Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
368 |
332.2 |
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97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1151 total aligned reads displayed.
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|
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aagtgatcacgccgccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCT < SRR10918232.2238694/80‑1 (MQ=60)
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gatcacgccgccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACG < SRR10918232.5592690/84‑1 (MQ=60)
gacctcgccggcctgggggaccgacgggcgcgccgccagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACG < SRR10918232.6389057/84‑1 (MQ=60)
atcacgccgccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGG > SRR10918232.5307910/67‑151 (MQ=60)
atcacgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGG > SRR10918232.1117738/67‑151 (MQ=60)
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tcacgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGT < SRR10918232.5650607/86‑1 (MQ=60)
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acgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCG < SRR10918232.384474/88‑1 (MQ=60)
TGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACC‑‑‑GTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCG < SRR10918232.6033955/151‑1 (MQ=41)
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cgccgccttcggtgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGA < SRR10918232.2326608/89‑1 (MQ=60)
gccgccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAG < SRR10918232.5212191/90‑1 (MQ=60)
cgccttctgtgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCC > SRR10918232.3427892/60‑151 (MQ=60)
GGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACC‑‑‑GTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCC < SRR10918232.2394987/151‑1 (MQ=47)
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ccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGT < SRR10918232.6118774/94‑1 (MQ=60)
attccgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTG < SRR10918232.2638499/96‑1 (MQ=60)
cggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAagagcggga > SRR10918232.2195976/54‑142 (MQ=58)
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TTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACaga > SRR10918232.5674185/1‑148 (MQ=60)
TTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCG < SRR10918232.3329948/69‑1 (MQ=60)
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TTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGATCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATagtgaagatcggaagagcaccgtctgaactccagtcacggaatgtcatctcgtatgccgtcttcttcttgaaaaaaataa > SRR10918232.679353/1‑71 (MQ=60)
TGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGC > SRR10918232.2857776/1‑151 (MQ=60)
ATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTagcgggtgaggctgcgtgtggactcgagtcaggggatgtcatctcgtatggtgtggtatgcttggaagacatgggttttacccgctt > SRR10918232.1045373/1‑64 (MQ=60)
ATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTT < SRR10918232.4806086/151‑1 (MQ=60)
ATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTT < SRR10918232.5355914/151‑1 (MQ=60)
ATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTT > SRR10918232.3062512/1‑151 (MQ=60)
TCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCagatcggaagagcacacgtctgcactccagttacggaatgtcagctcgtatgcggtcgtctgcttgaaacaagaaattaaccgcttc > SRR10918232.4027038/1‑64 (MQ=60)
TCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTC > SRR10918232.3673593/1‑151 (MQ=60)
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TCGTG‑‑‑GGCTGTGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGCCCGGGGTCTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTC < SRR10918232.4688186/151‑1 (MQ=60)
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CGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGCCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCA < SRR10918232.4949869/151‑1 (MQ=60)
GTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAA < SRR10918232.3580517/151‑1 (MQ=60)
TG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAAC < SRR10918232.2570474/151‑1 (MQ=60)
TG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggaatgtcaggtggtttgccgtcttcggcgtgaaaaaaaataccctccttagg > SRR10918232.5114289/1‑64 (MQ=56)
G‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACagaccagaagagcacacatccgaactccagtcacggaatgaaatcacgtatgccctggtttgttccaacataaaaa > SRR10918232.3354819/1‑75 (MQ=60)
|
ACGGTCAACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTG‑‑‑GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACG > CP009974/1898870‑1899142
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
