Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F5 I102 R1
|
278 |
39.1 |
2251254 |
95.8% |
2156701 |
87.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
572,447 |
Δ1 bp |
intergenic (‑166/‑407) |
BW25113_RS02855 ← / → essD |
porin/phage lysis protein EssD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 572,446 | 0 | G | . | 100.0%
| 163.2
/ NA
| 36 | intergenic (‑165/‑408) | BW25113_RS02855/essD | porin/phage lysis protein EssD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (10/26); total (10/26) |
TTCAAGATGTAAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTC > NZ_CP009273/572359‑572529
|
ttCAAGATGTAAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATgctc > 1:121646/1‑88 (MQ=255)
ttCAAGATGTAAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATgctc > 1:958844/1‑88 (MQ=255)
aGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGaata < 2:1091186/91‑1 (MQ=255)
tttCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGaataaaaataaa < 1:1029153/91‑1 (MQ=255)
ttCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAaaataaat > 1:817288/1‑91 (MQ=255)
tcGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGaataaaaataaa < 2:474432/87‑1 (MQ=255)
tcGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGaataaaaataaa > 1:474432/1‑87 (MQ=255)
gATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGcc < 1:267721/91‑1 (MQ=255)
gATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCGATTAGcc < 1:1044804/91‑1 (MQ=255)
aTTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCa < 2:698802/91‑1 (MQ=255)
tgtgAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAAtt < 1:810939/91‑1 (MQ=255)
ctctATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGc < 1:329358/91‑1 (MQ=255)
ctctATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGc < 2:369/91‑1 (MQ=255)
ctATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTg > 1:873715/1‑91 (MQ=255)
tATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGt < 1:3740/91‑1 (MQ=255)
tATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGt < 2:457244/91‑1 (MQ=255)
tATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGt < 2:27079/91‑1 (MQ=255)
tATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGt < 1:233899/91‑1 (MQ=255)
tATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGt < 1:830258/91‑1 (MQ=255)
tATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGt < 1:804781/91‑1 (MQ=255)
tATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGt < 1:714800/91‑1 (MQ=255)
tATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGt < 1:532393/91‑1 (MQ=255)
aTTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGtt > 1:29400/1‑91 (MQ=255)
aTTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGtt > 1:330220/1‑91 (MQ=255)
tATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGttattta > 1:843905/1‑91 (MQ=255)
tATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGttattta > 1:228851/1‑91 (MQ=255)
tATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGttaattt > 1:240075/1‑90 (MQ=255)
tGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAg < 2:330220/91‑1 (MQ=255)
aaCTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTg < 1:799635/91‑1 (MQ=255)
aCTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGc < 1:487269/91‑1 (MQ=255)
ttttttCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGctc < 2:817419/91‑1 (MQ=255)
cTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAAt > 2:814774/1‑91 (MQ=255)
gAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGaa < 2:881256/91‑1 (MQ=255)
gAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGaa < 1:1088869/91‑1 (MQ=255)
ccTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGtt < 2:1099248/91‑1 (MQ=255)
cTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTtata < 1:131613/68‑1 (MQ=255)
cTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTtata > 2:131613/1‑68 (MQ=255)
cTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTc < 1:825836/91‑1 (MQ=255)
|
TTCAAGATGTAAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTC > NZ_CP009273/572359‑572529
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAATGTGATTATTTCAAGATGTAAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAA > NZ_CP009273/572347‑572547
|
CAATGTGATTATTTCAAGATGTAAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGC < SRR3722125.954880/101‑1 (MQ=60)
ATGTGATTATTTCAAGATGTAAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTC > SRR3722125.980195/1‑101 (MQ=60)
ATGTGATTATTTCAAGATGTAAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTC > SRR3722125.123930/1‑101 (MQ=60)
ATGTGATTATTTCAAGATGTAAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTC < SRR3722125.788998/101‑1 (MQ=60)
AAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAAT > SRR3722125.835191/1‑101 (MQ=60)
TTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTA > SRR3722125.484437/1‑101 (MQ=60)
TTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCC < SRR3722125.1052235/101‑1 (MQ=60)
GATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATT < SRR3722125.273120/101‑1 (MQ=60)
GATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCGATTAGCCAATTTATATT < SRR3722125.1068248/101‑1 (MQ=60)
cgagatcatgcctagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAA < SRR3722125.202072/53‑1 (MQ=60)
TGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTCTATTAACG < SRR3722125.828703/101‑1 (MQ=60)
AAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTG > SRR3722125.893023/1‑101 (MQ=60)
GTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT > SRR3722125.29931/1‑101 (MQ=60)
GTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT > SRR3722125.337046/1‑101 (MQ=60)
TCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTAATTT > SRR3722125.244889/1‑101 (MQ=60)
TCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTA > SRR3722125.233414/1‑101 (MQ=60)
TCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTA > SRR3722125.862470/1‑101 (MQ=60)
CTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTAT < SRR3722125.336164/101‑1 (MQ=60)
TATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAG < SRR3722125.238583/101‑1 (MQ=60)
TATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAG < SRR3722125.848493/101‑1 (MQ=60)
TATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAG < SRR3722125.822404/101‑1 (MQ=60)
TATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAG < SRR3722125.730211/101‑1 (MQ=60)
TATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAG < SRR3722125.543751/101‑1 (MQ=60)
TATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAG < SRR3722125.3819/101‑1 (MQ=60)
tcggagatgtgtataagagacagCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAGTGCTCTAT < SRR3722125.868646/78‑1 (MQ=60)
gcataagagacagCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAGTGCTCTAT < SRR3722125.134099/88‑1 (MQ=60)
AACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAGTGCTCTATAATT < SRR3722125.817096/101‑1 (MQ=60)
ACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAGTGCTCTATAATTT < SRR3722125.497563/101‑1 (MQ=60)
GAATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTT < SRR3722125.1113377/101‑1 (MQ=60)
AATCCTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTA > SRR3722125.326523/1‑101 (MQ=60)
CTATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACC < SRR3722125.843949/101‑1 (MQ=60)
ATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAActgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaggcatgatctcgtatgccgtcttc > SRR3722125.629451/1‑41 (MQ=60)
ATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGG > SRR3722125.1110709/1‑101 (MQ=60)
ATTCAT‑GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGG > SRR3722125.1103624/1‑101 (MQ=60)
GCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAA > SRR3722125.159536/1‑101 (MQ=60)
|
CAATGTGATTATTTCAAGATGTAAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTT‑ATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAA > NZ_CP009273/572347‑572547
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
