Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
343 |
268.7 |
10873516 |
97.0% |
10547310 |
150.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009974 |
3,585,070 |
C→G |
intergenic (+210/+13) |
RPPX_16020 → / ← RPPX_16025 |
hypothetical protein/diguanylate phosphodiesterase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009974 | 3,585,070 | 0 | C | G | 96.6%
| 625.1
/ 5.9
| 206 | intergenic (+210/+13) | RPPX_16020/RPPX_16025 | hypothetical protein/diguanylate phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/4); new base G (138/61); total (141/65) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GCTGGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCA > CP009974/3584922‑3585215
|
ggCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCCCAGGCCGCCGTCTAGGAGCGGGTTTCCCCCCGAAAGGGCCGGGCctgc > 2:1192029/1‑151 (MQ=18)
ccAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctgctc > 1:432929/1‑150 (MQ=255)
cAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTgg > 2:911746/1‑151 (MQ=255)
aaTCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGc > 1:1426066/1‑151 (MQ=255)
aTCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGCTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGcc > 1:3695320/1‑151 (MQ=255)
tctcCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGTAGCGCGTTTACCCGCGCGAGGGCCGGGGCTGCTAGCCa > 1:742397/1‑151 (MQ=18)
ctcCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTATGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCACGGCCTGCTGGCCAt > 1:2560595/1‑151 (MQ=255)
tcCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAtt < 1:5010109/151‑1 (MQ=255)
tcCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGGGTAGGAGCGGGTTTACCAGCGAAAGGCCCGGGCCCGCGGGCCAtt > 2:2979198/1‑151 (MQ=18)
ccGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTaccc > 2:718195/1‑150 (MQ=255)
ccGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTacca > 1:1462420/1‑151 (MQ=255)
cGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCCCAGGCCGCCGTGGAGGAGGGGGTTTACCCTCGGATGGGCCGGGCCTCCTGGCCATTTgccac > 2:784705/1‑151 (MQ=17)
cGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTaccac > 1:3912427/1‑151 (MQ=255)
gTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGGGGCCGGGCCGGCCGGCCACTCcccacc > 2:3767453/1‑151 (MQ=17)
tCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTGTACCCGCGAAAGGCCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCAccc > 2:2576915/1‑151 (MQ=255)
gcGGTGACCGTTGCGGGGGCTACCGTAGTCGCGGGTCAGCCCGCTCCTTCGCGTGATCGAAGGTGGACACATGTCGGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAAGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCAccc < 2:2052899/150‑1 (MQ=14)
cGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACccg > 1:4457636/1‑151 (MQ=255)
ggTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTGTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACccgc > 2:4945653/1‑151 (MQ=255)
gTCACCGTTCCCGCCGCTACCGTAGTCGCGGGTAAACTCGCTCCTACCCCTGATCCAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACccgcc < 1:554233/151‑1 (MQ=14)
cACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGt > 1:2068093/1‑151 (MQ=255)
cACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGACGt > 2:237822/1‑151 (MQ=255)
aCCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGtt > 1:509284/1‑151 (MQ=255)
ccGGTGTCGCCCCCTCCGTCTTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACATGTGGCTGTGCTTGGGCACGGGCCGCCGTGTTGGGGCGGGTTTTCCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTc < 2:2780244/151‑1 (MQ=21)
gTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTCCCACCCGCCCTTCAg > 1:3677836/1‑151 (MQ=255)
ttGCCGCCGCTGCCATTTTCGGGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAgt < 1:2498815/151‑1 (MQ=17)
cgcggcTACCGTTTGCGTGGGTAAACCGTCTCCTTCGGCTGATCGAAGGTGGGCACGTGTCTGTGGCTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTg < 1:4222596/151‑1 (MQ=17)
cgcTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTgccg > 1:3089616/1‑151 (MQ=255)
cgcTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTgccg > 1:3472438/1‑151 (MQ=255)
cgcTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTgccg > 1:3847237/1‑151 (MQ=255)
gcTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTgccgc < 1:1738969/151‑1 (MQ=255)
tgctgTATTCGCGGGTAAACACGCTGATACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCGGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGccgccg < 1:2615695/147‑1 (MQ=17)
ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCt > 1:3039251/1‑151 (MQ=255)
ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCt > 1:2429518/1‑151 (MQ=255)
cGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTa > 2:4373513/1‑151 (MQ=255)
ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCCTTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGt > 2:4255836/1‑151 (MQ=255)
tCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTa > 1:3340571/1‑151 (MQ=255)
ggtcgggccGCCCCGACGCGTGATCGAGGGTGGGCACGTGTCGGTGGCTGGGCCCAGGTCGCCGTGTAGGAGCGGGTCTTCCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTcgc < 1:4143996/144‑1 (MQ=14)
aaCCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTGTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCCGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCgggg > 2:3607979/1‑150 (MQ=255)
aCCCGCTCCTACGCCTTATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTAGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTa < 1:2477792/151‑1 (MQ=255)
cccGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTaa > 1:1265489/1‑151 (MQ=255)
cccGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTaa > 1:3985405/1‑151 (MQ=255)
ntCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAccc > 1:1944204/2‑151 (MQ=255)
catACGCCTGATCGAAGGTGGGCACATGTCTGTGGTTGTGCACGGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTTCCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGc < 1:2414093/149‑1 (MQ=17)
cTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCt > 1:2333717/1‑151 (MQ=255)
cGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCt > 1:890521/1‑151 (MQ=255)
gtGATCGCGGGTGGACATATGGCGGTGGTTGGGCACAGGTCGTCGTGTAGGGGGGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACg < 1:3060102/150‑1 (MQ=11)
gctaTCGAAAGTGGGCATATGGCGTTGGTTGGGCCCGGGCCGTCGTGTAGGGTCGTGTTTACGCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACg < 1:5215827/148‑1 (MQ=14)
cTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACg > 2:3315948/1‑151 (MQ=255)
cGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGGGCGGGTTTTCCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGa < 1:3150726/151‑1 (MQ=255)
cGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTGTACCCGCGAAAGGTCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCCCCGCTACCCTATTCCCGGATAACCCCCCTCCTACGCCTgc > 2:3514451/1‑150 (MQ=18)
gAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCCCCCGCCGTTCCGTGTTGCCGCCGCTCCCGTATTCGCGGGTAAACCCACTACTACGccctat > 2:3909138/1‑147 (MQ=17)
gAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAt > 1:2657731/1‑151 (MQ=255)
gAAAGTGGGCACGTGGCTGTGGTTGGGCACAGGTCGCCGTGTAGGGGCGGGTTTTCCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAt < 1:2442776/151‑1 (MQ=17)
aGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATtg > 1:2273692/1‑151 (MQ=255)
aGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTATTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATtg > 2:197258/1‑151 (MQ=255)
aGGGGGGCACATGTCGGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGGGCGTGTCTTCGCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATtg < 1:5332873/151‑1 (MQ=17)
ggTGGACACAGGTCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATtgg < 2:1739536/151‑1 (MQ=11)
tgggcccaTGGCGGTGGTTGTGCACAGGCCGTCGTGTAGGGGCGGGTCCACGCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATtggtg < 2:531545/145‑1 (MQ=14)
acacATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAc < 1:4768921/126‑1 (MQ=255)
cctgtGTCGGTGGTCGGGCCCGGGCCGCCGTGTAGGGGCGGGTTCACGCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTg < 2:3077837/147‑1 (MQ=17)
cacaTGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTg > 1:1292926/1‑151 (MQ=255)
caTGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGCCTGATTGGTGGTTggg > 2:4492292/1‑151 (MQ=255)
aTGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCCTGCTTGGTGGTTGGGc > 2:1309040/1‑151 (MQ=255)
ggcTGTGGGTGGGCACGGGTCGCCGTGTGGGGGCGGGGTTTCGCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGcac < 2:1904602/149‑1 (MQ=18)
gtgGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGt > 2:1070180/1‑102 (MQ=11)
gtgGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGt < 1:1070180/102‑1 (MQ=11)
gggCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGt > 1:842866/1‑151 (MQ=255)
gggCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGt < 2:509284/151‑1 (MQ=255)
cacaGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTacg > 1:4074993/1‑149 (MQ=255)
cacaGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAgg > 1:4673010/1‑151 (MQ=255)
acaGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGa > 1:387462/1‑151 (MQ=255)
acaGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCCCTGATTCGTGGTTGGGCACAGGCCCCCCTAGGa > 2:5256061/1‑151 (MQ=255)
gccgccGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTCGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTACGAGCgg > 1:5289359/1‑151 (MQ=255)
gtcgTGTGGGGGCGGGTGTCCCGGCGGAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGtt < 2:1266266/149‑1 (MQ=21)
gccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCCTTTACCACCCGCCGTCCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCACCTACGCCTGATTGGTCGCCGGGCACAGGCCCCCGTAGCACCgggcc > 2:1366884/1‑149 (MQ=18)
ccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTc > 1:134384/1‑151 (MQ=255)
gtgtAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACCGGCCCCCGTAGGAGCGGGGTCAc > 1:4843271/1‑151 (MQ=255)
tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGGTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCcg > 1:1520651/1‑151 (MQ=255)
aGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCcgc > 2:4286231/1‑151 (MQ=255)
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cGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATa > 2:938006/1‑151 (MQ=255)
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cgggcgttcccgtacacctatccagagagggcatgtagcggtgcccaggccaggctcttcgtttagggtgggggctttggGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGG < SRR10918230.539509/71‑1 (MQ=48)
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gctcctacacagatgagtGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTTGCGGGTAAACCC < SRR10918230.3059395/133‑1 (MQ=6)
