Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
343 |
268.7 |
10873516 |
97.0% |
10547310 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1192 total aligned reads displayed.
CAACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACG > CP009974/1898875‑1899142
|
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gtcacggtgtaggtgatcacgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGA > SRR10918230.4056936/82‑151 (MQ=51)
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ttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATagtagatcggaagagcacacgtctgaactc > SRR10918230.1320464/51‑121 (MQ=60)
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gagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTT < SRR10918230.3076547/145‑1 (MQ=60)
agtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTTCCGCCAGGGGCGTTCCATACGGTGACGCTGACGGTCGAGGCGTTGCTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTT < SRR10918230.4422044/146‑1 (MQ=60)
agtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTT < SRR10918230.3969262/146‑1 (MQ=60)
cttccgatctGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTG < SRR10918230.145568/141‑1 (MQ=60)
GTCGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTG > SRR10918230.1083656/1‑151 (MQ=60)
CGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGCCCGGGGTCTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACC > SRR10918230.4686478/1‑151 (MQ=60)
GTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCC < SRR10918230.2528817/151‑1 (MQ=60)
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TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTgccgg < SRR10918230.3515566/151‑6 (MQ=60)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCG > SRR10918230.3035634/1‑151 (MQ=60)
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TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCC > SRR10918230.4299300/1‑151 (MQ=60)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCG < SRR10918230.3654539/151‑1 (MQ=60)
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TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAAT > SRR10918230.5295932/1‑49 (MQ=9)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAAT > SRR10918230.3537135/1‑49 (MQ=9)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAA > SRR10918230.2328135/1‑48 (MQ=3)
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TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGT > SRR10918230.1735416/1‑39 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTACCGCCAGTGG < SRR10918230.153464/61‑1 (MQ=25)
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TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTC > SRR10918230.2131137/1‑30 (MQ=0)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGGCGGGTTCGGGGTC > SRR10918230.3360987/1‑36 (MQ=0)
GATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT > SRR10918230.1490732/1‑151 (MQ=60)
GATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATagatcggaagcgcacacgtctggcctccagtcacggacctcgat > SRR10918230.2823748/1‑107 (MQ=60)
GTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAA < SRR10918230.3710817/151‑1 (MQ=60)
TGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAAC < SRR10918230.4648548/151‑1 (MQ=60)
TGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAAC < SRR10918230.3429404/151‑1 (MQ=60)
GGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAAC < SRR10918230.1704677/151‑1 (MQ=60)
GGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACG > SRR10918230.691107/1‑151 (MQ=60)
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CAACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACG > CP009974/1898875‑1899142
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
