Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F4 I88 R1
|
217 |
30.5 |
1742422 |
95.9% |
1670982 |
87.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
945,384 |
(T)5→4 |
coding (261/591 nt) |
ycaK → |
NAD(P)H oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 945,380 | 0 | T | . | 100.0%
| 219.6
/ NA
| 48 | coding (257/591 nt) | ycaK | NAD(P)H oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (20/28); total (20/28) |
AGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATG > NZ_CP009273/945294‑945466
|
aGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGttttc < 2:84025/91‑2 (MQ=255)
gACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGttttcc > 2:628231/1‑89 (MQ=255)
gACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGttttcc < 2:268855/91‑3 (MQ=255)
gaagaaTATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCctctct < 2:152466/91‑1 (MQ=255)
atatGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCtggtgg > 1:622478/1‑91 (MQ=255)
ggATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACa < 1:190626/91‑1 (MQ=255)
ggATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACa < 2:396678/91‑1 (MQ=255)
gATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATTAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAg > 2:232790/1‑91 (MQ=255)
tATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGc > 1:225192/1‑91 (MQ=255)
tATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGc < 2:364882/91‑1 (MQ=255)
aTTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCa < 2:559161/91‑1 (MQ=255)
ccAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCt > 1:87196/1‑91 (MQ=255)
agagGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTaa < 2:140097/91‑1 (MQ=255)
agGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTaaaa < 2:357129/91‑1 (MQ=255)
ggTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAg > 2:203566/1‑91 (MQ=255)
gTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAgg < 1:5041/91‑1 (MQ=255)
gTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAgg < 1:203566/91‑1 (MQ=255)
gTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAgg < 1:695814/91‑1 (MQ=255)
atcaGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGatat > 1:573771/1‑91 (MQ=255)
tttATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGAc < 2:225192/91‑1 (MQ=255)
tttATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGAc < 1:292472/91‑1 (MQ=255)
tATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACag < 2:89878/91‑1 (MQ=255)
tATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACag < 1:749607/91‑1 (MQ=255)
tATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACag < 1:616340/91‑1 (MQ=255)
tATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACag < 2:635588/91‑1 (MQ=255)
tATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACag < 1:628231/91‑1 (MQ=255)
tATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACag < 1:38371/91‑1 (MQ=255)
ttCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACagag < 1:325933/91‑1 (MQ=255)
cAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTa < 2:426562/91‑1 (MQ=255)
gagCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAgg < 1:729055/73‑1 (MQ=255)
gagCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAgg > 2:729055/1‑73 (MQ=255)
gagCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATg > 1:364810/1‑91 (MQ=255)
gagCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATg > 1:458422/1‑91 (MQ=255)
gctTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTaaaa > 2:268690/1‑66 (MQ=255)
gctTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTaaaa < 1:268690/66‑1 (MQ=255)
gctTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGaata > 1:493712/1‑91 (MQ=255)
gctTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGaata > 1:711383/1‑91 (MQ=255)
gctTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGaata > 1:219793/1‑91 (MQ=255)
gctTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGaata > 1:253545/1‑91 (MQ=255)
gctTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGaata > 2:396842/1‑91 (MQ=255)
gctTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGaata > 1:620367/1‑91 (MQ=255)
gctTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGaata > 1:9785/1‑91 (MQ=255)
gctTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGaata > 1:625263/1‑91 (MQ=255)
gctTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAAGGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGaata > 1:837723/1‑91 (MQ=255)
ctTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGaataa < 1:90590/91‑1 (MQ=255)
aCATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGggc < 2:87196/91‑1 (MQ=255)
aCATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGATACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGggc < 1:864582/91‑1 (MQ=255)
tGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGggctgg < 2:81483/91‑1 (MQ=255)
acacGTTAGTGGTGG‑TTTTGCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGggctggct < 2:588818/91‑1 (MQ=255)
acacGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGggctggct < 2:321762/91‑1 (MQ=255)
gtggtgG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGgaga > 2:293752/1‑91 (MQ=255)
ggtgg‑tTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATg > 2:490414/1‑91 (MQ=255)
ggtgg‑tTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATg > 1:15102/1‑91 (MQ=255)
|
AGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATG > NZ_CP009273/945294‑945466
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATT > NZ_CP009273/945285‑945482
|
AGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTCC < SRR3722118.739770/101‑1 (MQ=60)
GACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGG > SRR3722118.635845/1‑101 (MQ=60)
GGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGC < SRR3722118.194395/101‑1 (MQ=60)
GGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGC > SRR3722118.229741/1‑101 (MQ=60)
ACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCT > SRR3722118.88807/1‑101 (MQ=60)
CCGGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATAT > SRR3722118.585929/1‑101 (MQ=60)
gtgtataagagacagATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTG < SRR3722118.274153/86‑1 (MQ=60)
agagacagGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGAC < SRR3722118.745075/93‑1 (MQ=60)
GTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGAC < SRR3722118.207636/101‑1 (MQ=60)
GTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGAC < SRR3722118.710981/101‑1 (MQ=60)
GTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGAC < SRR3722118.5154/101‑1 (MQ=60)
GCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATG > SRR3722118.372408/1‑101 (MQ=60)
GCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATG > SRR3722118.468089/1‑101 (MQ=60)
TTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGA < SRR3722118.298463/101‑1 (MQ=60)
TATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAAT < SRR3722118.39073/101‑1 (MQ=60)
TATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAAT < SRR3722118.629541/101‑1 (MQ=60)
TATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAAT < SRR3722118.766053/101‑1 (MQ=60)
TATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAAT < SRR3722118.641736/101‑1 (MQ=60)
ATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATA > SRR3722118.726972/1‑101 (MQ=60)
ATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATA > SRR3722118.9986/1‑101 (MQ=60)
ATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATA > SRR3722118.638702/1‑101 (MQ=60)
ATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATA > SRR3722118.633672/1‑101 (MQ=60)
ATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATA > SRR3722118.504182/1‑101 (MQ=60)
ATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATA > SRR3722118.258713/1‑101 (MQ=60)
ATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATA > SRR3722118.224209/1‑101 (MQ=60)
ATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAAGGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATA > SRR3722118.856213/1‑101 (MQ=60)
TTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAA < SRR3722118.332652/101‑1 (MQ=60)
CTTGAACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCT < SRR3722118.92257/101‑1 (MQ=60)
ACATGACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGATACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGG < SRR3722118.883830/101‑1 (MQ=60)
ACACGTTAGTGGTGG‑TTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATG > SRR3722118.15401/1‑101 (MQ=60)
TTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggactcctatct > SRR3722118.102732/1‑55 (MQ=60)
|
AGATGAACCAGACTGGAAGAATATGGATAAACGTTATTCTCCAGAGGTTCATCAGCTTTATTCAGAGCTGCTTGAACATGACACGTTAGTGGTGGTTTTTCCTCTCTGGTGGTACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATT > NZ_CP009273/945285‑945482
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
