Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F5 I102 R1
|
278 |
39.1 |
2251254 |
95.8% |
2156701 |
87.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
791,624 |
T→C |
S103P (TCG→CCG) |
modB → |
molybdate ABC transporter permease subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 791,624 | 0 | T | C | 100.0%
| 110.6
/ NA
| 30 | S103P (TCG→CCG) | modB | molybdate ABC transporter permease subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (13/17); total (13/17) |
TTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGA > NZ_CP009273/791541‑791698
|
ttATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTcc < 1:1014791/91‑1 (MQ=255)
tGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATg > 1:189815/1‑91 (MQ=255)
tGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATg > 2:741516/1‑91 (MQ=255)
tGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATg > 1:828836/1‑91 (MQ=255)
aCGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTg < 1:668446/91‑1 (MQ=255)
cGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGc < 1:958903/91‑1 (MQ=255)
cGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGc < 1:666615/91‑1 (MQ=255)
tCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCgg > 2:376651/1‑91 (MQ=255)
tATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCaa < 1:757933/91‑1 (MQ=255)
ggTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCt < 1:91726/91‑1 (MQ=255)
ggTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCt < 1:266077/91‑1 (MQ=255)
ggTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCt > 1:287932/1‑91 (MQ=255)
ggTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCt < 1:727627/91‑1 (MQ=255)
tGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGgcg < 2:636849/91‑1 (MQ=255)
ggTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGgcgc < 2:828836/91‑1 (MQ=255)
tACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGaa > 2:939073/1‑91 (MQ=255)
tACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGaa > 2:637275/1‑91 (MQ=255)
tACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGaa > 2:783205/1‑91 (MQ=255)
tACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGaa > 2:153018/1‑91 (MQ=255)
aCCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAg > 1:462367/1‑91 (MQ=255)
aCCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAg > 1:418723/1‑91 (MQ=255)
tCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCt < 2:1059253/76‑1 (MQ=255)
tCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCt > 1:1059253/1‑76 (MQ=255)
cGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGa < 2:1031692/56‑1 (MQ=255)
cGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGa > 1:1031692/1‑56 (MQ=255)
cGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGtt < 2:80155/91‑1 (MQ=255)
tAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTc < 2:429887/91‑1 (MQ=255)
gCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCaa < 1:134044/91‑1 (MQ=255)
tctcGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCa < 1:637275/91‑1 (MQ=255)
cGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGa < 1:628262/91‑1 (MQ=255)
|
TTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGA > NZ_CP009273/791541‑791698
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGT > NZ_CP009273/791533‑791724
|
ctagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGGTATTTCCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGC < SRR3722125.114007/64‑1 (MQ=60)
GATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATG > SRR3722125.193524/1‑101 (MQ=60)
GATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATG > SRR3722125.847041/1‑101 (MQ=60)
TTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTG < SRR3722125.1037489/101‑1 (MQ=60)
ACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTC < SRR3722125.682834/101‑1 (MQ=60)
CGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCG < SRR3722125.980255/101‑1 (MQ=60)
CGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCG < SRR3722125.680976/101‑1 (MQ=60)
CTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCT > SRR3722125.293797/1‑101 (MQ=60)
TATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGC < SRR3722125.774330/101‑1 (MQ=60)
GGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAA < SRR3722125.271429/101‑1 (MQ=60)
GGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAA < SRR3722125.93459/101‑1 (MQ=60)
GGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAA < SRR3722125.743305/101‑1 (MQ=60)
GTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAG > SRR3722125.427573/1‑101 (MQ=60)
GTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAG > SRR3722125.472112/1‑101 (MQ=60)
GGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAActgtc > SRR3722125.1083085/1‑96 (MQ=60)
GTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCctgtctcttatacacatctccgagc > SRR3722125.1054823/1‑76 (MQ=60)
GCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAG < SRR3722125.136587/101‑1 (MQ=60)
TCTCGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGG < SRR3722125.651014/101‑1 (MQ=60)
CGCTGCCGCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGG < SRR3722125.641800/101‑1 (MQ=60)
CCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGT > SRR3722125.781717/1‑101 (MQ=60)
|
GCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGT > NZ_CP009273/791533‑791724
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
