Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
368 |
332.2 |
13092066 |
97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009974 |
3,585,070 |
C→G |
intergenic (+210/+13) |
RPPX_16020 → / ← RPPX_16025 |
hypothetical protein/diguanylate phosphodiesterase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009974 | 3,585,070 | 0 | C | G | 96.7%
| 764.3
/ 9.5
| 245 | intergenic (+210/+13) | RPPX_16020/RPPX_16025 | hypothetical protein/diguanylate phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/6); new base G (155/82); total (157/88) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TGGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATC > CP009974/3584924‑3585217
|
tgGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctg > 2:2675937/1‑151 (MQ=255)
ggCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctgc > 1:3308702/1‑151 (MQ=255)
gCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctgct > 1:1598613/1‑151 (MQ=255)
ccAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctgctg > 2:357746/1‑151 (MQ=255)
cAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTgg > 1:1141884/1‑151 (MQ=255)
aTCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGcc > 1:173520/1‑151 (MQ=255)
ctcCACCCGTCGGTCGCCGTTGTGGCCGCTACTGTAGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGGGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAt < 1:204297/151‑1 (MQ=18)
tcCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAtt > 2:2400660/1‑151 (MQ=255)
ccGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTacca > 2:2537382/1‑151 (MQ=255)
ccGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTacca > 2:1340478/1‑151 (MQ=255)
cGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTaccac > 1:1944627/1‑151 (MQ=255)
tCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCAccc > 2:29549/1‑151 (MQ=255)
tCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCAccc > 1:2995091/1‑151 (MQ=255)
gcGGTCGCCGTTGTCGGCGCTGCCGTAGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCAccc < 1:3901753/150‑1 (MQ=17)
ggTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACccgc > 1:2869650/1‑151 (MQ=255)
ccGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTc > 2:4597662/1‑151 (MQ=255)
cGTTGTCGCGGATCCTGTAGTCGCGGGTCATCCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACGTGTCTGTGGCCGGGCACGGGCCGCCGTGTAGGGGCGGGTTCTCCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCa < 1:5835515/151‑1 (MQ=18)
ttGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAgt > 1:3451593/1‑151 (MQ=255)
ctGTCGCGGCTACCGTATTCGCGGGTCAACCCGCCCCTACGCCTGATCGCAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAgt < 2:5891339/150‑1 (MQ=14)
tGTCGCCGCTGCCGTCGGCGCGGGTCAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAgtg < 2:5413292/151‑1 (MQ=17)
gcgcTACCGTATGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTgcc < 1:5402869/150‑1 (MQ=255)
cgccTACCGTATTCGCGGGTAGGCCCTCTGATACGCCTGATCGAAGGTCGACCCATGTCTGTGGTTGGGCACAGGTCGCCGTGTTGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTgcc < 1:6481459/148‑1 (MQ=21)
cTACCGTATTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTgccgcc < 1:467062/151‑1 (MQ=255)
cTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTgccgcc > 1:642646/1‑151 (MQ=255)
tcccGTATTCGTGGGTAAGGCCGCTCCTTCGCGTGATCGAAGGTGGACCTATGTCGGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACGCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGccgccg < 1:2921296/149‑1 (MQ=17)
tACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGccgccg > 1:5217311/1‑151 (MQ=255)
tagtggcgGGTAAGCCGGCTCCTTAGAGTGATCGAAGGTGGACACATGGCTGTGGTTGGGCACGGGCCGCCGTGTAGGGGGGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTAcc < 2:2800383/146‑1 (MQ=18)
tATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTAcc > 1:2156792/1‑151 (MQ=255)
aTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCCCAGGCCGCCGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGGGTTGCCCCCGCTACCg > 2:2052470/1‑151 (MQ=255)
tCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTa > 2:3472849/1‑151 (MQ=255)
gcgGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTAtt > 1:3347036/1‑151 (MQ=255)
cgGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCCGTGTTGCCGCCGCTACCGTCTTc > 2:5341978/1‑151 (MQ=255)
cgGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTc > 2:1475607/1‑151 (MQ=255)
gggTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTAt > 1:6171246/1‑148 (MQ=255)
gggTAAACCCGCTCCTACGACCGATCGAGAGTGGACACATGGCTGTGGTTGGGCCCGGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTcg < 1:5675314/151‑1 (MQ=17)
tAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCgg > 1:2364443/1‑151 (MQ=255)
tAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGAGTAGGAGCGGCATTCCCCGCGCAAGGGCCGGGCCTGCTCTCCACTTACTACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTAGCGTATCCGCgg > 2:2584998/1‑151 (MQ=25)
aCCCTCTCAGACGCCTGATCGAAGGTGGGCCCATGTCTGTGGTTGGGCACAGGTCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTa < 1:6083115/151‑1 (MQ=17)
cgcgCCTTCGCCGGATCGAGGGTGGACCGATGTCGGTGGTTGGGCCCGGGCCGCCGTGTAGGGGCGGGTTTACGAGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAc < 2:2619630/151‑1 (MQ=14)
cGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAc > 2:6542889/1‑151 (MQ=255)
cTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAccc > 2:2918347/1‑151 (MQ=255)
tCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAGTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGGCGCCGCTACCGTATTCCCGGGCACACCCg > 2:3995298/1‑151 (MQ=17)
ccTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGc > 1:183812/1‑151 (MQ=255)
cTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGcc > 2:4723639/1‑150 (MQ=255)
cGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTccc > 2:2317985/1‑150 (MQ=255)
ccTGATCGAGGGTGGACCCATGGCTGTGGTTGGGCACGGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 1:5565134/151‑1 (MQ=17)
cTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAcc > 2:4516250/1‑150 (MQ=255)
cTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACg > 1:1000745/1‑151 (MQ=255)
cTGAGCGAAGGTGGACACATGGCGTTACTTGGGCACAGGCCGTCGTGAAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACg < 1:3831992/151‑1 (MQ=14)
aTCGAGGGTGGACACGTGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCt < 1:2517266/151‑1 (MQ=255)
aTCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTATATCCGCCCCTACGCCt > 1:2433207/1‑151 (MQ=255)
aTCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCt > 1:198408/1‑151 (MQ=255)
cGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGa > 1:5749009/1‑151 (MQ=255)
cagggTCGACCCGTGGCTGTGGTTGGGCCCAGGCCGCCGTGAAGGAGCGGGTTTTCGCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAt < 1:4202224/148‑1 (MQ=17)
aaGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGcccgctt > 2:327158/1‑146 (MQ=255)
aaGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAAGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTGGCCGCCGCTACCGTAGTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACCCCTgcgt > 2:5714350/1‑148 (MQ=18)
aGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATtg > 2:6144553/1‑151 (MQ=255)
gTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATtggt < 1:1469216/151‑1 (MQ=255)
tGGACACAGGTCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATtggtg < 1:1404728/151‑1 (MQ=11)
ggACACAGGTCGGTGGTTGGTCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATtggtgg > 1:4804906/1‑151 (MQ=11)
gACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTggtggt > 2:475831/1‑151 (MQ=255)
gACACAGGTCGGTGGTTCGTCACAGGCCGTCGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTggtggt < 2:5599162/151‑1 (MQ=11)
acaTGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTgg > 2:3112626/1‑151 (MQ=255)
aTGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGc > 1:423182/1‑151 (MQ=255)
tCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGcacc > 2:4353481/1‑150 (MQ=255)
gcggtggtgGGGCCCGGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTTGCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGcaca < 2:6202217/148‑1 (MQ=17)
cggtgGTTGGGCAAGCGCAGTCGTGAAGGGTGGGGTCTTCGCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAg < 1:2812466/149‑1 (MQ=17)
cTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGCGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCCCAg > 2:893457/1‑151 (MQ=255)
gtgGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGc < 1:1340478/151‑1 (MQ=255)
ggTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGccc > 1:2305922/1‑151 (MQ=255)
ttGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGccccc > 1:5159284/1‑151 (MQ=255)
ggCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTa > 2:577221/1‑151 (MQ=255)
cacaGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTTGGCACAGGCCCCCGTAgg > 2:200746/1‑151 (MQ=255)
cacaGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAgg > 1:4132258/1‑151 (MQ=255)
ggCCGCCGTTTAGGAGGGGGTCTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCg < 1:1275319/151‑1 (MQ=255)
ggCCGCCGTGTAGGGGCGGGTCTTCCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCg < 1:5446966/151‑1 (MQ=255)
ccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTc > 1:5041383/1‑151 (MQ=255)
gtAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGCGCGGGCTCcccc > 2:3688832/1‑151 (MQ=255)
tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCAcctg > 1:6504425/1‑149 (MQ=255)
aGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGCCTGATTGGTGGGTGGGCACAGGCCCCCGCATGAGCGGGGTCACCcgc > 2:786781/1‑151 (MQ=18)
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TTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCC > SRR10918232.2906838/1‑151 (MQ=60)
TTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCC > SRR10918232.1849036/1‑151 (MQ=60)
GGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGC > SRR10918232.315590/1‑151 (MQ=60)
ttcccatctcgccgtttaggggcgggtcctCCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTA < SRR10918232.1532152/121‑1 (MQ=60)
GGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTA < SRR10918232.2340633/151‑1 (MQ=60)
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agcctagtcgtgatagggcgtgtccttgCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAG < SRR10918232.430453/123‑1 (MQ=60)
AGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTATACCCGCTCCTACGCCTGCTTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGC > SRR10918232.2118979/1‑151 (MQ=60)
gcccgtcgtgtaggggggggtcctcgCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCG < SRR10918232.1280620/125‑1 (MQ=60)
GGCCGCCGTTTAGGAGGGGGTCTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCG < SRR10918232.1280723/151‑1 (MQ=60)
GGCCGCCGTGTAGGGGCGGGTCTTCCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCG < SRR10918232.5471792/151‑1 (MQ=60)
gtcgtcgtgtaaggggGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGG < SRR10918232.1153690/135‑1 (MQ=60)
tctacgtaaaggcgagcgtttcccaGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGG < SRR10918232.3173251/126‑1 (MQ=60)
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CCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGG > SRR10918232.4525115/1‑151 (MQ=60)
cgccggttaggagcgggctgtcgCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGT < SRR10918232.5838834/128‑1 (MQ=60)
gtcgtgttgggtggggtttgtgCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCGCCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTT < SRR10918232.5909132/129‑1 (MQ=60)
GCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTT > SRR10918232.1786229/1‑151 (MQ=60)
CCGTGTTGGGGCGGGTTTTCCAGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTC < SRR10918232.5445158/151‑1 (MQ=60)
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GGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAA < SRR10918232.2522135/151‑1 (MQ=60)
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ggggttttcgCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATA < SRR10918232.2262213/141‑1 (MQ=60)
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GAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGC < SRR10918232.2373114/151‑1 (MQ=60)
GAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGC > SRR10918232.4825174/1‑151 (MQ=60)
AGAGGGCCGGGCCGGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCA < SRR10918232.5118354/151‑1 (MQ=60)
AAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGTAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGACGGCACAGGCA > SRR10918232.605882/1‑151 (MQ=60)
AAGGGCCGGGCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAG > SRR10918232.5360278/1‑151 (MQ=60)
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CTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGGTCACCGTTGTCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAAGGTGGACACATGTCTGTGGTTGGGCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCATTTACCACCCGCCGTTCAGTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGGTTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCC > CP009974/3584920‑3585218
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
