Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
336 |
367.5 |
14491858 |
96.8% |
14028118 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1238 total aligned reads displayed.
GGGTTACGGTCAACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACG > CP009974/1898865‑1899142
|
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tgcgaaggtgtgtggagttcagccgtgtgcgcttccgatctgccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTAC < SRR10918235.3748882/52‑1 (MQ=14)
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tgagcagggttgctcagggtcacggtgtaggtgatcacgccgccttcggtgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTAC > SRR10918235.5218296/100‑151 (MQ=14)
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ctcagggtcacggtgtaggtgatcacgccgccttcggtgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCCGCGGCGT > SRR10918235.5775939/88‑151 (MQ=25)
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ttagggtcacggtgtaggtgatcacgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTT < SRR10918235.4634685/65‑1 (MQ=38)
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tgagacgggtgctcttccgatctcgccttcggttacgggtggcgaggccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCG < SRR10918235.5543186/69‑1 (MQ=60)
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acggtgtaggtgatcacgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGG > SRR10918235.1490974/79‑151 (MQ=58)
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aggtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctggccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACG < SRR10918235.287821/78‑1 (MQ=60)
taggtgatcacgccgccttcggtgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGC > SRR10918235.821091/73‑151 (MQ=60)
aggtgatcacgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCT < SRR10918235.2336852/80‑1 (MQ=60)
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CTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACCGTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTT > SRR10918235.6639372/1‑151 (MQ=52)
TTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACCGTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTG < SRR10918235.2602592/151‑1 (MQ=54)
cggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAGATTACCGGCAGGGGCGCTCTCGAcattggggctgaccgtcgggccgctgtt > SRR10918235.6045462/54‑123 (MQ=6)
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ggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGgatgggacgaggacacgcgtgccctccagt > SRR10918235.6589661/53‑121 (MQ=60)
ggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTG > SRR10918235.4780810/53‑151 (MQ=60)
ggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTA > SRR10918235.4870213/53‑151 (MQ=60)
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TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCA > SRR10918235.1538655/1‑57 (MQ=33)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATT > SRR10918235.5906284/1‑50 (MQ=8)
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TGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGC < SRR10918235.2704478/151‑1 (MQ=60)
TGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCgatcggatgtgcaccagcctggactccagtcacatccgg > SRR10918235.3013380/1‑112 (MQ=60)
ggtgggGGTCTGAGCTGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT < SRR10918235.5928148/145‑1 (MQ=60)
GATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGGACTTCCTGCCAGCGGCGCTCACGTTGGTGGCGCTCACGGGCGAGCCGTTGCTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT < SRR10918235.7153531/151‑1 (MQ=60)
GATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTAGCGTTCTCGATGGTGGCCCTGTCGGGCGAACCGGTGTGGTGGACGTTACTGGCCGGGGTCTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT > SRR10918235.6475287/1‑151 (MQ=60)
GATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT < SRR10918235.1863508/151‑1 (MQ=60)
ATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTT > SRR10918235.2592768/1‑151 (MQ=60)
ATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTATACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTT > SRR10918235.353220/1‑151 (MQ=60)
ATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTT < SRR10918235.5768612/151‑1 (MQ=60)
TCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTTC < SRR10918235.2144935/151‑1 (MQ=60)
TCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGggagagcacacgtctgaacgttagtgaccttgggatatgccgtgtgctggcttctgcctgtgaaatgggttttacccgcttc > SRR10918235.3773253/1‑69 (MQ=60)
TCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGGTGCTCGAAAT > SRR10918235.1730356/1‑45 (MQ=8)
CGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCA > SRR10918235.2839759/1‑151 (MQ=60)
GTGGTGTGTGCCGGCGCGGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAA < SRR10918235.7105188/151‑1 (MQ=60)
GTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTT < SRR10918235.1181387/34‑1 (MQ=0)
TGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAAC < SRR10918235.4089010/151‑1 (MQ=60)
GGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGACGGGAAGTTGACGCTGCTCTGGGTTTTACCCGCTTCAACG > SRR10918235.2380011/1‑151 (MQ=60)
GGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACG > SRR10918235.4957212/1‑151 (MQ=60)
GGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAATTACCGCCCGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACG < SRR10918235.1515258/151‑1 (MQ=60)
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GGGTTACGGTCAACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACG > CP009974/1898865‑1899142
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
