Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
|
404 |
265.1 |
10478538 |
96.8% |
10143224 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 276 total aligned reads displayed.
GTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGC > CP009974/1898247‑1898545
|
TTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACT > SRR10918231.3477716/1‑151 (MQ=60)
TTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACT > SRR10918231.237087/1‑151 (MQ=60)
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CACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCG < SRR10918231.3318812/151‑1 (MQ=60)
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CCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCC > SRR10918231.2195583/1‑151 (MQ=60)
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GTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTT < SRR10918231.629538/151‑1 (MQ=60)
GGCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGGTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGTCGACATCCGCGCTGTCAACGGGT > SRR10918231.2055730/1‑151 (MQ=60)
CAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGC > SRR10918231.3214621/1‑151 (MQ=60)
CAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGC > SRR10918231.3214972/1‑151 (MQ=60)
AGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCG < SRR10918231.416419/151‑1 (MQ=60)
CAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGAT < SRR10918231.2006575/151‑1 (MQ=60)
TAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGA < SRR10918231.5040471/151‑1 (MQ=60)
TAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGA < SRR10918231.890068/151‑1 (MQ=60)
ACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAC > SRR10918231.5200406/1‑151 (MQ=60)
ACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAA > SRR10918231.4035162/1‑151 (MQ=60)
ccgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGG > SRR10918231.2650970/48‑151 (MQ=7)
ccgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGG > SRR10918231.2651071/48‑151 (MQ=7)
ccgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGG < SRR10918231.1545004/104‑1 (MQ=7)
TGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGG < SRR10918231.1311902/151‑1 (MQ=60)
cgtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGG > SRR10918231.5261921/47‑151 (MQ=11)
gtgatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGT > SRR10918231.1640594/46‑151 (MQ=18)
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ccagGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTC < SRR10918231.552467/147‑1 (MQ=60)
gatggtgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCG > SRR10918231.1311541/44‑151 (MQ=24)
cagGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCG < SRR10918231.684828/148‑1 (MQ=60)
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tgactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACGTCACGACAGGGTCGTTagc < SRR10918231.2421886/113‑4 (MQ=23)
CGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCT > SRR10918231.2748350/1‑151 (MQ=60)
CGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCT > SRR10918231.3657451/1‑151 (MQ=60)
gactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcg > SRR10918231.4300247/38‑147 (MQ=24)
gactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcg > SRR10918231.1516618/38‑147 (MQ=24)
gactttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcg > SRR10918231.2795395/38‑147 (MQ=24)
ctttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgcc < SRR10918231.3687856/116‑7 (MQ=24)
ctttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgcc < SRR10918231.2686594/116‑7 (MQ=24)
CTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACC < SRR10918231.2687348/151‑1 (MQ=60)
CTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACC > SRR10918231.1416798/1‑151 (MQ=60)
tttgcccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccg < SRR10918231.42124/117‑8 (MQ=24)
tttgaccaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccg < SRR10918231.1145623/117‑8 (MQ=24)
TTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCG > SRR10918231.261917/1‑151 (MQ=60)
ctcttccgatctCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGA < SRR10918231.3379784/139‑1 (MQ=60)
CGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCTAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGAC < SRR10918231.4061400/151‑1 (MQ=60)
CGTTGCTGCCGCCCGAGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGAC < SRR10918231.1390902/151‑1 (MQ=60)
accaagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGGAGCGATCGACATCCCGACAGGGTCGTTagcgccgacgt > SRR10918231.3353003/31‑140 (MQ=22)
TTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGT < SRR10918231.1448676/151‑1 (MQ=60)
TGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTA > SRR10918231.723656/1‑151 (MQ=60)
TGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTA < SRR10918231.4507561/151‑1 (MQ=60)
caagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgacgtag < SRR10918231.4807185/123‑14 (MQ=24)
aagtcgccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTagcgccgacgtaga > SRR10918231.343859/28‑137 (MQ=24)
CTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGA < SRR10918231.5044875/151‑1 (MQ=60)
TGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGAC < SRR10918231.165107/151‑1 (MQ=60)
GCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACG > SRR10918231.2788726/1‑151 (MQ=60)
GCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACG > SRR10918231.4992910/1‑151 (MQ=60)
CCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGT < SRR10918231.2564299/151‑1 (MQ=60)
CGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCGCAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTT < SRR10918231.2312341/151‑1 (MQ=60)
gccttcgttgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTG < SRR10918231.1048793/129‑1 (MQ=20)
CCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTC < SRR10918231.3204098/151‑1 (MQ=60)
CGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCC > SRR10918231.1512317/1‑151 (MQ=60)
GGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCG < SRR10918231.2396603/151‑1 (MQ=60)
tgcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGC > SRR10918231.3465507/15‑151 (MQ=20)
TGCCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACgacagagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcac > SRR10918231.2304256/1‑112 (MQ=48)
TACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGCGGC > SRR10918231.3413290/1‑151 (MQ=60)
gcccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCA > SRR10918231.3769800/14‑151 (MQ=21)
ACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCA < SRR10918231.3379077/151‑1 (MQ=60)
ccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGC < SRR10918231.2023517/140‑1 (MQ=23)
ccggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGC < SRR10918231.911071/140‑1 (MQ=23)
cggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGcc > SRR10918231.2863295/11‑149 (MQ=23)
cggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGcc > SRR10918231.2546063/11‑149 (MQ=23)
cggcgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGcc > SRR10918231.4398317/11‑149 (MQ=23)
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cgtacctGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTAAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGccacg < SRR10918231.84987/144‑6 (MQ=22)
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GCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGccacggtg < SRR10918231.862137/151‑9 (MQ=60)
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AGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTT > SRR10918231.3286645/1‑151 (MQ=23)
AGCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTT > SRR10918231.1583676/1‑151 (MQ=23)
GTGTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTT < SRR10918231.1824359/151‑1 (MQ=0)
GCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTT > SRR10918231.4531861/1‑151 (MQ=4)
GCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTT < SRR10918231.1818084/151‑1 (MQ=4)
GCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTT < SRR10918231.1543813/151‑1 (MQ=25)
GCGTCAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGGAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTT < SRR10918231.2921063/151‑1 (MQ=24)
cgtcagctgtTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTG < SRR10918231.4365713/141‑1 (MQ=7)
cgtcagctgtTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGCTGCGATCGCCATCCCAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTCCTCCGGGGCCGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATcagccgccacagtcatgccggctttc > SRR10918231.2765347/11‑125 (MQ=6)
cgtcagctgtTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTG < SRR10918231.4917711/141‑1 (MQ=29)
GTCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGC < SRR10918231.3733020/151‑1 (MQ=0)
TCAGTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCC < SRR10918231.643917/151‑1 (MQ=0)
CAGCTGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCG < SRR10918231.4519989/151‑1 (MQ=15)
CAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCG > SRR10918231.991740/1‑151 (MQ=33)
CAGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCG > SRR10918231.805794/1‑151 (MQ=33)
AGCTGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGT > SRR10918231.3806616/1‑151 (MQ=17)
AGCTGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGGTTTGCCGT > SRR10918231.5003197/1‑151 (MQ=17)
AGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGT > SRR10918231.2489060/1‑151 (MQ=35)
AGCTGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGT > SRR10918231.3799485/1‑151 (MQ=35)
gctgtTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTC < SRR10918231.4133212/146‑1 (MQ=38)
cgatCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTC < SRR10918231.2011546/147‑1 (MQ=49)
GTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTC > SRR10918231.4692087/1‑151 (MQ=0)
GTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTC < SRR10918231.1778681/151‑1 (MQ=0)
GTTGCTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTAGCGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTC > SRR10918231.2484481/1‑151 (MQ=0)
ctgtTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCG < SRR10918231.3652834/147‑1 (MQ=22)
ctgtTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCG < SRR10918231.974516/147‑1 (MQ=22)
ctgtTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCG < SRR10918231.2288262/147‑1 (MQ=40)
ctgtTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCG < SRR10918231.2685081/147‑1 (MQ=40)
TGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGC < SRR10918231.3698632/151‑1 (MQ=23)
TGTTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGC > SRR10918231.299190/1‑151 (MQ=23)
TGTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGC < SRR10918231.1723166/151‑1 (MQ=41)
gttaGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGtgttttttatcaagcaggagtcggcatacgagatcttcacctgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctgccattagccggcacagtgatgacggttttgccgtcgct < SRR10918231.1753105/147‑116 (MQ=0)
GTTCGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCT > SRR10918231.1702494/1‑151 (MQ=43)
TTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTC > SRR10918231.2333738/1‑151 (MQ=28)
CGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACCGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAG < SRR10918231.54883/151‑1 (MQ=30)
CGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCTACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAG > SRR10918231.288596/1‑151 (MQ=46)
CGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAG > SRR10918231.867641/1‑151 (MQ=47)
CGAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAG > SRR10918231.614910/1‑151 (MQ=47)
GAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGC < SRR10918231.1743101/151‑1 (MQ=47)
GAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGC < SRR10918231.1090207/151‑1 (MQ=47)
GAACTTGCCAACGTCCGCACCTTCAACGGTAGCGATCGACATCACGACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGC < SRR10918231.2498777/151‑1 (MQ=47)
|
GTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACAGGGTCGTTGCTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTGACAGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGC > CP009974/1898247‑1898545
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
