Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F5 I178 R1
|
167 |
28.0 |
1137820 |
95.3% |
1084342 |
115.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
625,777 |
A→G |
D143G (GAC→GGC) |
cstA → |
pyruvate/proton symporter CstA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 625,777 | 0 | A | G | 100.0%
| 75.3
/ NA
| 22 | D143G (GAC→GGC) | cstA | pyruvate/proton symporter CstA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (12/10); total (12/10) |
GGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCT > NZ_CP009273/625641‑625906
|
ggAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCg < 1:414688/139‑1 (MQ=255)
gTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCGGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGtcgctc > 2:309576/1‑139 (MQ=255)
gTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGtcgctc < 1:65005/139‑1 (MQ=255)
tCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGtcgctcg > 1:385390/1‑139 (MQ=255)
tACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAg > 1:175507/1‑131 (MQ=255)
tACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAg < 2:175507/131‑1 (MQ=255)
atgatCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAg > 2:220096/1‑99 (MQ=255)
atgatCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAg < 1:220096/99‑1 (MQ=255)
tCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTg > 1:245339/1‑139 (MQ=255)
gATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGc > 2:11566/1‑139 (MQ=255)
cATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGtcgct < 1:152009/38‑1 (MQ=255)
cATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGtcgct > 2:152009/1‑38 (MQ=255)
cATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGcc < 2:8864/72‑1 (MQ=255)
cATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGcc > 1:8864/1‑72 (MQ=255)
cATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGc > 1:149136/1‑138 (MQ=255)
tttCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGa < 1:193247/138‑1 (MQ=255)
ttCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGa > 1:568357/1‑137 (MQ=255)
cgcgCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGAt < 2:130479/91‑1 (MQ=255)
cgcgCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGAt > 1:130479/1‑91 (MQ=255)
cgcgCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCAt > 1:210992/1‑100 (MQ=255)
cgcgCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCAt < 2:210992/100‑1 (MQ=255)
cgcgCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCt < 2:245339/139‑1 (MQ=255)
|
GGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCT > NZ_CP009273/625641‑625906
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGG > NZ_CP009273/625638‑625922
|
GCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGC > SRR3722132.392411/1‑151 (MQ=60)
CGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTG < SRR3722132.422199/151‑1 (MQ=60)
gagtatagaaagaatttgggtgttttttttttttcaagcagaagacggcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTG < SRR3722132.159081/52‑1 (MQ=60)
gtcaattaggtgtgtttttttttttcaagcagaagacggcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAG < SRR3722132.154825/61‑1 (MQ=60)
GGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGC < SRR3722132.66194/151‑1 (MQ=60)
GGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAA > SRR3722132.178810/1‑150 (MQ=60)
cgtgggctcggagatgtgtataagagacagACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGA < SRR3722132.224199/121‑1 (MQ=60)
GATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGC > SRR3722132.250032/1‑151 (MQ=60)
GTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctcgtatgccgtc > SRR3722132.9033/1‑94 (MQ=60)
GTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCG > SRR3722132.151885/1‑150 (MQ=60)
GTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAA > SRR3722132.578285/1‑149 (MQ=60)
GTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTActgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgt > SRR3722132.132901/1‑113 (MQ=60)
GTTTGTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGctgtctcttatacacatctccgagcccac > SRR3722132.214940/1‑122 (MQ=60)
GTTTCTACGCGCCGTGGCGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACT < SRR3722132.196868/150‑1 (MQ=60)
CCGTGGCGGCCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGGGGCCTGCTTTATGATCATGGGCATTATCCTgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctcgtat > SRR3722132.318917/1‑102 (MQ=60)
|
GCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGG > NZ_CP009273/625638‑625922
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
