Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
336 |
367.5 |
14491858 |
96.8% |
14028118 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1203 total aligned reads displayed.
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|
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tgatcacgccgccgtcggtgactgtcgggctggccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGAC < SRR10918235.5755806/83‑1 (MQ=60)
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GTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACCGTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGT < SRR10918235.4497913/151‑1 (MQ=38)
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acgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCG < SRR10918235.6529/88‑1 (MQ=60)
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agccgcaggtggctggagttcgggcgtgggctcgggcgatgttggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGA < SRR10918235.4033310/89‑1 (MQ=60)
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TCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACCGTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGAAGGTGCCGCTGACGTTCGCGCCGT > SRR10918235.6825799/1‑151 (MQ=16)
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cggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAGATTACCGGCAGGGGCGCTCTCGAcattggggctgaccgtcgggccgctgtt > SRR10918235.6045462/54‑123 (MQ=6)
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ggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTacttcgggagggcgcacgcgtgcgctccagtctcc > SRR10918235.6915567/53‑116 (MQ=53)
taaccgaaggtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTAT < SRR10918235.2195048/100‑1 (MQ=60)
tgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATA > SRR10918235.192230/51‑151 (MQ=60)
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TCGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcaccttcg > SRR10918235.4684344/1‑112 (MQ=60)
TCGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTAC > SRR10918235.892279/1‑151 (MQ=60)
CGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTGCGGGCTCAGTTGCCCGAGGTGACCGGCGGCCGCGCTCTCGATGTTCAGGCTTACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACC < SRR10918235.1824315/151‑1 (MQ=59)
GTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCC < SRR10918235.4875266/151‑1 (MQ=60)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAG > SRR10918235.6750257/1‑48 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGGCGCACCGCTGTTGTAGACGTCCTTGCCGGGGGCCTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCG > SRR10918235.2815256/1‑151 (MQ=60)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGG < SRR10918235.1505683/61‑1 (MQ=45)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTG > SRR10918235.1424681/1‑60 (MQ=42)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTG < SRR10918235.5916887/60‑1 (MQ=42)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCG > SRR10918235.2106312/1‑60 (MQ=35)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAG < SRR10918235.1063940/58‑1 (MQ=36)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGC < SRR10918235.1562008/55‑1 (MQ=27)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACC < SRR10918235.5837556/53‑1 (MQ=18)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTA > SRR10918235.366740/1‑51 (MQ=11)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTA < SRR10918235.6494087/51‑1 (MQ=11)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAAT < SRR10918235.4387146/49‑1 (MQ=9)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAA > SRR10918235.6709437/1‑48 (MQ=3)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAA < SRR10918235.1000429/47‑1 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGA > SRR10918235.2290033/1‑46 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTC > SRR10918235.509130/1‑44 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGC < SRR10918235.2647708/42‑1 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTT > SRR10918235.534638/1‑40 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTT > SRR10918235.5555802/1‑40 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACG > SRR10918235.6583537/1‑78 (MQ=35)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGA < SRR10918235.3836314/70‑1 (MQ=14)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCG < SRR10918235.5447424/63‑1 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGC < SRR10918235.6070967/42‑1 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAG > SRR10918235.6474922/1‑38 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAG > SRR10918235.2846022/1‑38 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGT > SRR10918235.4747684/1‑35 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGGCAGTT > SRR10918235.4433183/1‑40 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGG > SRR10918235.6001835/1‑34 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGG < SRR10918235.3688043/33‑1 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCG > SRR10918235.4941689/1‑31 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCCGGGTCAG > SRR10918235.5971818/1‑38 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGGTCGGGGTCAGTTGC > SRR10918235.3767029/1‑42 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGCTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTA > SRR10918235.362408/1‑51 (MQ=10)
GATCGTGGTCTGAGCCGGGGTCGGGTTCGGGGTCAGGTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT < SRR10918235.6728133/151‑1 (MQ=60)
ATCGTGGTCTGAGCTGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAgttgacgctgcccatcggaatagccccct > SRR10918235.4816868/1‑122 (MQ=60)
ATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTT > SRR10918235.2331705/1‑151 (MQ=60)
CGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCCGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCA < SRR10918235.5741858/151‑1 (MQ=60)
CGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTAgatcggaag > SRR10918235.3170398/1‑142 (MQ=60)
CGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTTCA > SRR10918235.354197/1‑151 (MQ=60)
CGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCA < SRR10918235.2511598/151‑1 (MQ=60)
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TACGGTCAACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCA > CP009974/1898869‑1899139
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
