Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
343 |
268.7 |
10873516 |
97.0% |
10547310 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 315 total aligned reads displayed.
CGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGC > CP009974/1898245‑1898545
|
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TTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAAC > SRR10918230.516676/1‑151 (MQ=60)
TTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAAC > SRR10918230.61778/1‑151 (MQ=60)
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AGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCG < SRR10918230.796705/151‑1 (MQ=60)
CAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGAT > SRR10918230.3437521/1‑151 (MQ=60)
AGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATC > SRR10918230.639654/1‑151 (MQ=60)
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ATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACA < SRR10918230.2746090/151‑1 (MQ=60)
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gtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGT > SRR10918230.5365466/46‑151 (MQ=18)
gtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGT > SRR10918230.2895444/46‑151 (MQ=18)
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tgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTC < SRR10918230.4305472/107‑1 (MQ=22)
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atggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGT > SRR10918230.1539723/43‑151 (MQ=24)
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ctttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgcc > SRR10918230.910556/36‑145 (MQ=24)
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gaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgacg > SRR10918230.2824973/32‑141 (MQ=24)
accaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgacgt < SRR10918230.1475608/121‑12 (MQ=24)
accaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgacgt < SRR10918230.2436318/121‑12 (MQ=24)
TTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGT < SRR10918230.4759361/151‑1 (MQ=60)
TTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGT < SRR10918230.839570/151‑1 (MQ=60)
ccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACTGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCCACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgacgta > SRR10918230.728468/30‑139 (MQ=10)
ccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgacgta < SRR10918230.4101788/122‑13 (MQ=24)
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tcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGT < SRR10918230.2805392/127‑1 (MQ=20)
gccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTG > SRR10918230.1682244/23‑151 (MQ=20)
gccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTG > SRR10918230.2701603/23‑151 (MQ=20)
ccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGT > SRR10918230.3666172/22‑151 (MQ=20)
CCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGT < SRR10918230.5242632/151‑1 (MQ=60)
CCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTC > SRR10918230.1732699/1‑151 (MQ=60)
ttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCC < SRR10918230.3697493/132‑1 (MQ=20)
CGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCC < SRR10918230.1192220/151‑1 (MQ=60)
CGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCC < SRR10918230.2328212/151‑1 (MQ=60)
CGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCC > SRR10918230.4520221/1‑151 (MQ=60)
CGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCC < SRR10918230.5113735/151‑1 (MQ=60)
GGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCG < SRR10918230.3656340/151‑1 (MQ=60)
cgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGG < SRR10918230.368375/134‑1 (MQ=20)
gttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGG > SRR10918230.4208269/17‑151 (MQ=20)
gttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGG < SRR10918230.1772975/135‑1 (MQ=20)
gttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGG < SRR10918230.2606370/135‑1 (MQ=20)
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ttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGG < SRR10918230.1523897/136‑1 (MQ=20)
ttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGG < SRR10918230.4083613/136‑1 (MQ=20)
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cccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAG > SRR10918230.2614511/13‑151 (MQ=23)
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GTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGccacgg > SRR10918230.2789925/1‑145 (MQ=22)
GTACCTGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGATGTCCGGGGCAGccacgg > SRR10918230.4418072/1‑145 (MQ=22)
acctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGccacggtg < SRR10918230.1475476/147‑9 (MQ=23)
CCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGccacggtgg < SRR10918230.1255094/151‑10 (MQ=60)
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CAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGccacggtggc < SRR10918230.4646546/151‑11 (MQ=60)
AGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCA > SRR10918230.2782012/1‑151 (MQ=54)
AGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCA > SRR10918230.2682049/1‑151 (MQ=54)
GCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGCCGTTGCTACCGACGTAGAagtggcccgggccacccacggtggcagt > SRR10918230.2827167/1‑123 (MQ=60)
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GGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACG > SRR10918230.2711454/1‑151 (MQ=38)
gtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatcttcagctgtTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGG < SRR10918230.1304374/109‑1 (MQ=14)
gtgaccgacGTGCTGACCGGGGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGG > SRR10918230.2129106/10‑151 (MQ=0)
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gaccgacGTGCTGACCGGGGTCTTGTCCAGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTG < SRR10918230.4257229/144‑1 (MQ=0)
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cttgtccagcgtcagctgtTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATG < SRR10918230.4065477/132‑1 (MQ=9)
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CGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGT < SRR10918230.1891789/151‑1 (MQ=0)
CGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGT > SRR10918230.4598890/1‑151 (MQ=0)
cagcgtcagctgtTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTT > SRR10918230.953321/14‑151 (MQ=23)
GCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTT < SRR10918230.1954262/151‑1 (MQ=4)
GCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTT < SRR10918230.911119/151‑1 (MQ=25)
GCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTT < SRR10918230.5098590/151‑1 (MQ=25)
GCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGCTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTT > SRR10918230.4797481/1‑151 (MQ=24)
cgtcagctgtTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTG < SRR10918230.80103/141‑1 (MQ=29)
GTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACTTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCCTTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGC < SRR10918230.780334/151‑1 (MQ=27)
GTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGC < SRR10918230.3231573/151‑1 (MQ=29)
GTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGC > SRR10918230.5317047/1‑151 (MQ=29)
GTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGC < SRR10918230.2186842/151‑1 (MQ=29)
TCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTATACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTGTTGCC > SRR10918230.4135786/1‑151 (MQ=0)
TCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCC < SRR10918230.3661238/151‑1 (MQ=31)
TCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCC > SRR10918230.2502754/1‑151 (MQ=31)
CAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCG > SRR10918230.3548373/1‑151 (MQ=0)
CAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCG > SRR10918230.3214201/1‑151 (MQ=33)
AGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTTTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGT > SRR10918230.1557455/1‑151 (MQ=0)
AGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGT > SRR10918230.1047459/1‑151 (MQ=0)
AGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGT > SRR10918230.4577732/1‑151 (MQ=35)
gctgtTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTC > SRR10918230.4502030/6‑151 (MQ=20)
TGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGC > SRR10918230.3263960/1‑151 (MQ=23)
TGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGC < SRR10918230.3798005/151‑1 (MQ=23)
TGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGC > SRR10918230.3275261/1‑151 (MQ=41)
TGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGC < SRR10918230.4741027/151‑1 (MQ=41)
GTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGGTTTGCCGTCGCT > SRR10918230.310210/1‑151 (MQ=25)
GTTCGAACTTGCCAACGTCCGCCCCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCT < SRR10918230.3805106/151‑1 (MQ=43)
TTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTC < SRR10918230.122915/151‑1 (MQ=28)
TTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTC < SRR10918230.1851779/151‑1 (MQ=45)
TTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTC > SRR10918230.2142003/1‑151 (MQ=45)
TTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTC < SRR10918230.3541098/151‑1 (MQ=45)
TTCGAACTAGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTC < SRR10918230.2046512/151‑1 (MQ=44)
TCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCA > SRR10918230.2561350/1‑151 (MQ=30)
TCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCA < SRR10918230.4895733/151‑1 (MQ=30)
TCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCA > SRR10918230.1817614/1‑151 (MQ=30)
TCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCA > SRR10918230.343203/1‑151 (MQ=47)
CGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAG > SRR10918230.5414835/1‑151 (MQ=47)
GAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGG < SRR10918230.4862927/151‑1 (MQ=30)
GAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGC > SRR10918230.3740768/1‑151 (MQ=47)
GAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGC < SRR10918230.4202528/151‑1 (MQ=47)
|
CGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGC > CP009974/1898245‑1898545
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |