Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
593 |
264.2 |
13311096 |
97.8% |
13018251 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,690,632 |
A→G |
Y78H (TAT→CAT) |
uidC ← |
membrane‑associated protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,690,632 | 0 | A | G | 100.0%
| 604.4
/ NA
| 163 | Y78H (TAT→CAT) | uidC | membrane‑associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (80/83); total (80/83) |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
CTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATACGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATATCTCTTC > NC_000913/1690542‑1690721
|
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tGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATgcgc < 2:4444212/93‑1 (MQ=255)
tGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATgcgc < 2:4509742/93‑1 (MQ=255)
gCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGcc < 2:3853769/93‑1 (MQ=255)
gCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGcc < 2:3228549/93‑1 (MQ=255)
gCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGcc < 1:3860066/93‑1 (MQ=255)
ccccAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGcccc > 1:1122345/1‑93 (MQ=255)
ccccAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGcccc > 1:5017412/1‑93 (MQ=255)
ccccAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGcccc < 1:2297447/93‑1 (MQ=255)
cccAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCg > 2:1651679/1‑93 (MQ=255)
ccAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGc > 2:5057692/1‑93 (MQ=255)
ccAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGc > 2:5949154/1‑93 (MQ=255)
ccAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGc > 2:5727979/1‑93 (MQ=255)
cAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGcc > 1:3381407/1‑93 (MQ=255)
aGGGCAAATCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCt < 1:1308981/93‑1 (MQ=255)
gggCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCtt > 1:1869155/1‑93 (MQ=255)
gggCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCtt > 2:5597394/1‑93 (MQ=255)
gggCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCtt > 1:3181486/1‑93 (MQ=255)
cAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCaa < 2:2046814/93‑1 (MQ=255)
aaaGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAAc > 2:24973/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAAc < 2:2080880/93‑1 (MQ=255)
aaGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACg > 1:1780959/1‑93 (MQ=255)
aaGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACg > 2:3196348/1‑93 (MQ=255)
aaGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACg > 2:4818727/1‑93 (MQ=255)
aGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGc < 2:6219786/93‑1 (MQ=255)
aGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGc < 1:6560938/93‑1 (MQ=255)
gCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGcc > 2:6566213/1‑93 (MQ=255)
cAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCaa > 2:5579665/1‑93 (MQ=255)
ttttATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAatat < 1:1930645/93‑1 (MQ=255)
tttATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATAtt < 2:3298825/93‑1 (MQ=255)
ttATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTg < 1:281996/93‑1 (MQ=255)
ttATCACCATCAAGATACAACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACAAAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTg < 2:1815960/93‑1 (MQ=255)
tATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTgg < 2:1167358/93‑1 (MQ=255)
tCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGaa > 1:5484621/1‑93 (MQ=255)
aCCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGaata > 1:2142094/1‑93 (MQ=255)
aCCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGaata > 2:3646607/1‑93 (MQ=255)
aCCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGaata > 1:3950894/1‑93 (MQ=255)
ccATCAAGATACCACCGGGTACTGATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGaataa < 1:445024/93‑1 (MQ=255)
cATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGaataat < 2:1737476/93‑1 (MQ=255)
aTCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAataata < 1:5361697/93‑1 (MQ=255)
aTCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAataata > 2:2523037/1‑93 (MQ=255)
aGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCa > 2:853642/1‑93 (MQ=255)
gATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCAc > 2:4020237/1‑93 (MQ=255)
accaccGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTAt > 1:2992693/1‑93 (MQ=255)
ccaccGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTGATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTAtt > 2:436932/1‑93 (MQ=255)
ccaccGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTAtt < 1:2013458/93‑1 (MQ=255)
ccaccGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTAtt < 2:3383136/93‑1 (MQ=255)
caccGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCTCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTg < 2:4663062/93‑1 (MQ=255)
caccGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTg > 1:6509435/1‑93 (MQ=255)
accGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGa < 2:5416432/93‑1 (MQ=255)
ccGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGaa > 1:4618862/1‑93 (MQ=255)
gggTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAAt > 2:5295680/1‑93 (MQ=255)
gggTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAAt > 1:4817121/1‑93 (MQ=255)
gggTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAAt > 2:1795415/1‑93 (MQ=255)
gggTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAAt < 2:6400476/93‑1 (MQ=255)
gggTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAAt > 1:3704959/1‑93 (MQ=255)
ggTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATc > 1:6009551/1‑93 (MQ=255)
tACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGa > 1:3578231/1‑93 (MQ=255)
tACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGa < 1:477510/93‑1 (MQ=255)
cTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGc < 1:5783256/93‑1 (MQ=255)
tCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCa < 1:4349577/93‑1 (MQ=255)
tCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCa > 1:1799501/1‑93 (MQ=255)
cATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCaa < 2:2441896/93‑1 (MQ=255)
cATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCaa < 1:4412215/93‑1 (MQ=255)
atatCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAAt < 1:4054066/93‑1 (MQ=255)
tatCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAAtc < 1:3403379/93‑1 (MQ=255)
tatCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAAtc > 1:3239790/1‑93 (MQ=255)
cAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAAtcctc < 2:4836823/93‑1 (MQ=255)
gCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTccc < 2:4008805/93‑1 (MQ=255)
gCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTccc < 2:107627/93‑1 (MQ=255)
cACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGACTAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTcccc < 2:1668697/93‑2 (MQ=255)
cACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCt < 2:4547508/93‑1 (MQ=255)
cACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCt > 1:2735850/1‑93 (MQ=255)
cACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCt < 1:845400/93‑1 (MQ=255)
aCGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTg > 1:1166000/1‑93 (MQ=255)
aCGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTg < 1:1616764/93‑1 (MQ=255)
gAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTa > 2:4124877/1‑93 (MQ=255)
gAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTa < 2:4770928/93‑1 (MQ=255)
gAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTa < 1:3330893/93‑1 (MQ=255)
aGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTAc > 2:3099251/1‑93 (MQ=255)
aGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTAc > 2:1280403/1‑93 (MQ=255)
aCCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCa < 1:2381956/93‑1 (MQ=255)
tAATTTATAAACATAATGCGCCCCACCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGc < 2:2926233/93‑1 (MQ=255)
aaTTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCg > 1:2907835/1‑93 (MQ=255)
aaTTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCg > 1:3548098/1‑93 (MQ=255)
aTTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGt < 1:3893391/93‑1 (MQ=255)
tttATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTa > 2:3253568/1‑93 (MQ=255)
tttATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTa > 1:2106510/1‑93 (MQ=255)
ataAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAat > 2:2641149/1‑93 (MQ=255)
taAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAata < 2:3122264/93‑1 (MQ=255)
taAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAata < 1:6187326/93‑1 (MQ=255)
aaCATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATAtc > 1:5938381/1‑93 (MQ=255)
aaCATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATAtc > 2:6110714/1‑93 (MQ=255)
aaCATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATAtc < 2:2412166/93‑1 (MQ=255)
aCATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATAtct > 2:6269623/1‑93 (MQ=255)
cATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATAtctc < 2:4572342/93‑1 (MQ=255)
ataatgCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATATctct < 1:5258221/93‑1 (MQ=255)
ataatgCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATATctct > 2:2187297/1‑93 (MQ=255)
aatgCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATATCTCTTc < 1:580028/93‑1 (MQ=255)
aatgCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATATCTCTTc < 1:2924202/93‑1 (MQ=255)
|
CTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATACGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATATCTCTTC > NC_000913/1690542‑1690721
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATACGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATATCTCTTCCCG > NC_000913/1690539‑1690724
|
TTACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATG > SRR4302547.3249211/1‑94 (MQ=60)
TTACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATG > SRR4302547.4748383/1‑94 (MQ=60)
TTACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATG < SRR4302547.6697497/94‑1 (MQ=60)
TACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGC < SRR4302547.5804186/94‑1 (MQ=60)
TACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGC > SRR4302547.41179/1‑94 (MQ=60)
TACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGC < SRR4302547.1954263/94‑1 (MQ=60)
ACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCG < SRR4302547.3680880/94‑1 (MQ=60)
CTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGC > SRR4302547.1499334/1‑94 (MQ=60)
CTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGC > SRR4302547.373518/1‑94 (MQ=60)
CTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGC > SRR4302547.2655617/1‑94 (MQ=60)
GCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCC < SRR4302547.3938620/94‑1 (MQ=60)
CCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCC > SRR4302547.1144981/1‑94 (MQ=60)
CCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCC > SRR4302547.5121111/1‑94 (MQ=60)
CCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCG < SRR4302547.2344000/94‑1 (MQ=60)
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GAGCACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTAC < SRR4302547.3398251/94‑1 (MQ=60)
ACCTAATTTATAAACATAATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCAT < SRR4302547.2430213/94‑1 (MQ=60)
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AATGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATATCTCTTCC < SRR4302547.5586382/94‑1 (MQ=60)
TGCGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATATCTCTTCCCG < SRR4302547.5174187/94‑1 (MQ=60)
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TTACTGCCCCCAGGGCAAAGCCAAAACTTTTATCACCATCAAGATACCACCGGGTACTCATATCAGCACGAGCACCTAATTTATAAACATAATACGCCCCGCCTTCAACGCCAATAATATTGGAATAATAACCACTATTGAAATCGAGCAATCCTCCCTGTACCCATGCGTAAATATCTCTTCCCG > NC_000913/1690539‑1690724
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
