Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I75 R1
|
71 |
32.8 |
2150506 |
93.3% |
2006422 |
83.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
1,764,071 |
A→G |
L247L (TTA→TTG) |
ydiK → |
AI‑2E family transporter YdiK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 1,764,071 | 0 | A | G | 100.0%
| 69.4
/ NA
| 20 | L247L (TTA→TTG) | ydiK | AI‑2E family transporter YdiK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (10/10); total (10/10) |
GTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACC > NZ_CP009273/1763988‑1764155
|
gtgACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATc > 1:226587/1‑90 (MQ=255)
gtgACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATc < 2:705058/90‑1 (MQ=255)
gtgACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATc > 1:382259/1‑90 (MQ=255)
gtgACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATc > 1:737689/1‑90 (MQ=255)
tgACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATcc > 1:383939/1‑90 (MQ=255)
tgACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATcc < 1:872647/90‑1 (MQ=255)
gTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTcc > 1:1032301/1‑85 (MQ=255)
gTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTcc < 2:1032301/85‑1 (MQ=255)
tGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCATATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTg > 1:153601/1‑90 (MQ=255)
aTCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATc < 2:364578/57‑1 (MQ=255)
aTCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATc > 1:364578/1‑57 (MQ=255)
cGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGAt > 1:465755/1‑90 (MQ=255)
tCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCg < 2:383939/90‑1 (MQ=255)
cTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGc < 2:49194/90‑1 (MQ=255)
ttATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGct > 2:511223/1‑90 (MQ=255)
gTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGATCTactggac < 2:465755/90‑1 (MQ=255)
gCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTactggactgg < 2:164416/90‑1 (MQ=255)
cGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATa < 1:511223/90‑1 (MQ=255)
cGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATa < 2:226587/90‑1 (MQ=255)
gtgtTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGACCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATacc > 2:874804/1‑90 (MQ=255)
|
GTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACC > NZ_CP009273/1763988‑1764155
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGG > NZ_CP009273/1763973‑1764163
|
GCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGA < SRR3722213.755392/100‑1 (MQ=60)
GCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGA < SRR3722213.983267/100‑1 (MQ=60)
CGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGAT < SRR3722213.646695/100‑1 (MQ=60)
gacaGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATG < SRR3722213.447900/96‑1 (MQ=60)
GGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATC > SRR3722213.231523/1‑100 (MQ=60)
GGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATC > SRR3722213.390802/1‑100 (MQ=60)
GGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATC > SRR3722213.754272/1‑100 (MQ=60)
GGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCC > SRR3722213.392526/1‑100 (MQ=60)
TGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCT < SRR3722213.891873/100‑1 (MQ=60)
AGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTT > SRR3722213.1055004/1‑100 (MQ=60)
GTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCATATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTG > SRR3722213.157086/1‑100 (MQ=60)
GCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCctgtctcttatacacatctccga > SRR3722213.372707/1‑77 (MQ=60)
GTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGAT > SRR3722213.476266/1‑100 (MQ=60)
tgggctcggagatgtgtataagagacagGCTAACGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTAT < SRR3722213.533585/72‑1 (MQ=60)
ANCTTATGCAACGTTGCTAACGGAGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGTCTCTACTGG > SRR3722213.419610/1‑100 (MQ=60)
CGGTGTTGATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGG < SRR3722213.522760/100‑1 (MQ=60)
|
GCGCTGGGTGTGGTGGTGACGGCGTTAGTACAGGCAGTGCTTGGCGGTATCGGCCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGG > NZ_CP009273/1763973‑1764163
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
