Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,132,098 |
G→T |
11.4% |
M123I (ATG→ATT) |
flgI → |
putative flagellar basal body protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,132,098 | 0 | G | T | 11.4%
| 961.9
/ 61.4
| 268 | M123I (ATG→ATT) | flgI | putative flagellar basal body protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (118/119); new base T (15/16); total (133/135) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACG > CP009273/1131949‑1132247
|
gACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGGGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGac < 1:1727848/150‑1 (MQ=255)
gACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGGTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTac > 2:4512327/1‑150 (MQ=255)
aCGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAACGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTaca > 2:1796667/1‑150 (MQ=255)
cACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCt < 2:1322861/150‑1 (MQ=255)
aCCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCtt < 2:2108697/150‑1 (MQ=255)
aaTATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAg < 2:1488009/150‑1 (MQ=255)
atatGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAgg > 1:3554482/1‑150 (MQ=255)
tatGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAggg < 2:2766564/150‑1 (MQ=255)
cAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGtt > 2:3037109/1‑150 (MQ=255)
aGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTg > 1:4385413/1‑150 (MQ=255)
cTAAAAATCGTCTATGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTACATGGGAAATGCCAATATCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGAc < 2:1860274/150‑1 (MQ=255)
cTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACATCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGAc < 1:2625900/150‑1 (MQ=255)
cTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGAc < 1:1426646/150‑1 (MQ=255)
tAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACa < 1:4569852/150‑1 (MQ=255)
tAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACa < 1:379341/150‑1 (MQ=255)
tAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACa < 1:346916/150‑1 (MQ=255)
aaaaCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTc > 1:2609178/1‑150 (MQ=255)
aaaaCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTc > 1:4436681/1‑150 (MQ=255)
aaaCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCa > 1:3998040/1‑150 (MQ=255)
aaaCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCa < 2:649334/150‑1 (MQ=255)
aCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAgg > 2:2158036/1‑150 (MQ=255)
cGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTa < 1:2192717/150‑1 (MQ=255)
cGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTa < 1:3766749/150‑1 (MQ=255)
cTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATg > 1:4027849/1‑150 (MQ=255)
cTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGGGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATg < 1:2247871/150‑1 (MQ=255)
tGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATgc > 2:379399/1‑150 (MQ=255)
gCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATgcg > 2:2823975/1‑150 (MQ=255)
gCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATgcg > 2:4618125/1‑150 (MQ=255)
gCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGGTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATgcg > 2:4295243/1‑150 (MQ=255)
cGGTAATGGTGACAGCGTCACTACCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGAGGTTTCTTCCATGGGAAATGACAAAAGCTTGCTTGGAGGTACGTAGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATgcgc > 2:558439/1‑150 (MQ=255)
ggTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCt > 1:928186/1‑150 (MQ=255)
ggTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCt > 1:1699414/1‑150 (MQ=255)
ggTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCt > 1:299617/1‑150 (MQ=255)
tAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTgg > 2:2510762/1‑150 (MQ=255)
tGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGTGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGgcgc < 1:2380848/150‑1 (MQ=255)
tGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGgcgc > 2:3456219/1‑150 (MQ=255)
gggTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGGTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGgcgc < 2:928552/149‑1 (MQ=255)
cGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAata > 2:927450/1‑150 (MQ=255)
aCTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCt < 2:324343/150‑1 (MQ=255)
tcctccGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGt > 1:1882164/1‑150 (MQ=255)
tcctccGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGt > 1:4581229/1‑150 (MQ=255)
cctccGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGtt < 2:2873323/150‑1 (MQ=255)
cGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTggcg < 2:3602256/150‑1 (MQ=255)
cGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTggcg > 2:2855996/1‑150 (MQ=255)
cGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTggcg < 2:3310140/150‑1 (MQ=255)
gACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAg > 1:4104276/1‑150 (MQ=255)
gACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAg > 1:4061063/1‑150 (MQ=255)
aCGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAgg < 2:2289593/150‑1 (MQ=255)
tCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGc > 2:3761797/1‑150 (MQ=255)
acAGGGGCAAACAAACGATGTGGTGGTTTCTTCCATGTGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTCCGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACACTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCACTCTTATGGATGGCGGAGCAGGAGc > 2:3359727/2‑150 (MQ=255)
cAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGcc < 2:104771/150‑1 (MQ=255)
cAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGcc < 2:138770/150‑1 (MQ=255)
cAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGcc < 2:1702259/150‑1 (MQ=255)
aGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCt > 1:801282/1‑150 (MQ=255)
aGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCt > 1:3996957/1‑150 (MQ=255)
gggCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTcc < 1:379399/150‑1 (MQ=255)
gggCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTcc < 1:2202225/150‑1 (MQ=255)
aaaCCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTg > 2:4093632/1‑150 (MQ=255)
ccATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGTGCAGGAGCCTCCGCTGGCg > 2:458552/1‑150 (MQ=255)
ccATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCg < 2:2476327/150‑1 (MQ=255)
aTCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGt > 2:2277181/1‑150 (MQ=255)
gATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGc > 1:2785565/1‑150 (MQ=255)
gtggtgGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAgt < 1:1249530/150‑1 (MQ=255)
tggtggTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAgtg < 2:4606545/150‑1 (MQ=255)
tggtggTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAgtg > 2:1936891/1‑150 (MQ=255)
ggtggtTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAgtgt < 1:3699976/150‑1 (MQ=255)
ggtTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCa > 2:3512141/1‑150 (MQ=255)
ttcttcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGt < 2:4168400/150‑1 (MQ=255)
ttcttcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGt > 1:3499606/1‑150 (MQ=255)
tcttcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGCTCAGGtt > 1:3178582/1‑150 (MQ=255)
cttcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTa > 1:3597890/1‑150 (MQ=255)
ttcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTaa > 1:336634/1‑150 (MQ=255)
ttcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTaa > 1:3424323/1‑150 (MQ=255)
ttcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTaa > 1:1374052/1‑150 (MQ=255)
taccATGGGAAATGACAAAAGCTTGCGTTCAGGTACGTTGTTCATGACACCGCTTAATGGCGTTGACAGTCAGGAGTATGCGCTGGCGCAGGGCACTATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCCCTCGCGGAAGAAGTGTTCAGGTTaa > 2:3113564/3‑150 (MQ=255)
ccATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAAcc > 2:1105877/1‑150 (MQ=255)
cATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCa < 1:2977340/150‑1 (MQ=255)
ggAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTg < 2:3483669/150‑1 (MQ=255)
aaaTGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGaa > 2:1629351/1‑150 (MQ=255)
aaTGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAAc < 2:3728648/150‑1 (MQ=255)
aTGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACg < 1:1058711/150‑1 (MQ=255)
ccAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTg > 1:3148255/1‑150 (MQ=255)
cAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTgg > 2:3873712/1‑150 (MQ=255)
aaaaGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGa > 1:3036740/1‑150 (MQ=255)
aaGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACg < 2:4061063/150‑1 (MQ=255)
aaGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACg < 1:554579/150‑1 (MQ=255)
ttGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATc < 1:1109448/150‑1 (MQ=255)
tGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCa > 1:338080/1‑150 (MQ=255)
gCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCAc < 1:199446/150‑1 (MQ=255)
gTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCa < 2:2975831/150‑1 (MQ=255)
ggAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAAt < 1:4256643/150‑1 (MQ=255)
ggAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAAt < 1:1633573/150‑1 (MQ=255)
gAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATg > 2:2604907/1‑150 (MQ=255)
gAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATg < 2:3278462/150‑1 (MQ=255)
aGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATgg < 2:4104276/150‑1 (MQ=255)
aGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATgg > 1:153/1‑150 (MQ=255)
ggTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGt < 2:640590/150‑1 (MQ=255)
gTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTg > 2:1349413/1‑150 (MQ=255)
ttgttgATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGtt < 1:2157596/150‑1 (MQ=255)
gaCACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACg < 1:727618/150‑1 (MQ=255)
|
CCGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACG > CP009273/1131949‑1132247
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
