Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
368 |
332.2 |
13092066 |
97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 375 total aligned reads displayed.
TGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTCCCTCGGCCATATCTTTTGAGTAC > CP009974/3847468‑3847767
|
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tcctacacagattggtggtggacacacatcggtggttggacacaggccgccGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGA > SRR10918232.4347077/52‑151 (MQ=4)
ggtggtggacacaggtcggtggttggtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGAT > SRR10918232.4427191/40‑151 (MQ=0)
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gtggacacaggtcggtggttggtcacaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACGCCGGAatagg > SRR10918232.6102716/36‑146 (MQ=0)
CTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATCCCCACCCGCCGTTCACCGATGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATggtg > SRR10918232.4301125/1‑147 (MQ=55)
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attccgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGG < SRR10918232.2082246/112‑1 (MQ=27)
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ggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGA‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCAC > SRR10918232.1948590/9‑151 (MQ=0)
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cgccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGcgcaggc > SRR10918232.6324413/6‑144 (MQ=60)
gccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCC < SRR10918232.4399043/147‑1 (MQ=45)
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cgtcGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGC < SRR10918232.2896113/147‑1 (MQ=28)
ccgTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCG > SRR10918232.4182525/4‑151 (MQ=60)
gcggggaggagcgcggttgcccgcgaagaGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCC < SRR10918232.4064815/122‑1 (MQ=29)
gtggAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGA‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACTCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGT < SRR10918232.4945811/147‑1 (MQ=28)
GTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGA‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGT > SRR10918232.2368837/1‑151 (MQ=27)
GTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacgg > SRR10918232.5836973/1‑117 (MQ=24)
TGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGA‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCGTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGGCGGTGGCTGGGTACCGGCCGTC > SRR10918232.2440530/1‑151 (MQ=0)
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GTAGGAGCGGGTTTCCCCGCGAAGA‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCG < SRR10918232.4568150/151‑1 (MQ=32)
GTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGG > SRR10918232.4066683/1‑151 (MQ=60)
ttgtttctgttcaagccgagaacG‑GGCCGGCCCTGCTCGCCAATTACCTCCCGTCGTTCCCCGTTGCCGCTGGTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTG < SRR10918232.921474/128‑1 (MQ=60)
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AGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCTCCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAG > SRR10918232.4941151/1‑151 (MQ=44)
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gttagccgacgaacG‑GGCCGGGCCTGCTGGCCAATTGCCCTCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGG < SRR10918232.854806/137‑1 (MQ=37)
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ttggtggcgaagttttttttttcaagcagaagacggcatacgagatgacattccgtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctgggCGCCGGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGG < SRR10918232.2787800/60‑1 (MQ=8)
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cgcccgaagaGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTAACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGGTCGGGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTT < SRR10918232.2510952/141‑1 (MQ=34)
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AAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGcgccgggccgtggtgtaggagcggattggaaagg > SRR10918232.4550323/1‑117 (MQ=22)
AAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGCTTGCCCGCG > SRR10918232.3536740/1‑151 (MQ=60)
agaGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCG > SRR10918232.3714402/4‑151 (MQ=60)
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CCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGAATGGACACAGGCCGGTGGCGGGTCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCggctgaaag > SRR10918232.3081623/1‑142 (MQ=37)
CCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAG > SRR10918232.2254020/1‑151 (MQ=60)
gatgccgcggctaccgtattcgggggtaaacccgctcctagacagattggtgggggacacaggtcggtgatggggCGCCGGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGG < SRR10918232.3254086/76‑1 (MQ=9)
gatgccgccgctaccgtattcgcgggtaaacccactcctacacagattggtggtggacacaggtcggtgattgggCGCCGGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGG < SRR10918232.4623471/76‑1 (MQ=9)
GGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGC < SRR10918232.3353241/151‑1 (MQ=60)
GCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGcccaggccgttagtttggaagcggactcgtctgcactgcagtc > SRR10918232.3148392/1‑108 (MQ=32)
GCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCC < SRR10918232.3905061/151‑1 (MQ=58)
GCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGCGACAGGCCGCCGTGAAGGGGCGGGTTTcccggcgacgagccc > SRR10918232.242082/1‑136 (MQ=31)
CCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGCAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAT > SRR10918232.1040851/1‑151 (MQ=52)
tcacatgccgtgattggagctcagacgtgtgcttttccgatctgCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATC < SRR10918232.1248117/107‑1 (MQ=60)
cgccgctaccgtattcgcgggtaaacccgctcctacacagattggtggtggacacaggtcggtgattgggCGCCGGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGCCggc < SRR10918232.5045395/81‑4 (MQ=4)
cgccgctaccgtattcgcgggtaaacccgctcctacacagattggtggtggacacaggtcggtgattgggCGCCGGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGCCggc < SRR10918232.5475864/81‑4 (MQ=4)
TGCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcc > SRR10918232.6374904/1‑147 (MQ=60)
GCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCACCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGAGGATCCAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGGGTAGGAGCGGGTTTACCAGCGAAaacacaggctc > SRR10918232.4788395/1‑140 (MQ=34)
TGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCTTGTAACCCCTCTCCTACGCGGCCTCGAGGATGGACACTTGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGGGCGGGgttatccgcaaagcggccggcccta > SRR10918232.2492192/1‑126 (MQ=25)
TGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggcccta > SRR10918232.3116309/1‑144 (MQ=55)
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TGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctg > SRR10918232.296386/1‑144 (MQ=60)
TGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctg > SRR10918232.296956/1‑144 (MQ=60)
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ctcacgtcCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCC < SRR10918232.2699225/143‑1 (MQ=60)
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GCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGACGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctact < SRR10918232.4937560/151‑10 (MQ=60)
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CCAATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctg < SRR10918232.3945214/151‑11 (MQ=60)
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tcagacgtgtgctcttccgatcttgccgccaccACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggc < SRR10918232.1597737/118‑13 (MQ=60)
agtttcaccggctgctcattctatccgccgctgcggtgttggcaggggtccgcgattgggCGCCGGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggcc < SRR10918232.2737013/91‑14 (MQ=0)
ATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGCTGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggcc > SRR10918232.5784336/1‑138 (MQ=60)
ATCTCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggcc > SRR10918232.4734040/1‑138 (MQ=60)
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CCCACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaat < SRR10918232.840456/151‑17 (MQ=54)
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CACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAA > SRR10918232.1228270/1‑151 (MQ=60)
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CCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAA < SRR10918232.2378625/151‑1 (MQ=60)
ACCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctc > SRR10918232.7019/1‑132 (MQ=60)
CCCGTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctcc < SRR10918232.1355404/151‑21 (MQ=60)
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GTCGTTCAACGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacc > SRR10918232.6236000/1‑128 (MQ=60)
cgaccactgtctccgccgctgccgaattggcggatagACCCGCTCCGACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccg < SRR10918232.5234049/114‑26 (MQ=60)
gttcaacgttgccgccacccCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgc < SRR10918232.1073243/131‑27 (MQ=60)
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TTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccacaccgggcaaaaaagacccgcc > SRR10918232.2564274/1‑124 (MQ=60)
actgtggccgccgatgCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgtt < SRR10918232.4389663/135‑31 (MQ=50)
aacgttgccgccaccACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAACGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgccgtt > SRR10918232.3044040/16‑121 (MQ=60)
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CTACCGTATGCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTG < SRR10918232.5497298/151‑1 (MQ=60)
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TATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgttcactgttgccgctgctacc < SRR10918232.4219030/151‑50 (MQ=28)
TTTCGCGGGAAAACCCGATCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTAGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCAT < SRR10918232.2285854/151‑1 (MQ=60)
ATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCTTCGTGTAGTAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCAT > SRR10918232.2478336/1‑151 (MQ=60)
ggacacaggtcggtgattgggCGCCGGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGcgcgagagcgcacgtcagaactccacccccgtaatgtcatgtcgtctgtcccgtt > SRR10918232.1588052/22‑96 (MQ=9)
ggacacaggtcggtgattgggCGCCGGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCagatcggaagagcacacgtct > SRR10918232.2500927/22‑130 (MQ=60)
CGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTC < SRR10918232.1214324/151‑1 (MQ=60)
CGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgttcaccgttgccgctgctaccgtat > SRR10918232.4995951/1‑98 (MQ=2)
GCGGGTAAGCCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTCC < SRR10918232.6075408/151‑1 (MQ=60)
GCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgccgttcaccgttgccgccaccaccgtatt < SRR10918232.1105554/151‑55 (MQ=55)
CGGGTAAGCCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgccgttcaccgttgccgccaccaccgtattc < SRR10918232.2815628/151‑56 (MQ=43)
CGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGCAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTCCC > SRR10918232.596458/1‑151 (MQ=60)
CGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCAAAGGCCGTGGTGTAGAAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCtcaaaacccagatcggaagcacccacggctgaacttcactccagggatggcattt > SRR10918232.452160/1‑96 (MQ=60)
GGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgccgttcaccgttgccgccaccaccgtattcg > SRR10918232.5862648/1‑95 (MQ=55)
GGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgccgttcaccgttgccgccaccaccgtattcg > SRR10918232.5204277/1‑95 (MQ=55)
GGGAAAACCCACTACTACGCCTGACCGGGGATGAACACAGGCCTGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTCCCT < SRR10918232.4013220/151‑1 (MQ=60)
GGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTCCCTC > SRR10918232.2350506/1‑151 (MQ=60)
GGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgccgttcaccgttgccgccaccaccgtattcgc > SRR10918232.5276577/1‑94 (MQ=53)
GGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgttcactgttgccgctgctaccgtattcgc > SRR10918232.6520355/1‑94 (MQ=5)
GGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTCCCTC < SRR10918232.1903268/151‑1 (MQ=60)
GTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgccgttcaccgttgccgcccccaccgtattcgcg > SRR10918232.4796310/1‑93 (MQ=51)
GTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgttcactgttgccgctgctaccgtattcgcg > SRR10918232.6161739/1‑93 (MQ=0)
GTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCggccctactggccaattaccacccgccgttcactgttgcctctgctaccgtattcgcg > SRR10918232.1527149/1‑93 (MQ=15)
TATACCCGATCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCC < SRR10918232.1920597/92‑1 (MQ=0)
AAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAGCCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTCCCTCGGC > SRR10918232.3847057/1‑151 (MQ=60)
AAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTCCCTCGGC > SRR10918232.2589645/1‑151 (MQ=60)
CCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCATAGGGGGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCC < SRR10918232.6264854/88‑1 (MQ=24)
CGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGGCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCC < SRR10918232.2638810/86‑1 (MQ=24)
GCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgccgttcaccgttgccgccaccaccgtattcgcgggtaaacc > SRR10918232.3396513/1‑85 (MQ=7)
GCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggctctgctggccaatctccacccgccgttcaccgttgccgccaccaccgtattcgcgggtaaacc > SRR10918232.3374752/1‑85 (MQ=7)
CTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCC > SRR10918232.5913990/1‑81 (MQ=0)
ACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCC < SRR10918232.4808023/79‑1 (MQ=0)
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GCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTCCCTCGGCCATATCTTTTGAGT < SRR10918232.4898468/151‑1 (MQ=60)
GCCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGGGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTCCCTCGGCCATATCTTTTGAGT < SRR10918232.6147840/151‑1 (MQ=60)
GCCGAATCGAGGATGGACACCGGGCGGTGGTGGGGCACAGGGCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACGCGCGAAGAGGCC < SRR10918232.1046941/77‑1 (MQ=0)
CCTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTCCCTCGGCCATATCTTTTGAGTA > SRR10918232.292021/1‑151 (MQ=60)
CTGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGC‑GGGCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggaatgtcatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacagcaaacagca > SRR10918232.2382211/1‑53 (MQ=41)
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TGGAGGCTTGCGTCGCCTGAACAGGCCTCTGGTACTGCACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGAGGATGGACACAGGTCGGTGGCGGGGCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCATCAAACCCCGTGCAAAAAACAAATTTTTTCTAACTACCCCTTGAAAGCATTTCCCTCGGCCATATCTTTTGAGTAC > CP009974/3847468‑3847767
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
