Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F5 I102 R1
|
278 |
39.1 |
2251254 |
95.8% |
2156701 |
87.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
725,137 |
C→A |
G33G (GGC→GGA) |
rhsC → |
rhs element protein RhsC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 725,137 | 0 | C | A | 100.0%
| 123.1
/ NA
| 34 | G33G (GGC→GGA) | rhsC | rhs element protein RhsC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (24/10); total (24/10) |
AACCGGCGGCGCGTCAGGGCGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCC > NZ_CP009273/725049‑725214
|
aaCCGGCGGCGCGTCAGGGCGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGt < 2:626810/91‑1 (MQ=255)
gcgcGTCAGGGCGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGtt < 1:577898/91‑1 (MQ=255)
cgcgTCAGGGCGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTc < 2:94209/91‑1 (MQ=255)
cgcgTCAGGGCGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTc < 1:143273/91‑1 (MQ=255)
cgcgTCAGGGCGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTc < 1:801531/91‑1 (MQ=255)
tGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCcggctg < 2:306218/91‑3 (MQ=255)
aCGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCgggg > 2:479354/1‑91 (MQ=255)
gTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACg > 2:881867/1‑91 (MQ=255)
gTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGGGACg > 2:929402/1‑91 (MQ=255)
tATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGt > 2:820412/1‑91 (MQ=255)
gCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCCGCGGGGCGGCGTCCgg > 1:946033/1‑91 (MQ=14)
aGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATc > 1:6263/1‑91 (MQ=255)
aGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATc > 2:787346/1‑91 (MQ=255)
aGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATc > 2:62129/1‑91 (MQ=255)
aGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGGGACGTCCGGCCATc > 1:9752/1‑91 (MQ=255)
aGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGGGACGTCCGGCCATc > 2:1125405/1‑91 (MQ=255)
aGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGGGACGTCCGGCCATc > 2:331866/1‑91 (MQ=255)
cATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCg < 1:556721/91‑1 (MQ=255)
gTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGGGACGTCCGGCCATCCGGTCa > 2:415554/1‑91 (MQ=255)
aGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATcc > 1:182983/1‑91 (MQ=255)
gggTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGGGGCGTCCGGGCCTCCCGGCAATCCg > 2:773935/1‑91 (MQ=14)
cAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCgg < 1:523465/70‑1 (MQ=255)
cAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCgg > 2:523465/1‑70 (MQ=255)
cAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCgctgct > 1:1028059/1‑91 (MQ=255)
cAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCgctgct > 1:983177/1‑91 (MQ=255)
cAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCgctgct > 1:691482/1‑91 (MQ=255)
cAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCgctgct > 1:6216/1‑91 (MQ=255)
cAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCgctgct > 1:1019484/1‑91 (MQ=255)
cAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGGGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCgctgct > 2:887321/1‑91 (MQ=255)
aGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCTc < 1:697662/91‑1 (MQ=255)
aGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCTc < 2:968618/91‑1 (MQ=255)
ggTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCTCGGTGCa > 2:459256/1‑91 (MQ=255)
ggTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTc > 2:175566/1‑91 (MQ=255)
gTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGGGGGCCCCGGCGGGGTGACTGCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCTCGGTGCGATGGTccgccc > 2:693033/1‑87 (MQ=11)
|
AACCGGCGGCGCGTCAGGGCGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCC > NZ_CP009273/725049‑725214
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGCGTCAGGGCGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCTCGGTGCAAAGG > NZ_CP009273/725057‑725207
|
GCGCGTCAGGGCGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCC < SRR3722125.590285/101‑1 (MQ=37)
CGCGTCAGGGCGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCC < SRR3722125.819044/101‑1 (MQ=37)
CGCGTCAGGGCGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCC < SRR3722125.145997/101‑1 (MQ=37)
ACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCCGCGGGGCGGCGTCCGG > SRR3722125.967069/1‑101 (MQ=37)
GTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATC > SRR3722125.6382/1‑101 (MQ=49)
GTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGGGACGTCCGGCCATC > SRR3722125.9941/1‑101 (MQ=47)
ataagagacagGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTC < SRR3722125.534590/90‑1 (MQ=46)
AGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCC > SRR3722125.186539/1‑101 (MQ=49)
CATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGC < SRR3722125.568639/101‑1 (MQ=54)
GTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCT > SRR3722125.1005137/1‑101 (MQ=56)
GTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCT > SRR3722125.6335/1‑101 (MQ=56)
GTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCT > SRR3722125.706405/1‑101 (MQ=56)
GTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCT > SRR3722125.1051099/1‑101 (MQ=56)
GTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCT > SRR3722125.1042321/1‑101 (MQ=56)
GTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGGGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCT > SRR3722125.1062820/1‑101 (MQ=54)
AGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCTCGGTGCAAAGG < SRR3722125.712698/101‑1 (MQ=49)
CATCGGTGCCCCCACCGGAGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCG < SRR3722125.1026199/44‑1 (MQ=11)
|
GCGCGTCAGGGCGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTCCAGGGTTCAGCCGGGGTACGCATCGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGGGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCGCTGCTCGGTGCAAAGG > NZ_CP009273/725057‑725207
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
