Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
343 |
268.7 |
10873516 |
97.0% |
10547310 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1316 total aligned reads displayed.
GGGTTACGGTCAACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGG > CP009974/1898865‑1899149
|
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gagcagggttgctcagggtcacggtttaagaaaccacgccgccttcagttacgctaggccaggcagtcaggttcgcggtggtggcctccaccgattcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACC < SRR10918230.2260534/53‑1 (MQ=18)
aactagagttcagccgtgtgctcgtccgagctatcacgccgccttcggtgacgctcgggcacgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACC < SRR10918230.2646273/53‑1 (MQ=18)
agggttgctcagggtcacggtgtaggtgatcacgccgccttcggtgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCA > SRR10918230.3623114/95‑151 (MQ=33)
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gggtcacggtgtttgtgttttccccgccgacggctacatacggggtggctgtccgtgacgggagtgcagactcgtccgagtcgttgctcgtcgtcgggGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTC < SRR10918230.4324318/53‑1 (MQ=60)
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ggtgtaggtgatcagcccgccttcggttacgtttggagtggtggtcaggctcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTG < SRR10918230.2069271/75‑1 (MQ=60)
ggtgtaagtgatcacgccgccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTG > SRR10918230.4724192/77‑151 (MQ=60)
tgtaggtgatcacgccgccttcggtgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGAC > SRR10918230.1289563/75‑151 (MQ=60)
ggtcggggctggagtcgagtcgggtgacgcttggagcggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGAC < SRR10918230.3742139/77‑1 (MQ=32)
gtaggtgatcacgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACG > SRR10918230.5017883/74‑151 (MQ=60)
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taggtgatcacgcctcctttcgagaaggacgcgccagacgtcatggatgtgcgtgacgggagttccgacgtgttgaccgccgatcGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGC < SRR10918230.2054723/66‑1 (MQ=60)
taggtgatcacgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGC > SRR10918230.3215792/73‑151 (MQ=60)
aggtgatcacgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCT > SRR10918230.2871428/72‑151 (MQ=60)
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agtggtccccccgccttctgtcacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTG < SRR10918230.3706212/81‑1 (MQ=60)
agtgatcacgccgccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggccggggtggtggcgtcgacggagtcgTTGATCGTGGTCTGAGTCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTG < SRR10918230.4583735/81‑1 (MQ=60)
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atcacgccgccttcggtgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGG > SRR10918230.3678315/67‑151 (MQ=60)
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tcacgccgccttcggtgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgtgtgtgtTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGtgcgaacttaccgcgcgtggctgatcggaacagcaggcataggga > SRR10918230.1577922/76‑106 (MQ=0)
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acgccgccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGGCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGACGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCG > SRR10918230.4538240/64‑151 (MQ=45)
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gccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCG > SRR10918230.5306849/59‑151 (MQ=60)
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ggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAGATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCGGTTGTTA > SRR10918230.2896006/53‑151 (MQ=60)
ggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGGCGAGCCGTTGTTA > SRR10918230.4061771/53‑151 (MQ=60)
ggcgtgtgatctgccggtcttcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAATTGCCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTA < SRR10918230.1074361/99‑1 (MQ=60)
cagacgtgtgcgcttccgatctgggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGT < SRR10918230.4671768/100‑1 (MQ=60)
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gcgtgtggccaggcggtcagtgtcgcggtggtggcgtcgcccgagtcgTTGATCGTGGTCTGGGCCGGCGTCGGGTGCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGA < SRR10918230.5227661/103‑1 (MQ=60)
agacgacggcatacgatcatgatgtccgtgactgtagttcccacgtgtgctctcccgatctagGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGA < SRR10918230.2718446/88‑1 (MQ=60)
acgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAGGTTGCCGACAGTGGCGTTCTCGATAGAGACGCTGACGGTCGAGCCGctgtcgtcgg > SRR10918230.3754679/49‑141 (MQ=34)
ctgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAACTTACCGCCAGTGGCGTTCCCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTcgttgtcgac > SRR10918230.5079033/48‑141 (MQ=60)
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cgacgggctcgccgtcagggtcgtggtggtggtgtcgacggagtcggTGATCGTGGTCTGTGCCGGCGTCGGGTGCGGAGTCGGGTGCTCGTACTTTCCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACG < SRR10918230.942827/104‑1 (MQ=48)
cgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACG > SRR10918230.3296068/47‑151 (MQ=60)
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TTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACCGTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGT > SRR10918230.2374696/1‑151 (MQ=60)
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ttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTC > SRR10918230.5284890/45‑151 (MQ=60)
tggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCA > SRR10918230.1720684/44‑151 (MQ=60)
ggggaggccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCAT < SRR10918230.1169112/109‑1 (MQ=60)
gggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGGTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCAT > SRR10918230.2910589/43‑151 (MQ=60)
gggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCAT < SRR10918230.3187984/109‑1 (MQ=60)
ggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggacatcaa > SRR10918230.1394239/43‑108 (MQ=59)
ggctcgccgtcagggtcgcggttgtggtgtcgaccgagtcgttgaaCGTGGTCTGAGCCTGCGTCGGGTTCGGGGTCATTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATT < SRR10918230.1562871/105‑1 (MQ=60)
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TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGG < SRR10918230.3326562/34‑1 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGG > SRR10918230.4368758/1‑33 (MQ=0)
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TGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGC > SRR10918230.2354107/1‑151 (MQ=60)
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GATCGGGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGGAATTACCGCCAGATGCGTTCTCGAGGGTGACGCTCATGGTCGATCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT < SRR10918230.4912882/151‑1 (MQ=60)
ATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGCCCGGGGTCTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTT > SRR10918230.4484804/1‑151 (MQ=60)
ATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTT > SRR10918230.2591997/1‑151 (MQ=60)
ATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTT > SRR10918230.2403823/1‑151 (MQ=60)
CGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTTCA > SRR10918230.4243984/1‑151 (MQ=60)
GTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTATCGCCAGTagcagacgcgatagtggcgctatgggccggaccggagttcaagcgtttattgttccgagcctggaagttgacgctgccctgggttttacccgcttcaa < SRR10918230.2518931/151‑99 (MQ=19)
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GGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACG < SRR10918230.4281420/151‑1 (MQ=60)
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TCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGAagatcgggcgggcacacttctggactctagtcacggacatcaatttcgtgttgcgtcggctgcttgacacataaaaggt > SRR10918230.347400/1‑72 (MQ=60)
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CTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTG < SRR10918230.2234353/151‑1 (MQ=60)
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gagGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGA < SRR10918230.1126257/148‑1 (MQ=60)
TGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCagatcggcagagcacacgtctgaactccagtcacggacgtcaagatcgtatgccggcttttgcttgtaaaaaaatcaacggtga > SRR10918230.2950575/1‑67 (MQ=60)
GAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCagatcggcagagca > SRR10918230.992651/1‑137 (MQ=60)
GAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGGTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGAT < SRR10918230.3798591/151‑1 (MQ=60)
GGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATG < SRR10918230.4198595/151‑1 (MQ=60)
GCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTagatcggaagcgcacacgtctg > SRR10918230.2431146/1‑129 (MQ=60)
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GGGTTACGGTCAACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGG > CP009974/1898865‑1899149
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
