Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F5 I178 R1
|
167 |
28.0 |
1137820 |
95.3% |
1084342 |
115.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
1,035,547 |
A→G |
I266V (ATC→GTC) |
appB → |
cytochrome d ubiquinol oxidase subunit II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 1,035,547 | 0 | A | G | 100.0%
| 77.7
/ NA
| 23 | I266V (ATC→GTC) | appB | cytochrome d ubiquinol oxidase subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (16/7); total (16/7) |
TGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAG > NZ_CP009273/1035418‑1035667
|
tgGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCgc > 1:240217/1‑139 (MQ=255)
tgGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCgc > 2:240830/1‑139 (MQ=255)
gCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCt > 1:247032/1‑138 (MQ=255)
cTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGa > 2:480877/1‑139 (MQ=255)
cTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGa > 2:479332/1‑139 (MQ=255)
cTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGa > 2:239971/1‑139 (MQ=255)
ccAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTg > 2:215778/1‑139 (MQ=255)
gTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCg > 1:300977/1‑139 (MQ=255)
ttCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGt > 2:256077/1‑139 (MQ=255)
ccAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGt < 1:480877/137‑1 (MQ=255)
gTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGt > 2:319353/1‑139 (MQ=255)
cAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGc < 1:479332/139‑1 (MQ=255)
tACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCAtt > 2:125644/1‑139 (MQ=255)
tACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCAtt > 1:323894/1‑139 (MQ=255)
tGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGa < 1:361713/58‑1 (MQ=255)
tGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGa > 2:361713/1‑58 (MQ=255)
tGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTg > 2:345157/1‑98 (MQ=255)
tGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTg < 1:345157/98‑1 (MQ=255)
tGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTg > 1:60469/1‑121 (MQ=255)
tGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTg < 2:60469/121‑1 (MQ=255)
ccTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCt > 1:98904/1‑73 (MQ=255)
ccTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCt < 2:98904/73‑1 (MQ=255)
gAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACggcag < 1:239971/139‑1 (MQ=255)
|
TGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAG > NZ_CP009273/1035418‑1035667
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGT > NZ_CP009273/1035398‑1035697
|
TGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGG < SRR3722132.573568/150‑1 (MQ=60)
GTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCT > SRR3722132.244745/1‑151 (MQ=60)
ttttcaagcagaagacggcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCC < SRR3722132.368354/80‑1 (MQ=60)
GGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTG > SRR3722132.251750/1‑150 (MQ=60)
GGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGT > SRR3722132.306667/1‑151 (MQ=60)
cgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGT < SRR3722132.351558/120‑1 (MQ=60)
TCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTG < SRR3722132.489462/149‑1 (MQ=60)
GGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTG > SRR3722132.329937/1‑151 (MQ=60)
GCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGC < SRR3722132.487892/151‑1 (MQ=60)
GTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTctgtctct > SRR3722132.61541/1‑143 (MQ=60)
GCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctcgtatgccgt > SRR3722132.100721/1‑96 (MQ=60)
CGAGTCGCCCGTTTTGTGGGTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTG < SRR3722132.244493/151‑1 (MQ=60)
GTCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGT > SRR3722132.514419/1‑151 (MQ=60)
|
TGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGT > NZ_CP009273/1035398‑1035697
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
