Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
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368 |
332.2 |
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97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1112 total aligned reads displayed.
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|
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GGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACCGTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCC > SRR10918232.2439327/1‑151 (MQ=47)
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GACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACCGTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACG < SRR10918232.3430600/151‑1 (MQ=60)
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GTCGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTA < SRR10918232.1163640/151‑1 (MQ=60)
TCGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTAC > SRR10918232.3014352/1‑151 (MQ=60)
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TTATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGC < SRR10918232.4005409/151‑1 (MQ=60)
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TGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGC > SRR10918232.6484162/1‑151 (MQ=60)
GATCGTGGTCTGGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCT < SRR10918232.4287509/151‑1 (MQ=60)
GATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGCCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT > SRR10918232.4996984/1‑151 (MQ=60)
GATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT < SRR10918232.3171841/151‑1 (MQ=60)
TCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGACGGTGGCGTTCTCGTTAGTGACGCTGTCGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTC < SRR10918232.3105596/151‑1 (MQ=60)
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GATCGTCACGGTGTCGCCGTTCGACAGGGTTACGGTCAACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCA > CP009974/1898839‑1899139
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