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tacacagattggtGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCC > SRR10918230.3584771/14‑151 (MQ=0)
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attggtGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTTGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCag > SRR10918230.4582204/7‑149 (MQ=16)
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tggtGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTTGCGGGTAAACCCGCgactacgcagat > SRR10918230.710283/5‑139 (MQ=0)
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ggtggtggacacacctgtggGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTTGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCagatt < SRR10918230.845478/131‑6 (MQ=11)
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cgggtcgtcgtggagggGCGGGTTTCCCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAG < SRR10918230.3813137/134‑1 (MQ=60)
GGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCagatcggaa > SRR10918230.266534/1‑142 (MQ=60)
ctcgtcgtgatggggggggtttttgCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGG < SRR10918230.1817791/126‑1 (MQ=60)
cgCGCCGTGTTGGAGCGGGATCACCAGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGG < SRR10918230.1817767/149‑1 (MQ=60)
GCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTCGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTACGAGCGG > SRR10918230.5313949/1‑151 (MQ=60)
CCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTTCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGG > SRR10918230.1162760/1‑151 (MQ=60)
tgccgtttcgggggggggtcatCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGT < SRR10918230.3993254/129‑1 (MQ=60)
CGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGT > SRR10918230.3158226/1‑151 (MQ=60)
GCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTT > SRR10918230.5325866/1‑151 (MQ=60)
ccgttttgggtcgggtcctgCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTC < SRR10918230.2680263/131‑1 (MQ=60)
CCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTC > SRR10918230.134855/1‑151 (MQ=60)
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GTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCC > SRR10918230.4405123/1‑151 (MQ=60)
ataggtggtgtccgcgaGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCG < SRR10918230.4768559/134‑1 (MQ=60)
TAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCTGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGGTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCG > SRR10918230.1527368/1‑151 (MQ=60)
TAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCG > SRR10918230.1298208/1‑151 (MQ=60)
GGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCG > SRR10918230.2945355/1‑151 (MQ=60)
AGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGGGGTTGGGCACAGGCCCCCGTACGCGCGGGTTCACCCGCGAA > SRR10918230.4482319/1‑151 (MQ=60)
GGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTTGTGGTTGGGCACAGGCGCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCCCGAACAGG > SRR10918230.4712400/1‑151 (MQ=60)
GGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGG > SRR10918230.515043/1‑151 (MQ=60)
TTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCG > SRR10918230.2715045/1‑151 (MQ=60)
ttgaaGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGG < SRR10918230.979094/146‑1 (MQ=60)
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CCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCAC < SRR10918230.5169958/151‑1 (MQ=60)
CCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCAC > SRR10918230.2867412/1‑151 (MQ=60)
CCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTCCGCACAGACCCCCGAAACAGCAGGTACACCCGCGAATACGCCAGCAC > SRR10918230.4799670/1‑151 (MQ=56)
GCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAG < SRR10918230.3270080/151‑1 (MQ=60)
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CGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGG > SRR10918230.321987/1‑151 (MQ=60)
AAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCA < SRR10918230.948849/151‑1 (MQ=60)
AGGCCCGGGCCTGCAGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGC < SRR10918230.915374/151‑1 (MQ=60)
GGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTACACCCCCCCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGTCCCCCGGAGGCGCGGGCTCACCCGCGAATAGGCAGGCACAGGCAGCG > SRR10918230.4652333/1‑151 (MQ=60)
GGCCGGGCCTGCTGGCCATTTGCCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGC < SRR10918230.4131169/151‑1 (MQ=60)
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GGCCGCGCCTGCTAGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTACTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGC < SRR10918230.1701206/151‑1 (MQ=60)
GCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCA > SRR10918230.3425741/1‑151 (MQ=60)
GCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCT > SRR10918230.3908870/1‑151 (MQ=60)
GCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCT < SRR10918230.4680122/151‑1 (MQ=60)
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CTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCT > CP009974/3584920‑3585220
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
