Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
|
404 |
265.1 |
10478538 |
96.8% |
10143224 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 332 total aligned reads displayed.
GTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGGCGCGTTCCTGTGCAGGTGCGGTCCCGCGTGG > CP009974/3994602‑3994902
|
GTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GGGCAGCCCGC > SRR10918231.2489803/1‑151 (MQ=53)
TGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTTCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTCGACACAGGTCGGTGGCTGG‑GCACAGGCCGCC > SRR10918231.2722681/1‑151 (MQ=20)
TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTC < SRR10918231.755943/151‑1 (MQ=20)
TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTC < SRR10918231.5075912/151‑1 (MQ=20)
GTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCGG < SRR10918231.2389557/151‑1 (MQ=55)
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GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGT < SRR10918231.1960425/151‑1 (MQ=60)
GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGG < SRR10918231.4948588/151‑1 (MQ=60)
CGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGC‑‑GGTAGGAGC < SRR10918231.4740213/151‑1 (MQ=39)
GGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGC‑‑GGTAGGAGCGG > SRR10918231.2309947/1‑151 (MQ=31)
GGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGG‑GCGCAGCCCGCCGTGTAGGGGC > SRR10918231.5110360/1‑151 (MQ=57)
GTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGGCGGGGATTGG‑GCGCAGGCCGC‑‑GGTAGGAGCGGG > SRR10918231.4447370/1‑151 (MQ=27)
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TTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGCTTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGG > SRR10918231.1575696/1‑151 (MQ=27)
TACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGCACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGT < SRR10918231.3954553/151‑1 (MQ=27)
ttgttgttttcaagcagaagtccgcatacgtggccttccccagtgacgtgagttcagacgtgtgctcttccgatcttaaacccgctcctacacagattGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTT < SRR10918231.1578779/53‑1 (MQ=27)
gcgcgaaagGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTA < SRR10918231.3054261/142‑1 (MQ=33)
CCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCggtaggagcggccttgtg > SRR10918231.1305588/1‑133 (MQ=3)
ccccaagaggccgggcccagcggccaattcccctcctcccttcacgcggGCCGCTGCTTACGTATTCGGCGGTAAACCCGGTCCTTCGGCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTAC < SRR10918231.5007583/102‑1 (MQ=36)
CGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGCTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACCCAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCggtaggagcggccttgtgt > SRR10918231.3416259/1‑132 (MQ=0)
CGCGAAGAGGCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTGGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTGCGCCGGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTAC < SRR10918231.893291/151‑1 (MQ=60)
GCGAAGAGGCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTCCC > SRR10918231.596291/1‑151 (MQ=60)
GCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACC < SRR10918231.1053020/151‑1 (MQ=33)
cgaaagggccgggccggtTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCG > SRR10918231.4241778/19‑151 (MQ=0)
gaaagggccgggccggtTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGC > SRR10918231.1903701/18‑151 (MQ=1)
gaaagggccgggccggtTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGC < SRR10918231.192849/134‑1 (MQ=1)
gaaagGGCCGGCCCTGCTTGCCATTTCCAACCCGCCGTGCCCCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCG < SRR10918231.4390872/146‑1 (MQ=24)
GAAGAGGCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGTCGTTTTCTGTTGCCGCTGATACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCG < SRR10918231.4708157/151‑1 (MQ=59)
GAAGAGGCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGACTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCG > SRR10918231.3572636/1‑151 (MQ=60)
aaagggccgggccggtTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTAGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCG < SRR10918231.4908624/135‑1 (MQ=5)
AAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCTCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCG < SRR10918231.3215877/151‑1 (MQ=42)
AGAGGCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGACTGG‑GCCCAGGCCGCCGTGTAGGGGCGGGGTTACCCCCG > SRR10918231.4814370/1‑151 (MQ=37)
ggggccgggccggtTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA < SRR10918231.1453598/137‑1 (MQ=19)
gggccgggccggtTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑G > SRR10918231.306104/14‑151 (MQ=18)
gggccgggccggtTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑G > SRR10918231.306495/14‑151 (MQ=18)
accggtgcctccgctccagtattcgcgggtaaatcccctctgccgctgattgggggttggcgcatgtcggtgattgggCGCCGGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑A < SRR10918231.1011307/73‑1 (MQ=12)
GGCCGGGCCGGTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAga < SRR10918231.4678915/151‑3 (MQ=19)
GGCCGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑A < SRR10918231.5242005/151‑1 (MQ=60)
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tccgatctCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG < SRR10918231.4918355/143‑1 (MQ=9)
CGGCCCTGCTGGCCAATTCCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG < SRR10918231.4688963/151‑1 (MQ=19)
CGGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGGGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAG‑AGGG > SRR10918231.3031358/1‑151 (MQ=55)
GGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAgaggc > SRR10918231.402885/1‑146 (MQ=38)
GGCCCTACTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCCTGTCGGCGCGGGTTTACCCCCGAA‑AGGGC > SRR10918231.2265206/1‑151 (MQ=25)
GCCCTACTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCC < SRR10918231.2332674/151‑1 (MQ=60)
CCCTTCTGGCCCATTCCCCCCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTAACGGATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCG < SRR10918231.2157271/151‑1 (MQ=59)
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CTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGC < SRR10918231.4407453/151‑1 (MQ=4)
CTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACCCACGTCGGTGATTTG‑GCGCAGGCCGCCGTTTCGGATCTGGTTTACCCGCGAA‑AAGGCCGAC > SRR10918231.3978368/1‑151 (MQ=0)
GTTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCT < SRR10918231.5251167/151‑1 (MQ=39)
GCTGGCCAATTGCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGTTAAACCCGCTCCTACGTCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCC < SRR10918231.401560/151‑1 (MQ=6)
TTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTG < SRR10918231.4501397/151‑1 (MQ=42)
CTGGCCAATTCCCACCCGCCCTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCT < SRR10918231.600460/151‑1 (MQ=8)
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TGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTG > SRR10918231.2625062/1‑151 (MQ=60)
GGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGC > SRR10918231.3828642/1‑151 (MQ=15)
ctggagtccacacgtgtgcccttgcgatctCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTG < SRR10918231.4554603/121‑1 (MQ=0)
CCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGG < SRR10918231.4631898/151‑1 (MQ=49)
CCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGTGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGG‑TCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTG < SRR10918231.2551164/151‑1 (MQ=0)
CAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGG‑GCGCCGGCCGCGGGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCCGCCGG > SRR10918231.4941998/1‑151 (MQ=42)
ATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCA > SRR10918231.4477482/1‑151 (MQ=55)
ATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCC < SRR10918231.226245/151‑1 (MQ=27)
ATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCC > SRR10918231.1826309/1‑151 (MQ=24)
TTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACCCCGGTCGGGGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTGGAGGGGGGTTGACTGGCGCA‑GGGGCCGGCCCTGCTGGCCAA > SRR10918231.580719/1‑151 (MQ=0)
caggagagggcatgggagatgtggaccagtggcgggaggcgggtgtgggcgctgccggtcgggagCGGGGATGGACACAGGTCGGTGGGGGG‑GCGCAGGCGGTCGTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAT < SRR10918231.3254957/86‑1 (MQ=19)
atcagccgccgttctttgttttttcaagcagaagacggcatacgagatcttcaccagtgactggagttcagtcgtgtgctcttccgatcTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAT < SRR10918231.3901004/62‑1 (MQ=19)
TCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATT < SRR10918231.4122031/151‑1 (MQ=60)
CCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCGGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAT < SRR10918231.2982353/151‑1 (MQ=60)
CCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATGGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATC < SRR10918231.21580/151‑1 (MQ=27)
CCCCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCCGGATCGGTGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGG‑TCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTA < SRR10918231.2434781/151‑1 (MQ=7)
GCCCGCCGTTCGCTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGTGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGG‑TCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTAC < SRR10918231.5025200/151‑1 (MQ=16)
CCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGG‑GGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCC > SRR10918231.4083341/1‑151 (MQ=60)
CGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCGCGGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGAATCGCTGGTGAACACAGGTCGGTGGTTGG‑TCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCAC < SRR10918231.1817614/151‑1 (MQ=15)
CGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGTGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGG‑TCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTACCAC > SRR10918231.124401/1‑151 (MQ=8)
CGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGCCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGCCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCAC > SRR10918231.5188369/1‑151 (MQ=48)
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GCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACC > SRR10918231.4062643/1‑151 (MQ=58)
attgggCGCCGGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGG‑GCACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTGCCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTATCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCacccgtatgcacggcagtcacc > SRR10918231.2366860/7‑129 (MQ=18)
TCCTACGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCA > SRR10918231.5176435/1‑151 (MQ=0)
