Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
368 |
332.2 |
13092066 |
97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1595 total aligned reads displayed.
GGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCG > CP009974/1898932‑1899232
|
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agaagacggcatacgagatgacattccgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgaTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGA < SRR10918232.6459284/93‑1 (MQ=60)
ACATTGCCAGTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACCGTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGA < SRR10918232.3738959/151‑1 (MQ=60)
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gacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGT > SRR10918232.5737/46‑151 (MQ=60)
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tcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGG > SRR10918232.271252/33‑151 (MQ=60)
CAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACCGTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGCGT < SRR10918232.384438/151‑1 (MQ=60)
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agggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGGACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCT > SRR10918232.209200/31‑151 (MQ=60)
agggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCT < SRR10918232.4247920/121‑1 (MQ=60)
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cggtggtggggtcggccgaggcgTTGATCGTGGTCGGAGCCGGCGTCGGGGTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATC < SRR10918232.6560946/128‑1 (MQ=60)
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CATCGATGGTGTCATTGATGGTGGTCGGGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGCCCGGGGTCTGGAATTCAACGCTGCC < SRR10918232.1996125/151‑1 (MQ=60)
CATCGATGCTGTCATTGATGATCGTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGCCCGGGGTCTGGAATTCAACGCTGCC < SRR10918232.434536/151‑1 (MQ=60)
gtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGGCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCGGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCC > SRR10918232.2373372/14‑151 (MQ=60)
cgaccgagtcgTTGATCGGGGTCTGAGCCGGCCTCGGGTTAGGGGTCAGTTGCTCGAAACTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTG < SRR10918232.5494313/140‑1 (MQ=60)
accgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGG > SRR10918232.5208585/10‑151 (MQ=60)
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ccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGT > SRR10918232.1574713/9‑151 (MQ=60)
cgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCagatcggaagagcacacgtctgaactccag > SRR10918232.4131292/8‑121 (MQ=60)
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agtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTT < SRR10918232.2667713/146‑1 (MQ=60)
TCGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCgaggggtagag > SRR10918232.1373307/1‑140 (MQ=60)
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GTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCC < SRR10918232.3980186/151‑1 (MQ=60)
TGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGC < SRR10918232.5872658/151‑1 (MQ=60)
TGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGC < SRR10918232.3909034/151‑1 (MQ=60)
TGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAtcggacgatcaccgggctgaactactctccccgaacctcagctcgaccgcc > SRR10918232.1879408/1‑100 (MQ=60)
gagctgagattgcgtgactggcgttcaggcgtgtgctcttccgatcTTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT < SRR10918232.5865536/105‑1 (MQ=60)
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ATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTT > SRR10918232.2306483/1‑151 (MQ=60)
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TCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCT < SRR10918232.5939530/151‑1 (MQ=60)
GATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGTAATGGACGCTGCCCTCGGATTTACCCGCTTCAACGGTGATGATCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGGTGCTCAGG > SRR10918232.484085/1‑151 (MQ=60)
GATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGG > SRR10918232.1467551/1‑151 (MQ=60)
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ATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGCCCGGGGTCTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGG > SRR10918232.2882176/1‑151 (MQ=60)
ATAGTGACGCTGACGGGCGAGCCGTTGTTGTAGGCGTGATTGGCCGGGGTCTGGAAGTGGACGCTGCCCTGGGTTTTTCCCGCTTCTGCGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGG < SRR10918232.3406633/151‑1 (MQ=60)
TGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGT > SRR10918232.4155206/1‑151 (MQ=60)
GGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTC > SRR10918232.965858/1‑151 (MQ=60)
GTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCA < SRR10918232.3313153/151‑1 (MQ=60)
TGACGCTGACGGTCGAGTCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCTGGGGTCTGGAAGGTGACGGTGCCCTGGGTTTTACCCGTTTCAAGGGTGATGGTCAGGCGGTTGCACAGGCTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCAC < SRR10918232.2599597/151‑1 (MQ=60)
GACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACG > SRR10918232.1801765/1‑151 (MQ=60)
GACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACG < SRR10918232.5224101/151‑1 (MQ=60)
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CTGAGGCTCGAGCCGTTGTGGTAGCCGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGT < SRR10918232.4185396/151‑1 (MQ=60)
CTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGT > SRR10918232.5280756/1‑151 (MQ=60)
CTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTagatcgggagagcacacgtctgaactcccgtctcggaatgtcagctcgtgtgccggctgt > SRR10918232.5588738/1‑91 (MQ=60)
TGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTA > SRR10918232.1713241/1‑151 (MQ=60)
ACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAG < SRR10918232.4504201/151‑1 (MQ=60)
ACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTCCCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAG < SRR10918232.3374636/151‑1 (MQ=60)
ACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACagcgaaagagtagacgtctgaccggcagacacgtaccggcgtctcagcaggggtgctcagggtgacgaagtagg > SRR10918232.841887/1‑77 (MQ=60)
CGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCagatcggaagagcacacgt > SRR10918232.5075522/1‑132 (MQ=60)
CGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGT < SRR10918232.5782656/151‑1 (MQ=60)
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GAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCA < SRR10918232.3806263/151‑1 (MQ=60)
GAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCA > SRR10918232.107374/1‑151 (MQ=60)
GAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACTCGCTACAACGGTGATGGTCTGGCCGCTGGGCAGGGGCACGGTTACCGGCGCATGAGAAGGGTTGCTCAGGGcctcggggtcggtgatca > SRR10918232.1916124/1‑133 (MQ=60)
AGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGGCGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCAC < SRR10918232.6487113/151‑1 (MQ=60)
GCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACG < SRR10918232.5721524/151‑1 (MQ=60)
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CCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGC > SRR10918232.2118501/1‑151 (MQ=60)
CGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCC > SRR10918232.3151007/1‑151 (MQ=60)
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GTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCG > SRR10918232.2029516/1‑151 (MQ=60)
GTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGATACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCT > SRR10918232.3858215/1‑151 (MQ=60)
TGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTC < SRR10918232.6157349/151‑1 (MQ=60)
TATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTC < SRR10918232.472185/151‑1 (MQ=60)
ATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCG < SRR10918232.701344/151‑1 (MQ=60)
|
GGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCG > CP009974/1898932‑1899232
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
