Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
336 |
367.5 |
14491858 |
96.8% |
14028118 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1741 total aligned reads displayed.
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|
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agagggcataccagagacccggagggggctggggttcagaggtgggctcttccgatcTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAgttgacg < SRR10918235.4977866/94‑8 (MQ=60)
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gaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGG > SRR10918235.3896238/11‑151 (MQ=60)
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gagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGGTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTT > SRR10918235.1980523/7‑151 (MQ=60)
aagcagatgaccgtggtcgaggtcggcgtcggggtctggagcagaggcgcgagctctccggctGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTT < SRR10918235.1095069/88‑1 (MQ=60)
ggactggggttctggcctgtgcccgcctcaGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGCCCGGGGTCTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTT < SRR10918235.3767129/121‑1 (MQ=60)
aagtcggtatacgagttttccggaggtgtgtggtgttcggacgtgtgtccttccgatCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTT < SRR10918235.6962385/94‑1 (MQ=60)
gtcattgatgaccgtcgagGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTA > SRR10918235.5020156/20‑151 (MQ=60)
catacgggtcgaccgaaggggccgggtggtcagacgtgtgctctgccgaaatttgCCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGCCCGGGGTCTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTA < SRR10918235.4479622/96‑1 (MQ=60)
TCTTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTCTTAC > SRR10918235.5083569/1‑151 (MQ=60)
TCGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcaccttcg > SRR10918235.4684344/1‑112 (MQ=60)
TCGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCGCTGGGTTTTAC > SRR10918235.464108/1‑151 (MQ=60)
CGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAgttgacagatcggaggagcacacg > SRR10918235.3229305/1‑127 (MQ=60)
CGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACC < SRR10918235.154579/151‑1 (MQ=60)
tgatgaccgtcgagGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGC > SRR10918235.5310403/15‑151 (MQ=60)
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TCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCT < SRR10918235.5537316/151‑1 (MQ=60)
TCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCT > SRR10918235.4815283/1‑151 (MQ=60)
CTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCCACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTC < SRR10918235.5646630/151‑1 (MQ=60)
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GATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGG < SRR10918235.6405239/151‑1 (MQ=60)
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ATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTagatcggaagagcacacgtc > SRR10918235.5247557/1‑131 (MQ=60)
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TGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCAC > SRR10918235.1010708/1‑151 (MQ=60)
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GCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTG > SRR10918235.1341459/1‑151 (MQ=60)
GCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCCGGGTCACGGTG > SRR10918235.7169222/1‑151 (MQ=60)
CTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGagc > SRR10918235.3744770/1‑148 (MQ=60)
TGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTA > SRR10918235.4888683/1‑151 (MQ=60)
ACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGG < SRR10918235.1000485/151‑1 (MQ=60)
GGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTG < SRR10918235.6355061/151‑1 (MQ=60)
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GGTCGAACCGTTGTTGTCGACGTAATTGGCCGGGGTCTGGATGTCAACGCCGTCTTGGGTTTTGCCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTG < SRR10918235.734670/151‑1 (MQ=60)
TCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGGCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGGTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTAACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGAT > SRR10918235.1426684/1‑151 (MQ=60)
CGAGCCGTCGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGGCGACGCGGGCCCGGGTTTTTCCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATC < SRR10918235.6684064/151‑1 (MQ=60)
GAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcaccttcggctttgtcgtatgccgccctcggcttgaaaaagaaactagaagagtggaca > SRR10918235.561962/1‑61 (MQ=54)
GAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCA > SRR10918235.5449370/1‑151 (MQ=60)
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GTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGagcggacgttcacacgtctgaactccagtcacctagggttaccgtgtatgtcgtcttgcgc > SRR10918235.1249603/1‑90 (MQ=60)
TGTTGTAGACGTCATTGCCCGGGGTCTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCC < SRR10918235.2911685/151‑1 (MQ=60)
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GTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTagatcgggagagcacacgtctgaactccggtcagcttcggttagctcgtatgccgttttctgcttgacaa > SRR10918235.5421186/1‑81 (MQ=60)
TGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTC < SRR10918235.3442009/151‑1 (MQ=60)
TGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGGAGGTGATCACGCCGCCTTC > SRR10918235.4530510/1‑151 (MQ=60)
TATAGACGTCGTTGGCCGGGGTCTGGCAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTCCCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTC < SRR10918235.1950114/151‑1 (MQ=60)
GTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGGCGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCG < SRR10918235.4614803/151‑1 (MQ=60)
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GGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCG > CP009974/1898932‑1899232
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |