Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,132,098 |
G→T |
43.0% |
M123I (ATG→ATT) |
flgI → |
putative flagellar basal body protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,132,098 | 0 | G | T | 43.0%
| 277.0
/ inf
| 281 | M123I (ATG→ATT) | flgI | putative flagellar basal body protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (76/84); new base T (69/52); total (145/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
CGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACG > CP009273/1131950‑1132247
|
cGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTtgatga > 2:4614175/1‑150 (MQ=255)
ggCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCg < 1:3896279/150‑1 (MQ=255)
cACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCt > 1:3341326/1‑150 (MQ=255)
cACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGGGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCt < 2:4566116/150‑1 (MQ=255)
aCCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCtt > 1:4376138/1‑150 (MQ=255)
aaTATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTCCGTTGTTGATGACACCGCTTAAg > 2:2813095/1‑150 (MQ=255)
atatGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAgg > 2:2867799/1‑150 (MQ=255)
atatGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGGGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAgg < 2:188398/150‑1 (MQ=255)
gCAGATAAAAAACGTCTCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAATATCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGt < 1:2692877/150‑1 (MQ=255)
aaaaaCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGt > 1:2070816/1‑150 (MQ=255)
aaCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAg > 2:955372/1‑150 (MQ=255)
aCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAgg > 1:1915300/1‑150 (MQ=255)
aCGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAgg < 2:4300888/150‑1 (MQ=255)
cGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGgt > 2:176758/1‑150 (MQ=255)
gCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTAt < 1:1738386/150‑1 (MQ=255)
gCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTAt < 2:4493290/150‑1 (MQ=255)
tGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATgc > 1:1106441/1‑150 (MQ=255)
gCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATgcg < 1:2591730/150‑1 (MQ=255)
cGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATgcgc > 1:4257860/1‑150 (MQ=255)
gTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAg < 1:4196404/150‑1 (MQ=255)
gTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAg > 2:83989/1‑150 (MQ=255)
tGACAGTGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAgg > 2:1023898/1‑150 (MQ=255)
cAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCa > 2:854632/1‑150 (MQ=255)
gCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAat < 2:3359855/150‑1 (MQ=255)
cGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAata < 1:614375/150‑1 (MQ=255)
gTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAatat > 1:888444/1‑150 (MQ=255)
aCTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCt > 1:4116602/1‑150 (MQ=255)
cTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTg > 1:955559/1‑150 (MQ=255)
cTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTg < 1:4044644/150‑1 (MQ=255)
ctccGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTg < 1:3373723/150‑1 (MQ=255)
tccGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTgg > 1:785154/1‑150 (MQ=255)
ccGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTggc < 1:2694563/150‑1 (MQ=255)
ttGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGgcggcg > 1:3263525/1‑150 (MQ=255)
tGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCCTGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGgcgc > 2:2480435/1‑150 (MQ=255)
tGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGgcgc < 2:669557/150‑1 (MQ=255)
tGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGgcgc > 2:126363/1‑150 (MQ=255)
gACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAg > 2:108557/1‑150 (MQ=255)
gACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGATTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAg < 1:3019156/150‑1 (MQ=255)
gACGTCAGGGACAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAg > 2:2761885/1‑150 (MQ=255)
aCGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAgg > 2:2199938/1‑150 (MQ=255)
gTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAg > 1:2113976/1‑150 (MQ=255)
gTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCCATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAg > 2:1516252/1‑150 (MQ=255)
gTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAg < 2:2712066/150‑1 (MQ=255)
gTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAg < 2:2301016/150‑1 (MQ=255)
gggCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTcc > 2:3771072/1‑150 (MQ=255)
ggCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCg < 2:3011621/150‑1 (MQ=255)
cAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAATCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGTGCGTTGACAGTCAGGTGTATGAGCTGGCGCAGGGAAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCt > 2:2959817/1‑150 (MQ=255)
cAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCt > 1:1994308/1‑150 (MQ=255)
cAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCt < 1:2396115/150‑1 (MQ=255)
aaaCCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATGTTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTg < 2:1888278/150‑1 (MQ=255)
aaaCCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGGGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTg > 1:1339540/1‑150 (MQ=255)
aaaCCATCGATGGGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTg < 1:3903583/150‑1 (MQ=255)
aaaCCATCGATGGGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGAAAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGAAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTg < 2:2465138/150‑1 (MQ=255)
aCCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGc < 1:709715/150‑1 (MQ=255)
aCCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGc < 2:3469269/150‑1 (MQ=255)
aCCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGc > 1:1959297/1‑150 (MQ=255)
ccATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCg < 2:2970780/150‑1 (MQ=255)
cATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCgg > 2:3269760/1‑150 (MQ=255)
aTCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGt > 1:2552924/1‑150 (MQ=255)
aTCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGt > 1:3860651/1‑150 (MQ=255)
tCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTa > 1:3637505/1‑150 (MQ=255)
aTGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCa < 1:2057574/150‑1 (MQ=255)
gtggtgGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAgt > 2:3710195/1‑150 (MQ=255)
tggtggTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAgtg > 1:2872851/1‑150 (MQ=255)
tggtTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTc > 1:468018/1‑150 (MQ=255)
tggtTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTc < 2:683887/150‑1 (MQ=255)
tttCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAgg > 1:2612602/1‑150 (MQ=255)
ttcttcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGt > 2:603584/1‑150 (MQ=255)
ttcttcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGt > 2:3866999/1‑150 (MQ=255)
ttcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTaa > 1:214828/1‑150 (MQ=255)
ttcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTaa > 1:3162257/1‑150 (MQ=255)
ttcCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTaa > 2:3229955/1‑150 (MQ=255)
ccATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAAcc > 2:2666016/1‑150 (MQ=255)
cATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCa < 2:3453499/150‑1 (MQ=255)
cATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCACTATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCa > 2:3941017/1‑150 (MQ=255)
cATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCa > 1:1629285/1‑150 (MQ=255)
aaaTGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGaa > 2:3622673/1‑150 (MQ=255)
aaTGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAGCCAACTGAAc > 1:498431/1‑150 (MQ=255)
gCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGt < 2:2746192/150‑1 (MQ=255)
gCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGt < 2:434413/150‑1 (MQ=255)
ccAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATTACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTg < 2:3084215/150‑1 (MQ=255)
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CGACGGGCACCAATATGCAGCTAAAAAACGTCGCTGCGGTAATGGTGACAGCGTCACTTCCTCCGTTTGGACGTCAGGGGCAAACCATCGATGTGGTGGTTTCTTCCATGGGAAATGCCAAAAGCTTGCGTGGAGGTACGTTGTTGATGACACCGCTTAAGGGCGTTGACAGTCAGGTGTATGCGCTGGCGCAGGGCAATATTCTGGTTGGCGGCGCAGGAGCCTCCGCTGGCGGTAGCAGTGTTCAGGTTAACCAACTGAACGGTGGACGGATCACCAATGGTGCGGTTATTGAACG > CP009273/1131950‑1132247
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
