Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
368 |
332.2 |
13092066 |
97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009974 |
3,297,191 |
+G |
coding (158/921 nt) |
RPPX_14685 ← |
AraC family transcriptional regulator |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009974 | 3,297,188 | 1 | . | G | 91.1%
| 970.1
/ 94.4
| 293 | coding (161/921 nt) | RPPX_14685 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (9/17); new base G (125/142); total (134/159) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
GGGTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GG‑GT‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGAC > CP009974/3297038‑3297334
|
gggTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTAACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCa < 1:510123/151‑1 (MQ=255)
ggTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑g < 1:5596150/151‑1 (MQ=255)
ggTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑g < 2:4720785/151‑1 (MQ=255)
gTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gg > 2:3191900/1‑151 (MQ=255)
gTTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gg > 2:3666692/1‑151 (MQ=255)
ctcGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGTGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gg‑ggg > 1:1547859/1‑149 (MQ=255)
tcGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTCTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gg‑gg‑‑gg > 2:5043366/1‑151 (MQ=255)
gCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTCGGCGTACTGCTCGTCACCCAGCAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGCTGCACAGGGCAGGCTCCGCCA‑‑gg‑gg‑‑ggggtcc > 2:6439926/1‑147 (MQ=255)
gCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gg‑gg‑‑ggggtac > 1:3444988/1‑147 (MQ=255)
tGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAg > 1:4412346/1‑151 (MQ=255)
ggCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGa < 2:2118242/151‑1 (MQ=255)
ggCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑gg‑gg‑‑ggggtacgga > 2:5680635/1‑144 (MQ=255)
cATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAAc < 2:5938112/151‑1 (MQ=255)
cATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAAc < 1:5468159/151‑1 (MQ=255)
cATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAAc < 1:2658558/151‑1 (MQ=255)
tCCAGCGGCACGGCACGGAGTGGCACGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGGGGGTCGGAGGAGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGGGTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGc < 2:3643118/151‑1 (MQ=255)
tCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGc < 1:909276/151‑1 (MQ=255)
tCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGc > 1:165196/1‑151 (MQ=255)
tCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGca < 2:5346040/151‑1 (MQ=255)
cAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGcac > 2:1658845/1‑151 (MQ=255)
cTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GG‑GGG‑GGGTACAGAACGCACAttt > 1:1814500/1‑151 (MQ=255)
tCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACAtttt < 1:5904716/151‑1 (MQ=255)
tCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACAtttt < 2:283200/151‑1 (MQ=255)
cACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTc > 1:2108106/1‑151 (MQ=255)
cGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCgg < 2:2466460/151‑1 (MQ=255)
cGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCgg < 1:394440/151‑1 (MQ=255)
ggCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGgt < 1:6407261/151‑1 (MQ=255)
gCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGgtg > 2:6020450/1‑151 (MQ=255)
aCTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTa > 2:1748421/1‑151 (MQ=255)
aCTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GG‑GGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTa > 1:5134225/1‑151 (MQ=255)
gAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACg < 2:1850741/151‑1 (MQ=255)
aGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTACTGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGATCAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGc < 1:4959043/151‑1 (MQ=255)
gTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGTGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTAAAGAACGAACATTGTCGGTGGACCGCa > 1:3033183/1‑151 (MQ=255)
cAAGGTCACCGAAGCGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAg < 2:128188/151‑1 (MQ=255)
cAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCGCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GG‑GGG‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAg > 1:2307972/1‑151 (MQ=255)
aaGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAgg > 2:1423419/1‑151 (MQ=255)
tCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACa > 1:3819170/1‑151 (MQ=255)
cACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTCCGGTGTAACGCACCAGGTACAg > 2:5144099/1‑151 (MQ=255)
gAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCa > 1:2596858/1‑151 (MQ=255)
gACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTAAAGGTCATCGAt > 2:3512278/1‑151 (MQ=255)
aCCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATg < 1:1258238/151‑1 (MQ=255)
cATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGc > 1:556751/1‑151 (MQ=255)
cATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGCCATCGATGGc > 2:4828012/1‑151 (MQ=255)
aaTGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATg > 1:1103776/1‑151 (MQ=255)
aaTGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATg > 1:1132989/1‑151 (MQ=255)
aTGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGc > 2:455246/1‑151 (MQ=255)
tGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCt > 2:5460635/1‑151 (MQ=255)
aGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTggg < 1:2572087/151‑1 (MQ=255)
tGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAGGGG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGc < 2:616752/151‑1 (MQ=255)
gggTGGTAGGCGTACTGGTCGTCACCCGGGAACGGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCa < 2:5233907/151‑1 (MQ=255)
gggcGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCaa < 1:4061537/148‑1 (MQ=255)
gTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCaaa > 1:74335/1‑151 (MQ=255)
gTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCaaa > 1:3525943/1‑151 (MQ=255)
gTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCaaa < 2:3087854/151‑1 (MQ=255)
gTAGGCGTACTGCTCGGCACCCAGGAACAGGGTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAGGGG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAgg < 1:5893051/151‑1 (MQ=255)
ggCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGACCGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTc < 1:3764178/151‑1 (MQ=255)
ggCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGGACAGAACGCACATTGTCGGTGTAACGCACGAGGTACAGGTCATCGATGGCCGTAGCTGGGCCACAggagtc > 2:4117782/1‑147 (MQ=255)
gCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCg < 2:2264669/151‑1 (MQ=255)
gCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTGTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCg < 2:5900814/151‑1 (MQ=255)
cGTACTGCTCGTCAGCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCGGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGc < 2:6535979/151‑1 (MQ=255)
cGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGc > 1:4326430/1‑151 (MQ=255)
cGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGc < 1:4496736/151‑1 (MQ=255)
gTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGcc < 1:845758/151‑1 (MQ=255)
tGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCa < 1:3285382/151‑1 (MQ=255)
tGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCa > 1:4935664/1‑151 (MQ=255)
cGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGc > 1:414523/1‑151 (MQ=255)
gTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATTGCCGATGCTGGGCCATAGGGCTCGCCCGCATGGCg > 2:1550323/1‑151 (MQ=255)
gTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCA‑‑GG‑GGGGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTggg < 1:4696059/129‑1 (MQ=255)
tCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCgg < 1:4109885/151‑1 (MQ=255)
tCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCgg > 2:3321736/1‑151 (MQ=255)
cgcAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGAATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTg < 1:3666499/149‑1 (MQ=255)
cccAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGAGGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTg < 2:1212190/151‑1 (MQ=255)
ccAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATAGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCAATGCGGTTGa > 1:2748007/1‑151 (MQ=255)
cAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGAt > 2:5386558/1‑151 (MQ=255)
aGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATc < 2:1092263/151‑1 (MQ=255)
aGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATc > 2:1455265/1‑151 (MQ=255)
ggAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCCAG‑GG‑GG‑‑GGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCa > 1:1957274/1‑151 (MQ=255)
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CTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCC < SRR10918232.6226462/151‑1 (MQ=60)
TTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AGGGG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCC > SRR10918232.457335/1‑151 (MQ=60)
TTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCA < SRR10918232.470093/151‑1 (MQ=60)
TTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCA < SRR10918232.469734/151‑1 (MQ=60)
TTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAG > SRR10918232.6470194/1‑151 (MQ=60)
TTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGC < SRR10918232.5232821/151‑1 (MQ=60)
TGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCT < SRR10918232.3737279/151‑1 (MQ=60)
TGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCT < SRR10918232.962201/151‑1 (MQ=60)
TGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGAACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCCTCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCT < SRR10918232.1049204/151‑1 (MQ=60)
GCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTC > SRR10918232.1452329/1‑151 (MQ=60)
GCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCGCGGCCAGCTC > SRR10918232.2211296/1‑151 (MQ=60)
CTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCC > SRR10918232.2636386/1‑151 (MQ=60)
CTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCC < SRR10918232.252856/151‑1 (MQ=60)
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GCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCATCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAG < SRR10918232.4661422/151‑1 (MQ=60)
GCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAG < SRR10918232.1168225/151‑1 (MQ=60)
CCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGG < SRR10918232.5352079/151‑1 (MQ=60)
CTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGC < SRR10918232.4133998/151‑1 (MQ=60)
TTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACAAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCG > SRR10918232.1656692/1‑151 (MQ=60)
GGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCT < SRR10918232.876928/151‑1 (MQ=60)
CAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCA > SRR10918232.5493427/1‑151 (MQ=60)
AAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAG > SRR10918232.6193543/1‑151 (MQ=60)
AAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAG > SRR10918232.4111581/1‑151 (MQ=60)
AAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAG < SRR10918232.2043995/151‑1 (MQ=60)
AGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AGGGG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAG < SRR10918232.4795848/151‑1 (MQ=60)
AGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGT < SRR10918232.5922047/151‑1 (MQ=60)
AGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGT < SRR10918232.5922275/151‑1 (MQ=60)
AGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGT > SRR10918232.4371485/1‑151 (MQ=60)
GATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTC > SRR10918232.614547/1‑151 (MQ=60)
CACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGG < SRR10918232.983247/151‑1 (MQ=60)
CACAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGG > SRR10918232.781303/1‑151 (MQ=60)
AACAGGGCAGGCTGCGCCGG‑‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGG < SRR10918232.983116/151‑1 (MQ=60)
CAGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACA‑TTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTC < SRR10918232.3423002/151‑1 (MQ=60)
AGGGCAGGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTC > SRR10918232.1921056/1‑151 (MQ=60)
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GGCTGCGCC‑AG‑GG‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCG < SRR10918232.2983872/151‑1 (MQ=60)
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GCC‑A‑‑GGAGTGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGAC < SRR10918232.5181736/151‑1 (MQ=60)
G‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCG < SRR10918232.3047031/151‑1 (MQ=60)
G‑GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCG < SRR10918232.3046676/151‑1 (MQ=60)
GGGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGG > SRR10918232.1836244/1‑151 (MQ=60)
|
TTCTCGGGGCTGGCATCCAGCCTCACGGCACTGAGTGGCAAGGTCACCGAAACGACCATGTAATGCAGTGGGTCGTAGGCGTACTGCTCGTCACCCAGGAACAGGCTTTTGCTGCCTTGGGCAAGGATGCACAGGGCAGGCTGCGCC‑A‑‑GG‑GTGGGTACAGAACGCACATTTTCGGTGTAACGCACCAGGTACAGGTCATCGATGGCCGATGCTGGGCCAAAGGGCTCGCCCGCATGGCGGTTGATCAGCTCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGG > CP009974/3297041‑3297341
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |