Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
|
404 |
265.1 |
10478538 |
96.8% |
10143224 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 279 total aligned reads displayed.
CGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCT > CP009974/3847431‑3847732
|
CGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCTTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCC < SRR10918231.890633/151‑1 (MQ=60)
GGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCG > SRR10918231.937141/1‑151 (MQ=60)
GGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCG < SRR10918231.5189743/151‑1 (MQ=60)
GATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGC > SRR10918231.1191355/1‑151 (MQ=60)
GATCACGCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGC < SRR10918231.4783443/151‑1 (MQ=60)
TCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTA < SRR10918231.940609/151‑1 (MQ=60)
TCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTA > SRR10918231.3652285/1‑151 (MQ=60)
CACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTAC < SRR10918231.3803893/151‑1 (MQ=60)
GGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTAT < SRR10918231.2966375/151‑1 (MQ=60)
GTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATT > SRR10918231.1800037/1‑151 (MQ=60)
GTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATT < SRR10918231.1700661/151‑1 (MQ=60)
TTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTC > SRR10918231.4304343/1‑151 (MQ=60)
TGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTCGCGTATTCG > SRR10918231.1496009/1‑151 (MQ=60)
GCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGC < SRR10918231.2362458/151‑1 (MQ=60)
GCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGC > SRR10918231.3685100/1‑151 (MQ=60)
CTGGGGGTAGAGGCCCAAGCCTCGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGCCCTCTCGTACTGCACCTGTAGGAGCGTGTTTCCCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCG < SRR10918231.541810/151‑1 (MQ=60)
GGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTA > SRR10918231.3123612/1‑151 (MQ=60)
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TAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAC > SRR10918231.176315/1‑151 (MQ=60)
TAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAC > SRR10918231.176687/1‑151 (MQ=60)
GCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCT < SRR10918231.3963934/151‑1 (MQ=60)
TCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCC < SRR10918231.625199/151‑1 (MQ=60)
CAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGACAGGGCCGGCCCCGCTGGCCA‑‑CTCCTGACCCGCCGTTCACCGGTGCCGCCGCTGCAGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCT > SRR10918231.1533446/1‑151 (MQ=60)
ttccgatctgctcGCGTCGCCTAAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA < SRR10918231.193003/138‑1 (MQ=36)
GCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACC > SRR10918231.4650294/1‑151 (MQ=60)
CCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC > SRR10918231.4482983/1‑151 (MQ=60)
CCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC < SRR10918231.3570238/151‑1 (MQ=60)
CCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC > SRR10918231.521087/1‑151 (MQ=60)
CCTAGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAC < SRR10918231.861525/151‑1 (MQ=60)
gctcctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacca < SRR10918231.1393588/98‑5 (MQ=0)
gctcctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGAATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccc > SRR10918231.1587571/54‑147 (MQ=0)
tcggcagtggccacaggtcggtggttggcccctcgccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTG < SRR10918231.3240988/110‑1 (MQ=11)
TGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCCTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGTGGGCACACCCGCTCCTgcccaga > SRR10918231.4779821/1‑144 (MQ=59)
tcctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGA > SRR10918231.2036594/52‑151 (MQ=4)
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GGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccgat > SRR10918231.1236102/1‑145 (MQ=60)
cgtacacagagtggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccggcgtgTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGAT < SRR10918231.2856662/98‑1 (MQ=12)
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GAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCCCGGTT > SRR10918231.3283510/1‑151 (MQ=60)
tcggagaggacacaggtcggtgattgggcgcaggccgttttgtatttcaagcataagacgcgaagaggccgctcctcctggccaattaccacccgcgggtcccctccccctCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGA < SRR10918231.2405686/40‑1 (MQ=0)
gggtggacacaggtcggttgttggtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTG < SRR10918231.3821090/114‑1 (MQ=0)
GGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCCCCGGTAAACCCGgtccttcacagatgaa > SRR10918231.2790450/1‑135 (MQ=56)
acacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattgg < SRR10918231.2428879/104‑11 (MQ=15)
acacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattgg > SRR10918231.2192876/48‑141 (MQ=15)
acagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtg > SRR10918231.2672897/46‑139 (MQ=24)
cagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtgg > SRR10918231.101310/45‑138 (MQ=26)
agattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCGTGCTGGCCAATTTCG‑‑ACCCGTCGTGCACCGTTGCCGCTGCTTCCGTATTGGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccagattggtggg > SRR10918231.305651/44‑137 (MQ=7)
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GTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGAAAACCCGCTCCTACaccgcttgctggcgga > SRR10918231.4870746/1‑135 (MQ=43)
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CTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacagattggtggtggacacag < SRR10918231.3710415/151‑22 (MQ=7)
tcggtgattgggcgcaggccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAG > SRR10918231.5183261/25‑151 (MQ=0)
tcggtgattgggcgcaggccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAG > SRR10918231.5183281/25‑151 (MQ=0)
TGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacagattggtggtggacacagg < SRR10918231.3400881/151‑23 (MQ=3)
ggtgattggtcgtagtccggcgTGTAGGGGCGGGCTTCCCCGCGAACGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTGCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGT < SRR10918231.2492555/129‑1 (MQ=25)
ggtgattgggcgcaggccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGT > SRR10918231.1119131/23‑151 (MQ=32)
cttccagttggatagtggcgattctagcagcttcttcgcccgcaaaatGGCCGGCCCTGCTGGCCAAGCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGT < SRR10918231.2351717/103‑1 (MQ=15)
AACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacagactggtggtggacacaggtc < SRR10918231.2239301/151‑25 (MQ=5)
gggtcgcggatagtgcgCCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGGCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCAGCGTTGCCGCTGGTACCGTGTTCGCGGGTAGAGCCGGTACTGCGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGG < SRR10918231.4164988/134‑1 (MQ=19)
GGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTCTTCGCGGGTgaccccggtcctacacaggtaggtggtggactcagggcggtg > SRR10918231.3827357/1‑109 (MQ=11)
gggcgcaggccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC < SRR10918231.2940972/136‑1 (MQ=25)
gtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGtgtgaagaccctcctactccggattggtcgctggcgcagatctgtgatt > SRR10918231.835611/15‑102 (MQ=5)
TCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGatt < SRR10918231.4683525/151‑4 (MQ=0)
CTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCTCGGGTAATCCCGCTCCTACtcaggatggtgggtgacgtcgtgtggtgatggg > SRR10918231.2528257/1‑118 (MQ=9)
TGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTCAACCCGCTCCTACacacaatggtggcggacacgggttggggatcggg > SRR10918231.3459193/1‑117 (MQ=0)
gcaggccgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGC < SRR10918231.2089966/140‑1 (MQ=40)
atagcggccgtcGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCACTCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGG < SRR10918231.4391965/139‑1 (MQ=9)
caggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGcg < SRR10918231.928949/141‑3 (MQ=31)
agaggccgtcGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCA < SRR10918231.4993473/141‑1 (MQ=8)
gcggtcgtggAGGAGCGGGTTTCCCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACA < SRR10918231.2727992/141‑1 (MQ=14)
gccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACA > SRR10918231.3803718/8‑151 (MQ=2)
gccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACA > SRR10918231.3525797/8‑151 (MQ=2)
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CGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCGGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGcgcagg < SRR10918231.2436258/151‑7 (MQ=57)
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ccagttttcccgcgccgtcccctGTTGCCGCCGCTGCCGTATCCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactg < SRR10918231.2888317/128‑11 (MQ=60)
ATTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggcc > SRR10918231.1961722/1‑138 (MQ=54)
TTTTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGGCCAGGCCGTCGGGTAGGAGCGGGTTTACCGGCGAAGgggccggcaacactgggca > SRR10918231.3417928/1‑132 (MQ=48)
TTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCA < SRR10918231.3337855/151‑1 (MQ=60)
TTACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCA > SRR10918231.4235712/1‑151 (MQ=60)
TCTCC‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggcca > SRR10918231.4843840/1‑137 (MQ=60)
TTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcactactggccaat > SRR10918231.3004738/1‑135 (MQ=60)
TTC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGCACACGGATGGACACCAGTCGGTGGCGGGGCACAGGTCGTCGTTCATCAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctacggtcccat > SRR10918231.3927113/1‑135 (MQ=0)
ACC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAA < SRR10918231.1687887/151‑1 (MQ=60)
TC‑‑ACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGACGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCCAGGAAGGCCACAGGTCGGTGGCGCGGCACAGGCCGACGTGTAGGCGCGGGTTTACCCCCGAAGAGGCCggccctccgcgccaatg > SRR10918231.1451339/1‑134 (MQ=51)
CC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAA > SRR10918231.4663240/1‑151 (MQ=60)
CC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAA > SRR10918231.5253157/1‑151 (MQ=60)
CC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAA > SRR10918231.2994237/1‑151 (MQ=60)
C‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatct > SRR10918231.1162901/1‑133 (MQ=60)
C‑‑ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatct > SRR10918231.743274/1‑133 (MQ=60)
C‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAA > SRR10918231.3554894/1‑151 (MQ=60)
CCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGcgcagggcggccgggaggagcggggagatccgaagagcacacctctgaaccccagtcactggt > SRR10918231.4462326/1‑88 (MQ=35)
CCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAAC < SRR10918231.1263824/151‑1 (MQ=60)
CCTCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTAGTCGCGCGTAACCCCGCCCCTACGACCGACCGGGGATGGACAGAGGTGGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACA < SRR10918231.448396/151‑1 (MQ=60)
GTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacc > SRR10918231.680945/1‑128 (MQ=56)
GTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacc > SRR10918231.3773972/1‑128 (MQ=56)
CGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATT > SRR10918231.155289/1‑151 (MQ=60)
CGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATT > SRR10918231.794734/1‑151 (MQ=60)
CGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGACGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATT > SRR10918231.155810/1‑151 (MQ=60)
CGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccg > SRR10918231.2749173/1‑126 (MQ=57)
atgCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTT < SRR10918231.2298575/148‑1 (MQ=60)
GTTCCCCGTTGCCCCTGCTGCCGTAGTCGCGGGTAACCCCGCTCCTCCGCCGGATCGAGGTGGGACACAGGTCGGGGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTT < SRR10918231.4400280/151‑1 (MQ=60)
GTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGGATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTAATCGGGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTT < SRR10918231.529707/151‑1 (MQ=60)
TTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgcc > SRR10918231.1384469/1‑124 (MQ=60)
TCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccg > SRR10918231.3575409/1‑123 (MQ=36)
CACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgt > SRR10918231.2929333/1‑122 (MQ=34)
CACCGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgt < SRR10918231.1012631/151‑30 (MQ=34)
ACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTC > SRR10918231.2212845/1‑151 (MQ=60)
CCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCT > SRR10918231.1471600/1‑151 (MQ=60)
TGTTGCCGCTGCTGGCATATTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgttca < SRR10918231.4292973/151‑33 (MQ=39)
CGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCCAATAACAAATTTTTTCTA > SRR10918231.249507/1‑151 (MQ=60)
GTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAA > SRR10918231.403108/1‑151 (MQ=60)
CCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgttcactgtt < SRR10918231.1155942/151‑38 (MQ=29)
CGCTG‑‑‑CCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGCTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgttcacttttgcct > SRR10918231.2241812/1‑110 (MQ=8)
GCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCC > SRR10918231.4523158/1‑151 (MQ=60)
GCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCCCAGGCCGCCGGGTAGGAGCGGGTTAACCCGCGAAAAGGCC‑GCCAACCCCGGGCAAAAAACAAAatctgattccggatgg > SRR10918231.3932161/1‑135 (MQ=32)
GCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgttcactgttgc > SRR10918231.2771767/1‑112 (MQ=28)
TGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGATTGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCT > SRR10918231.2135131/1‑151 (MQ=60)
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CGGATCACTCGGTTGCTGGGGGTAGAGGCTCAAGCCTTGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCC‑‑ACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCT > CP009974/3847431‑3847732
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
