Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
336 |
367.5 |
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96.8% |
14028118 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 418 total aligned reads displayed.
CGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCT > CP009974/3847431‑3847732
|
GGGATCATTCGGTTGCTGGGGGGAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTGGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCC < SRR10918235.3161897/151‑1 (MQ=60)
CGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCC < SRR10918235.2894451/151‑1 (MQ=60)
GGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCG > SRR10918235.5641243/1‑151 (MQ=60)
GGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCG > SRR10918235.5456915/1‑151 (MQ=60)
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acggcgggaatccaggatggacgaaggttccgggatttccgaaggttgctcgtccgatctagctggcCCTGTAGGAGCGGGTTTCCCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTA < SRR10918235.1270091/84‑1 (MQ=30)
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GGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTAC > SRR10918235.6718417/1‑151 (MQ=60)
GTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATT < SRR10918235.5281141/151‑1 (MQ=60)
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GCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGC > SRR10918235.4276050/1‑151 (MQ=60)
TGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGG < SRR10918235.5664932/151‑1 (MQ=60)
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GGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT < SRR10918235.1179704/151‑1 (MQ=60)
GGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGT < SRR10918235.2280462/151‑1 (MQ=60)
GGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTA < SRR10918235.6046739/151‑1 (MQ=60)
GTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAA < SRR10918235.4713508/151‑1 (MQ=60)
GTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAA < SRR10918235.1425490/151‑1 (MQ=60)
TAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTACAC > SRR10918235.657933/1‑151 (MQ=60)
TAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAC > SRR10918235.313011/1‑151 (MQ=60)
gatactacgccggatcgggggtggacacggggcggtgagcgggcgcaggcggtggcGTAGGTGCGGGTGTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACC < SRR10918235.3378500/95‑1 (MQ=4)
AGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACC < SRR10918235.6507913/151‑1 (MQ=60)
AGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCG > SRR10918235.4332298/1‑151 (MQ=60)
tactaccgaagttggctgtagtcacgcattggtcgttggccaccgcccCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTCCACCCGCCATGCACTGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTC < SRR10918235.201346/103‑1 (MQ=0)
tacgccggatcggggttggtctctggagggggagtgggcatacgccgtcgtcgagggtgacgggagtccggGAAAGGGCCGGCCCGGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTC < SRR10918235.1888102/80‑1 (MQ=8)
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acccgctcgtccaccgattggtggtggacactcatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC < SRR10918235.906549/94‑1 (MQ=26)
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tcctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGA > SRR10918235.4482677/52‑151 (MQ=4)
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ctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagatt > SRR10918235.6483789/50‑143 (MQ=10)
tacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattg < SRR10918235.3455885/103‑10 (MQ=13)
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acacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattgg > SRR10918235.5415710/48‑141 (MQ=15)
tggacacaggtcggtggttggtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATtggtg < SRR10918235.4978706/117‑6 (MQ=0)
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ttggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtggtgga > SRR10918235.3652186/41‑134 (MQ=0)
acaggtcggtgattgggcgcaggccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGA > SRR10918235.6558565/30‑151 (MQ=10)
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gtcggtgattgggcgcaggccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACA > SRR10918235.5380870/26‑151 (MQ=0)
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tagatgggcctccgcggccgcccgTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGTTAAAGGCCCGGCCCTGCTGGCCAAGTACCACCCGCCGTGCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGAGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAG < SRR10918235.1625914/127‑1 (MQ=31)
TGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccgaatggtggatggcccagg > SRR10918235.6908846/1‑129 (MQ=32)
TGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacagattggtggtggacacagg < SRR10918235.6734569/151‑23 (MQ=3)
GAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTACTGGCCAATTCCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcaccttcggttacctcgt > SRR10918235.6803034/1‑102 (MQ=60)
ggtggttggtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTCCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCGGCGACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATtggtggtggacccccaa > SRR10918235.6024112/23‑134 (MQ=0)
ctggagttcagacgtgtgctctacggatgtGTTTACACGCGAAGGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGG < SRR10918235.2010390/121‑1 (MQ=32)
ggtgtccacaagccgacgtgtaggggcgcttttgcccgcgaagcGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGT < SRR10918235.3108102/107‑1 (MQ=8)
attgggcgcaggccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGG > SRR10918235.754192/19‑151 (MQ=38)
GCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacagattggtggtggagccagggcggtgg > SRR10918235.2423601/1‑122 (MQ=0)
ggacgcaggccgcagTGTAGGAGCGGGTTTCCCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAATACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC < SRR10918235.7009913/136‑1 (MQ=60)
ggcgctgcaagccgtggacgacctacgtgacacgcgaaggggccgggagtgcaggcgagtgctctCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCG < SRR10918235.515117/86‑1 (MQ=34)