tccgctggatttggggtgcacccgtgtcggtgttgGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTGCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTC < SRR10918231.3784325/116‑1 (MQ=0)
ACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACACGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCgctcc > SRR10918231.149747/1‑146 (MQ=38)
CGCCGGATTGGTGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCCT > SRR10918231.2625292/1‑151 (MQ=18)
CGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGTTTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCT < SRR10918231.1213405/151‑1 (MQ=25)
CGCCGGATCGAGGGTGGACACAGGTCGGTGGTTGG‑GCACAGGCCGTC < SRR10918231.999407/47‑1 (MQ=0)
GCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA < SRR10918231.1817347/151‑1 (MQ=22)
GGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGC > SRR10918231.395169/1‑151 (MQ=18)
tggtggtggacccacaTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGA > SRR10918231.1527652/17‑151 (MQ=16)
ggtggtggacccacaTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGAT > SRR10918231.1836279/16‑151 (MQ=21)
GGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCAGCTGCTACCGTATTCGCGGGTCAACCCgctcctacgcctgat > SRR10918231.2520163/1‑136 (MQ=15)
gtggtggacccacaTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATT > SRR10918231.3506328/15‑151 (MQ=22)
GGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCgctcctacgcctgacc > SRR10918231.4642011/1‑135 (MQ=3)
TGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcactg > SRR10918231.290267/1‑115 (MQ=11)
GGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCgctcctacgcctgatcg > SRR10918231.3490377/1‑134 (MQ=0)
GTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCgacccgaagcgcacccgtct > SRR10918231.315685/1‑131 (MQ=0)
tggtcccacaTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCGGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGG < SRR10918231.4606878/141‑1 (MQ=47)
tggacccacaTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGG > SRR10918231.2210755/11‑151 (MQ=19)
gtgatgccacattggtggttggtCGCAGGCCGTGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCG < SRR10918231.3037481/128‑1 (MQ=21)
ggacccacaTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGGC > SRR10918231.1751300/10‑151 (MQ=23)
gacccacaTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGggggg > SRR10918231.4833022/9‑146 (MQ=37)
gacccacaTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGGCG > SRR10918231.864928/9‑151 (MQ=27)
cccacaTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATTGCGGCGGG > SRR10918231.2396666/7‑151 (MQ=41)
cccacaTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCCCGGGTAAACCCCCTCCTACGCTGGATCGCGGCGCG > SRR10918231.3224629/7‑151 (MQ=8)
acaTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCCTACCCTGGATcgcgggtcgtcc > SRR10918231.1262236/4‑139 (MQ=17)
TCGTTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCgctcctacaccggattggtggtggacccac < SRR10918231.5078073/151‑31 (MQ=4)
CGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAGCCCACTCTTACGCTGGATTGCGGCGCGTTCCTGT > SRR10918231.3463798/1‑151 (MQ=26)
GGTGGTTGG‑TCACAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGGATTCGCagggcaaacggctgcaaccccggctctggggaggaccccgga > SRR10918231.1296832/1‑109 (MQ=0)
ATTGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGGCGCGTTCCTGTGCAGG > SRR10918231.922144/1‑151 (MQ=60)
TGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCCTACGCCGGATAGgtgggcgatccacttcaggcg > SRR10918231.1159538/1‑130 (MQ=11)
TGG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCatatcgcgagagcgacgtctgaactcctgtcact > SRR10918231.2752608/1‑117 (MQ=3)
GG‑GCGCGGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGGCGCGTTCCTGTGCAGGTGC < SRR10918231.3739354/151‑1 (MQ=60)
GG‑GCGCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGGCGCGTTCCTGTGCAGGTGC > SRR10918231.4763122/1‑151 (MQ=60)
GCAGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCCTACGCcggattggggcgcgtccctctgcgggggctggc > SRR10918231.1454811/1‑118 (MQ=7)
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AGGCCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGGCGCGTTCCTGTGCAGGTGCGGTCCC > SRR10918231.4339148/1‑151 (MQ=60)
CCGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCCTACGCTGGATAGCGGCGGGATCCTGTGCAGtggcggggccgcg > SRR10918231.3876883/1‑138 (MQ=43)
CGTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGGCGCGTTCCTGTGCAGGTGCGGTCCCGCGT > SRR10918231.3151703/1‑151 (MQ=60)
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GTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGGCGCGTTCCTGTGCAGGTGCGGTCCCGCGTG < SRR10918231.4678661/151‑1 (MQ=60)
GTCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGACGCCGCCCCCGTATTCGCGGGTGAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGGTGCGTTCCTGTGCAGGTGttgtgtcgcggc > SRR10918231.4940852/1‑139 (MQ=26)
TCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑GAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGGCGCGTTCCTGTGCAGGTGCGGTCCCGCGTGG > SRR10918231.3779720/1‑151 (MQ=60)
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GTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCGGATCGGGGGTGGACACAGGTCGGTGATTGG‑GCGCAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑AGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTACCACCCGCCGTTCACTGTTGACGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACTCTTACGCTGGATAGCGGCGCGTTCCTGTGCAGGTGCGGTCCCGCGTGG > CP009974/3994602‑3994902
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |