR4302547.106515/1‑94 (MQ=60)
CATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCG > SRR4302547.3736703/1‑94 (MQ=60)
CATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCG < SRR4302547.5387678/94‑1 (MQ=60)
GAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAG < SRR4302547.2889399/94‑1 (MQ=60)
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CATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCA > SRR4302547.3807309/1‑94 (MQ=60)
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ATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGT > SRR4302547.3302233/1‑94 (MQ=60)
TCTCCCCACAAGGGAGCCGTTAATATGGGGGGCGAAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTAA < SRR4302547.85612/94‑1 (MQ=60)
CTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAG < SRR4302547.5004641/94‑1 (MQ=60)
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TCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCG < SRR4302547.6328647/94‑1 (MQ=60)
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CAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGATACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAAT > SRR4302547.2716527/1‑94 (MQ=60)
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TAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGAT > SRR4302547.6162952/1‑94 (MQ=60)
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GTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAAT < SRR4302547.1500004/94‑1 (MQ=60)
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GTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAAT < SRR4302547.6121079/94‑1 (MQ=60)
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GGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCT > SRR4302547.1945718/1‑94 (MQ=60)
GGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGATAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCT > SRR4302547.6665127/1‑94 (MQ=60)
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ATGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAACGG < SRR4302547.338696/94‑1 (MQ=60)
TGACGCAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGACGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAACGGG < SRR4302547.3267596/94‑1 (MQ=60)
TGACGAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAACGGG > SRR4302547.6653726/1‑94 (MQ=60)
GAAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAACGGGGTCA > SRR4302547.6684480/1‑94 (MQ=60)
AAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAACGGGGTCAT > SRR4302547.244093/1‑94 (MQ=60)
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CGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGATAACGGGGTCAT > NC_000913/1470032‑1470218
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