gggcaggtctttgtagaagagcaagacgaccggcgaaagggccggcgctggctgcccattcgcgcgcgccgctccccgtcGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGG < SRR10918235.1462077/71‑1 (MQ=39)
gcgcaggccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGG > SRR10918235.321886/14‑151 (MQ=55)
gcaggccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑C > SRR10918235.6887908/12‑151 (MQ=56)
atagaggccgtcGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑G > SRR10918235.3894610/13‑151 (MQ=1)
atagaggccgtcGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑G > SRR10918235.3270446/13‑151 (MQ=1)
aggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAAAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCCGATCGAGGATGGACACAGGGCGGTGGCGGGcgg > SRR10918235.1010040/10‑148 (MQ=9)
aggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCCCCTCCGCCGGActggcggcggacacagagcgccgattgggcg > SRR10918235.2980968/10‑120 (MQ=0)
ggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTCCCACCCGCCGTTCACCGTTGACGCTGCTACCGTCTTCGCCGGTCAACCCGCTCCTACtccggcttgcggcgcgacccagttcagtgctcgggctc > SRR10918235.3977441/9‑113 (MQ=1)
gaggccgtcGTAGGAGCGGGTTCGGCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCAC < SRR10918235.6095138/142‑1 (MQ=14)
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GCCAATCTCCACCCGTCGTTTAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgct < SRR10918235.55041/151‑10 (MQ=60)
GCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgct > SRR10918235.4588868/1‑142 (MQ=60)
GCCAATCTACACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgct < SRR10918235.66069/151‑10 (MQ=60)
GCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTTGGTGTCGGGAG‑‑CAGGACGTCGTGTAGGAGCGGTGTGACCCGCGAATGGGCCATCAAAACCC > SRR10918235.2847292/1‑151 (MQ=15)
CAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGT < SRR10918235.2787579/151‑1 (MQ=60)
AATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggc < SRR10918235.2952290/151‑13 (MQ=55)
AATTACCACCCTCCGTTCACCGTTGCCGGTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑AG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTG < SRR10918235.1942398/151‑1 (MQ=60)
AATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCATACGCtggatagctgctgatcggaagtgctgacctcggcactcgagtcagtttcggtgatagtgtacccgctcttctgctcgcccacaaaga > SRR10918235.4465275/1‑64 (MQ=0)
ATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggcc < SRR10918235.1151855/151‑14 (MQ=60)
TTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCGCAGGCCGGCGTGTAGGAGCGGGTTTACgcgcgctgaggccggcccttctggcct > SRR10918235.5089100/1‑124 (MQ=39)
TTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggcca > SRR10918235.4672257/1‑137 (MQ=60)
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TCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggcca < SRR10918235.4885983/151‑15 (MQ=60)
TTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCggccctgctggccaa > SRR10918235.4307710/1‑136 (MQ=19)
CTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaa > SRR10918235.1859029/1‑136 (MQ=60)
CTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaa > SRR10918235.1205456/1‑136 (MQ=60)
TTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaat > SRR10918235.2860909/1‑135 (MQ=60)
cctcccgccggtcctCGTTGCCGCTGTTACCCTACTGGCGGGTAACCCCGCGCCTACGTCTGATGGAGGATGGACACAGGTTGGTGGC‑GG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGGGCGGGTTTAACCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAA < SRR10918235.3725706/136‑1 (MQ=40)
CACCCGCCGTTTACCGTTGTCGTTCCTGCCGTATTCGGGAGTAAACTCGCTCCTACGACTCATCGAGGATGAACACAGGTCGGTGGC‑GG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAA < SRR10918235.3394459/151‑1 (MQ=47)
CACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAA < SRR10918235.4849544/151‑1 (MQ=60)
ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCCcggaagggcacacacctaaaccgcagtctcgtcccggtccgtcgtgtgggagcgggtgtttccgcgaaaaggccggccctgctggccaatctc > SRR10918235.1737576/1‑58 (MQ=0)
CCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACAAGGGACGGTGGCGGG‑GCACAGGCCGTCGCGGAGGGGCGGGTTTAGCCGCGAAGAGGCCggcgcaaccggggcacaactg > SRR10918235.4583487/1‑130 (MQ=51)
CCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGatgggcggagaacaggccggccctcagggccactccgac > SRR10918235.6549655/1‑112 (MQ=53)
CCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACA < SRR10918235.4610840/151‑1 (MQ=60)
CCGTTCACTGTCGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAACCACGCTCCTACGCCGAATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccaccc < SRR10918235.2827631/151‑25 (MQ=39)
CGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccg < SRR10918235.4156207/151‑26 (MQ=60)
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GTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑Ggcagggcggcggggaaggggggggtttcccggggagcaggtcggcagagcagaggactgaacaccaga > SRR10918235.7249667/1‑83 (MQ=38)
CAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTGTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgccgt > SRR10918235.5485697/1‑122 (MQ=60)
acttTTGCCGCCGCTGCCGTCTTCGCGGTTAACCCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgtt < SRR10918235.2353050/147‑31 (MQ=19)
CTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGCTTACCCGCGAAGAGGCCggccctcctggccaattaccacccgccgttc > SRR10918235.6237031/1‑120 (MQ=29)
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GTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGTCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAA > SRR10918235.1407417/1‑151 (MQ=60)
GTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAA > SRR10918235.215963/1‑151 (MQ=60)
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TTGCCGCCACCACCGTAGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgccgttcacc < SRR10918235.3981057/151‑35 (MQ=60)
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GCTGCTAGCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCC < SRR10918235.4607505/151‑1 (MQ=60)
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CGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGG‑GCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCT > CP009974/3847431‑3847732
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
